ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54068

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O3' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
OP2 A 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O3' B 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
P A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C5' A 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C3' B 0, 0.000, 0.191, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C4' B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O2' B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.000, 0.268, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.268 std_dev=0.268
O5' B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
P B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
N1 B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.000, 0.346, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C2 B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
N3 B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
OP2 B 0, 0.000, 0.428, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C4 B 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
N4 B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.04 0.06
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.04
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.10 0.05
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
O5' 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.08 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.05 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
C2 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C4 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.04 0.04 0.10 0.09 0.02 0.07 0.06
C4' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05
C5 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.08 0.02 0.07 0.05
C5' 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00
C6 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01
N1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01
N3 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.03 0.03 0.08 0.07 0.01 0.04 0.03
N4 0.11 0.12 0.09 0.08 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.06 0.05 0.13 0.13 0.04 0.11 0.09
O2 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.03
O2' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04
O3' 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.11 0.11 0.09
O4' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.07 0.06
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05
OP1 0.03 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.06
OP2 0.04 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04
P 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.04
N4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04
O2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.05
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.02 0.08 0.00 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00