ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54060

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.022
O2' B 0, 0.125, 0.312, 0.499, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.312 std_dev=0.187
O4' A 0, -0.093, 0.198, 0.489, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.198 std_dev=0.291
C2' A 0, -0.073, 0.248, 0.569, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.248 std_dev=0.321
O2' A 0, -0.106, 0.397, 0.900, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.397 std_dev=0.503
C2' B 0, 0.020, 0.528, 1.036, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.528 std_dev=0.508
C4' A 0, -0.177, 0.336, 0.849, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.336 std_dev=0.513
C3' A 0, -0.142, 0.396, 0.935, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.396 std_dev=0.538
C5' A 0, -0.100, 0.545, 1.189, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.545 std_dev=0.644
O3' A 0, -0.177, 0.614, 1.404, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.614 std_dev=0.791
C1' B 0, -0.117, 0.732, 1.581, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.732 std_dev=0.849
C3' B 0, -0.178, 0.858, 1.894, 2.957 max_d=2.957 avg_d=0.858 std_dev=1.036
O5' A 0, 0.137, 1.226, 2.315, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.226 std_dev=1.089
O3' B 0, -0.223, 1.064, 2.352, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.064 std_dev=1.287
O4' B 0, -0.225, 1.180, 2.585, 3.733 max_d=3.733 avg_d=1.180 std_dev=1.405
C4' B 0, -0.421, 1.336, 3.093, 4.896 max_d=4.896 avg_d=1.336 std_dev=1.757
P A 0, 0.255, 2.063, 3.871, 4.628 max_d=4.628 avg_d=2.063 std_dev=1.808
N1 B 0, -0.522, 1.323, 3.168, 4.881 max_d=4.881 avg_d=1.323 std_dev=1.845
OP2 A 0, 0.150, 2.187, 4.223, 4.806 max_d=4.806 avg_d=2.187 std_dev=2.037
O2 B 0, -0.693, 1.596, 3.885, 6.284 max_d=6.284 avg_d=1.596 std_dev=2.289
C2 B 0, -0.766, 1.658, 4.082, 6.528 max_d=6.528 avg_d=1.658 std_dev=2.424
C6 B 0, -0.793, 1.785, 4.362, 6.427 max_d=6.427 avg_d=1.785 std_dev=2.577
OP1 A 0, 0.415, 3.064, 5.714, 7.127 max_d=7.127 avg_d=3.064 std_dev=2.649
C5' B 0, -0.760, 1.954, 4.668, 7.564 max_d=7.564 avg_d=1.954 std_dev=2.714
O5' B 0, -0.801, 2.226, 5.254, 8.202 max_d=8.202 avg_d=2.226 std_dev=3.028
N3 B 0, -1.150, 2.274, 5.699, 8.780 max_d=8.780 avg_d=2.274 std_dev=3.425
C5 B 0, -1.154, 2.339, 5.831, 8.627 max_d=8.627 avg_d=2.339 std_dev=3.493
C4 B 0, -1.316, 2.540, 6.395, 9.407 max_d=9.407 avg_d=2.540 std_dev=3.855
P B 0, -1.217, 2.986, 7.190, 11.239 max_d=11.239 avg_d=2.986 std_dev=4.203
OP1 B 0, -1.265, 3.336, 7.936, 12.580 max_d=12.580 avg_d=3.336 std_dev=4.601
OP2 B 0, -1.413, 3.226, 7.865, 12.241 max_d=12.241 avg_d=3.226 std_dev=4.639
N4 B 0, -1.665, 3.180, 8.025, 11.645 max_d=11.645 avg_d=3.180 std_dev=4.845

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.17 0.00 0.47 0.58 0.38 0.28
C2 0.03 0.00 0.15 0.27 0.02 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.09 0.04 0.75 0.97 0.64 0.66
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.13 0.12 0.03 0.12 0.07 0.26 0.00 0.01 0.01 0.49 0.69 0.52 0.38
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.33 0.01 0.29 0.02 0.23 0.20 0.33 0.36 0.25 0.02 0.00 0.01 0.29 0.46 0.41 0.21
C4 0.02 0.02 0.06 0.33 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.26 0.02 0.94 1.42 1.10 1.04
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.14 0.10 0.13 0.16 0.08 0.21 0.03 0.00 0.02 0.43 0.56 0.22
C5 0.02 0.01 0.09 0.29 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.26 0.05 0.94 1.31 1.15 1.02
C5' 0.05 0.13 0.13 0.02 0.23 0.01 0.25 0.00 0.22 0.14 0.18 0.24 0.09 0.08 0.13 0.01 0.01 0.20 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.23 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.18 0.06 0.85 0.92 0.85 0.77
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.07 0.01 0.72 0.77 0.58 0.56
N3 0.03 0.00 0.12 0.33 0.01 0.13 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.19 0.02 0.86 1.26 0.88 0.88
N4 0.02 0.02 0.07 0.36 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.22 0.31 0.02 0.98 1.64 1.27 1.17
O2 0.05 0.00 0.26 0.25 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.65 0.88 0.51 0.52
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.21 0.21 0.22 0.08 0.19 0.13 0.16 0.22 0.05 0.00 0.03 0.17 0.22 0.74 0.69 0.31
O3' 0.17 0.09 0.01 0.00 0.26 0.03 0.26 0.13 0.18 0.07 0.19 0.31 0.04 0.03 0.00 0.13 0.24 0.22 0.57 0.23
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.17 0.13 0.00 0.30 0.56 0.44 0.28
O5' 0.47 0.75 0.49 0.29 0.94 0.02 0.94 0.01 0.85 0.72 0.86 0.98 0.65 0.22 0.24 0.30 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.58 0.97 0.69 0.46 1.42 0.43 1.31 0.20 0.92 0.77 1.26 1.64 0.88 0.74 0.22 0.56 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.64 0.52 0.41 1.10 0.56 1.15 0.29 0.85 0.58 0.88 1.27 0.51 0.69 0.57 0.44 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.28 0.66 0.38 0.21 1.04 0.22 1.02 0.02 0.77 0.56 0.88 1.17 0.52 0.31 0.23 0.28 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 1.56 0.23 0.79 1.58 1.40 0.95 1.72 0.62 0.81 1.90 1.83 1.88 0.09 0.83 0.91 1.22 1.75 0.89 1.35
C2 0.56 2.10 0.21 0.54 2.48 1.08 1.75 1.27 1.19 1.27 2.69 2.90 2.20 0.09 0.61 0.73 0.79 1.08 0.83 0.85
C2' 0.18 1.33 0.30 0.91 1.34 1.48 0.63 1.81 0.27 0.51 1.68 1.63 1.66 0.24 1.11 0.92 1.32 2.03 0.92 1.51
C3' 0.18 1.17 0.25 0.87 1.18 1.41 0.58 1.66 0.27 0.47 1.47 1.43 1.45 0.25 1.19 0.85 1.20 1.88 0.79 1.37
C4 0.65 2.23 0.31 0.33 2.98 0.72 2.33 0.79 1.66 1.53 2.97 3.46 2.03 0.14 0.44 0.60 0.75 0.59 1.44 0.88
C4' 0.21 0.91 0.25 0.85 0.81 1.42 0.32 1.69 0.22 0.29 1.11 0.98 1.24 0.24 1.07 0.91 1.28 1.86 0.94 1.44
C5 0.59 2.02 0.29 0.32 2.55 0.68 2.02 0.70 1.47 1.39 2.58 2.86 1.86 0.15 0.45 0.54 0.67 0.50 1.30 0.77
C5' 0.43 0.69 0.41 0.84 0.61 1.28 0.35 1.37 0.39 0.35 0.82 0.73 0.93 0.45 1.18 0.89 1.03 1.42 0.66 1.10
C6 0.49 1.82 0.20 0.47 2.05 0.92 1.50 0.96 1.05 1.14 2.22 2.31 1.87 0.12 0.59 0.61 0.55 0.62 0.77 0.55
N1 0.49 1.87 0.19 0.59 2.07 1.14 1.42 1.31 0.96 1.10 2.32 2.37 2.04 0.09 0.67 0.74 0.80 1.11 0.68 0.84
N3 0.63 2.25 0.26 0.43 2.88 0.89 2.16 1.01 1.50 1.46 2.98 3.39 2.19 0.11 0.51 0.66 0.70 0.73 1.15 0.77
N4 0.71 2.26 0.37 0.29 3.34 0.62 2.72 0.73 1.94 1.65 3.14 3.96 1.91 0.17 0.36 0.64 1.00 0.85 1.91 1.24
O2 0.55 2.08 0.21 0.61 2.42 1.19 1.66 1.48 1.11 1.22 2.66 2.86 2.24 0.08 0.64 0.80 0.97 1.44 0.85 1.09
O2' 0.35 1.35 0.28 0.93 1.25 1.56 0.61 2.06 0.44 0.58 1.65 1.51 1.75 0.12 1.01 1.03 1.64 2.49 1.40 1.95
O3' 0.21 1.06 0.24 0.85 1.07 1.43 0.50 1.74 0.27 0.40 1.35 1.32 1.35 0.28 1.17 0.90 1.31 2.09 0.96 1.54
O4' 0.31 1.23 0.27 0.82 1.16 1.40 0.68 1.68 0.48 0.60 1.45 1.34 1.56 0.13 0.86 0.88 1.23 1.68 0.92 1.34
O5' 0.43 0.85 0.51 0.90 0.80 1.19 0.51 1.29 0.47 0.48 1.01 0.92 1.04 0.55 1.37 0.79 1.05 1.38 0.78 1.10
OP1 0.44 0.67 0.39 1.24 0.98 1.43 0.88 1.64 0.75 0.48 0.96 1.17 0.70 0.35 1.85 0.96 1.42 1.65 1.18 1.46
OP2 0.75 0.79 0.98 0.88 1.09 0.88 1.26 1.08 1.21 0.93 0.91 1.14 0.66 0.85 0.98 0.79 1.35 1.52 1.56 1.47
P 0.67 0.67 0.74 1.23 0.91 1.37 1.00 1.47 1.00 0.73 0.84 1.00 0.60 0.44 1.74 1.03 1.40 1.54 1.28 1.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.30 0.01 0.20 0.16 0.35 0.22
C2 0.04 0.00 0.15 0.16 0.02 0.14 0.02 0.30 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.43 0.27 0.11 0.06 0.07 0.22 0.08
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.15 0.14 0.02 0.13 0.07 0.26 0.01 0.04 0.01 0.33 0.35 0.49 0.37
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.37 0.00 0.47 0.01 0.45 0.23 0.25 0.40 0.15 0.02 0.01 0.01 0.13 0.17 0.14 0.14
C4 0.04 0.02 0.06 0.37 0.00 0.20 0.00 0.34 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.42 0.16 0.02 0.20 0.18 0.27 0.20
C4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.20 0.13 0.18 0.22 0.10 0.27 0.03 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03
C5 0.04 0.02 0.11 0.47 0.00 0.22 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.32 0.37 0.11 0.22 0.22 0.33 0.25
C5' 0.04 0.30 0.15 0.01 0.34 0.01 0.28 0.00 0.20 0.18 0.36 0.38 0.28 0.10 0.17 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.04 0.01 0.14 0.45 0.01 0.20 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.32 0.14 0.16 0.17 0.35 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.03 0.13 0.02 0.18 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.23 0.07 0.01 0.07 0.09 0.30 0.14
N3 0.04 0.01 0.13 0.25 0.01 0.18 0.01 0.36 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.47 0.14 0.08 0.15 0.14 0.23 0.15
N4 0.05 0.03 0.07 0.40 0.01 0.22 0.02 0.38 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.46 0.21 0.03 0.25 0.24 0.29 0.25
O2 0.06 0.01 0.26 0.15 0.03 0.10 0.03 0.28 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.53 0.57 0.18 0.06 0.09 0.21 0.07
O2' 0.01 0.43 0.01 0.02 0.42 0.27 0.32 0.10 0.25 0.23 0.47 0.46 0.53 0.00 0.07 0.23 0.20 0.23 0.49 0.25
O3' 0.30 0.27 0.04 0.01 0.16 0.03 0.37 0.17 0.32 0.07 0.14 0.21 0.57 0.07 0.00 0.20 0.42 0.65 0.52 0.53
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.08 0.03 0.18 0.23 0.20 0.00 0.20 0.11 0.32 0.20
O5' 0.20 0.06 0.33 0.13 0.20 0.01 0.22 0.01 0.16 0.07 0.15 0.25 0.06 0.20 0.42 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.16 0.07 0.35 0.17 0.18 0.10 0.22 0.08 0.17 0.09 0.14 0.24 0.09 0.23 0.65 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.35 0.22 0.49 0.14 0.27 0.03 0.33 0.03 0.35 0.30 0.23 0.29 0.21 0.49 0.52 0.32 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.22 0.08 0.37 0.14 0.20 0.03 0.25 0.02 0.24 0.14 0.15 0.25 0.07 0.25 0.53 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00