ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54056

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 1, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.030, 0.052, 0.075, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.052 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.036, 0.073, 0.111, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.073 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.045, 0.110, 0.176, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.110 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.037, 0.104, 0.171, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.046, 0.135, 0.224, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.135 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.025, 0.124, 0.222, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.124 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.117, 0.225, 0.332, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.225 std_dev=0.107
O3' A 0, 0.126, 0.264, 0.402, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.264 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.074, 0.221, 0.367, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.221 std_dev=0.147
O3' B 0, 0.154, 0.304, 0.455, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.304 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.168, 0.355, 0.541, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.355 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.074, 0.300, 0.527, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.300 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.166, 0.412, 0.658, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.412 std_dev=0.246
P A 0, 0.138, 0.385, 0.631, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.385 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.085, 0.386, 0.686, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.386 std_dev=0.300
OP2 A 0, 0.147, 0.516, 0.885, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.516 std_dev=0.369
OP1 A 0, 0.137, 0.553, 0.969, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.553 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.106, 0.533, 0.960, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.533 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.060, 0.596, 1.132, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.596 std_dev=0.536
C5' B 0, 0.066, 0.779, 1.492, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.779 std_dev=0.713
C1' B 0, 0.039, 0.829, 1.619, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.829 std_dev=0.790
O5' B 0, -0.062, 1.168, 2.399, 3.068 max_d=3.068 avg_d=1.168 std_dev=1.231
N1 B 0, -0.006, 1.274, 2.554, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.274 std_dev=1.280
C6 B 0, 0.033, 1.460, 2.888, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.460 std_dev=1.427
C2 B 0, -0.083, 1.771, 3.624, 4.527 max_d=4.527 avg_d=1.771 std_dev=1.853
P B 0, -0.152, 1.790, 3.732, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.790 std_dev=1.942
O2 B 0, -0.126, 1.882, 3.890, 4.901 max_d=4.901 avg_d=1.882 std_dev=2.008
C5 B 0, -0.001, 2.040, 4.082, 4.967 max_d=4.967 avg_d=2.040 std_dev=2.042
OP2 B 0, -0.160, 2.124, 4.407, 5.311 max_d=5.311 avg_d=2.124 std_dev=2.283
OP1 B 0, -0.208, 2.127, 4.462, 5.440 max_d=5.440 avg_d=2.127 std_dev=2.335
N3 B 0, -0.106, 2.262, 4.630, 5.797 max_d=5.797 avg_d=2.262 std_dev=2.368
C4 B 0, -0.069, 2.381, 4.831, 5.997 max_d=5.997 avg_d=2.381 std_dev=2.450
N4 B 0, -0.099, 2.962, 6.023, 7.513 max_d=7.513 avg_d=2.962 std_dev=3.061

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.10 0.21 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.09 0.13 0.31 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.10 0.11 0.21 0.14
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.12 0.17 0.34 0.14
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.15 0.18 0.30 0.14
C5' 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.15 0.16 0.25 0.12
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.10 0.13 0.26 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.10 0.15 0.34 0.14
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.13 0.19 0.36 0.15
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.05 0.08 0.12 0.31 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.10 0.00 0.04 0.01 0.11 0.12 0.24 0.16
O3' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.07 0.04 0.00 0.04 0.07 0.06 0.08 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.11 0.16 0.10
O5' 0.07 0.09 0.10 0.06 0.12 0.02 0.15 0.01 0.15 0.10 0.10 0.13 0.08 0.11 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.13 0.11 0.06 0.17 0.07 0.18 0.07 0.16 0.13 0.15 0.19 0.12 0.12 0.06 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.31 0.21 0.08 0.34 0.05 0.30 0.05 0.25 0.26 0.34 0.36 0.31 0.24 0.08 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.14 0.07 0.14 0.04 0.14 0.01 0.12 0.11 0.14 0.15 0.13 0.16 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.76 1.18 0.26 0.14 0.87 0.10 0.53 0.55 0.47 0.80 1.16 0.89 1.49 0.19 0.18 0.53 0.94 1.73 1.11 1.29
C2 0.79 1.50 0.25 0.14 1.35 0.20 0.97 0.70 0.79 1.04 1.60 1.45 1.76 0.17 0.15 0.43 0.82 1.52 0.83 1.10
C2' 0.67 1.09 0.20 0.14 0.74 0.10 0.38 0.49 0.32 0.69 1.06 0.75 1.44 0.20 0.15 0.46 0.87 1.69 1.06 1.23
C3' 0.60 0.87 0.18 0.12 0.45 0.16 0.14 0.41 0.12 0.52 0.79 0.43 1.24 0.24 0.14 0.47 0.95 1.85 1.30 1.38
C4 0.74 1.65 0.25 0.18 1.63 0.36 1.25 0.71 1.00 1.17 1.83 1.77 1.84 0.19 0.15 0.29 0.57 1.07 0.41 0.71
C4' 0.59 0.76 0.21 0.15 0.33 0.23 0.09 0.39 0.09 0.46 0.65 0.29 1.10 0.23 0.19 0.50 1.02 1.90 1.40 1.45
C5 0.77 1.53 0.25 0.18 1.41 0.33 1.08 0.65 0.90 1.10 1.61 1.49 1.73 0.18 0.15 0.33 0.53 0.98 0.38 0.64
C5' 0.43 0.48 0.15 0.12 0.11 0.23 0.29 0.30 0.21 0.23 0.34 0.14 0.82 0.22 0.16 0.39 0.94 1.72 1.35 1.34
C6 0.79 1.33 0.25 0.14 1.12 0.18 0.81 0.61 0.69 0.96 1.35 1.17 1.58 0.15 0.14 0.44 0.68 1.23 0.64 0.87
N1 0.79 1.35 0.25 0.13 1.12 0.13 0.77 0.64 0.65 0.94 1.38 1.18 1.62 0.16 0.15 0.47 0.83 1.51 0.86 1.10
N3 0.76 1.62 0.25 0.16 1.58 0.29 1.18 0.73 0.94 1.14 1.79 1.72 1.84 0.18 0.15 0.35 0.70 1.32 0.61 0.92
N4 0.66 1.75 0.24 0.21 1.87 0.44 1.46 0.72 1.14 1.22 2.03 2.07 1.86 0.23 0.16 0.19 0.44 0.88 0.23 0.53
O2 0.79 1.48 0.25 0.13 1.32 0.16 0.92 0.69 0.75 1.02 1.58 1.43 1.76 0.17 0.16 0.45 0.89 1.69 0.98 1.23
O2' 0.69 1.21 0.19 0.14 0.89 0.10 0.50 0.52 0.41 0.77 1.21 0.93 1.57 0.19 0.15 0.45 0.86 1.72 1.04 1.23
O3' 0.66 0.96 0.21 0.15 0.53 0.22 0.19 0.41 0.19 0.59 0.88 0.51 1.33 0.22 0.17 0.54 1.01 1.99 1.44 1.50
O4' 0.73 0.98 0.28 0.18 0.63 0.19 0.34 0.49 0.33 0.67 0.91 0.61 1.27 0.22 0.23 0.57 1.00 1.80 1.25 1.38
O5' 0.31 0.43 0.08 0.05 0.13 0.11 0.33 0.40 0.28 0.16 0.32 0.16 0.77 0.19 0.01 0.23 0.80 1.45 1.07 1.11
OP1 0.06 0.19 0.09 0.07 0.67 0.19 0.89 0.30 0.78 0.36 0.37 0.76 0.22 0.20 0.02 0.17 0.58 1.07 1.00 0.90
OP2 0.26 0.32 0.26 0.07 0.15 0.09 0.41 0.15 0.39 0.14 0.20 0.19 0.65 0.42 0.01 0.17 0.35 0.86 0.50 0.56
P 0.18 0.22 0.13 0.02 0.23 0.06 0.47 0.24 0.43 0.06 0.10 0.28 0.53 0.24 0.00 0.12 0.54 1.03 0.76 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.29 0.00 0.44 0.42 0.33 0.40
C2 0.02 0.00 0.11 0.04 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.37 0.36 0.10 0.51 0.49 0.44 0.49
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.18 0.03 0.04 0.11 0.09 0.14 0.00 0.05 0.02 0.48 0.42 0.50 0.46
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.21 0.00 0.32 0.01 0.32 0.13 0.09 0.23 0.13 0.01 0.01 0.01 0.05 0.26 0.21 0.11
C4 0.01 0.00 0.08 0.21 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.09 0.04 0.59 0.57 0.55 0.62
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.07 0.06 0.09 0.12 0.07 0.23 0.05 0.00 0.02 0.21 0.18 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.15 0.07 0.63 0.62 0.58 0.69
C5' 0.06 0.13 0.18 0.01 0.19 0.01 0.16 0.00 0.11 0.09 0.18 0.22 0.12 0.05 0.19 0.02 0.01 0.33 0.30 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.32 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.15 0.10 0.64 0.59 0.52 0.66
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.16 0.01 0.54 0.51 0.43 0.52
N3 0.02 0.00 0.11 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.42 0.27 0.09 0.54 0.52 0.49 0.55
N4 0.01 0.01 0.09 0.23 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.08 0.05 0.58 0.58 0.57 0.63
O2 0.04 0.00 0.14 0.13 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.39 0.59 0.15 0.44 0.43 0.39 0.41
O2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.37 0.23 0.26 0.05 0.17 0.22 0.42 0.41 0.39 0.00 0.06 0.16 0.29 0.24 0.52 0.31
O3' 0.29 0.36 0.05 0.01 0.09 0.05 0.15 0.19 0.15 0.16 0.27 0.08 0.59 0.06 0.00 0.19 0.48 0.70 0.54 0.54
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.09 0.05 0.15 0.16 0.19 0.00 0.35 0.40 0.14 0.31
O5' 0.44 0.51 0.48 0.05 0.59 0.02 0.63 0.01 0.64 0.54 0.54 0.58 0.44 0.29 0.48 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.42 0.49 0.42 0.26 0.57 0.21 0.62 0.33 0.59 0.51 0.52 0.58 0.43 0.24 0.70 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.44 0.50 0.21 0.55 0.18 0.58 0.30 0.52 0.43 0.49 0.57 0.39 0.52 0.54 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.40 0.49 0.46 0.11 0.62 0.02 0.69 0.01 0.66 0.52 0.55 0.63 0.41 0.31 0.54 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00