ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54046

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 11, 11, 11, 7, 9, 2, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.017, 0.046, 0.074, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.046 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.023, 0.052, 0.082, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.052 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.042, 0.144, 0.247, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.144 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.076, 0.187, 0.297, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.187 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.140, 0.287, 0.433, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.287 std_dev=0.147
C4' A 0, 0.064, 0.219, 0.375, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.219 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.141, 0.303, 0.465, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.303 std_dev=0.162
O3' A 0, 0.267, 0.487, 0.707, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.487 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.235, 0.472, 0.710, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.472 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.206, 0.465, 0.725, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.465 std_dev=0.259
C5' A 0, 0.144, 0.411, 0.678, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.411 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.430, 0.708, 0.986, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.708 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.390, 0.679, 0.967, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.679 std_dev=0.289
C1' B 0, 0.351, 0.668, 0.986, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.668 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.409, 0.783, 1.157, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.783 std_dev=0.374
P A 0, 0.246, 0.624, 1.002, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.624 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.554, 0.949, 1.343, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.949 std_dev=0.395
C2 B 0, 0.354, 0.752, 1.149, 2.510 max_d=2.510 avg_d=0.752 std_dev=0.398
O2 B 0, 0.475, 0.887, 1.299, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.887 std_dev=0.412
O4' B 0, 0.510, 0.922, 1.334, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.922 std_dev=0.412
O5' A 0, 0.166, 0.601, 1.035, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.601 std_dev=0.435
OP2 A 0, 0.296, 0.808, 1.319, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.808 std_dev=0.512
N3 B 0, 0.370, 0.884, 1.397, 3.029 max_d=3.029 avg_d=0.884 std_dev=0.513
C6 B 0, 0.655, 1.174, 1.694, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.174 std_dev=0.520
C5' B 0, 0.844, 1.395, 1.945, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.395 std_dev=0.551
C4 B 0, 0.477, 1.070, 1.663, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.070 std_dev=0.593
OP1 A 0, 0.113, 0.714, 1.316, 3.183 max_d=3.183 avg_d=0.714 std_dev=0.601
C5 B 0, 0.714, 1.323, 1.932, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.323 std_dev=0.609
N4 B 0, 0.492, 1.222, 1.953, 3.750 max_d=3.750 avg_d=1.222 std_dev=0.730
O5' B 0, 0.934, 1.714, 2.494, 3.763 max_d=3.763 avg_d=1.714 std_dev=0.780
P B 0, 1.249, 2.373, 3.497, 5.239 max_d=5.239 avg_d=2.373 std_dev=1.124
OP1 B 0, 1.130, 2.373, 3.616, 5.407 max_d=5.407 avg_d=2.373 std_dev=1.243
OP2 B 0, 1.634, 2.901, 4.169, 6.187 max_d=6.187 avg_d=2.901 std_dev=1.267

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.13 0.12 0.33 0.18
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.27 0.23 0.45 0.27
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.12 0.01 0.02 0.01 0.15 0.21 0.30 0.16
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.12 0.06 0.10 0.12 0.11 0.02 0.01 0.02 0.19 0.30 0.27 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.03 0.37 0.34 0.55 0.35
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.16 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.39 0.34 0.53 0.34
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.22 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.04 0.35 0.26 0.43 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.26 0.20 0.40 0.24
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.32 0.29 0.51 0.31
N4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.15 0.04 0.39 0.39 0.59 0.38
O2 0.04 0.01 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.14 0.04 0.22 0.19 0.43 0.25
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04 0.09 0.07 0.14 0.00 0.06 0.06 0.08 0.21 0.27 0.12
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.04 0.13 0.06 0.11 0.15 0.14 0.06 0.00 0.02 0.21 0.42 0.30 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.11 0.12 0.29 0.18
O5' 0.13 0.27 0.15 0.19 0.37 0.02 0.39 0.01 0.35 0.26 0.32 0.39 0.22 0.08 0.21 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.23 0.21 0.30 0.34 0.16 0.34 0.22 0.26 0.20 0.29 0.39 0.19 0.21 0.42 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.45 0.30 0.27 0.55 0.22 0.53 0.21 0.43 0.40 0.51 0.59 0.43 0.27 0.30 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.27 0.16 0.18 0.35 0.07 0.34 0.02 0.28 0.24 0.31 0.38 0.25 0.12 0.22 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.40 0.24 0.37 0.46 0.29 0.45 0.42 0.41 0.35 0.45 0.48 0.45 0.28 0.36 0.27 0.52 0.54 0.73 0.56
C2 0.29 0.41 0.22 0.41 0.58 0.37 0.60 0.58 0.52 0.40 0.50 0.63 0.40 0.26 0.40 0.33 0.71 0.77 1.03 0.83
C2' 0.24 0.37 0.20 0.29 0.42 0.23 0.43 0.37 0.38 0.31 0.43 0.47 0.45 0.31 0.29 0.22 0.51 0.55 0.74 0.56
C3' 0.22 0.27 0.18 0.21 0.29 0.19 0.33 0.31 0.32 0.23 0.30 0.31 0.37 0.35 0.23 0.18 0.46 0.54 0.66 0.49
C4 0.27 0.29 0.21 0.43 0.45 0.46 0.58 0.73 0.52 0.34 0.32 0.46 0.37 0.24 0.42 0.37 0.85 0.99 1.23 1.03
C4' 0.21 0.26 0.18 0.20 0.26 0.15 0.28 0.23 0.27 0.22 0.28 0.28 0.36 0.34 0.23 0.17 0.36 0.47 0.50 0.36
C5 0.24 0.24 0.20 0.42 0.29 0.45 0.45 0.70 0.44 0.28 0.25 0.28 0.38 0.24 0.43 0.34 0.80 0.90 1.10 0.93
C5' 0.26 0.22 0.24 0.12 0.20 0.14 0.25 0.16 0.28 0.22 0.21 0.20 0.31 0.41 0.16 0.19 0.32 0.52 0.43 0.33
C6 0.21 0.22 0.18 0.41 0.29 0.38 0.40 0.58 0.39 0.26 0.24 0.30 0.34 0.25 0.41 0.28 0.67 0.71 0.90 0.75
N1 0.26 0.35 0.21 0.40 0.45 0.34 0.49 0.53 0.44 0.34 0.40 0.47 0.39 0.27 0.39 0.29 0.64 0.67 0.89 0.72
N3 0.29 0.35 0.21 0.43 0.58 0.42 0.64 0.67 0.55 0.39 0.45 0.63 0.36 0.24 0.41 0.36 0.80 0.92 1.18 0.97
N4 0.29 0.31 0.23 0.43 0.46 0.50 0.62 0.80 0.54 0.35 0.35 0.48 0.40 0.24 0.43 0.41 0.93 1.15 1.38 1.16
O2 0.32 0.48 0.24 0.41 0.66 0.35 0.64 0.54 0.54 0.44 0.60 0.74 0.46 0.27 0.39 0.33 0.67 0.73 1.00 0.79
O2' 0.28 0.45 0.23 0.29 0.49 0.23 0.45 0.33 0.38 0.35 0.51 0.55 0.52 0.30 0.28 0.25 0.46 0.49 0.67 0.48
O3' 0.22 0.27 0.19 0.19 0.28 0.18 0.32 0.29 0.31 0.23 0.30 0.31 0.38 0.35 0.20 0.17 0.43 0.56 0.64 0.47
O4' 0.24 0.31 0.22 0.34 0.33 0.25 0.34 0.35 0.32 0.28 0.34 0.35 0.38 0.30 0.36 0.22 0.43 0.47 0.58 0.44
O5' 0.33 0.33 0.37 0.13 0.34 0.11 0.39 0.13 0.39 0.32 0.33 0.35 0.39 0.50 0.02 0.21 0.39 0.55 0.55 0.44
OP1 0.36 0.32 0.30 0.17 0.30 0.39 0.32 0.43 0.31 0.30 0.31 0.31 0.39 0.47 0.02 0.45 0.42 0.55 0.50 0.40
OP2 0.18 0.36 0.20 0.18 0.50 0.19 0.54 0.38 0.47 0.33 0.44 0.55 0.36 0.21 0.02 0.17 0.58 0.79 0.79 0.71
P 0.11 0.20 0.17 0.02 0.25 0.15 0.29 0.25 0.26 0.14 0.23 0.28 0.29 0.30 0.01 0.12 0.37 0.57 0.51 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.16 0.17 0.39 0.19
C2 0.03 0.00 0.12 0.19 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.20 0.05 0.32 0.36 0.64 0.38
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.04 0.13 0.04 0.10 0.08 0.21 0.01 0.03 0.01 0.23 0.26 0.30 0.16
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.17 0.01 0.17 0.03 0.17 0.10 0.20 0.18 0.25 0.03 0.01 0.02 0.30 0.37 0.27 0.23
C4 0.03 0.01 0.07 0.17 0.00 0.13 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.19 0.05 0.45 0.62 0.88 0.59
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.12 0.07 0.12 0.15 0.09 0.09 0.02 0.01 0.02 0.21 0.25 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.14 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.20 0.06 0.47 0.64 0.89 0.61
C5' 0.05 0.22 0.04 0.03 0.32 0.01 0.32 0.00 0.26 0.18 0.28 0.35 0.18 0.07 0.06 0.02 0.01 0.23 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.17 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.18 0.07 0.41 0.48 0.72 0.48
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.07 0.01 0.18 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.09 0.03 0.30 0.31 0.58 0.34
N3 0.03 0.01 0.10 0.20 0.00 0.12 0.01 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.22 0.04 0.39 0.49 0.77 0.49
N4 0.03 0.02 0.08 0.18 0.01 0.15 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.22 0.05 0.48 0.72 0.98 0.67
O2 0.05 0.01 0.21 0.25 0.02 0.09 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.28 0.08 0.27 0.28 0.55 0.30
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.12 0.09 0.11 0.07 0.09 0.06 0.14 0.13 0.20 0.00 0.06 0.08 0.12 0.31 0.25 0.14
O3' 0.03 0.20 0.03 0.01 0.19 0.02 0.20 0.06 0.18 0.09 0.22 0.22 0.28 0.06 0.00 0.03 0.28 0.52 0.32 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.08 0.08 0.03 0.00 0.13 0.19 0.39 0.24
O5' 0.16 0.32 0.23 0.30 0.45 0.02 0.47 0.01 0.41 0.30 0.39 0.48 0.27 0.12 0.28 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.36 0.26 0.37 0.62 0.21 0.64 0.23 0.48 0.31 0.49 0.72 0.28 0.31 0.52 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.64 0.30 0.27 0.88 0.25 0.89 0.30 0.72 0.58 0.77 0.98 0.55 0.25 0.32 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.16 0.23 0.59 0.09 0.61 0.02 0.48 0.34 0.49 0.67 0.30 0.14 0.28 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00