ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54048

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 6, 7, 6, 5, 3, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.018, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.006, 0.038, 0.069, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.038 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.094, 0.209, 0.324, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.209 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.094, 0.224, 0.355, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.224 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.297, 0.450, 0.602, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.450 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.146, 0.321, 0.496, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.321 std_dev=0.175
C3' A 0, 0.179, 0.365, 0.552, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.365 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.202, 0.444, 0.686, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.444 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.577, 0.852, 1.128, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.852 std_dev=0.275
O3' A 0, 0.285, 0.575, 0.864, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.575 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.251, 0.573, 0.895, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.573 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.401, 0.861, 1.320, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.861 std_dev=0.460
C3' B 0, 0.294, 0.779, 1.263, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.779 std_dev=0.484
O4' B 0, 0.502, 0.995, 1.488, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.995 std_dev=0.493
C4' B 0, 0.489, 1.006, 1.522, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.006 std_dev=0.516
O3' B 0, 0.378, 0.944, 1.509, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.944 std_dev=0.565
O5' A 0, 0.004, 0.614, 1.223, 2.871 max_d=2.871 avg_d=0.614 std_dev=0.610
P A 0, 0.134, 0.869, 1.604, 3.478 max_d=3.478 avg_d=0.869 std_dev=0.735
OP2 A 0, 0.167, 0.978, 1.790, 3.934 max_d=3.934 avg_d=0.978 std_dev=0.811
C5' B 0, 0.439, 1.262, 2.084, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.262 std_dev=0.822
N1 B 0, 0.138, 0.962, 1.786, 3.822 max_d=3.822 avg_d=0.962 std_dev=0.824
OP1 A 0, 0.189, 1.109, 2.029, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.109 std_dev=0.920
O5' B 0, 0.246, 1.244, 2.242, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.244 std_dev=0.998
C6 B 0, 0.082, 1.101, 2.120, 4.777 max_d=4.777 avg_d=1.101 std_dev=1.019
O2 B 0, 0.101, 1.187, 2.274, 5.123 max_d=5.123 avg_d=1.187 std_dev=1.086
C2 B 0, -0.025, 1.076, 2.177, 5.127 max_d=5.127 avg_d=1.076 std_dev=1.101
P B 0, 0.174, 1.528, 2.883, 6.511 max_d=6.511 avg_d=1.528 std_dev=1.354
C5 B 0, -0.167, 1.232, 2.632, 6.505 max_d=6.505 avg_d=1.232 std_dev=1.400
N3 B 0, -0.267, 1.204, 2.674, 6.798 max_d=6.798 avg_d=1.204 std_dev=1.471
C4 B 0, -0.358, 1.242, 2.842, 7.368 max_d=7.368 avg_d=1.242 std_dev=1.600
OP2 B 0, 0.114, 1.715, 3.317, 7.540 max_d=7.540 avg_d=1.715 std_dev=1.602
OP1 B 0, 0.161, 1.783, 3.405, 7.733 max_d=7.733 avg_d=1.783 std_dev=1.622
N4 B 0, -0.566, 1.418, 3.403, 9.115 max_d=9.115 avg_d=1.418 std_dev=1.985

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.18 0.19 0.17 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.38 0.38 0.46 0.36
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.12 0.00 0.02 0.01 0.19 0.30 0.20 0.19
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.14 0.08 0.11 0.15 0.12 0.02 0.01 0.01 0.22 0.38 0.18 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.03 0.55 0.57 0.69 0.56
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.18 0.04 0.57 0.57 0.65 0.56
C5' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.21 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.03 0.49 0.46 0.47 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.36 0.35 0.37 0.32
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.47 0.48 0.60 0.47
N4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.19 0.03 0.59 0.64 0.78 0.63
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.15 0.03 0.30 0.31 0.39 0.29
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.09 0.08 0.14 0.00 0.06 0.06 0.07 0.19 0.12 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.16 0.02 0.18 0.03 0.15 0.08 0.14 0.19 0.15 0.06 0.00 0.02 0.18 0.43 0.23 0.24
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.11 0.13 0.10 0.09
O5' 0.18 0.38 0.19 0.22 0.55 0.01 0.57 0.01 0.49 0.36 0.47 0.59 0.30 0.07 0.18 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.38 0.30 0.38 0.57 0.16 0.57 0.21 0.46 0.35 0.48 0.64 0.31 0.19 0.43 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.46 0.20 0.18 0.69 0.11 0.65 0.21 0.47 0.37 0.60 0.78 0.39 0.12 0.23 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.36 0.19 0.22 0.56 0.02 0.56 0.02 0.44 0.32 0.47 0.63 0.29 0.08 0.24 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.53 0.19 0.20 0.61 0.15 0.54 0.18 0.44 0.37 0.63 0.68 0.61 0.24 0.17 0.17 0.33 0.42 0.60 0.39
C2 0.24 0.64 0.24 0.31 0.95 0.19 0.88 0.31 0.69 0.52 0.87 1.09 0.59 0.27 0.22 0.21 0.58 0.67 0.94 0.67
C2' 0.19 0.42 0.17 0.18 0.48 0.13 0.45 0.17 0.37 0.29 0.50 0.55 0.53 0.25 0.13 0.16 0.34 0.51 0.67 0.45
C3' 0.21 0.33 0.18 0.17 0.27 0.14 0.30 0.16 0.27 0.22 0.34 0.30 0.50 0.27 0.15 0.17 0.29 0.54 0.63 0.42
C4 0.22 0.51 0.27 0.45 1.01 0.31 1.04 0.50 0.82 0.52 0.79 1.15 0.37 0.25 0.38 0.26 0.81 0.94 1.20 0.93
C4' 0.22 0.35 0.19 0.14 0.27 0.15 0.26 0.14 0.25 0.23 0.35 0.28 0.51 0.25 0.14 0.19 0.19 0.41 0.44 0.25
C5 0.19 0.38 0.26 0.46 0.75 0.31 0.84 0.49 0.71 0.43 0.57 0.81 0.35 0.24 0.40 0.24 0.76 0.87 1.07 0.85
C5' 0.29 0.36 0.27 0.17 0.28 0.19 0.29 0.15 0.29 0.28 0.34 0.28 0.49 0.32 0.14 0.25 0.16 0.45 0.39 0.22
C6 0.18 0.40 0.23 0.36 0.61 0.22 0.65 0.35 0.56 0.38 0.52 0.66 0.41 0.25 0.30 0.19 0.57 0.67 0.84 0.64
N1 0.21 0.54 0.22 0.28 0.73 0.17 0.70 0.27 0.57 0.43 0.69 0.82 0.56 0.26 0.21 0.18 0.49 0.58 0.79 0.56
N3 0.24 0.63 0.26 0.39 1.07 0.25 1.03 0.41 0.80 0.55 0.91 1.24 0.49 0.26 0.30 0.24 0.72 0.83 1.12 0.83
N4 0.23 0.48 0.28 0.50 1.13 0.37 1.18 0.61 0.91 0.54 0.80 1.32 0.33 0.24 0.44 0.29 0.94 1.11 1.40 1.09
O2 0.26 0.70 0.23 0.27 0.99 0.18 0.89 0.27 0.68 0.54 0.94 1.16 0.67 0.27 0.19 0.21 0.52 0.60 0.89 0.61
O2' 0.21 0.47 0.18 0.16 0.52 0.16 0.45 0.16 0.37 0.31 0.56 0.60 0.58 0.21 0.15 0.18 0.27 0.43 0.59 0.36
O3' 0.23 0.33 0.21 0.18 0.23 0.18 0.27 0.17 0.27 0.22 0.31 0.24 0.49 0.28 0.18 0.20 0.25 0.58 0.63 0.41
O4' 0.21 0.45 0.17 0.17 0.43 0.16 0.37 0.17 0.32 0.29 0.49 0.47 0.58 0.22 0.21 0.17 0.24 0.34 0.43 0.26
O5' 0.23 0.39 0.24 0.11 0.29 0.10 0.26 0.07 0.24 0.25 0.38 0.31 0.53 0.30 0.02 0.17 0.19 0.45 0.50 0.31
OP1 0.06 0.20 0.10 0.04 0.20 0.08 0.27 0.17 0.24 0.10 0.21 0.24 0.33 0.20 0.02 0.05 0.25 0.57 0.49 0.30
OP2 0.16 0.29 0.19 0.08 0.33 0.13 0.37 0.27 0.34 0.23 0.33 0.36 0.34 0.20 0.02 0.12 0.34 0.62 0.57 0.46
P 0.07 0.21 0.10 0.01 0.20 0.05 0.24 0.12 0.22 0.11 0.23 0.22 0.32 0.16 0.01 0.02 0.20 0.50 0.47 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.21 0.28 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.12 0.05 0.20 0.31 0.52 0.24
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.10 0.02 0.09 0.05 0.18 0.01 0.02 0.01 0.09 0.25 0.30 0.16
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.13 0.06 0.12 0.11 0.16 0.02 0.01 0.02 0.08 0.28 0.30 0.17
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.29 0.44 0.74 0.35
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.16 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.06 0.31 0.45 0.75 0.36
C5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.13 0.19 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.15 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.07 0.27 0.37 0.60 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.19 0.29 0.46 0.22
N3 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.25 0.38 0.64 0.30
N4 0.02 0.02 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.04 0.32 0.49 0.82 0.39
O2 0.03 0.00 0.18 0.16 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.20 0.08 0.17 0.28 0.45 0.22
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.03 0.09 0.06 0.18 0.00 0.07 0.05 0.06 0.24 0.28 0.12
O3' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.15 0.03 0.15 0.05 0.13 0.13 0.20 0.07 0.00 0.02 0.13 0.40 0.40 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04 0.08 0.05 0.02 0.00 0.10 0.18 0.22 0.13
O5' 0.10 0.20 0.09 0.08 0.29 0.02 0.31 0.01 0.27 0.19 0.25 0.32 0.17 0.06 0.13 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.31 0.25 0.28 0.44 0.16 0.45 0.15 0.37 0.29 0.38 0.49 0.28 0.24 0.40 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.52 0.30 0.30 0.74 0.21 0.75 0.24 0.60 0.46 0.64 0.82 0.45 0.28 0.40 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.24 0.16 0.17 0.35 0.06 0.36 0.02 0.30 0.22 0.30 0.39 0.22 0.12 0.21 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00