ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54062

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O4' A 0, -0.041, 0.172, 0.384, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.172 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.237, 0.471, 0.706, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.471 std_dev=0.234
C2' A 0, 0.037, 0.276, 0.514, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.276 std_dev=0.239
C4' A 0, 0.138, 0.436, 0.733, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.436 std_dev=0.298
O2' A 0, 0.108, 0.451, 0.794, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.451 std_dev=0.343
C3' A 0, 0.153, 0.523, 0.894, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.523 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.243, 0.635, 1.027, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.635 std_dev=0.392
C3' B 0, 0.509, 1.018, 1.528, 1.529 max_d=1.529 avg_d=1.018 std_dev=0.510
C5' A 0, 0.158, 0.727, 1.296, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.727 std_dev=0.569
O3' A 0, 0.248, 0.826, 1.403, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.826 std_dev=0.577
OP1 A 0, 0.398, 1.020, 1.641, 1.896 max_d=1.896 avg_d=1.020 std_dev=0.622
O3' B 0, 0.492, 1.154, 1.816, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.154 std_dev=0.662
P A 0, 0.289, 0.986, 1.683, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.986 std_dev=0.697
C1' B 0, 0.698, 1.504, 2.310, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.504 std_dev=0.806
O5' A 0, 0.291, 1.175, 2.059, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.175 std_dev=0.884
C4' B 0, 1.060, 2.029, 2.997, 2.871 max_d=2.871 avg_d=2.029 std_dev=0.969
O4' B 0, 1.186, 2.288, 3.391, 3.309 max_d=3.309 avg_d=2.288 std_dev=1.103
OP2 A 0, 0.204, 1.307, 2.411, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.307 std_dev=1.104
O2 B 0, 1.354, 2.546, 3.737, 3.471 max_d=3.471 avg_d=2.546 std_dev=1.192
N1 B 0, 1.325, 2.553, 3.782, 3.778 max_d=3.778 avg_d=2.553 std_dev=1.229
C5' B 0, 1.396, 2.685, 3.974, 3.857 max_d=3.857 avg_d=2.685 std_dev=1.289
C2 B 0, 1.556, 2.926, 4.297, 4.114 max_d=4.114 avg_d=2.926 std_dev=1.371
OP2 B 0, 1.758, 3.240, 4.722, 4.295 max_d=4.295 avg_d=3.240 std_dev=1.482
O5' B 0, 1.702, 3.186, 4.670, 4.336 max_d=4.336 avg_d=3.186 std_dev=1.484
OP1 B 0, 1.796, 3.331, 4.866, 4.474 max_d=4.474 avg_d=3.331 std_dev=1.535
P B 0, 1.854, 3.406, 4.957, 4.455 max_d=4.455 avg_d=3.406 std_dev=1.551
C6 B 0, 1.912, 3.582, 5.253, 5.028 max_d=5.028 avg_d=3.582 std_dev=1.671
N3 B 0, 2.217, 4.108, 5.999, 5.510 max_d=5.510 avg_d=4.108 std_dev=1.891
C5 B 0, 2.477, 4.590, 6.704, 6.231 max_d=6.231 avg_d=4.590 std_dev=2.113
C4 B 0, 2.592, 4.791, 6.990, 6.403 max_d=6.403 avg_d=4.791 std_dev=2.199
N4 B 0, 3.241, 5.963, 8.686, 7.789 max_d=7.789 avg_d=5.963 std_dev=2.723

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.19 0.02 0.43 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.15 0.02 0.43 0.13 0.63 0.23
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.08 0.16 0.00 0.02 0.01 0.27 0.19 0.33 0.14
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.03 0.15 0.09 0.17 0.18 0.19 0.02 0.01 0.01 0.33 0.34 0.26 0.16
C4 0.03 0.02 0.07 0.16 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.19 0.02 0.62 0.25 0.85 0.38
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.07 0.08 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.13 0.39 0.12
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.20 0.03 0.66 0.27 0.84 0.40
C5' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.12 0.15 0.09 0.08 0.06 0.01 0.01 0.30 0.44 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.17 0.03 0.58 0.20 0.67 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.42 0.11 0.57 0.21
N3 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.19 0.02 0.53 0.20 0.75 0.31
N4 0.03 0.02 0.08 0.18 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.22 0.03 0.66 0.30 0.93 0.43
O2 0.03 0.01 0.16 0.19 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.21 0.03 0.33 0.08 0.56 0.19
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.02 0.07 0.05 0.14 0.00 0.05 0.06 0.14 0.15 0.33 0.15
O3' 0.03 0.15 0.02 0.01 0.19 0.04 0.20 0.06 0.17 0.09 0.19 0.22 0.21 0.05 0.00 0.03 0.23 0.40 0.26 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.05 0.10 0.45 0.20
O5' 0.19 0.43 0.27 0.33 0.62 0.01 0.66 0.01 0.58 0.42 0.53 0.66 0.33 0.14 0.23 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.02 0.13 0.19 0.34 0.25 0.13 0.27 0.30 0.20 0.11 0.20 0.30 0.08 0.15 0.40 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.63 0.33 0.26 0.85 0.39 0.84 0.44 0.67 0.57 0.75 0.93 0.56 0.33 0.26 0.45 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.23 0.14 0.16 0.38 0.12 0.40 0.02 0.30 0.21 0.31 0.43 0.19 0.15 0.14 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.28 0.21 0.28 0.43 0.27 0.49 0.39 0.46 0.35 0.33 0.45 0.17 0.24 0.23 0.29 0.48 0.71 0.64 0.53
C2 0.30 0.21 0.20 0.21 0.43 0.29 0.60 0.41 0.55 0.36 0.22 0.44 0.26 0.24 0.13 0.37 0.58 0.69 0.68 0.58
C2' 0.25 0.27 0.20 0.22 0.45 0.22 0.49 0.35 0.44 0.33 0.35 0.49 0.19 0.25 0.17 0.26 0.52 0.84 0.69 0.62
C3' 0.21 0.18 0.22 0.15 0.32 0.14 0.36 0.30 0.33 0.23 0.25 0.36 0.13 0.35 0.12 0.19 0.56 0.97 0.75 0.71
C4 0.16 0.26 0.14 0.22 0.27 0.32 0.35 0.49 0.34 0.15 0.35 0.35 0.41 0.17 0.27 0.33 0.63 0.69 0.68 0.61
C4' 0.23 0.18 0.24 0.16 0.25 0.13 0.27 0.31 0.26 0.21 0.22 0.28 0.16 0.41 0.17 0.16 0.49 0.86 0.69 0.62
C5 0.12 0.31 0.10 0.22 0.32 0.31 0.31 0.48 0.28 0.16 0.40 0.37 0.40 0.15 0.29 0.30 0.58 0.71 0.67 0.59
C5' 0.28 0.16 0.36 0.15 0.14 0.11 0.15 0.24 0.18 0.18 0.15 0.16 0.20 0.57 0.21 0.18 0.57 0.97 0.75 0.72
C6 0.17 0.20 0.10 0.21 0.23 0.29 0.32 0.45 0.33 0.20 0.24 0.25 0.28 0.15 0.19 0.30 0.53 0.73 0.66 0.57
N1 0.25 0.17 0.18 0.23 0.34 0.27 0.47 0.41 0.46 0.31 0.20 0.34 0.18 0.21 0.14 0.32 0.54 0.71 0.66 0.56
N3 0.26 0.19 0.18 0.21 0.30 0.31 0.52 0.46 0.50 0.28 0.19 0.33 0.36 0.21 0.19 0.38 0.62 0.69 0.69 0.61
N4 0.13 0.36 0.15 0.24 0.37 0.34 0.28 0.53 0.24 0.11 0.50 0.52 0.48 0.17 0.33 0.32 0.65 0.68 0.68 0.64
O2 0.36 0.32 0.24 0.22 0.62 0.29 0.73 0.39 0.63 0.45 0.39 0.66 0.27 0.29 0.12 0.40 0.58 0.68 0.67 0.57
O2' 0.27 0.37 0.21 0.27 0.56 0.23 0.56 0.35 0.47 0.38 0.47 0.63 0.28 0.23 0.26 0.26 0.49 0.81 0.66 0.58
O3' 0.20 0.20 0.21 0.14 0.34 0.12 0.36 0.30 0.31 0.22 0.27 0.40 0.16 0.37 0.13 0.16 0.56 1.04 0.77 0.75
O4' 0.23 0.21 0.22 0.25 0.30 0.22 0.33 0.37 0.32 0.26 0.24 0.31 0.15 0.33 0.26 0.21 0.43 0.70 0.61 0.51
O5' 0.35 0.35 0.41 0.13 0.43 0.18 0.42 0.22 0.34 0.30 0.40 0.49 0.37 0.69 0.03 0.28 0.51 0.98 0.86 0.76
OP1 0.65 0.45 0.60 0.29 0.37 0.59 0.35 0.43 0.38 0.47 0.39 0.38 0.51 0.93 0.02 0.72 0.48 0.90 0.67 0.65
OP2 0.40 0.73 0.27 0.36 0.98 0.24 0.98 0.52 0.84 0.67 0.88 1.05 0.61 0.19 0.02 0.33 0.87 1.31 1.35 1.22
P 0.15 0.23 0.21 0.02 0.37 0.20 0.36 0.30 0.26 0.16 0.31 0.42 0.23 0.49 0.01 0.18 0.53 0.99 0.86 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.25 0.16 0.40 0.14
C2 0.04 0.00 0.08 0.17 0.01 0.10 0.01 0.24 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.18 0.03 0.33 0.25 0.59 0.29
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.02 0.07 0.06 0.16 0.00 0.04 0.01 0.19 0.30 0.47 0.22
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.22 0.01 0.21 0.03 0.18 0.13 0.21 0.24 0.20 0.01 0.01 0.02 0.34 0.46 0.52 0.39
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.19 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.27 0.03 0.39 0.43 0.69 0.43
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.19 0.00 0.21 0.01 0.18 0.10 0.15 0.21 0.10 0.03 0.03 0.00 0.02 0.21 0.38 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.21 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.27 0.04 0.42 0.41 0.65 0.43
C5' 0.06 0.24 0.03 0.03 0.40 0.01 0.43 0.00 0.35 0.23 0.33 0.45 0.17 0.03 0.05 0.01 0.01 0.37 0.39 0.02
C6 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.18 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.21 0.04 0.41 0.31 0.55 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.01 0.34 0.21 0.51 0.25
N3 0.03 0.01 0.07 0.21 0.00 0.15 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.24 0.02 0.35 0.35 0.67 0.37
N4 0.02 0.02 0.06 0.24 0.00 0.21 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.32 0.03 0.40 0.52 0.73 0.49
O2 0.08 0.01 0.16 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.20 0.21 0.07 0.30 0.22 0.56 0.24
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.11 0.08 0.20 0.00 0.08 0.07 0.08 0.20 0.46 0.18
O3' 0.03 0.18 0.04 0.01 0.27 0.03 0.27 0.05 0.21 0.12 0.24 0.32 0.21 0.08 0.00 0.03 0.50 0.68 0.61 0.57
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.03 0.00 0.34 0.34 0.35 0.25
O5' 0.25 0.33 0.19 0.34 0.39 0.02 0.42 0.01 0.41 0.34 0.35 0.40 0.30 0.08 0.50 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.25 0.30 0.46 0.43 0.21 0.41 0.37 0.31 0.21 0.35 0.52 0.22 0.20 0.68 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.59 0.47 0.52 0.69 0.38 0.65 0.39 0.55 0.51 0.67 0.73 0.56 0.46 0.61 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.29 0.22 0.39 0.43 0.07 0.43 0.02 0.35 0.25 0.37 0.49 0.24 0.18 0.57 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00