Doublet Group distance statistics: 54066

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2	A	0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1'	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1	A	0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N4	A	0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2'	A	0, -0.016, 0.203, 0.422, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.203 std_dev=0.219
O4'	A	0, 0.003, 0.223, 0.442, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.223 std_dev=0.219
O2'	A	0, 0.080, 0.322, 0.563, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.322 std_dev=0.241
C4'	A	0, 0.099, 0.413, 0.726, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.413 std_dev=0.314
C3'	A	0, 0.115, 0.453, 0.792, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.453 std_dev=0.339
C2'	B	0, 0.140, 0.492, 0.843, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.492 std_dev=0.351
P	A	0, 0.159, 0.557, 0.955, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.557 std_dev=0.398
C3'	B	0, 0.109, 0.535, 0.960, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.535 std_dev=0.426
O2'	B	0, 0.192, 0.656, 1.120, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.656 std_dev=0.464
O3'	B	0, -0.056, 0.431, 0.918, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.431 std_dev=0.487
O3'	A	0, 0.207, 0.709, 1.211, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.709 std_dev=0.502
C2	B	0, 0.215, 0.754, 1.293, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.754 std_dev=0.539
O2	B	0, 0.186, 0.727, 1.267, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.727 std_dev=0.540
C1'	B	0, 0.193, 0.736, 1.279, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.736 std_dev=0.543
OP1	A	0, -0.024, 0.522, 1.067, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.522 std_dev=0.546
N1	B	0, 0.219, 0.769, 1.318, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.769 std_dev=0.550
C5'	A	0, 0.106, 0.661, 1.215, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.661 std_dev=0.555
OP2	A	0, 0.240, 0.823, 1.405, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.823 std_dev=0.582
O5'	A	0, 0.096, 0.699, 1.302, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.699 std_dev=0.603
C4'	B	0, 0.227, 0.918, 1.609, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.918 std_dev=0.691
N3	B	0, 0.254, 0.966, 1.678, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.966 std_dev=0.712
O4'	B	0, 0.300, 1.028, 1.756, 1.596 max_d=1.596 avg_d=1.028 std_dev=0.728
C6	B	0, 0.276, 1.020, 1.764, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.020 std_dev=0.744
C4	B	0, 0.239, 1.116, 1.993, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.116 std_dev=0.877
C5'	B	0, 0.293, 1.170, 2.047, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.170 std_dev=0.877
C5	B	0, 0.261, 1.162, 2.062, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.162 std_dev=0.901
N4	B	0, 0.190, 1.331, 2.472, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.331 std_dev=1.141
O5'	B	0, 0.436, 1.592, 2.748, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.592 std_dev=1.156
P	B	0, 0.543, 1.905, 3.266, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.905 std_dev=1.362
OP1	B	0, 0.525, 2.057, 3.589, 3.676 max_d=3.676 avg_d=2.057 std_dev=1.532
OP2	B	0, 0.572, 2.439, 4.307, 4.534 max_d=4.534 avg_d=2.439 std_dev=1.867

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.13	0.04	0.42	0.14
C2	0.00	0.00	0.07	0.08	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.09	0.02	0.43	0.16	0.20	0.13
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.05	0.02	0.13	0.01	0.00	0.01	0.26	0.20	0.31	0.01
C3'	0.03	0.08	0.00	0.00	0.17	0.00	0.23	0.03	0.23	0.11	0.11	0.17	0.09	0.01	0.00	0.00	0.37	0.36	0.23	0.15
C4	0.01	0.01	0.02	0.17	0.00	0.09	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.24	0.01	0.67	0.32	0.30	0.35
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.09	0.00	0.13	0.00	0.13	0.06	0.06	0.10	0.03	0.09	0.03	0.01	0.01	0.13	0.47	0.11
C5	0.01	0.00	0.06	0.23	0.00	0.13	0.00	0.19	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.31	0.02	0.70	0.32	0.27	0.36
C5'	0.00	0.06	0.01	0.03	0.14	0.00	0.19	0.00	0.16	0.07	0.09	0.16	0.03	0.08	0.04	0.01	0.01	0.25	0.48	0.01
C6	0.00	0.01	0.08	0.23	0.00	0.13	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.28	0.03	0.58	0.20	0.18	0.19
N1	0.00	0.01	0.01	0.11	0.01	0.06	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.12	0.00	0.39	0.12	0.26	0.07
N3	0.01	0.01	0.05	0.11	0.00	0.06	0.01	0.09	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.15	0.01	0.56	0.25	0.22	0.25
N4	0.01	0.01	0.02	0.17	0.00	0.10	0.00	0.16	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.26	0.01	0.72	0.39	0.43	0.44
O2	0.01	0.00	0.13	0.09	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.22	0.11	0.03	0.32	0.11	0.23	0.07
O2'	0.00	0.13	0.01	0.01	0.06	0.09	0.03	0.08	0.06	0.03	0.12	0.06	0.22	0.00	0.04	0.09	0.14	0.19	0.33	0.05
O3'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.24	0.03	0.31	0.04	0.28	0.12	0.15	0.26	0.11	0.04	0.00	0.02	0.35	0.48	0.12	0.23
O4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.09	0.02	0.00	0.12	0.13	0.59	0.30
O5'	0.13	0.43	0.26	0.37	0.67	0.01	0.70	0.01	0.58	0.39	0.56	0.72	0.32	0.14	0.35	0.12	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.04	0.16	0.20	0.36	0.32	0.13	0.32	0.25	0.20	0.12	0.25	0.39	0.11	0.19	0.48	0.13	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.42	0.20	0.31	0.23	0.30	0.47	0.27	0.48	0.18	0.26	0.22	0.43	0.23	0.33	0.12	0.59	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.14	0.13	0.01	0.15	0.35	0.11	0.36	0.01	0.19	0.07	0.25	0.44	0.07	0.05	0.23	0.30	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.04	0.13	0.10	0.33	0.12	0.50	0.11	0.46	0.24	0.11	0.36	0.26	0.20	0.22	0.12	0.30	0.78	0.13	0.19
C2	0.18	0.06	0.08	0.09	0.54	0.11	0.76	0.14	0.67	0.34	0.20	0.59	0.35	0.18	0.05	0.18	0.15	1.27	0.42	0.56
C2'	0.17	0.04	0.13	0.04	0.33	0.04	0.55	0.02	0.51	0.24	0.07	0.35	0.31	0.16	0.08	0.11	0.32	0.82	0.29	0.27
C3'	0.27	0.05	0.25	0.17	0.33	0.16	0.58	0.13	0.58	0.31	0.09	0.33	0.23	0.22	0.12	0.22	0.29	0.79	0.31	0.30
C4	0.12	0.24	0.05	0.21	0.35	0.24	0.76	0.33	0.68	0.23	0.17	0.35	0.68	0.14	0.16	0.23	0.26	1.57	0.57	0.77
C4'	0.23	0.03	0.22	0.08	0.23	0.08	0.42	0.06	0.44	0.24	0.06	0.23	0.18	0.25	0.07	0.15	0.34	0.49	0.25	0.06
C5	0.05	0.40	0.04	0.17	0.06	0.18	0.46	0.25	0.48	0.06	0.36	0.07	0.74	0.11	0.18	0.15	0.24	1.36	0.32	0.57
C5'	0.33	0.04	0.36	0.21	0.18	0.21	0.37	0.08	0.43	0.27	0.06	0.18	0.13	0.48	0.23	0.27	0.31	0.36	0.32	0.04
C6	0.04	0.26	0.04	0.05	0.12	0.05	0.41	0.07	0.42	0.09	0.21	0.13	0.58	0.11	0.05	0.06	0.27	1.05	0.18	0.35
N1	0.14	0.05	0.09	0.05	0.34	0.06	0.57	0.05	0.54	0.24	0.05	0.36	0.40	0.16	0.09	0.11	0.22	1.04	0.22	0.37
N3	0.17	0.05	0.06	0.16	0.58	0.19	0.86	0.27	0.74	0.34	0.15	0.63	0.48	0.16	0.08	0.23	0.21	1.49	0.59	0.74
N4	0.15	0.33	0.09	0.27	0.34	0.33	0.85	0.45	0.72	0.23	0.31	0.33	0.72	0.14	0.24	0.30	0.37	1.77	0.77	0.97
O2	0.22	0.19	0.11	0.08	0.66	0.10	0.82	0.12	0.70	0.40	0.35	0.74	0.20	0.20	0.10	0.19	0.13	1.23	0.44	0.55
O2'	0.19	0.04	0.17	0.09	0.33	0.12	0.52	0.07	0.48	0.24	0.09	0.36	0.27	0.23	0.15	0.14	0.29	0.75	0.24	0.22
O3'	0.28	0.06	0.27	0.21	0.37	0.19	0.63	0.17	0.62	0.33	0.11	0.38	0.23	0.22	0.18	0.24	0.28	0.79	0.35	0.35
O4'	0.17	0.03	0.14	0.14	0.21	0.15	0.37	0.19	0.37	0.20	0.06	0.22	0.19	0.17	0.27	0.12	0.39	0.52	0.19	0.05
O5'	0.23	0.17	0.25	0.15	0.40	0.04	0.58	0.07	0.56	0.32	0.22	0.41	0.18	0.14	0.00	0.12	0.35	0.51	0.30	0.20
OP1	0.15	0.29	0.05	0.14	0.30	0.27	0.29	0.40	0.25	0.20	0.31	0.33	0.38	0.07	0.01	0.25	0.66	0.31	0.64	0.45
OP2	0.05	0.27	0.08	0.03	0.26	0.13	0.40	0.23	0.41	0.14	0.29	0.29	0.43	0.09	0.00	0.11	0.34	0.83	0.32	0.38
P	0.01	0.16	0.03	0.01	0.16	0.07	0.29	0.09	0.29	0.08	0.16	0.18	0.32	0.02	0.00	0.03	0.40	0.36	0.30	0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.74	0.32	0.30
C2	0.01	0.00	0.15	0.15	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.17	0.04	0.12	0.90	0.43	0.37
C2'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.12	0.02	0.12	0.04	0.28	0.00	0.01	0.00	0.14	0.74	0.13	0.23
C3'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.08	0.00	0.13	0.01	0.16	0.04	0.13	0.09	0.24	0.01	0.00	0.00	0.21	0.62	0.02	0.16
C4	0.02	0.00	0.03	0.08	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.09	0.03	0.21	1.02	0.46	0.41
C4'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.04	0.03	0.06	0.07	0.06	0.04	0.02	0.00	0.01	0.37	0.12	0.14
C5	0.02	0.00	0.09	0.13	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.17	0.08	0.21	1.09	0.44	0.42
C5'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.12	0.00	0.12	0.00	0.09	0.06	0.10	0.13	0.06	0.04	0.00	0.00	0.01	0.05	0.01	0.00
C6	0.02	0.01	0.12	0.16	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.19	0.10	0.16	1.05	0.40	0.41
N1	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.04	0.02	0.11	0.91	0.39	0.37
N3	0.01	0.00	0.12	0.13	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.12	0.15	0.02	0.17	0.96	0.46	0.40
N4	0.02	0.00	0.04	0.09	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.10	0.03	0.23	1.01	0.46	0.41
O2	0.01	0.00	0.28	0.24	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.26	0.31	0.08	0.09	0.81	0.41	0.34
O2'	0.00	0.14	0.00	0.01	0.04	0.04	0.05	0.04	0.07	0.02	0.12	0.04	0.26	0.00	0.02	0.02	0.05	0.64	0.16	0.22
O3'	0.02	0.17	0.01	0.00	0.09	0.02	0.17	0.00	0.19	0.04	0.15	0.10	0.31	0.02	0.00	0.02	0.23	0.47	0.10	0.10
O4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.10	0.02	0.02	0.03	0.08	0.02	0.02	0.00	0.14	0.54	0.34	0.26
O5'	0.03	0.12	0.14	0.21	0.21	0.01	0.21	0.01	0.16	0.11	0.17	0.23	0.09	0.05	0.23	0.14	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.74	0.90	0.74	0.62	1.02	0.37	1.09	0.05	1.05	0.91	0.96	1.01	0.81	0.64	0.47	0.54	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.32	0.43	0.13	0.02	0.46	0.12	0.44	0.01	0.40	0.39	0.46	0.46	0.41	0.16	0.10	0.34	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.30	0.37	0.23	0.16	0.41	0.14	0.42	0.00	0.41	0.37	0.40	0.41	0.34	0.22	0.10	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00