ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54059

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.017, 0.028, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.019, 0.048, 0.076, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.048 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.010, 0.042, 0.075, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.042 std_dev=0.033
O2' B 0, 0.315, 0.529, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.529 std_dev=0.214
O4' A 0, 0.075, 0.301, 0.528, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.301 std_dev=0.227
C2' A 0, 0.091, 0.333, 0.575, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.333 std_dev=0.242
O2' A 0, 0.066, 0.354, 0.642, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.354 std_dev=0.288
C4' A 0, 0.181, 0.509, 0.838, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.509 std_dev=0.328
C3' A 0, 0.168, 0.538, 0.909, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.538 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.360, 0.736, 1.112, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.736 std_dev=0.376
OP1 A 0, 0.483, 0.900, 1.317, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.900 std_dev=0.417
P A 0, 0.325, 0.781, 1.236, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.781 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.520, 0.992, 1.464, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.992 std_dev=0.472
O3' B 0, 0.450, 0.924, 1.397, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.924 std_dev=0.474
O5' A 0, 0.258, 0.766, 1.274, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.766 std_dev=0.508
O3' A 0, 0.253, 0.765, 1.276, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.765 std_dev=0.512
OP2 A 0, 0.164, 0.725, 1.287, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.725 std_dev=0.561
C5' A 0, 0.153, 0.742, 1.331, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.742 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.594, 1.318, 2.041, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.318 std_dev=0.723
C4' B 0, 0.896, 1.669, 2.442, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.669 std_dev=0.773
O4' B 0, 0.907, 1.775, 2.643, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.775 std_dev=0.868
N1 B 0, 1.059, 2.009, 2.959, 3.340 max_d=3.340 avg_d=2.009 std_dev=0.950
C5' B 0, 1.290, 2.351, 3.412, 3.417 max_d=3.417 avg_d=2.351 std_dev=1.061
O2 B 0, 1.105, 2.171, 3.236, 3.630 max_d=3.630 avg_d=2.171 std_dev=1.065
C2 B 0, 1.248, 2.354, 3.460, 3.851 max_d=3.851 avg_d=2.354 std_dev=1.106
C6 B 0, 1.424, 2.564, 3.705, 4.040 max_d=4.040 avg_d=2.564 std_dev=1.140
O5' B 0, 1.672, 3.035, 4.397, 4.699 max_d=4.699 avg_d=3.035 std_dev=1.362
N3 B 0, 1.723, 3.126, 4.528, 4.867 max_d=4.867 avg_d=3.126 std_dev=1.402
C5 B 0, 1.827, 3.231, 4.634, 4.903 max_d=4.903 avg_d=3.231 std_dev=1.403
C4 B 0, 1.962, 3.479, 4.995, 5.266 max_d=5.266 avg_d=3.479 std_dev=1.516
P B 0, 2.171, 3.730, 5.289, 5.349 max_d=5.349 avg_d=3.730 std_dev=1.559
OP2 B 0, 2.340, 3.952, 5.564, 5.251 max_d=5.251 avg_d=3.952 std_dev=1.612
OP1 B 0, 2.360, 4.031, 5.702, 5.594 max_d=5.594 avg_d=4.031 std_dev=1.671
N4 B 0, 2.406, 4.221, 6.036, 6.222 max_d=6.222 avg_d=4.221 std_dev=1.815

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.13 0.08 0.37 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.08 0.03 0.32 0.15 0.30 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.15 0.00 0.02 0.02 0.20 0.12 0.30 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.01 0.15 0.04 0.16 0.05 0.05 0.08 0.14 0.02 0.01 0.01 0.27 0.21 0.26 0.11
C4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.47 0.27 0.32 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.03 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.09 0.37 0.10
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.02 0.50 0.27 0.32 0.27
C5' 0.02 0.07 0.02 0.04 0.14 0.01 0.19 0.00 0.18 0.08 0.10 0.15 0.08 0.05 0.06 0.01 0.01 0.15 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.17 0.02 0.43 0.18 0.26 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.30 0.13 0.31 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.07 0.02 0.40 0.22 0.30 0.20
N4 0.04 0.02 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.04 0.50 0.31 0.35 0.30
O2 0.06 0.01 0.15 0.14 0.01 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.17 0.06 0.25 0.11 0.31 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.10 0.08 0.17 0.00 0.03 0.07 0.11 0.11 0.31 0.06
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.17 0.06 0.17 0.05 0.07 0.10 0.17 0.03 0.00 0.02 0.25 0.28 0.23 0.14
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.07 0.02 0.00 0.10 0.15 0.45 0.22
O5' 0.13 0.32 0.20 0.27 0.47 0.01 0.50 0.01 0.43 0.30 0.40 0.50 0.25 0.11 0.25 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.15 0.12 0.21 0.27 0.09 0.27 0.15 0.18 0.13 0.22 0.31 0.11 0.11 0.28 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.30 0.30 0.26 0.32 0.37 0.32 0.33 0.26 0.31 0.30 0.35 0.31 0.31 0.23 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.06 0.11 0.25 0.10 0.27 0.01 0.17 0.11 0.20 0.30 0.09 0.06 0.14 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.41 0.19 0.20 0.32 0.18 0.32 0.30 0.28 0.29 0.39 0.33 0.59 0.20 0.18 0.21 0.35 0.37 0.48 0.27
C2 0.28 0.47 0.19 0.19 0.37 0.23 0.41 0.39 0.35 0.33 0.45 0.38 0.67 0.19 0.09 0.26 0.56 0.50 0.57 0.46
C2' 0.23 0.40 0.19 0.17 0.29 0.14 0.30 0.28 0.26 0.26 0.37 0.30 0.58 0.21 0.13 0.18 0.41 0.48 0.45 0.31
C3' 0.25 0.36 0.24 0.17 0.21 0.15 0.22 0.23 0.21 0.24 0.32 0.20 0.54 0.28 0.17 0.19 0.44 0.54 0.37 0.30
C4 0.21 0.43 0.15 0.18 0.21 0.28 0.27 0.48 0.26 0.23 0.44 0.18 0.59 0.17 0.09 0.25 0.66 0.61 0.63 0.57
C4' 0.26 0.35 0.26 0.13 0.21 0.10 0.21 0.17 0.20 0.24 0.30 0.20 0.51 0.31 0.13 0.17 0.31 0.42 0.37 0.18
C5 0.17 0.38 0.14 0.17 0.20 0.26 0.20 0.46 0.20 0.19 0.37 0.20 0.51 0.15 0.09 0.22 0.58 0.54 0.54 0.46
C5' 0.34 0.35 0.39 0.21 0.22 0.20 0.24 0.11 0.24 0.28 0.30 0.22 0.49 0.49 0.25 0.26 0.37 0.49 0.33 0.22
C6 0.17 0.32 0.14 0.18 0.16 0.22 0.23 0.38 0.22 0.19 0.27 0.14 0.48 0.15 0.07 0.19 0.46 0.45 0.48 0.35
N1 0.23 0.39 0.17 0.19 0.27 0.20 0.32 0.35 0.28 0.26 0.35 0.27 0.58 0.18 0.11 0.21 0.46 0.44 0.51 0.36
N3 0.27 0.47 0.18 0.19 0.32 0.27 0.40 0.45 0.35 0.31 0.46 0.31 0.66 0.19 0.08 0.28 0.64 0.58 0.63 0.55
N4 0.18 0.45 0.14 0.17 0.27 0.30 0.21 0.53 0.22 0.21 0.52 0.29 0.58 0.16 0.12 0.25 0.73 0.70 0.72 0.67
O2 0.31 0.52 0.19 0.17 0.48 0.21 0.47 0.36 0.39 0.37 0.53 0.52 0.71 0.20 0.10 0.27 0.55 0.49 0.57 0.46
O2' 0.27 0.44 0.22 0.17 0.36 0.14 0.34 0.23 0.28 0.30 0.44 0.40 0.61 0.25 0.15 0.21 0.36 0.43 0.44 0.27
O3' 0.24 0.35 0.24 0.17 0.20 0.15 0.22 0.23 0.21 0.23 0.32 0.20 0.53 0.29 0.18 0.18 0.45 0.61 0.34 0.32
O4' 0.24 0.36 0.20 0.20 0.25 0.15 0.26 0.27 0.23 0.25 0.33 0.26 0.52 0.23 0.22 0.18 0.25 0.32 0.46 0.19
O5' 0.22 0.44 0.24 0.08 0.40 0.04 0.33 0.18 0.28 0.30 0.46 0.43 0.52 0.20 0.02 0.07 0.38 0.61 0.37 0.32
OP1 0.11 0.21 0.03 0.10 0.40 0.28 0.44 0.42 0.36 0.20 0.31 0.47 0.19 0.08 0.01 0.24 0.35 0.65 0.52 0.40
OP2 0.15 0.41 0.15 0.03 0.51 0.17 0.47 0.33 0.37 0.31 0.49 0.56 0.39 0.09 0.01 0.12 0.55 0.78 0.42 0.49
P 0.07 0.27 0.10 0.02 0.35 0.13 0.35 0.24 0.28 0.20 0.33 0.39 0.29 0.06 0.00 0.07 0.34 0.59 0.36 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.15 0.34 0.15
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.43 0.20 0.29 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.03 0.09 0.02 0.04 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.25 0.19 0.30 0.08
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.04 0.15 0.08 0.10 0.13 0.13 0.02 0.01 0.02 0.34 0.35 0.28 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.03 0.59 0.27 0.36 0.31
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.05 0.08 0.03 0.00 0.02 0.11 0.37 0.12
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.21 0.04 0.61 0.30 0.35 0.33
C5' 0.04 0.13 0.03 0.04 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.13 0.17 0.22 0.11 0.07 0.06 0.01 0.01 0.29 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.18 0.04 0.52 0.22 0.30 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.39 0.17 0.30 0.13
N3 0.02 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.52 0.23 0.32 0.23
N4 0.03 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.04 0.63 0.31 0.42 0.36
O2 0.02 0.01 0.13 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.03 0.35 0.21 0.29 0.15
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.14 0.00 0.05 0.05 0.11 0.16 0.30 0.12
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.16 0.03 0.21 0.06 0.18 0.08 0.12 0.18 0.15 0.05 0.00 0.02 0.31 0.45 0.31 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.14 0.18 0.44 0.26
O5' 0.18 0.43 0.25 0.34 0.59 0.02 0.61 0.01 0.52 0.39 0.52 0.63 0.35 0.11 0.31 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.20 0.19 0.35 0.27 0.11 0.30 0.29 0.22 0.17 0.23 0.31 0.21 0.16 0.45 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.29 0.30 0.28 0.36 0.37 0.35 0.39 0.30 0.30 0.32 0.42 0.29 0.30 0.31 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.16 0.08 0.16 0.31 0.12 0.33 0.02 0.21 0.13 0.23 0.36 0.15 0.12 0.21 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00