ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54063

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O5' A 0, 0.074, 0.212, 0.349, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.212 std_dev=0.138
O2 B 0, 0.080, 0.266, 0.451, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.266 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.111, 0.315, 0.520, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.315 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.129, 0.349, 0.568, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.349 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.102, 0.326, 0.551, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.326 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.119, 0.351, 0.582, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.351 std_dev=0.232
O4' B 0, 0.082, 0.321, 0.560, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.321 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.165, 0.412, 0.659, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.412 std_dev=0.247
O4' A 0, -0.069, 0.192, 0.452, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.192 std_dev=0.261
C2' A 0, -0.053, 0.210, 0.473, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.210 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.156, 0.422, 0.688, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.422 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.184, 0.453, 0.723, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.453 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.070, 0.345, 0.619, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.345 std_dev=0.274
O2' B 0, 0.054, 0.331, 0.609, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.331 std_dev=0.278
C4' B 0, 0.003, 0.282, 0.562, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.282 std_dev=0.280
C5' B 0, -0.021, 0.279, 0.579, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.279 std_dev=0.300
C3' B 0, 0.028, 0.338, 0.648, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.338 std_dev=0.310
N4 B 0, 0.161, 0.472, 0.783, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.472 std_dev=0.311
O5' B 0, 0.046, 0.368, 0.690, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.368 std_dev=0.322
O2' A 0, -0.044, 0.279, 0.601, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.279 std_dev=0.322
O3' B 0, 0.020, 0.348, 0.676, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.348 std_dev=0.328
P B 0, 0.062, 0.424, 0.786, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.424 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.094, 0.477, 0.860, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.477 std_dev=0.383
OP2 B 0, 0.138, 0.528, 0.919, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.528 std_dev=0.390
P A 0, -0.012, 0.384, 0.779, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.384 std_dev=0.395
C3' A 0, -0.102, 0.341, 0.785, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.341 std_dev=0.444
C4' A 0, -0.130, 0.354, 0.839, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.354 std_dev=0.484
O3' A 0, -0.085, 0.423, 0.930, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.423 std_dev=0.507
OP1 A 0, -0.050, 0.544, 1.137, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.544 std_dev=0.593
OP2 A 0, -0.136, 0.505, 1.145, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.505 std_dev=0.641
C5' A 0, -0.277, 0.675, 1.627, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.675 std_dev=0.952

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.23 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.22 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.19 0.02 0.03 0.02 0.37 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.18 0.00 0.02 0.00 0.22 0.27 0.03 0.13
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.22 0.15 0.31 0.01 0.01 0.03 0.40 0.46 0.07 0.28
C4 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.14 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.03 0.04 0.14 0.41 0.22
C4' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.11 0.00 0.07 0.07 0.14 0.15 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.26 0.24 0.02
C5 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.04 0.16 0.36 0.21
C5' 0.04 0.26 0.02 0.01 0.35 0.00 0.30 0.00 0.22 0.20 0.33 0.38 0.23 0.02 0.01 0.02 0.00 0.45 0.36 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.08 0.31 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.31 0.14
N3 0.00 0.00 0.05 0.22 0.00 0.14 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.19 0.03 0.04 0.08 0.41 0.20
N4 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.15 0.00 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.04 0.05 0.19 0.43 0.24
O2 0.01 0.00 0.18 0.31 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.29 0.01 0.02 0.03 0.36 0.15
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.12 0.03 0.09 0.02 0.07 0.06 0.12 0.13 0.09 0.00 0.02 0.08 0.03 0.12 0.13 0.03
O3' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.19 0.13 0.29 0.02 0.00 0.01 0.43 0.52 0.16 0.34
O4' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.11 0.08 0.29 0.14
O5' 0.01 0.03 0.22 0.40 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.43 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.02 0.27 0.46 0.14 0.26 0.16 0.45 0.08 0.01 0.08 0.19 0.03 0.12 0.52 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.37 0.03 0.07 0.41 0.24 0.36 0.36 0.31 0.31 0.41 0.43 0.36 0.13 0.16 0.29 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.13 0.28 0.22 0.02 0.21 0.01 0.17 0.14 0.20 0.24 0.15 0.03 0.34 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.11 0.17 0.14 0.18 0.18 0.24 0.17 0.12 0.10 0.15 0.05 0.07 0.17 0.14 0.24 0.29 0.26 0.27
C2 0.13 0.09 0.16 0.21 0.13 0.21 0.17 0.23 0.17 0.13 0.09 0.13 0.05 0.12 0.22 0.16 0.23 0.27 0.23 0.24
C2' 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.05 0.05 0.13 0.05 0.02 0.04 0.02 0.11 0.12 0.05 0.05 0.12 0.21 0.16 0.17
C3' 0.20 0.21 0.20 0.19 0.19 0.19 0.17 0.17 0.18 0.20 0.20 0.18 0.23 0.20 0.19 0.19 0.16 0.14 0.15 0.14
C4 0.18 0.12 0.21 0.26 0.15 0.24 0.18 0.25 0.20 0.16 0.12 0.14 0.08 0.20 0.25 0.20 0.25 0.26 0.24 0.25
C4' 0.12 0.10 0.06 0.04 0.06 0.15 0.06 0.16 0.08 0.09 0.08 0.05 0.12 0.08 0.05 0.17 0.09 0.10 0.07 0.10
C5 0.18 0.12 0.21 0.26 0.16 0.25 0.20 0.25 0.21 0.17 0.12 0.15 0.07 0.19 0.24 0.21 0.26 0.27 0.26 0.26
C5' 0.21 0.16 0.07 0.15 0.19 0.36 0.23 0.50 0.25 0.21 0.16 0.18 0.13 0.01 0.02 0.35 0.43 0.51 0.40 0.48
C6 0.14 0.10 0.16 0.24 0.15 0.24 0.19 0.26 0.19 0.15 0.11 0.15 0.05 0.11 0.23 0.19 0.26 0.28 0.26 0.26
N1 0.12 0.08 0.14 0.20 0.13 0.21 0.17 0.24 0.17 0.13 0.09 0.14 0.04 0.09 0.21 0.16 0.24 0.28 0.25 0.25
N3 0.15 0.10 0.19 0.24 0.14 0.23 0.17 0.24 0.18 0.15 0.10 0.13 0.06 0.17 0.24 0.18 0.23 0.26 0.23 0.24
N4 0.20 0.13 0.24 0.26 0.15 0.25 0.19 0.25 0.20 0.18 0.13 0.14 0.10 0.24 0.26 0.21 0.24 0.26 0.24 0.24
O2 0.11 0.08 0.14 0.19 0.12 0.18 0.15 0.21 0.16 0.11 0.08 0.12 0.04 0.11 0.21 0.14 0.21 0.26 0.22 0.23
O2' 0.13 0.12 0.09 0.17 0.21 0.23 0.26 0.34 0.25 0.17 0.15 0.23 0.06 0.06 0.12 0.21 0.35 0.46 0.41 0.43
O3' 0.22 0.24 0.23 0.22 0.22 0.20 0.20 0.19 0.20 0.22 0.23 0.21 0.25 0.22 0.23 0.20 0.18 0.16 0.17 0.16
O4' 0.03 0.03 0.05 0.10 0.05 0.03 0.08 0.08 0.06 0.01 0.02 0.06 0.08 0.07 0.17 0.05 0.12 0.20 0.16 0.15
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.12 0.04 0.16 0.11 0.13 0.05 0.07 0.14 0.05 0.12 0.02 0.04 0.18 0.26 0.27 0.24
OP1 0.04 0.17 0.08 0.01 0.23 0.16 0.21 0.26 0.15 0.12 0.22 0.26 0.15 0.02 0.01 0.08 0.11 0.25 0.07 0.13
OP2 0.06 0.10 0.04 0.07 0.11 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.05 0.00 0.08 0.15 0.19 0.18 0.17
P 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.02 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00