ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C3' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O4' B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C4' B 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C5' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
OP2 A 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
P B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
OP1 B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
P A 0, 0.000, 0.327, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C6 B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
O3' B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
O2' B 0, 0.000, 0.367, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.367 std_dev=0.367
OP2 B 0, 0.000, 0.385, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
O2 B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C5 B 0, 0.000, 0.538, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.538 std_dev=0.538
OP1 A 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
N3 B 0, 0.000, 0.592, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.592 std_dev=0.592
C4 B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
O5' A 0, 0.000, 0.748, 1.496, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.748 std_dev=0.748
N4 B 0, 0.000, 0.867, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.867 std_dev=0.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.17 0.38 0.07 0.11
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.34 0.38 0.04 0.18
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.16 0.37 0.11 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.35 0.14 0.07
C4 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.44 0.31 0.00 0.21
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.35 0.16 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.45 0.30 0.00 0.22
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.19 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.41 0.34 0.02 0.20
N1 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.33 0.38 0.04 0.18
N3 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.39 0.35 0.02 0.20
N4 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.46 0.29 0.01 0.22
O2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.28 0.40 0.04 0.17
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.31 0.17 0.00
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.31 0.19 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.09 0.38 0.09 0.08
O5' 0.17 0.34 0.16 0.17 0.44 0.01 0.45 0.00 0.41 0.33 0.39 0.46 0.28 0.03 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.38 0.38 0.37 0.35 0.31 0.35 0.30 0.32 0.34 0.38 0.35 0.29 0.40 0.31 0.31 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.04 0.11 0.14 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.17 0.19 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.09 0.07 0.21 0.02 0.22 0.00 0.20 0.18 0.20 0.22 0.17 0.00 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.03 0.18 0.14 0.15 0.02 0.01 0.13 0.14 0.13 0.08 0.02 0.13 0.12 0.13 0.14
C2 0.03 0.09 0.01 0.04 0.02 0.08 0.11 0.15 0.11 0.00 0.07 0.03 0.18 0.05 0.03 0.04 0.14 0.15 0.16 0.17
C2' 0.06 0.05 0.09 0.04 0.11 0.02 0.19 0.13 0.15 0.02 0.01 0.15 0.15 0.15 0.10 0.01 0.12 0.10 0.11 0.12
C3' 0.09 0.06 0.13 0.06 0.13 0.01 0.21 0.15 0.16 0.00 0.01 0.17 0.18 0.22 0.13 0.00 0.13 0.11 0.10 0.12
C4 0.05 0.16 0.00 0.08 0.07 0.09 0.03 0.15 0.05 0.05 0.16 0.08 0.25 0.03 0.11 0.03 0.13 0.11 0.13 0.15
C4' 0.08 0.03 0.14 0.09 0.16 0.01 0.23 0.15 0.17 0.02 0.04 0.21 0.14 0.23 0.18 0.00 0.14 0.10 0.10 0.12
C5 0.07 0.16 0.02 0.08 0.05 0.09 0.04 0.16 0.05 0.06 0.14 0.05 0.25 0.07 0.11 0.02 0.12 0.09 0.11 0.13
C5' 0.11 0.05 0.19 0.11 0.15 0.02 0.23 0.16 0.16 0.00 0.03 0.21 0.17 0.29 0.21 0.03 0.14 0.09 0.09 0.11
C6 0.07 0.11 0.04 0.05 0.01 0.08 0.10 0.17 0.09 0.02 0.08 0.02 0.20 0.11 0.05 0.02 0.13 0.09 0.11 0.14
N1 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.07 0.13 0.16 0.12 0.00 0.04 0.06 0.17 0.09 0.00 0.03 0.14 0.12 0.14 0.16
N3 0.04 0.13 0.00 0.06 0.04 0.09 0.06 0.15 0.07 0.03 0.12 0.04 0.22 0.03 0.07 0.04 0.13 0.14 0.15 0.17
N4 0.05 0.19 0.03 0.10 0.12 0.10 0.02 0.15 0.02 0.07 0.20 0.14 0.28 0.01 0.14 0.03 0.12 0.11 0.13 0.15
O2 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.07 0.13 0.15 0.13 0.02 0.04 0.06 0.16 0.05 0.00 0.05 0.15 0.17 0.18 0.19
O2' 0.07 0.04 0.12 0.09 0.12 0.03 0.19 0.07 0.14 0.01 0.02 0.16 0.13 0.16 0.17 0.00 0.07 0.07 0.07 0.08
O3' 0.09 0.06 0.15 0.08 0.15 0.00 0.23 0.15 0.17 0.01 0.02 0.20 0.18 0.25 0.16 0.00 0.13 0.11 0.10 0.12
O4' 0.06 0.03 0.10 0.05 0.13 0.01 0.20 0.15 0.16 0.03 0.03 0.17 0.12 0.17 0.13 0.01 0.13 0.10 0.11 0.13
O5' 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.03 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.17 0.44 0.38 0.33
OP1 0.01 0.02 0.10 0.01 0.08 0.16 0.13 0.29 0.10 0.01 0.02 0.10 0.06 0.09 0.00 0.10 0.15 0.05 0.09 0.04
OP2 0.00 0.08 0.04 0.04 0.24 0.05 0.28 0.12 0.21 0.10 0.16 0.28 0.00 0.14 0.00 0.04 0.09 0.10 0.02 0.01
P 0.01 0.03 0.05 0.00 0.13 0.07 0.16 0.11 0.12 0.04 0.07 0.15 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.17 0.15 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.11 0.15 0.26 0.20
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.08 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.07 0.07
C4 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.20 0.29 0.39 0.31
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.02 0.21 0.30 0.38 0.30
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.05 0.07 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.17 0.21 0.26 0.23
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.13 0.21 0.17
N3 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.16 0.23 0.35 0.27
N4 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.01 0.22 0.35 0.45 0.35
O2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.08 0.10 0.23 0.17
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.08 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.21 0.13 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.11 0.10
O5' 0.03 0.11 0.02 0.04 0.20 0.01 0.21 0.00 0.17 0.10 0.16 0.22 0.08 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.15 0.09 0.13 0.29 0.04 0.30 0.01 0.21 0.13 0.23 0.35 0.10 0.08 0.21 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.26 0.02 0.07 0.39 0.01 0.38 0.00 0.26 0.21 0.35 0.45 0.23 0.01 0.13 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.20 0.02 0.07 0.31 0.01 0.30 0.00 0.23 0.17 0.27 0.35 0.17 0.00 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00