ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54076

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 19, 19, 14, 5, 5, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.037 std_dev=0.024
P B 0, 0.093, 0.284, 0.475, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.284 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.065, 0.289, 0.513, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.289 std_dev=0.224
OP1 B 0, 0.106, 0.374, 0.642, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.374 std_dev=0.268
C2' A 0, -0.126, 0.156, 0.438, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.156 std_dev=0.282
O2' A 0, -0.090, 0.206, 0.502, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.206 std_dev=0.296
O4' A 0, -0.138, 0.168, 0.475, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.168 std_dev=0.306
O5' B 0, -0.074, 0.386, 0.847, 3.654 max_d=3.654 avg_d=0.386 std_dev=0.461
C3' A 0, -0.220, 0.261, 0.742, 3.258 max_d=3.258 avg_d=0.261 std_dev=0.481
C4' A 0, -0.236, 0.256, 0.748, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.256 std_dev=0.492
O3' A 0, -0.237, 0.359, 0.955, 3.942 max_d=3.942 avg_d=0.359 std_dev=0.596
C5' B 0, -0.195, 0.482, 1.159, 4.461 max_d=4.461 avg_d=0.482 std_dev=0.677
C5' A 0, -0.413, 0.413, 1.240, 5.893 max_d=5.893 avg_d=0.413 std_dev=0.826
C4' B 0, -0.411, 0.462, 1.336, 7.192 max_d=7.192 avg_d=0.462 std_dev=0.874
O5' A 0, -0.460, 0.416, 1.292, 6.296 max_d=6.296 avg_d=0.416 std_dev=0.876
O4' B 0, -0.456, 0.520, 1.496, 8.285 max_d=8.285 avg_d=0.520 std_dev=0.976
C3' B 0, -0.610, 0.542, 1.694, 8.806 max_d=8.806 avg_d=0.542 std_dev=1.152
P A 0, -0.673, 0.533, 1.738, 9.030 max_d=9.030 avg_d=0.533 std_dev=1.206
C1' B 0, -0.725, 0.592, 1.909, 10.668 max_d=10.668 avg_d=0.592 std_dev=1.317
OP2 A 0, -0.671, 0.673, 2.018, 9.904 max_d=9.904 avg_d=0.673 std_dev=1.345
C2' B 0, -0.768, 0.622, 2.013, 10.696 max_d=10.696 avg_d=0.622 std_dev=1.390
O3' B 0, -0.795, 0.598, 1.992, 10.759 max_d=10.759 avg_d=0.598 std_dev=1.394
OP1 A 0, -0.733, 0.719, 2.171, 9.980 max_d=9.980 avg_d=0.719 std_dev=1.452
N9 B 0, -0.834, 0.739, 2.311, 11.948 max_d=11.948 avg_d=0.739 std_dev=1.572
C4 B 0, -0.835, 0.823, 2.480, 12.226 max_d=12.226 avg_d=0.823 std_dev=1.658
O2' B 0, -0.934, 0.864, 2.661, 12.812 max_d=12.812 avg_d=0.864 std_dev=1.798
N3 B 0, -0.628, 1.205, 3.038, 11.138 max_d=11.138 avg_d=1.205 std_dev=1.833
C5 B 0, -1.104, 0.922, 2.947, 14.240 max_d=14.240 avg_d=0.922 std_dev=2.025
C8 B 0, -0.940, 1.180, 3.299, 13.687 max_d=13.687 avg_d=1.180 std_dev=2.119
C2 B 0, -0.775, 1.473, 3.720, 12.415 max_d=12.415 avg_d=1.473 std_dev=2.248
C6 B 0, -1.220, 1.043, 3.306, 15.374 max_d=15.374 avg_d=1.043 std_dev=2.263
N1 B 0, -0.959, 1.372, 3.702, 14.479 max_d=14.479 avg_d=1.372 std_dev=2.331
N7 B 0, -1.086, 1.273, 3.633, 15.036 max_d=15.036 avg_d=1.273 std_dev=2.360
N6 B 0, -1.445, 1.203, 3.851, 17.505 max_d=17.505 avg_d=1.203 std_dev=2.648

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.12 0.12 0.18 0.12
C2 0.04 0.00 0.20 0.27 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.27 0.11 0.33 0.42 0.62 0.41
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.03 0.11 0.08 0.16 0.20 0.10 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.18 0.28 0.12
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.19 0.00 0.18 0.02 0.22 0.12 0.25 0.24 0.21 0.14 0.11 0.02 0.01 0.01 0.06 0.21 0.32 0.13
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.06 0.29 0.33 0.49 0.35
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.07 0.09 0.02 0.00 0.02 0.09 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.03 0.35 0.40 0.61 0.44
C5' 0.04 0.18 0.03 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.20 0.22 0.19 0.15 0.23 0.24 0.14 0.06 0.06 0.02 0.01 0.07 0.15 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.22 0.05 0.37 0.47 0.72 0.50
C8 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.08 0.30 0.30 0.36 0.34
N1 0.03 0.01 0.16 0.25 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.26 0.08 0.36 0.47 0.71 0.48
N3 0.04 0.00 0.20 0.24 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.24 0.11 0.29 0.35 0.51 0.34
N6 0.02 0.02 0.10 0.21 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.22 0.04 0.39 0.51 0.79 0.54
N7 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.05 0.35 0.40 0.54 0.44
N9 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.24 0.24 0.33 0.26
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.15 0.32 0.10
O3' 0.03 0.27 0.03 0.01 0.17 0.02 0.18 0.06 0.22 0.12 0.26 0.24 0.22 0.15 0.09 0.05 0.00 0.02 0.10 0.29 0.48 0.21
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.08 0.11 0.04 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.09 0.12 0.10
O5' 0.12 0.33 0.09 0.06 0.29 0.02 0.35 0.01 0.37 0.30 0.36 0.29 0.39 0.35 0.24 0.05 0.10 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.42 0.18 0.21 0.33 0.09 0.40 0.07 0.47 0.30 0.47 0.35 0.51 0.40 0.24 0.15 0.29 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.62 0.28 0.32 0.49 0.22 0.61 0.15 0.72 0.36 0.71 0.51 0.79 0.54 0.33 0.32 0.48 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.41 0.12 0.13 0.35 0.05 0.44 0.03 0.50 0.34 0.48 0.34 0.54 0.44 0.26 0.10 0.21 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.65 0.87 1.00 0.83 0.39 0.51 0.46 0.46 0.50 0.96 0.76 0.69 0.58 0.84 0.58 1.42 0.97 0.35 0.31 0.14 0.24 0.12
C2 0.31 1.23 0.63 0.50 0.61 0.21 0.74 0.30 0.99 0.83 1.22 0.95 1.09 0.87 0.45 0.93 0.57 0.16 0.26 0.14 0.15 0.11
C2' 0.56 0.77 0.91 0.82 0.22 0.54 0.30 0.49 0.42 0.78 0.69 0.56 0.51 0.66 0.43 1.29 1.00 0.34 0.30 0.14 0.21 0.09
C3' 0.75 0.51 1.06 1.00 0.29 0.72 0.29 0.59 0.24 0.78 0.44 0.40 0.33 0.62 0.57 1.41 1.20 0.54 0.42 0.12 0.21 0.14
C4 0.40 1.02 0.79 0.63 0.38 0.33 0.48 0.37 0.67 0.82 0.94 0.78 0.74 0.76 0.39 1.12 0.71 0.16 0.27 0.14 0.20 0.10
C4' 0.94 0.55 1.22 1.10 0.52 0.81 0.51 0.64 0.37 0.98 0.46 0.54 0.42 0.82 0.78 1.62 1.29 0.67 0.49 0.17 0.26 0.22
C5 0.34 1.02 0.71 0.56 0.39 0.29 0.47 0.35 0.65 0.78 0.93 0.79 0.70 0.72 0.35 0.98 0.61 0.14 0.27 0.14 0.19 0.10
C5' 1.16 0.54 1.40 1.29 0.72 1.03 0.67 0.81 0.48 1.08 0.44 0.65 0.45 0.90 0.98 1.76 1.50 0.91 0.66 0.32 0.36 0.38
C6 0.27 1.17 0.58 0.44 0.57 0.19 0.65 0.28 0.86 0.78 1.11 0.92 0.91 0.79 0.41 0.80 0.47 0.18 0.26 0.14 0.15 0.11
C8 0.61 0.80 0.98 0.79 0.31 0.49 0.37 0.46 0.38 0.93 0.64 0.64 0.44 0.78 0.54 1.31 0.86 0.35 0.32 0.14 0.26 0.12
N1 0.31 1.27 0.58 0.44 0.68 0.18 0.80 0.27 1.03 0.84 1.26 1.00 1.11 0.89 0.49 0.81 0.48 0.23 0.27 0.15 0.13 0.12
N3 0.36 1.12 0.73 0.59 0.48 0.29 0.60 0.35 0.82 0.82 1.09 0.85 0.92 0.80 0.40 1.07 0.68 0.13 0.26 0.14 0.17 0.10
N6 0.28 1.19 0.50 0.37 0.64 0.18 0.70 0.25 0.87 0.77 1.11 0.97 0.90 0.80 0.46 0.64 0.37 0.27 0.28 0.15 0.13 0.14
N7 0.45 0.86 0.83 0.65 0.26 0.39 0.33 0.41 0.42 0.82 0.71 0.68 0.46 0.70 0.40 1.07 0.68 0.24 0.30 0.14 0.24 0.10
N9 0.56 0.89 0.93 0.76 0.33 0.45 0.41 0.43 0.50 0.90 0.78 0.69 0.57 0.78 0.49 1.30 0.86 0.28 0.29 0.14 0.24 0.11
O2' 0.53 0.87 0.88 0.78 0.32 0.47 0.41 0.45 0.55 0.80 0.81 0.65 0.65 0.71 0.44 1.31 0.96 0.26 0.26 0.19 0.26 0.14
O3' 0.76 0.44 1.06 1.02 0.31 0.74 0.30 0.60 0.27 0.74 0.42 0.35 0.36 0.58 0.58 1.40 1.25 0.56 0.43 0.15 0.21 0.16
O4' 0.87 0.75 1.17 0.98 0.53 0.68 0.57 0.55 0.49 1.09 0.63 0.66 0.55 0.94 0.78 1.62 1.13 0.56 0.41 0.15 0.27 0.18
O5' 1.15 0.48 1.41 1.37 0.70 1.10 0.63 0.90 0.42 1.04 0.37 0.62 0.37 0.85 0.95 1.68 1.53 0.95 0.74 0.39 0.44 0.46
OP1 1.42 0.79 1.62 1.58 1.03 1.40 0.95 1.15 0.76 1.26 0.69 0.96 0.70 1.09 1.24 1.82 1.80 1.26 0.93 0.60 0.60 0.64
OP2 1.22 0.47 1.37 1.43 0.80 1.32 0.73 1.20 0.52 1.07 0.39 0.67 0.47 0.91 1.03 1.49 1.54 1.16 0.99 0.77 0.86 0.82
P 1.34 0.59 1.53 1.55 0.89 1.35 0.79 1.13 0.58 1.13 0.49 0.79 0.50 0.95 1.12 1.70 1.75 1.20 0.93 0.60 0.64 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.20 0.20 0.14
C2 0.05 0.00 0.53 0.33 0.02 0.24 0.02 0.42 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.70 0.17 0.31 0.57 0.77 0.91 0.75
C2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.26 0.01 0.10 0.10 0.21 0.30 0.40 0.54 0.14 0.19 0.03 0.01 0.03 0.03 0.37 0.28 0.45 0.35
C3' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.17 0.01 0.14 0.02 0.18 0.21 0.27 0.32 0.17 0.18 0.09 0.03 0.01 0.02 0.22 0.21 0.35 0.20
C4 0.03 0.02 0.26 0.17 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.34 0.11 0.17 0.26 0.40 0.43 0.29
C4' 0.03 0.24 0.01 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.11 0.17 0.18 0.23 0.10 0.14 0.05 0.13 0.02 0.01 0.02 0.17 0.15 0.04
C5 0.02 0.02 0.10 0.14 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.20 0.10 0.07 0.28 0.41 0.44 0.30
C5' 0.04 0.42 0.10 0.02 0.19 0.01 0.18 0.00 0.23 0.30 0.33 0.38 0.22 0.27 0.12 0.06 0.09 0.02 0.01 0.22 0.19 0.02
C6 0.03 0.02 0.21 0.18 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.32 0.10 0.13 0.30 0.51 0.56 0.37
C8 0.02 0.03 0.30 0.21 0.01 0.17 0.02 0.30 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.41 0.15 0.16 0.50 0.50 0.59 0.57
N1 0.04 0.01 0.40 0.27 0.02 0.18 0.02 0.33 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.54 0.13 0.24 0.45 0.67 0.79 0.59
N3 0.05 0.01 0.54 0.32 0.01 0.23 0.02 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.68 0.17 0.32 0.51 0.64 0.76 0.63
N6 0.04 0.03 0.14 0.17 0.02 0.10 0.03 0.22 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.25 0.11 0.09 0.30 0.51 0.56 0.37
N7 0.02 0.02 0.19 0.18 0.02 0.14 0.01 0.27 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.30 0.13 0.09 0.45 0.51 0.57 0.53
N9 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.12 0.02 0.26 0.29 0.31 0.24
O2' 0.02 0.70 0.01 0.03 0.34 0.13 0.20 0.06 0.32 0.41 0.54 0.68 0.25 0.30 0.11 0.00 0.07 0.08 0.30 0.17 0.49 0.32
O3' 0.17 0.17 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.09 0.10 0.15 0.13 0.17 0.11 0.13 0.12 0.07 0.00 0.10 0.12 0.19 0.28 0.13
O4' 0.01 0.31 0.03 0.02 0.17 0.01 0.07 0.02 0.13 0.16 0.24 0.32 0.09 0.09 0.02 0.08 0.10 0.00 0.14 0.23 0.20 0.14
O5' 0.18 0.57 0.37 0.22 0.26 0.02 0.28 0.01 0.30 0.50 0.45 0.51 0.30 0.45 0.26 0.30 0.12 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.77 0.28 0.21 0.40 0.17 0.41 0.22 0.51 0.50 0.67 0.64 0.51 0.51 0.29 0.17 0.19 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.91 0.45 0.35 0.43 0.15 0.44 0.19 0.56 0.59 0.79 0.76 0.56 0.57 0.31 0.49 0.28 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.75 0.35 0.20 0.29 0.04 0.30 0.02 0.37 0.57 0.59 0.63 0.37 0.53 0.24 0.32 0.13 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00