ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54057

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.022, 0.035, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.020, 0.036, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.025, 0.042, 0.060, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.030, 0.050, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.050 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.027, 0.049, 0.070, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.049 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.077, 0.124, 0.172, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.124 std_dev=0.048
N4 A 0, 0.037, 0.101, 0.164, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.101 std_dev=0.064
O2' B 0, 0.137, 0.302, 0.468, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.302 std_dev=0.165
O4' A 0, 0.245, 0.438, 0.632, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.438 std_dev=0.194
C2' A 0, 0.209, 0.431, 0.653, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.431 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.609, 1.037, 1.464, 1.648 max_d=1.648 avg_d=1.037 std_dev=0.427
C4' A 0, 0.801, 1.235, 1.668, 1.737 max_d=1.737 avg_d=1.235 std_dev=0.433
O2' A 0, 0.870, 1.352, 1.833, 1.801 max_d=1.801 avg_d=1.352 std_dev=0.481
C3' A 0, 0.985, 1.489, 1.993, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.489 std_dev=0.504
C5' A 0, 0.992, 1.597, 2.201, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.597 std_dev=0.604
O5' A 0, 0.817, 1.442, 2.067, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.442 std_dev=0.625
O3' A 0, 1.780, 2.660, 3.541, 3.223 max_d=3.223 avg_d=2.660 std_dev=0.881
P A 0, 1.445, 2.351, 3.257, 3.357 max_d=3.357 avg_d=2.351 std_dev=0.906
C3' B 0, 1.393, 2.331, 3.270, 3.381 max_d=3.381 avg_d=2.331 std_dev=0.938
OP2 A 0, 1.563, 2.618, 3.672, 3.838 max_d=3.838 avg_d=2.618 std_dev=1.054
C1' B 0, 0.835, 1.977, 3.118, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.977 std_dev=1.141
C6 B 0, 2.197, 3.371, 4.544, 4.570 max_d=4.570 avg_d=3.371 std_dev=1.174
O3' B 0, 2.142, 3.341, 4.541, 4.454 max_d=4.454 avg_d=3.341 std_dev=1.199
N1 B 0, 1.540, 2.850, 4.160, 4.704 max_d=4.704 avg_d=2.850 std_dev=1.310
O5' B 0, 2.029, 3.349, 4.669, 5.483 max_d=5.483 avg_d=3.349 std_dev=1.320
C5' B 0, 2.506, 3.840, 5.173, 5.382 max_d=5.382 avg_d=3.840 std_dev=1.334
C4' B 0, 1.864, 3.221, 4.577, 4.875 max_d=4.875 avg_d=3.221 std_dev=1.357
OP1 A 0, 1.892, 3.308, 4.724, 5.955 max_d=5.955 avg_d=3.308 std_dev=1.416
O4' B 0, 1.539, 3.033, 4.527, 5.159 max_d=5.159 avg_d=3.033 std_dev=1.494
C5 B 0, 2.900, 4.467, 6.035, 5.865 max_d=5.865 avg_d=4.467 std_dev=1.568
OP1 B 0, 2.052, 3.773, 5.494, 7.153 max_d=7.153 avg_d=3.773 std_dev=1.721
C2 B 0, 1.706, 3.642, 5.577, 6.561 max_d=6.561 avg_d=3.642 std_dev=1.936
P B 0, 1.269, 3.245, 5.221, 6.684 max_d=6.684 avg_d=3.245 std_dev=1.976
OP2 B 0, 1.284, 3.270, 5.255, 6.501 max_d=6.501 avg_d=3.270 std_dev=1.985
C4 B 0, 3.067, 5.203, 7.338, 7.961 max_d=7.961 avg_d=5.203 std_dev=2.135
O2 B 0, 1.398, 3.533, 5.669, 6.851 max_d=6.851 avg_d=3.533 std_dev=2.136
N3 B 0, 2.543, 4.866, 7.189, 8.219 max_d=8.219 avg_d=4.866 std_dev=2.323
N4 B 0, 3.811, 6.442, 9.073, 9.819 max_d=9.819 avg_d=6.442 std_dev=2.631

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.00 0.32 0.38 0.23 0.27
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.14 0.05 0.52 0.68 0.46 0.53
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.16 0.00 0.05 0.01 0.31 0.38 0.25 0.25
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.19 0.04 0.18 0.09 0.13 0.17 0.15 0.08 0.01 0.02 0.32 0.45 0.21 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.09 0.65 0.98 0.92 0.80
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.11 0.18 0.07 0.11 0.03 0.01 0.05 0.28 0.47 0.13
C5 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.21 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.18 0.10 0.65 0.96 0.96 0.82
C5' 0.03 0.14 0.04 0.04 0.30 0.01 0.35 0.00 0.30 0.16 0.22 0.33 0.07 0.11 0.07 0.02 0.01 0.45 0.41 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.20 0.01 0.30 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.17 0.09 0.58 0.73 0.67 0.65
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.08 0.05 0.48 0.59 0.40 0.48
N3 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.07 0.60 0.86 0.70 0.67
N4 0.03 0.02 0.10 0.17 0.01 0.18 0.02 0.33 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.16 0.10 0.68 1.11 1.09 0.89
O2 0.04 0.00 0.16 0.15 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.22 0.04 0.46 0.60 0.33 0.44
O2' 0.04 0.12 0.00 0.08 0.12 0.11 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.14 0.16 0.00 0.14 0.07 0.19 0.28 0.52 0.21
O3' 0.07 0.14 0.05 0.01 0.14 0.03 0.18 0.07 0.17 0.08 0.14 0.16 0.22 0.14 0.00 0.04 0.24 0.47 0.44 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.07 0.10 0.04 0.07 0.04 0.00 0.22 0.34 0.37 0.21
O5' 0.32 0.52 0.31 0.32 0.65 0.05 0.65 0.01 0.58 0.48 0.60 0.68 0.46 0.19 0.24 0.22 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.38 0.68 0.38 0.45 0.98 0.28 0.96 0.45 0.73 0.59 0.86 1.11 0.60 0.28 0.47 0.34 0.05 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.46 0.25 0.21 0.92 0.47 0.96 0.41 0.67 0.40 0.70 1.09 0.33 0.52 0.44 0.37 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.53 0.25 0.22 0.80 0.13 0.82 0.03 0.65 0.48 0.67 0.89 0.44 0.21 0.15 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 1.40 0.30 0.60 1.04 0.43 0.48 0.73 0.34 0.63 1.53 1.17 1.90 0.14 0.60 0.12 0.96 1.46 1.10 1.13
C2 0.55 1.88 0.42 0.74 1.57 0.59 0.78 0.99 0.53 0.94 2.14 1.79 2.37 0.11 0.62 0.32 1.22 2.02 1.45 1.53
C2' 0.30 1.36 0.34 0.65 1.10 0.54 0.50 0.82 0.30 0.61 1.54 1.28 1.80 0.18 0.67 0.14 0.97 1.49 1.09 1.13
C3' 0.27 1.14 0.42 0.71 0.98 0.66 0.46 0.82 0.24 0.52 1.31 1.15 1.48 0.30 0.82 0.31 0.85 1.24 0.96 0.96
C4 0.62 1.93 0.49 0.88 1.79 0.80 0.97 1.22 0.68 1.05 2.28 2.03 2.24 0.12 0.72 0.49 1.40 2.35 1.64 1.79
C4' 0.34 1.00 0.40 0.51 0.79 0.45 0.41 0.51 0.28 0.49 1.09 0.90 1.33 0.36 0.67 0.30 0.60 0.93 0.83 0.72
C5 0.53 1.64 0.50 0.93 1.43 0.85 0.75 1.21 0.54 0.88 1.87 1.57 1.94 0.13 0.78 0.49 1.38 2.07 1.43 1.62
C5' 0.38 0.76 0.52 0.60 0.70 0.61 0.47 0.59 0.36 0.45 0.85 0.79 0.95 0.50 0.85 0.45 0.55 0.82 0.91 0.70
C6 0.40 1.47 0.45 0.85 1.16 0.73 0.55 1.03 0.39 0.71 1.61 1.28 1.86 0.13 0.74 0.35 1.20 1.72 1.22 1.36
N1 0.43 1.62 0.39 0.73 1.27 0.58 0.60 0.92 0.41 0.78 1.79 1.42 2.10 0.12 0.65 0.24 1.14 1.74 1.26 1.34
N3 0.62 2.01 0.47 0.81 1.80 0.69 0.94 1.12 0.65 1.06 2.36 2.07 2.43 0.12 0.65 0.42 1.33 2.28 1.61 1.71
N4 0.67 1.96 0.50 0.91 2.01 0.86 1.16 1.31 0.81 1.12 2.41 2.34 2.18 0.13 0.74 0.58 1.46 2.61 1.81 1.96
O2 0.55 1.89 0.39 0.68 1.58 0.51 0.78 0.92 0.53 0.94 2.17 1.82 2.43 0.11 0.58 0.30 1.18 1.99 1.44 1.49
O2' 0.34 1.30 0.26 0.53 1.02 0.38 0.47 0.65 0.31 0.58 1.46 1.19 1.78 0.22 0.60 0.17 0.88 1.40 1.09 1.06
O3' 0.30 1.08 0.44 0.68 0.98 0.67 0.50 0.80 0.29 0.51 1.27 1.17 1.38 0.39 0.84 0.37 0.82 1.22 1.05 0.96
O4' 0.32 1.14 0.28 0.47 0.80 0.32 0.38 0.50 0.29 0.52 1.20 0.88 1.59 0.17 0.55 0.17 0.72 1.06 0.86 0.82
O5' 0.40 0.76 0.57 0.92 0.72 0.87 0.45 0.85 0.30 0.41 0.87 0.85 0.95 0.44 1.19 0.59 0.78 0.96 0.95 0.83
OP1 0.50 0.31 0.38 1.03 0.76 1.04 0.74 0.97 0.52 0.29 0.57 0.96 0.33 0.31 1.58 0.77 0.85 1.33 1.42 1.12
OP2 0.81 0.91 0.87 1.31 1.30 1.34 1.35 1.52 1.23 0.98 1.11 1.40 0.68 0.75 1.32 1.08 1.66 1.83 2.11 1.84
P 0.64 0.50 0.64 1.25 0.78 1.22 0.80 1.21 0.72 0.56 0.65 0.88 0.41 0.31 1.62 0.95 1.19 1.36 1.49 1.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.33 0.00 0.21 0.25 0.26 0.25
C2 0.01 0.00 0.22 0.24 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.20 0.18 0.28 0.30 0.37 0.33
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.11 0.02 0.30 0.23 0.37 0.07 0.15 0.12 0.45 0.01 0.04 0.02 0.50 0.54 0.59 0.52
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.27 0.00 0.27 0.03 0.25 0.16 0.28 0.30 0.29 0.04 0.00 0.03 0.13 0.44 0.40 0.27
C4 0.01 0.01 0.11 0.27 0.00 0.13 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.17 0.04 0.42 0.33 0.44 0.35
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.17 0.07 0.10 0.14 0.11 0.26 0.05 0.01 0.03 0.30 0.15 0.12
C5 0.01 0.01 0.30 0.27 0.01 0.17 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.51 0.23 0.14 0.47 0.28 0.49 0.30
C5' 0.11 0.26 0.23 0.03 0.34 0.01 0.36 0.00 0.32 0.23 0.30 0.36 0.25 0.08 0.21 0.03 0.01 0.19 0.05 0.02
C6 0.01 0.00 0.37 0.25 0.01 0.17 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.24 0.19 0.43 0.24 0.44 0.25
N1 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.02 0.30 0.26 0.32 0.27
N3 0.01 0.00 0.15 0.28 0.00 0.10 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.13 0.34 0.34 0.42 0.37
N4 0.01 0.01 0.12 0.30 0.01 0.14 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.37 0.19 0.05 0.45 0.37 0.47 0.38
O2 0.02 0.01 0.45 0.29 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.48 0.32 0.30 0.23 0.30 0.39 0.35
O2' 0.04 0.22 0.01 0.04 0.34 0.26 0.51 0.08 0.50 0.20 0.23 0.37 0.48 0.00 0.08 0.17 0.40 0.49 0.67 0.47
O3' 0.33 0.20 0.04 0.00 0.17 0.05 0.23 0.21 0.24 0.19 0.17 0.19 0.32 0.08 0.00 0.23 0.17 0.66 0.62 0.41
O4' 0.00 0.18 0.02 0.03 0.04 0.01 0.14 0.03 0.19 0.02 0.13 0.05 0.30 0.17 0.23 0.00 0.15 0.25 0.29 0.30
O5' 0.21 0.28 0.50 0.13 0.42 0.03 0.47 0.01 0.43 0.30 0.34 0.45 0.23 0.40 0.17 0.15 0.00 0.05 0.04 0.01
OP1 0.25 0.30 0.54 0.44 0.33 0.30 0.28 0.19 0.24 0.26 0.34 0.37 0.30 0.49 0.66 0.25 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.37 0.59 0.40 0.44 0.15 0.49 0.05 0.44 0.32 0.42 0.47 0.39 0.67 0.62 0.29 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.33 0.52 0.27 0.35 0.12 0.30 0.02 0.25 0.27 0.37 0.38 0.35 0.47 0.41 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00