ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' B 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O4' A 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C4' A 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O3' A 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C3' B 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.000, 0.404, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.404 std_dev=0.404
N1 B 0, 0.000, 0.459, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.000, 0.465, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.465 std_dev=0.465
C4' B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C5' A 0, 0.000, 0.557, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.557 std_dev=0.557
O2 B 0, 0.000, 0.658, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.658 std_dev=0.658
P A 0, 0.000, 0.659, 1.319, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.659 std_dev=0.659
C2 B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
OP2 A 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
O5' A 0, 0.000, 0.695, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.695 std_dev=0.695
C6 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
C5' B 0, 0.000, 0.762, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.762 std_dev=0.762
O5' B 0, 0.000, 0.788, 1.576, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.788 std_dev=0.788
OP1 A 0, 0.000, 0.836, 1.672, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.836 std_dev=0.836
N3 B 0, 0.000, 0.983, 1.965, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.983 std_dev=0.983
C5 B 0, 0.000, 0.998, 1.995, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.998 std_dev=0.998
C4 B 0, 0.000, 1.108, 2.216, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.108 std_dev=1.108
P B 0, 0.000, 1.182, 2.364, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.182 std_dev=1.182
OP2 B 0, 0.000, 1.286, 2.572, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.286 std_dev=1.286
N4 B 0, 0.000, 1.433, 2.866, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.433 std_dev=1.433
OP1 B 0, 0.000, 1.473, 2.947, 2.947 max_d=2.947 avg_d=1.473 std_dev=1.473

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.03 0.01 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.31 0.19 0.24 0.21
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.23 0.14 0.08 0.11
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.29 0.24 0.04 0.16
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.41 0.33 0.39 0.35
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.05
C5 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.43 0.35 0.39 0.36
C5' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.05 0.05 0.09 0.12 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.31 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.38 0.26 0.25 0.28
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.29 0.16 0.17 0.18
N3 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.37 0.27 0.33 0.28
N4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.43 0.38 0.44 0.38
O2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.25 0.13 0.19 0.15
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05 0.00 0.01 0.21 0.22 0.00 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.08
O5' 0.15 0.31 0.23 0.29 0.41 0.00 0.43 0.00 0.38 0.29 0.37 0.43 0.25 0.08 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.19 0.14 0.24 0.33 0.04 0.35 0.17 0.26 0.16 0.27 0.38 0.13 0.00 0.22 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.24 0.08 0.04 0.39 0.19 0.39 0.31 0.25 0.17 0.33 0.44 0.19 0.00 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.21 0.11 0.16 0.35 0.05 0.36 0.01 0.28 0.18 0.28 0.38 0.15 0.01 0.12 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.02 0.03 0.07 0.04 0.14 0.07 0.05 0.05 0.36 0.23 0.18
C2 0.02 0.03 0.00 0.08 0.23 0.06 0.29 0.10 0.24 0.11 0.10 0.25 0.14 0.16 0.07 0.05 0.14 0.08 0.03 0.06
C2' 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.03 0.11 0.02 0.09 0.03 0.02 0.08 0.07 0.13 0.01 0.03 0.01 0.32 0.19 0.14
C3' 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.02 0.08 0.07 0.08 0.02 0.08 0.05 0.04 0.35 0.27 0.18
C4 0.03 0.16 0.03 0.19 0.08 0.19 0.28 0.25 0.26 0.07 0.16 0.06 0.35 0.09 0.19 0.14 0.29 0.13 0.18 0.22
C4' 0.06 0.02 0.06 0.00 0.08 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.12 0.00 0.04 0.08 0.51 0.41 0.31
C5 0.00 0.26 0.01 0.18 0.14 0.18 0.08 0.23 0.13 0.03 0.31 0.18 0.37 0.06 0.21 0.12 0.24 0.05 0.04 0.12
C5' 0.13 0.07 0.14 0.09 0.20 0.15 0.14 0.07 0.04 0.00 0.17 0.28 0.02 0.28 0.17 0.14 0.05 0.53 0.50 0.34
C6 0.02 0.20 0.02 0.11 0.11 0.10 0.03 0.11 0.06 0.05 0.21 0.13 0.28 0.07 0.15 0.05 0.10 0.14 0.12 0.03
N1 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.14 0.05 0.13 0.03 0.02 0.07 0.16 0.13 0.05 0.02 0.06 0.20 0.10 0.05
N3 0.04 0.02 0.02 0.14 0.25 0.13 0.35 0.19 0.30 0.13 0.06 0.27 0.24 0.13 0.13 0.11 0.23 0.06 0.16 0.18
N4 0.05 0.18 0.04 0.22 0.09 0.24 0.34 0.32 0.31 0.08 0.21 0.06 0.38 0.07 0.22 0.18 0.37 0.28 0.32 0.35
O2 0.02 0.13 0.01 0.05 0.32 0.02 0.33 0.05 0.25 0.15 0.23 0.36 0.03 0.19 0.02 0.03 0.10 0.13 0.03 0.04
O2' 0.06 0.05 0.08 0.09 0.14 0.13 0.12 0.13 0.08 0.03 0.10 0.17 0.00 0.20 0.13 0.11 0.08 0.43 0.24 0.22
O3' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.40 0.31 0.22
O4' 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.11 0.47 0.35 0.28
O5' 0.05 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.06 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 0.53 0.31 0.30
OP1 0.08 0.14 0.04 0.06 0.19 0.12 0.18 0.17 0.14 0.12 0.17 0.21 0.11 0.01 0.00 0.12 0.13 0.57 0.37 0.38
OP2 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.11 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.30 0.25
P 0.00 0.06 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.09 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.48 0.30 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.15 0.19 0.16 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.21 0.13 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.24 0.14 0.11
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.19 0.20 0.19 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.17 0.14 0.11 0.12
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.12 0.00 0.11 0.00 0.09 0.07 0.11 0.13 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.14 0.08 0.06
N3 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.18 0.22 0.20 0.15
N4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.20 0.22 0.22 0.18
O2 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.13 0.20 0.16 0.10
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.10 0.05
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.33 0.20 0.17
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07
O5' 0.06 0.15 0.05 0.03 0.19 0.01 0.17 0.00 0.14 0.12 0.18 0.20 0.13 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.19 0.21 0.24 0.20 0.11 0.14 0.05 0.10 0.14 0.22 0.22 0.20 0.18 0.33 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.16 0.13 0.14 0.19 0.02 0.11 0.01 0.04 0.08 0.20 0.22 0.16 0.10 0.20 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.11 0.08 0.11 0.16 0.01 0.12 0.00 0.06 0.06 0.15 0.18 0.10 0.05 0.17 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00