ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54053

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 7, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.019, 0.029, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.029 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.019, 0.028, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.028 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.017, 0.028, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.022, 0.033, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.033 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.028, 0.055, 0.081, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.055 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.184, 0.286, 0.388, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.286 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.236, 0.348, 0.460, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.348 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.165, 0.315, 0.464, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.315 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.349, 0.509, 0.669, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.509 std_dev=0.160
C4' A 0, 0.328, 0.501, 0.675, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.501 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.558, 0.797, 1.036, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.797 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.543, 0.830, 1.117, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.830 std_dev=0.287
C5' A 0, 0.586, 0.883, 1.180, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.883 std_dev=0.297
P A 0, 0.745, 1.106, 1.468, 1.426 max_d=1.426 avg_d=1.106 std_dev=0.362
C2' B 0, 0.782, 1.178, 1.574, 1.503 max_d=1.503 avg_d=1.178 std_dev=0.396
O5' A 0, 0.560, 0.964, 1.369, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.964 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.448, 0.864, 1.279, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.864 std_dev=0.416
OP1 A 0, 0.830, 1.249, 1.669, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.249 std_dev=0.420
OP2 A 0, 0.775, 1.222, 1.668, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.222 std_dev=0.446
O3' B 0, 0.979, 1.494, 2.010, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.494 std_dev=0.515
C3' B 0, 1.113, 1.652, 2.191, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.652 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.915, 1.497, 2.078, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.497 std_dev=0.582
N1 B 0, 0.239, 0.852, 1.465, 2.881 max_d=2.881 avg_d=0.852 std_dev=0.613
C4' B 0, 1.331, 1.987, 2.643, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.987 std_dev=0.656
C6 B 0, 0.873, 1.600, 2.327, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.600 std_dev=0.727
O2 B 0, 0.095, 0.836, 1.578, 3.263 max_d=3.263 avg_d=0.836 std_dev=0.741
O5' B 0, 1.736, 2.508, 3.279, 3.268 max_d=3.268 avg_d=2.508 std_dev=0.771
C2 B 0, 0.053, 0.829, 1.606, 3.511 max_d=3.511 avg_d=0.829 std_dev=0.777
P B 0, 1.646, 2.443, 3.241, 3.444 max_d=3.444 avg_d=2.443 std_dev=0.798
C5' B 0, 1.787, 2.595, 3.403, 3.332 max_d=3.332 avg_d=2.595 std_dev=0.808
OP1 B 0, 1.330, 2.174, 3.018, 3.950 max_d=3.950 avg_d=2.174 std_dev=0.844
OP2 B 0, 1.635, 2.492, 3.348, 3.640 max_d=3.640 avg_d=2.492 std_dev=0.857
C5 B 0, 1.179, 2.122, 3.064, 4.890 max_d=4.890 avg_d=2.122 std_dev=0.943
N3 B 0, 0.621, 1.576, 2.531, 4.692 max_d=4.692 avg_d=1.576 std_dev=0.955
C4 B 0, 1.064, 2.097, 3.131, 5.279 max_d=5.279 avg_d=2.097 std_dev=1.034
N4 B 0, 1.600, 2.853, 4.105, 6.437 max_d=6.437 avg_d=2.853 std_dev=1.252

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.22 0.20 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.10 0.02 0.06 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.02 0.25 0.22 0.26 0.15
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.19 0.26 0.22 0.14
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.01 0.00 0.01 0.29 0.32 0.22 0.21
C4 0.03 0.02 0.04 0.12 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.15 0.03 0.34 0.23 0.31 0.22
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.08 0.11 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.22 0.24 0.03
C5 0.03 0.02 0.03 0.12 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.15 0.03 0.35 0.22 0.29 0.22
C5' 0.05 0.17 0.02 0.02 0.27 0.00 0.29 0.00 0.25 0.17 0.22 0.29 0.12 0.04 0.03 0.02 0.01 0.23 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.03 0.32 0.21 0.25 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.07 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.25 0.21 0.23 0.13
N3 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.30 0.22 0.30 0.19
N4 0.03 0.02 0.04 0.13 0.00 0.11 0.02 0.29 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.16 0.04 0.36 0.24 0.32 0.24
O2 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.03 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.10 0.03 0.20 0.22 0.25 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.09 0.08 0.12 0.00 0.03 0.06 0.04 0.23 0.20 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.15 0.01 0.15 0.03 0.13 0.08 0.13 0.16 0.10 0.03 0.00 0.01 0.27 0.33 0.21 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.15 0.23 0.22 0.09
O5' 0.14 0.25 0.19 0.29 0.34 0.01 0.35 0.01 0.32 0.25 0.30 0.36 0.20 0.04 0.27 0.15 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.22 0.22 0.26 0.32 0.23 0.22 0.22 0.23 0.21 0.21 0.22 0.24 0.22 0.23 0.33 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.26 0.22 0.22 0.31 0.24 0.29 0.35 0.25 0.23 0.30 0.32 0.25 0.20 0.21 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.14 0.21 0.22 0.03 0.22 0.01 0.17 0.13 0.19 0.24 0.12 0.04 0.21 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.44 0.26 0.22 0.57 0.21 0.56 0.19 0.49 0.42 0.51 0.60 0.35 0.34 0.19 0.30 0.20 0.37 0.29 0.10
C2 0.16 0.25 0.21 0.22 0.52 0.10 0.55 0.12 0.44 0.29 0.38 0.60 0.18 0.22 0.18 0.16 0.11 0.61 0.32 0.18
C2' 0.31 0.40 0.26 0.25 0.53 0.21 0.52 0.20 0.45 0.38 0.47 0.57 0.34 0.32 0.24 0.28 0.19 0.48 0.25 0.17
C3' 0.30 0.35 0.25 0.28 0.47 0.25 0.48 0.24 0.42 0.35 0.41 0.51 0.30 0.28 0.31 0.26 0.24 0.46 0.25 0.22
C4 0.14 0.18 0.26 0.32 0.29 0.23 0.45 0.28 0.36 0.17 0.13 0.36 0.41 0.16 0.26 0.15 0.17 0.79 0.37 0.33
C4' 0.34 0.40 0.24 0.22 0.48 0.25 0.48 0.23 0.44 0.39 0.44 0.50 0.36 0.30 0.22 0.31 0.22 0.25 0.25 0.11
C5 0.14 0.17 0.27 0.33 0.24 0.25 0.39 0.28 0.33 0.14 0.11 0.30 0.42 0.17 0.28 0.15 0.14 0.71 0.33 0.28
C5' 0.31 0.32 0.20 0.22 0.40 0.28 0.43 0.24 0.40 0.33 0.34 0.42 0.29 0.25 0.29 0.29 0.22 0.20 0.26 0.11
C6 0.10 0.11 0.22 0.25 0.37 0.14 0.45 0.17 0.38 0.20 0.22 0.41 0.19 0.18 0.22 0.07 0.11 0.55 0.29 0.17
N1 0.19 0.28 0.22 0.21 0.50 0.11 0.53 0.12 0.44 0.31 0.39 0.55 0.17 0.25 0.18 0.17 0.12 0.51 0.30 0.13
N3 0.11 0.12 0.23 0.26 0.43 0.15 0.52 0.19 0.41 0.20 0.22 0.51 0.26 0.18 0.22 0.12 0.14 0.74 0.36 0.28
N4 0.22 0.34 0.29 0.36 0.23 0.31 0.41 0.37 0.35 0.24 0.30 0.26 0.53 0.18 0.30 0.24 0.24 0.91 0.41 0.42
O2 0.23 0.34 0.22 0.20 0.59 0.13 0.59 0.12 0.48 0.35 0.47 0.68 0.25 0.26 0.17 0.24 0.13 0.58 0.32 0.15
O2' 0.39 0.50 0.26 0.21 0.59 0.26 0.57 0.23 0.50 0.46 0.56 0.64 0.47 0.33 0.18 0.38 0.20 0.36 0.26 0.10
O3' 0.32 0.36 0.23 0.27 0.47 0.27 0.48 0.26 0.42 0.36 0.42 0.51 0.34 0.26 0.32 0.28 0.26 0.44 0.25 0.24
O4' 0.36 0.44 0.29 0.23 0.52 0.25 0.53 0.24 0.48 0.43 0.48 0.54 0.36 0.38 0.20 0.33 0.25 0.25 0.30 0.15
O5' 0.33 0.30 0.11 0.06 0.32 0.10 0.34 0.07 0.35 0.33 0.30 0.31 0.28 0.16 0.03 0.25 0.20 0.27 0.22 0.17
OP1 0.18 0.17 0.07 0.04 0.11 0.04 0.12 0.12 0.14 0.14 0.14 0.10 0.23 0.11 0.02 0.08 0.36 0.27 0.19 0.27
OP2 0.21 0.16 0.19 0.04 0.18 0.08 0.21 0.18 0.22 0.17 0.18 0.19 0.17 0.41 0.03 0.09 0.38 0.34 0.14 0.28
P 0.20 0.13 0.09 0.02 0.11 0.03 0.14 0.09 0.17 0.15 0.10 0.09 0.16 0.17 0.01 0.11 0.29 0.20 0.11 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.11 0.01 0.21 0.27 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.18 0.13 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.09 0.18 0.56 0.23 0.19
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.11 0.08 0.14 0.04 0.15 0.10 0.28 0.00 0.01 0.01 0.24 0.25 0.38 0.23
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.14 0.02 0.12 0.08 0.15 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.15 0.07
C4 0.04 0.01 0.09 0.15 0.00 0.14 0.01 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.06 0.05 0.15 0.69 0.24 0.24
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.19 0.07 0.07 0.15 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.17 0.16 0.05
C5 0.04 0.01 0.11 0.14 0.01 0.20 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.07 0.12 0.17 0.59 0.23 0.21
C5' 0.04 0.12 0.08 0.02 0.28 0.01 0.35 0.00 0.31 0.15 0.19 0.30 0.10 0.06 0.02 0.02 0.01 0.18 0.24 0.02
C6 0.04 0.01 0.14 0.12 0.02 0.19 0.01 0.31 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.27 0.08 0.15 0.18 0.43 0.22 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.18 0.43 0.23 0.15
N3 0.03 0.01 0.15 0.15 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.06 0.16 0.67 0.23 0.23
N4 0.04 0.01 0.10 0.16 0.00 0.15 0.02 0.30 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.16 0.06 0.05 0.16 0.77 0.26 0.28
O2 0.04 0.01 0.28 0.14 0.02 0.09 0.02 0.10 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.35 0.12 0.17 0.20 0.52 0.23 0.20
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.14 0.03 0.26 0.06 0.27 0.05 0.11 0.16 0.35 0.00 0.06 0.04 0.23 0.25 0.50 0.27
O3' 0.11 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.12 0.06 0.00 0.07 0.17 0.15 0.12 0.08
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.02 0.15 0.02 0.06 0.05 0.17 0.04 0.07 0.00 0.20 0.22 0.20 0.14
O5' 0.21 0.18 0.24 0.12 0.15 0.01 0.17 0.01 0.18 0.18 0.16 0.16 0.20 0.23 0.17 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.27 0.56 0.25 0.17 0.69 0.17 0.59 0.18 0.43 0.43 0.67 0.77 0.52 0.25 0.15 0.22 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.23 0.38 0.15 0.24 0.16 0.23 0.24 0.22 0.23 0.23 0.26 0.23 0.50 0.12 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.19 0.23 0.07 0.24 0.05 0.21 0.02 0.14 0.15 0.23 0.28 0.20 0.27 0.08 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00