ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54047

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 5, 12, 10, 12, 2, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.023, 0.052, 0.081, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.052 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.006, 0.045, 0.085, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.045 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.043, 0.147, 0.251, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.147 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.019, 0.129, 0.238, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.129 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.102, 0.239, 0.376, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.239 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.053, 0.219, 0.384, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.219 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.060, 0.234, 0.408, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.234 std_dev=0.174
O2' B 0, 0.247, 0.441, 0.635, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.441 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.220, 0.416, 0.613, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.416 std_dev=0.196
C1' B 0, 0.294, 0.526, 0.758, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.526 std_dev=0.232
O3' A 0, 0.112, 0.360, 0.609, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.360 std_dev=0.249
C3' B 0, 0.244, 0.500, 0.755, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.500 std_dev=0.255
N1 B 0, 0.314, 0.571, 0.827, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.571 std_dev=0.257
P A 0, 0.217, 0.478, 0.739, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.478 std_dev=0.261
O5' A 0, 0.145, 0.407, 0.670, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.407 std_dev=0.262
O3' B 0, 0.238, 0.526, 0.814, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.526 std_dev=0.288
C5' A 0, 0.075, 0.369, 0.663, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.369 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.303, 0.617, 0.932, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.617 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.306, 0.630, 0.953, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.630 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.298, 0.651, 1.003, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.651 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.420, 0.774, 1.128, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.774 std_dev=0.354
OP2 A 0, 0.255, 0.610, 0.966, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.610 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.230, 0.628, 1.027, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.628 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.425, 0.842, 1.260, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.842 std_dev=0.417
C4 B 0, 0.308, 0.744, 1.180, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.744 std_dev=0.436
N3 B 0, 0.289, 0.741, 1.193, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.741 std_dev=0.452
C5' B 0, 0.376, 0.841, 1.307, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.841 std_dev=0.465
O2 B 0, 0.330, 0.803, 1.276, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.803 std_dev=0.473
N4 B 0, 0.343, 0.878, 1.412, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.878 std_dev=0.534
O5' B 0, 0.435, 0.998, 1.562, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.998 std_dev=0.564
P B 0, 0.529, 1.340, 2.151, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.340 std_dev=0.811
OP2 B 0, 0.532, 1.470, 2.408, 4.383 max_d=4.383 avg_d=1.470 std_dev=0.938
OP1 B 0, 0.651, 1.689, 2.726, 4.794 max_d=4.794 avg_d=1.689 std_dev=1.038

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.10 0.19 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.02 0.20 0.19 0.30 0.21
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.11 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.14 0.09
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.10 0.06 0.11 0.11 0.15 0.02 0.01 0.01 0.17 0.27 0.14 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.12 0.03 0.25 0.25 0.40 0.26
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.13 0.13 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.04 0.24 0.23 0.39 0.24
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.13 0.15 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.15 0.16 0.03
C6 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.04 0.20 0.18 0.31 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.17 0.14 0.26 0.17
N3 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.02 0.13 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.24 0.23 0.36 0.25
N4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.14 0.04 0.27 0.29 0.45 0.29
O2 0.04 0.01 0.11 0.15 0.02 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.17 0.04 0.19 0.18 0.27 0.19
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.03 0.09 0.08 0.13 0.00 0.05 0.06 0.07 0.17 0.12 0.07
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.12 0.03 0.12 0.04 0.10 0.06 0.13 0.14 0.17 0.05 0.00 0.02 0.17 0.38 0.20 0.19
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.10 0.13 0.22 0.16
O5' 0.09 0.20 0.12 0.17 0.25 0.02 0.24 0.01 0.20 0.17 0.24 0.27 0.19 0.07 0.17 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.19 0.19 0.27 0.25 0.13 0.23 0.15 0.18 0.14 0.23 0.29 0.18 0.17 0.38 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.30 0.14 0.14 0.40 0.13 0.39 0.16 0.31 0.26 0.36 0.45 0.27 0.12 0.20 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.09 0.13 0.26 0.04 0.24 0.03 0.19 0.17 0.25 0.29 0.19 0.07 0.19 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.43 0.18 0.25 0.35 0.20 0.36 0.28 0.34 0.26 0.45 0.38 0.65 0.19 0.28 0.19 0.41 0.60 0.58 0.47
C2 0.18 0.42 0.15 0.27 0.39 0.24 0.45 0.39 0.41 0.26 0.47 0.44 0.63 0.17 0.30 0.20 0.54 0.79 0.79 0.65
C2' 0.18 0.41 0.15 0.18 0.32 0.14 0.35 0.22 0.34 0.23 0.44 0.36 0.65 0.22 0.19 0.15 0.38 0.59 0.58 0.46
C3' 0.21 0.38 0.20 0.14 0.24 0.13 0.30 0.16 0.31 0.21 0.38 0.27 0.61 0.29 0.15 0.16 0.35 0.57 0.53 0.43
C4 0.18 0.35 0.15 0.28 0.35 0.29 0.47 0.47 0.43 0.24 0.42 0.39 0.53 0.16 0.30 0.23 0.63 0.91 0.91 0.76
C4' 0.22 0.37 0.19 0.15 0.23 0.14 0.25 0.16 0.27 0.21 0.36 0.25 0.58 0.29 0.19 0.17 0.29 0.49 0.42 0.34
C5 0.18 0.35 0.15 0.27 0.29 0.28 0.41 0.44 0.41 0.23 0.38 0.30 0.51 0.16 0.29 0.22 0.59 0.82 0.79 0.68
C5' 0.30 0.35 0.29 0.17 0.21 0.19 0.25 0.16 0.28 0.25 0.32 0.21 0.52 0.40 0.17 0.24 0.27 0.47 0.37 0.31
C6 0.16 0.35 0.14 0.27 0.27 0.23 0.36 0.36 0.36 0.21 0.37 0.29 0.55 0.16 0.29 0.18 0.50 0.71 0.66 0.57
N1 0.17 0.41 0.15 0.26 0.34 0.22 0.39 0.34 0.37 0.24 0.43 0.37 0.63 0.17 0.28 0.18 0.48 0.70 0.68 0.56
N3 0.18 0.38 0.15 0.28 0.39 0.27 0.48 0.44 0.43 0.25 0.45 0.45 0.58 0.16 0.30 0.22 0.60 0.88 0.89 0.73
N4 0.20 0.35 0.15 0.28 0.37 0.31 0.49 0.52 0.43 0.24 0.43 0.43 0.49 0.16 0.30 0.25 0.67 0.99 1.00 0.84
O2 0.19 0.44 0.16 0.26 0.42 0.23 0.46 0.36 0.40 0.27 0.50 0.49 0.66 0.18 0.29 0.20 0.52 0.78 0.79 0.63
O2' 0.22 0.45 0.19 0.22 0.37 0.19 0.36 0.23 0.33 0.26 0.48 0.41 0.68 0.24 0.24 0.19 0.36 0.56 0.54 0.43
O3' 0.23 0.38 0.22 0.15 0.24 0.15 0.29 0.15 0.31 0.21 0.38 0.26 0.61 0.31 0.16 0.18 0.34 0.56 0.52 0.42
O4' 0.20 0.40 0.18 0.25 0.28 0.19 0.28 0.25 0.28 0.23 0.39 0.30 0.61 0.22 0.30 0.18 0.35 0.53 0.47 0.39
O5' 0.25 0.32 0.28 0.10 0.23 0.10 0.29 0.10 0.32 0.23 0.31 0.24 0.46 0.37 0.02 0.17 0.28 0.53 0.45 0.37
OP1 0.25 0.29 0.22 0.13 0.22 0.28 0.26 0.31 0.26 0.21 0.28 0.24 0.40 0.35 0.03 0.31 0.35 0.62 0.46 0.43
OP2 0.18 0.35 0.17 0.16 0.40 0.20 0.45 0.34 0.42 0.28 0.40 0.43 0.41 0.16 0.02 0.18 0.50 0.75 0.62 0.61
P 0.08 0.22 0.12 0.03 0.18 0.11 0.24 0.18 0.25 0.10 0.24 0.21 0.35 0.21 0.01 0.08 0.31 0.56 0.43 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.19 0.35 0.21 0.18
C2 0.02 0.00 0.16 0.17 0.01 0.07 0.02 0.19 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.19 0.09 0.29 0.50 0.43 0.31
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.05 0.13 0.04 0.14 0.07 0.27 0.01 0.04 0.01 0.19 0.33 0.24 0.19
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.16 0.08 0.17 0.16 0.22 0.03 0.01 0.01 0.20 0.31 0.24 0.20
C4 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.04 0.37 0.64 0.59 0.42
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.10 0.14 0.08 0.08 0.03 0.01 0.02 0.20 0.20 0.04
C5 0.02 0.02 0.10 0.15 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.18 0.09 0.38 0.64 0.57 0.42
C5' 0.06 0.19 0.05 0.03 0.30 0.01 0.31 0.00 0.27 0.18 0.25 0.33 0.16 0.06 0.06 0.02 0.01 0.23 0.29 0.02
C6 0.02 0.02 0.13 0.16 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.18 0.11 0.35 0.55 0.42 0.34
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.28 0.46 0.35 0.27
N3 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.10 0.02 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.21 0.07 0.34 0.58 0.53 0.37
N4 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.20 0.04 0.39 0.69 0.66 0.46
O2 0.04 0.01 0.27 0.22 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.27 0.28 0.16 0.26 0.47 0.39 0.29
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.09 0.08 0.10 0.06 0.11 0.05 0.15 0.10 0.27 0.00 0.09 0.06 0.11 0.27 0.21 0.12
O3' 0.04 0.19 0.04 0.01 0.17 0.03 0.18 0.06 0.18 0.07 0.21 0.20 0.28 0.09 0.00 0.04 0.23 0.38 0.32 0.24
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.04 0.16 0.06 0.04 0.00 0.19 0.34 0.18 0.20
O5' 0.19 0.29 0.19 0.20 0.37 0.02 0.38 0.01 0.35 0.28 0.34 0.39 0.26 0.11 0.23 0.19 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.35 0.50 0.33 0.31 0.64 0.20 0.64 0.23 0.55 0.46 0.58 0.69 0.47 0.27 0.38 0.34 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.43 0.24 0.24 0.59 0.20 0.57 0.29 0.42 0.35 0.53 0.66 0.39 0.21 0.32 0.18 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.31 0.19 0.20 0.42 0.04 0.42 0.02 0.34 0.27 0.37 0.46 0.29 0.12 0.24 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00