ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.050, 0.126, 0.202, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.126 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.069, 0.153, 0.237, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.153 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.049, 0.144, 0.239, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.144 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.079, 0.205, 0.332, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.205 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.009, 0.144, 0.280, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.144 std_dev=0.136
C5' B 0, 0.238, 0.416, 0.593, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.416 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.069, 0.263, 0.457, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.263 std_dev=0.194
C5' A 0, 0.109, 0.317, 0.525, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.317 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.152, 0.373, 0.595, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.373 std_dev=0.222
C4' B 0, 0.241, 0.475, 0.709, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.475 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.258, 0.507, 0.756, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.507 std_dev=0.249
O3' B 0, 0.288, 0.543, 0.798, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.543 std_dev=0.255
P B 0, 0.260, 0.525, 0.791, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.525 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.313, 0.579, 0.845, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.579 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.317, 0.600, 0.882, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.600 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.245, 0.541, 0.836, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.541 std_dev=0.295
P A 0, 0.182, 0.489, 0.796, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.489 std_dev=0.307
OP2 A 0, 0.283, 0.622, 0.961, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.622 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.339, 0.680, 1.022, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.680 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.257, 0.624, 0.991, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.624 std_dev=0.367
O4' B 0, 0.277, 0.654, 1.030, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.654 std_dev=0.376
N1 B 0, 0.404, 0.816, 1.228, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.816 std_dev=0.412
O2 B 0, 0.472, 0.892, 1.312, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.892 std_dev=0.420
C2 B 0, 0.478, 0.915, 1.353, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.915 std_dev=0.438
C6 B 0, 0.409, 0.877, 1.345, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.877 std_dev=0.468
OP1 B 0, 0.149, 0.631, 1.112, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.631 std_dev=0.481
O5' B 0, 0.194, 0.678, 1.163, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.678 std_dev=0.484
N3 B 0, 0.556, 1.061, 1.565, 1.665 max_d=1.665 avg_d=1.061 std_dev=0.505
C5 B 0, 0.486, 1.029, 1.573, 1.740 max_d=1.740 avg_d=1.029 std_dev=0.543
C4 B 0, 0.562, 1.113, 1.663, 1.800 max_d=1.800 avg_d=1.113 std_dev=0.551
N4 B 0, 0.650, 1.269, 1.888, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.269 std_dev=0.619

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04
C3' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.14 0.11 0.12 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.13 0.10 0.11 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.07 0.10 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.12 0.08 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.07 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.13 0.11 0.11 0.11
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.14 0.12 0.14 0.13
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.02 0.09 0.08 0.09 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.04 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.06
O3' 0.06 0.09 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.08 0.07 0.12 0.03 0.00 0.02 0.03 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05
O5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.14 0.00 0.13 0.01 0.12 0.10 0.13 0.14 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.09 0.03 0.08 0.11 0.05 0.10 0.04 0.08 0.07 0.11 0.12 0.08 0.04 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.09 0.04 0.06 0.12 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.11 0.14 0.09 0.07 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.04 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.07 0.06 0.11 0.13 0.08 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.06 0.09 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.13 0.12 0.14 0.10 0.07 0.08 0.20 0.49 0.26 0.20 0.13
C2 0.20 0.20 0.13 0.15 0.24 0.21 0.26 0.19 0.25 0.23 0.21 0.25 0.17 0.06 0.07 0.29 0.41 0.28 0.23 0.12
C2' 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.12 0.07 0.12 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.12 0.09 0.14 0.50 0.26 0.22 0.14
C3' 0.11 0.11 0.07 0.11 0.10 0.16 0.09 0.17 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.04 0.04 0.17 0.46 0.26 0.14 0.11
C4 0.25 0.25 0.18 0.18 0.31 0.23 0.34 0.20 0.33 0.29 0.27 0.32 0.20 0.09 0.10 0.35 0.28 0.34 0.27 0.11
C4' 0.10 0.11 0.07 0.10 0.11 0.16 0.11 0.17 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.05 0.08 0.16 0.48 0.25 0.14 0.11
C5 0.23 0.22 0.17 0.17 0.27 0.22 0.30 0.20 0.30 0.26 0.23 0.27 0.17 0.08 0.09 0.33 0.27 0.37 0.27 0.12
C5' 0.11 0.12 0.08 0.11 0.10 0.16 0.09 0.17 0.09 0.11 0.11 0.10 0.13 0.04 0.05 0.15 0.40 0.29 0.15 0.09
C6 0.18 0.17 0.13 0.15 0.21 0.21 0.24 0.20 0.23 0.20 0.18 0.21 0.13 0.06 0.07 0.28 0.35 0.36 0.25 0.11
N1 0.17 0.16 0.11 0.14 0.20 0.20 0.22 0.19 0.21 0.19 0.17 0.20 0.14 0.05 0.06 0.26 0.42 0.31 0.23 0.11
N3 0.24 0.24 0.16 0.17 0.29 0.22 0.31 0.19 0.30 0.27 0.26 0.30 0.20 0.08 0.09 0.33 0.35 0.31 0.25 0.12
N4 0.28 0.29 0.20 0.18 0.36 0.22 0.39 0.20 0.37 0.33 0.31 0.37 0.23 0.11 0.12 0.37 0.23 0.35 0.28 0.12
O2 0.19 0.19 0.12 0.14 0.22 0.20 0.24 0.18 0.23 0.21 0.20 0.23 0.17 0.07 0.06 0.28 0.45 0.24 0.22 0.14
O2' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.11 0.06 0.12 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.16 0.10 0.14 0.50 0.27 0.21 0.13
O3' 0.11 0.11 0.08 0.11 0.11 0.16 0.11 0.17 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.03 0.05 0.16 0.48 0.23 0.11 0.11
O4' 0.09 0.08 0.05 0.07 0.11 0.13 0.12 0.15 0.12 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.13 0.15 0.52 0.26 0.19 0.13
O5' 0.09 0.10 0.04 0.10 0.06 0.15 0.04 0.15 0.04 0.08 0.09 0.06 0.13 0.05 0.01 0.15 0.35 0.30 0.21 0.09
OP1 0.05 0.05 0.08 0.02 0.09 0.03 0.15 0.05 0.15 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.01 0.04 0.21 0.26 0.24 0.09
OP2 0.09 0.08 0.14 0.04 0.13 0.03 0.17 0.04 0.17 0.11 0.09 0.13 0.07 0.21 0.00 0.03 0.29 0.27 0.33 0.11
P 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.03 0.08 0.03 0.08 0.03 0.04 0.05 0.09 0.09 0.00 0.03 0.29 0.27 0.30 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.29 0.35 0.34 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.05 0.43 0.33 0.29 0.16
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.25 0.37 0.24 0.13
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.33 0.36 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.61 0.30 0.21 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.40 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.67 0.30 0.18 0.28
C5' 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.32 0.40 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.63 0.32 0.21 0.26
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.48 0.34 0.28 0.18
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.05 0.51 0.32 0.26 0.19
N4 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.64 0.29 0.18 0.27
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.05 0.32 0.34 0.34 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.18 0.37 0.19 0.14
O3' 0.08 0.11 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.11 0.08 0.15 0.04 0.00 0.06 0.29 0.22 0.40 0.14
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.20 0.29 0.47 0.02
O5' 0.29 0.43 0.25 0.07 0.61 0.01 0.67 0.01 0.63 0.48 0.51 0.64 0.32 0.18 0.29 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.35 0.33 0.37 0.33 0.30 0.35 0.30 0.32 0.32 0.34 0.32 0.29 0.34 0.37 0.22 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.29 0.24 0.36 0.21 0.40 0.18 0.40 0.21 0.28 0.26 0.18 0.34 0.19 0.40 0.47 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.13 0.04 0.25 0.01 0.28 0.02 0.26 0.18 0.19 0.27 0.10 0.14 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00