ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54055

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 3, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.026, 0.038, 0.049, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.038 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.024, 0.042, 0.060, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.034, 0.058, 0.082, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.058 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.059, 0.093, 0.127, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.093 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.031, 0.090, 0.148, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.090 std_dev=0.058
C2' B 0, 0.314, 0.581, 0.849, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.581 std_dev=0.267
O2' B 0, 0.387, 0.673, 0.959, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.673 std_dev=0.286
O4' A 0, 0.124, 0.417, 0.709, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.417 std_dev=0.293
C2' A 0, 0.039, 0.401, 0.763, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.401 std_dev=0.362
C5' A 0, 0.389, 0.806, 1.223, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.806 std_dev=0.417
C4' A 0, 0.251, 0.688, 1.125, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.688 std_dev=0.437
C3' A 0, 0.123, 0.743, 1.362, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.743 std_dev=0.619
O2' A 0, 0.078, 0.787, 1.496, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.787 std_dev=0.709
OP2 A 0, 0.343, 1.086, 1.828, 2.765 max_d=2.765 avg_d=1.086 std_dev=0.742
O5' A 0, 0.375, 1.194, 2.013, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.194 std_dev=0.819
P A 0, 0.216, 1.076, 1.937, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.076 std_dev=0.861
C1' B 0, 0.028, 1.017, 2.006, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.017 std_dev=0.989
C3' B 0, 0.126, 1.181, 2.237, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.181 std_dev=1.056
O3' A 0, 0.113, 1.301, 2.489, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.301 std_dev=1.188
OP1 A 0, 0.069, 1.433, 2.796, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.433 std_dev=1.363
N1 B 0, -0.054, 1.479, 3.013, 4.227 max_d=4.227 avg_d=1.479 std_dev=1.534
O4' B 0, -0.110, 1.434, 2.977, 4.392 max_d=4.392 avg_d=1.434 std_dev=1.543
O3' B 0, 0.062, 1.609, 3.155, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.609 std_dev=1.547
C4' B 0, -0.056, 1.550, 3.156, 4.258 max_d=4.258 avg_d=1.550 std_dev=1.606
O5' B 0, -0.111, 1.588, 3.286, 5.510 max_d=5.510 avg_d=1.588 std_dev=1.699
C6 B 0, -0.142, 1.667, 3.475, 4.574 max_d=4.574 avg_d=1.667 std_dev=1.809
OP1 B 0, -0.041, 1.920, 3.881, 6.099 max_d=6.099 avg_d=1.920 std_dev=1.961
C5' B 0, -0.095, 1.882, 3.858, 5.067 max_d=5.067 avg_d=1.882 std_dev=1.977
P B 0, -0.366, 1.616, 3.599, 5.953 max_d=5.953 avg_d=1.616 std_dev=1.982
OP2 B 0, -0.204, 1.806, 3.816, 5.767 max_d=5.767 avg_d=1.806 std_dev=2.010
O2 B 0, 0.076, 2.089, 4.102, 5.750 max_d=5.750 avg_d=2.089 std_dev=2.013
C2 B 0, -0.088, 2.014, 4.115, 5.824 max_d=5.824 avg_d=2.014 std_dev=2.102
C5 B 0, -0.309, 2.252, 4.813, 6.303 max_d=6.303 avg_d=2.252 std_dev=2.561
N3 B 0, -0.271, 2.612, 5.495, 7.565 max_d=7.565 avg_d=2.612 std_dev=2.883
C4 B 0, -0.399, 2.690, 5.778, 7.656 max_d=7.656 avg_d=2.690 std_dev=3.089
N4 B 0, -0.579, 3.332, 7.243, 9.563 max_d=9.563 avg_d=3.332 std_dev=3.911

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.15 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.02 0.42 0.01 0.21 0.33 0.67 0.22
C2 0.05 0.00 0.12 0.22 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.29 0.28 0.10 0.53 0.55 0.45 0.34
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.29 0.16 0.02 0.08 0.05 0.22 0.00 0.06 0.02 0.22 0.86 1.07 0.65
C3' 0.04 0.22 0.01 0.00 0.34 0.01 0.34 0.03 0.27 0.20 0.29 0.38 0.11 0.02 0.02 0.02 0.08 0.50 0.46 0.26
C4 0.03 0.02 0.04 0.34 0.00 0.12 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.41 0.18 0.04 0.82 0.77 0.40 0.64
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.12 0.06 0.08 0.13 0.07 0.31 0.02 0.01 0.02 0.12 0.46 0.09
C5 0.02 0.02 0.13 0.34 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.38 0.18 0.05 0.84 0.73 0.39 0.65
C5' 0.15 0.15 0.29 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.20 0.16 0.16 0.20 0.17 0.11 0.26 0.03 0.01 0.35 0.46 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.27 0.02 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.15 0.07 0.70 0.53 0.41 0.45
N1 0.01 0.02 0.02 0.20 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.23 0.22 0.02 0.51 0.43 0.50 0.29
N3 0.04 0.01 0.08 0.29 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.37 0.21 0.08 0.69 0.68 0.39 0.50
N4 0.04 0.02 0.05 0.38 0.01 0.13 0.02 0.20 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.44 0.20 0.04 0.90 0.89 0.47 0.75
O2 0.09 0.01 0.22 0.11 0.02 0.07 0.03 0.17 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.26 0.45 0.18 0.36 0.55 0.51 0.24
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.41 0.31 0.38 0.11 0.30 0.23 0.37 0.44 0.26 0.00 0.08 0.23 0.17 0.94 1.13 0.67
O3' 0.42 0.28 0.06 0.02 0.18 0.02 0.18 0.26 0.15 0.22 0.21 0.20 0.45 0.08 0.00 0.31 0.22 0.43 0.30 0.25
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.04 0.18 0.23 0.31 0.00 0.30 0.25 0.46 0.23
O5' 0.21 0.53 0.22 0.08 0.82 0.02 0.84 0.01 0.70 0.51 0.69 0.90 0.36 0.17 0.22 0.30 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.33 0.55 0.86 0.50 0.77 0.12 0.73 0.35 0.53 0.43 0.68 0.89 0.55 0.94 0.43 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.67 0.45 1.07 0.46 0.40 0.46 0.39 0.46 0.41 0.50 0.39 0.47 0.51 1.13 0.30 0.46 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.34 0.65 0.26 0.64 0.09 0.65 0.02 0.45 0.29 0.50 0.75 0.24 0.67 0.25 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 1.61 0.24 0.70 2.26 0.44 1.86 0.55 1.31 1.12 2.14 2.62 1.50 0.27 1.09 0.23 0.76 1.16 1.22 0.95
C2 0.59 1.63 0.25 0.54 2.36 0.26 2.10 0.62 1.50 1.21 2.12 2.76 1.64 0.29 0.86 0.42 1.05 1.59 1.61 1.35
C2' 0.47 1.55 0.17 0.60 2.15 0.45 1.79 0.65 1.29 1.10 2.05 2.51 1.45 0.33 1.00 0.20 0.84 1.24 1.31 1.03
C3' 0.19 1.32 0.28 1.05 1.86 0.94 1.40 1.08 0.90 0.78 1.85 2.24 1.26 0.23 1.44 0.30 0.79 1.11 0.70 0.74
C4 0.52 1.41 0.26 0.41 1.71 0.29 1.63 0.75 1.22 0.97 1.68 1.91 1.61 0.28 0.63 0.41 1.22 1.78 1.76 1.56
C4' 0.35 1.53 0.16 0.83 1.95 0.69 1.50 0.79 1.04 0.98 2.00 2.25 1.47 0.25 1.26 0.12 0.61 0.81 0.69 0.57
C5 0.44 1.20 0.27 0.48 1.38 0.30 1.30 0.65 1.00 0.83 1.37 1.49 1.38 0.28 0.68 0.27 1.08 1.50 1.49 1.31
C5' 0.33 1.25 0.19 0.78 1.52 0.76 1.17 0.86 0.83 0.80 1.58 1.73 1.23 0.43 1.24 0.25 0.61 0.60 0.47 0.44
C6 0.42 1.23 0.26 0.62 1.61 0.37 1.45 0.57 1.09 0.90 1.51 1.76 1.27 0.29 0.89 0.21 0.89 1.27 1.28 1.08
N1 0.50 1.51 0.24 0.62 2.13 0.34 1.86 0.57 1.34 1.11 1.96 2.42 1.48 0.29 0.95 0.29 0.91 1.36 1.39 1.14
N3 0.58 1.55 0.26 0.46 2.13 0.26 1.99 0.71 1.43 1.13 1.95 2.47 1.67 0.29 0.73 0.47 1.18 1.77 1.76 1.53
N4 0.50 1.44 0.25 0.31 1.59 0.35 1.39 0.88 1.05 0.89 1.73 1.79 1.69 0.26 0.47 0.45 1.35 1.98 1.93 1.76
O2 0.64 1.77 0.24 0.55 2.61 0.25 2.26 0.61 1.60 1.30 2.36 3.15 1.73 0.28 0.89 0.47 1.04 1.60 1.62 1.35
O2' 0.42 1.50 0.14 0.62 2.30 0.42 1.97 0.55 1.39 1.09 2.08 2.76 1.34 0.21 1.10 0.20 0.87 1.26 1.58 1.16
O3' 0.33 1.65 0.19 1.04 2.36 0.92 1.82 1.06 1.21 1.05 2.31 2.86 1.52 0.25 1.51 0.23 0.73 1.07 0.70 0.67
O4' 0.44 1.64 0.24 0.77 2.15 0.53 1.70 0.58 1.21 1.10 2.15 2.44 1.52 0.26 1.18 0.20 0.60 0.88 0.91 0.69
O5' 0.66 0.48 0.81 1.55 0.70 1.60 0.50 1.72 0.49 0.37 0.75 0.90 0.53 0.40 1.87 1.08 1.28 1.18 0.60 1.02
OP1 1.37 0.56 1.16 1.96 0.33 2.34 0.60 2.42 0.89 0.92 0.29 0.36 0.65 0.62 2.50 1.92 1.80 1.41 0.95 1.44
OP2 0.61 0.39 0.47 1.29 0.67 1.63 0.67 1.78 0.61 0.45 0.59 0.82 0.36 0.46 1.57 1.18 1.23 1.05 0.64 0.95
P 1.07 0.26 0.95 1.80 0.27 2.05 0.50 2.12 0.73 0.67 0.15 0.36 0.27 0.30 2.24 1.60 1.57 1.22 0.79 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.26 0.01 0.19 0.21 0.44 0.16
C2 0.03 0.00 0.13 0.18 0.01 0.06 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.25 0.18 0.09 0.32 0.36 0.45 0.26
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.02 0.18 0.17 0.21 0.04 0.09 0.10 0.28 0.00 0.02 0.03 0.47 0.60 0.58 0.47
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.21 0.13 0.20 0.21 0.23 0.02 0.01 0.01 0.24 0.47 0.37 0.25
C4 0.03 0.01 0.09 0.20 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.09 0.04 0.36 0.40 0.46 0.31
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.07 0.11 0.08 0.21 0.03 0.01 0.01 0.23 0.38 0.11
C5 0.02 0.02 0.18 0.22 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.39 0.15 0.06 0.34 0.28 0.43 0.25
C5' 0.06 0.15 0.17 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.24 0.14 0.19 0.25 0.13 0.09 0.17 0.03 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.21 0.21 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.34 0.16 0.08 0.32 0.17 0.41 0.19
N1 0.01 0.02 0.04 0.13 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.21 0.14 0.03 0.27 0.20 0.43 0.18
N3 0.03 0.01 0.09 0.20 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.32 0.13 0.07 0.36 0.44 0.48 0.32
N4 0.04 0.02 0.10 0.21 0.01 0.11 0.02 0.25 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.42 0.09 0.05 0.38 0.49 0.49 0.35
O2 0.05 0.01 0.28 0.23 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.27 0.31 0.13 0.32 0.40 0.46 0.28
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.38 0.21 0.39 0.09 0.34 0.21 0.32 0.42 0.27 0.00 0.08 0.13 0.35 0.55 0.63 0.41
O3' 0.26 0.18 0.02 0.01 0.09 0.03 0.15 0.17 0.16 0.14 0.13 0.09 0.31 0.08 0.00 0.18 0.14 0.39 0.38 0.20
O4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.07 0.05 0.13 0.13 0.18 0.00 0.12 0.14 0.54 0.24
O5' 0.19 0.32 0.47 0.24 0.36 0.01 0.34 0.01 0.32 0.27 0.36 0.38 0.32 0.35 0.14 0.12 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.21 0.36 0.60 0.47 0.40 0.23 0.28 0.20 0.17 0.20 0.44 0.49 0.40 0.55 0.39 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.44 0.45 0.58 0.37 0.46 0.38 0.43 0.26 0.41 0.43 0.48 0.49 0.46 0.63 0.38 0.54 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.26 0.47 0.25 0.31 0.11 0.25 0.02 0.19 0.18 0.32 0.35 0.28 0.41 0.20 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00