ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54052

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.021, 0.052, 0.083, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.052 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.013, 0.056, 0.100, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.056 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.033, 0.160, 0.287, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.160 std_dev=0.127
O4' A 0, 0.018, 0.160, 0.303, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.160 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.063, 0.216, 0.369, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.216 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.050, 0.253, 0.457, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.253 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.058, 0.271, 0.483, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.271 std_dev=0.213
P A 0, 0.153, 0.399, 0.645, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.399 std_dev=0.246
O3' B 0, 0.381, 0.640, 0.898, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.640 std_dev=0.259
O3' A 0, 0.131, 0.433, 0.734, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.433 std_dev=0.301
O5' A 0, 0.202, 0.538, 0.874, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.538 std_dev=0.336
C5' A 0, 0.116, 0.454, 0.793, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.454 std_dev=0.338
C3' B 0, 0.576, 0.946, 1.317, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.946 std_dev=0.371
O2' B 0, 0.561, 0.941, 1.321, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.941 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.657, 1.038, 1.420, 1.480 max_d=1.480 avg_d=1.038 std_dev=0.381
OP2 A 0, 0.478, 0.927, 1.375, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.927 std_dev=0.448
OP1 A 0, 0.299, 0.823, 1.346, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.823 std_dev=0.524
C1' B 0, 1.075, 1.742, 2.409, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.742 std_dev=0.667
O4' B 0, 1.218, 2.024, 2.830, 3.205 max_d=3.205 avg_d=2.024 std_dev=0.806
C4' B 0, 1.267, 2.085, 2.904, 2.938 max_d=2.938 avg_d=2.085 std_dev=0.819
N1 B 0, 1.352, 2.179, 3.005, 3.401 max_d=3.401 avg_d=2.179 std_dev=0.827
C5' B 0, 1.618, 2.805, 3.991, 4.072 max_d=4.072 avg_d=2.805 std_dev=1.186
O5' B 0, 1.350, 2.665, 3.980, 4.546 max_d=4.546 avg_d=2.665 std_dev=1.315
C6 B 0, 0.502, 1.859, 3.216, 5.676 max_d=5.676 avg_d=1.859 std_dev=1.357
C5 B 0, 1.276, 2.772, 4.268, 6.279 max_d=6.279 avg_d=2.772 std_dev=1.496
C4 B 0, 2.375, 3.889, 5.404, 5.222 max_d=5.222 avg_d=3.889 std_dev=1.514
C2 B 0, 2.029, 3.548, 5.068, 5.013 max_d=5.013 avg_d=3.548 std_dev=1.519
N3 B 0, 2.448, 4.295, 6.143, 6.013 max_d=6.013 avg_d=4.295 std_dev=1.847
N4 B 0, 2.874, 4.845, 6.816, 6.762 max_d=6.762 avg_d=4.845 std_dev=1.971
P B 0, 1.723, 3.736, 5.749, 5.858 max_d=5.858 avg_d=3.736 std_dev=2.013
OP2 B 0, 1.810, 3.880, 5.950, 5.831 max_d=5.831 avg_d=3.880 std_dev=2.070
O2 B 0, 2.201, 4.299, 6.397, 6.445 max_d=6.445 avg_d=4.299 std_dev=2.098
OP1 B 0, 2.236, 4.951, 7.665, 7.621 max_d=7.621 avg_d=4.951 std_dev=2.715

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.18 0.21 0.49 0.20
C2 0.03 0.00 0.07 0.12 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.14 0.03 0.26 0.29 0.54 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.15 0.20 0.36 0.09
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.12 0.12 0.15 0.02 0.01 0.01 0.22 0.24 0.30 0.14
C4 0.03 0.02 0.06 0.12 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.15 0.03 0.34 0.36 0.53 0.28
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.17 0.31 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.16 0.04 0.35 0.33 0.54 0.27
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.16 0.08 0.10 0.13 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.19 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.03 0.33 0.27 0.54 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.26 0.25 0.53 0.23
N3 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.16 0.03 0.30 0.34 0.54 0.27
N4 0.03 0.03 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.16 0.04 0.35 0.40 0.51 0.29
O2 0.05 0.01 0.11 0.15 0.04 0.07 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.10 0.19 0.04 0.22 0.26 0.52 0.22
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.06 0.10 0.00 0.04 0.06 0.08 0.21 0.38 0.11
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.03 0.14 0.07 0.16 0.16 0.19 0.04 0.00 0.02 0.31 0.37 0.36 0.28
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.22 0.25 0.50 0.26
O5' 0.18 0.26 0.15 0.22 0.34 0.01 0.35 0.01 0.33 0.26 0.30 0.35 0.22 0.08 0.31 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.29 0.20 0.24 0.36 0.17 0.33 0.19 0.27 0.25 0.34 0.40 0.26 0.21 0.37 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.54 0.36 0.30 0.53 0.31 0.54 0.19 0.54 0.53 0.54 0.51 0.52 0.38 0.36 0.50 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.24 0.09 0.14 0.28 0.07 0.27 0.02 0.25 0.23 0.27 0.29 0.22 0.11 0.28 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 1.13 0.43 0.28 0.92 0.31 0.72 0.53 0.63 0.67 1.20 1.00 1.53 0.28 0.19 0.36 0.71 1.30 1.12 0.93
C2 0.66 1.66 0.44 0.35 1.61 0.46 1.18 0.83 0.94 1.05 1.90 1.79 1.97 0.22 0.21 0.49 0.98 1.82 1.47 1.34
C2' 0.34 1.05 0.34 0.29 0.98 0.32 0.78 0.60 0.64 0.60 1.19 1.12 1.39 0.26 0.16 0.25 0.74 1.41 1.10 0.98
C3' 0.24 0.77 0.30 0.35 0.81 0.38 0.74 0.57 0.63 0.45 0.91 0.94 1.03 0.29 0.24 0.26 0.72 1.28 0.96 0.88
C4 0.81 1.94 0.43 0.37 2.12 0.55 1.65 0.98 1.30 1.34 2.32 2.33 2.07 0.19 0.22 0.61 1.13 2.03 1.62 1.54
C4' 0.23 0.56 0.28 0.23 0.51 0.21 0.60 0.34 0.57 0.33 0.61 0.57 0.88 0.28 0.16 0.18 0.54 0.94 0.79 0.64
C5 0.77 1.74 0.44 0.36 1.76 0.50 1.42 0.85 1.19 1.24 1.95 1.84 1.87 0.19 0.21 0.58 1.03 1.70 1.40 1.31
C5' 0.41 0.41 0.32 0.31 0.43 0.30 0.60 0.32 0.61 0.38 0.41 0.45 0.63 0.39 0.25 0.34 0.52 0.78 0.66 0.55
C6 0.63 1.41 0.44 0.33 1.28 0.40 1.01 0.68 0.87 0.95 1.52 1.34 1.68 0.21 0.19 0.47 0.85 1.44 1.21 1.08
N1 0.59 1.42 0.44 0.33 1.28 0.39 0.96 0.69 0.80 0.89 1.56 1.38 1.76 0.23 0.19 0.44 0.86 1.54 1.28 1.13
N3 0.76 1.88 0.45 0.38 1.98 0.53 1.48 0.95 1.16 1.24 2.23 2.23 2.11 0.20 0.23 0.58 1.10 2.03 1.61 1.51
N4 0.88 2.09 0.43 0.38 2.53 0.61 1.99 1.07 1.53 1.48 2.61 2.85 2.10 0.19 0.24 0.69 1.23 2.25 1.77 1.72
O2 0.62 1.60 0.43 0.34 1.54 0.44 1.11 0.82 0.87 0.98 1.85 1.74 1.95 0.23 0.20 0.46 0.96 1.83 1.48 1.34
O2' 0.35 0.98 0.37 0.27 0.83 0.28 0.69 0.52 0.59 0.53 1.08 0.95 1.38 0.29 0.16 0.27 0.67 1.32 1.08 0.91
O3' 0.27 0.65 0.29 0.40 0.75 0.44 0.74 0.59 0.64 0.39 0.80 0.89 0.91 0.31 0.33 0.33 0.74 1.29 0.96 0.89
O4' 0.35 0.79 0.39 0.24 0.58 0.26 0.59 0.35 0.55 0.45 0.79 0.62 1.16 0.28 0.21 0.29 0.57 0.99 0.90 0.69
O5' 0.25 0.50 0.34 0.14 0.72 0.11 0.77 0.14 0.67 0.43 0.63 0.80 0.58 0.40 0.03 0.15 0.53 0.84 0.56 0.52
OP1 0.36 0.28 0.10 0.05 0.33 0.22 0.47 0.30 0.37 0.14 0.26 0.43 0.56 0.22 0.02 0.34 0.55 1.05 0.60 0.65
OP2 0.17 0.75 0.30 0.08 1.13 0.32 1.16 0.36 0.93 0.60 0.97 1.28 0.75 0.31 0.02 0.17 0.71 1.08 0.83 0.76
P 0.16 0.31 0.17 0.02 0.57 0.18 0.66 0.18 0.53 0.23 0.44 0.67 0.43 0.23 0.01 0.18 0.55 0.88 0.54 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.31 0.01 0.11 0.26 0.33 0.23
C2 0.03 0.00 0.22 0.23 0.03 0.15 0.04 0.27 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.30 0.22 0.23 0.36 0.70 0.46 0.50
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.06 0.02 0.19 0.19 0.25 0.03 0.16 0.07 0.41 0.01 0.03 0.04 0.31 0.48 0.63 0.50
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.36 0.01 0.43 0.03 0.41 0.22 0.28 0.38 0.31 0.02 0.01 0.02 0.29 0.37 0.28 0.21
C4 0.02 0.03 0.06 0.36 0.00 0.17 0.01 0.30 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.40 0.16 0.02 0.36 0.53 0.82 0.39
C4' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.17 0.00 0.31 0.01 0.33 0.10 0.13 0.18 0.34 0.27 0.04 0.01 0.03 0.13 0.28 0.09
C5 0.03 0.04 0.19 0.43 0.01 0.31 0.00 0.52 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.51 0.29 0.18 0.64 0.67 1.13 0.71
C5' 0.05 0.27 0.19 0.03 0.30 0.01 0.52 0.00 0.53 0.16 0.25 0.33 0.57 0.08 0.19 0.01 0.02 0.25 0.35 0.03
C6 0.02 0.01 0.25 0.41 0.03 0.33 0.01 0.53 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.48 0.27 0.25 0.64 0.63 0.96 0.67
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.23 0.12 0.02 0.20 0.35 0.44 0.23
N3 0.03 0.01 0.16 0.28 0.01 0.13 0.01 0.25 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.33 0.14 0.16 0.32 0.71 0.54 0.44
N4 0.03 0.04 0.07 0.38 0.01 0.18 0.04 0.33 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.44 0.20 0.03 0.38 0.59 0.93 0.44
O2 0.05 0.01 0.41 0.31 0.04 0.34 0.04 0.57 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.46 0.43 0.41 0.74 1.12 0.79 0.98
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.40 0.27 0.51 0.08 0.48 0.23 0.33 0.44 0.46 0.00 0.05 0.19 0.22 0.38 0.70 0.42
O3' 0.31 0.22 0.03 0.01 0.16 0.04 0.29 0.19 0.27 0.12 0.14 0.20 0.43 0.05 0.00 0.20 0.40 0.60 0.31 0.34
O4' 0.01 0.23 0.04 0.02 0.02 0.01 0.18 0.01 0.25 0.02 0.16 0.03 0.41 0.19 0.20 0.00 0.16 0.23 0.28 0.23
O5' 0.11 0.36 0.31 0.29 0.36 0.03 0.64 0.02 0.64 0.20 0.32 0.38 0.74 0.22 0.40 0.16 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.26 0.70 0.48 0.37 0.53 0.13 0.67 0.25 0.63 0.35 0.71 0.59 1.12 0.38 0.60 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.46 0.63 0.28 0.82 0.28 1.13 0.35 0.96 0.44 0.54 0.93 0.79 0.70 0.31 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.50 0.50 0.21 0.39 0.09 0.71 0.03 0.67 0.23 0.44 0.44 0.98 0.42 0.34 0.23 0.02 0.01 0.01 0.00