Doublet Group distance statistics: 54077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 13, 11, 5, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N6	A	0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N7	A	0, 0.004, 0.030, 0.056, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C8	A	0, 0.005, 0.033, 0.060, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.033 std_dev=0.028
OP2	B	0, 0.180, 0.307, 0.433, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.307 std_dev=0.126
P	B	0, 0.145, 0.286, 0.427, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.286 std_dev=0.141
O5'	B	0, 0.093, 0.271, 0.450, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.271 std_dev=0.178
C5'	B	0, 0.134, 0.320, 0.506, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.320 std_dev=0.186
OP1	B	0, 0.175, 0.401, 0.627, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.401 std_dev=0.226
O3'	A	0, -0.059, 0.199, 0.457, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.199 std_dev=0.258
C4'	B	0, 0.079, 0.357, 0.636, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.357 std_dev=0.278
C3'	B	0, 0.077, 0.356, 0.636, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.356 std_dev=0.280
O4'	B	0, 0.043, 0.399, 0.755, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.399 std_dev=0.356
C1'	B	0, -0.063, 0.460, 0.982, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.460 std_dev=0.522
C3'	A	0, -0.253, 0.270, 0.794, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.270 std_dev=0.524
C2'	B	0, -0.098, 0.513, 1.125, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.513 std_dev=0.612
C8	B	0, -0.211, 0.411, 1.033, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.411 std_dev=0.622
O4'	A	0, -0.326, 0.296, 0.919, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.296 std_dev=0.622
N9	B	0, -0.188, 0.445, 1.079, 2.757 max_d=2.757 avg_d=0.445 std_dev=0.634
C2'	A	0, -0.357, 0.288, 0.932, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.288 std_dev=0.645
O3'	B	0, -0.167, 0.541, 1.250, 3.166 max_d=3.166 avg_d=0.541 std_dev=0.708
C4'	A	0, -0.383, 0.366, 1.115, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.366 std_dev=0.749
N7	B	0, -0.354, 0.451, 1.256, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.451 std_dev=0.805
C4	B	0, -0.303, 0.523, 1.348, 3.441 max_d=3.441 avg_d=0.523 std_dev=0.826
C5	B	0, -0.390, 0.522, 1.434, 3.716 max_d=3.716 avg_d=0.522 std_dev=0.912
N3	B	0, -0.321, 0.618, 1.556, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.618 std_dev=0.938
O2'	B	0, -0.240, 0.756, 1.752, 4.236 max_d=4.236 avg_d=0.756 std_dev=0.996
O2'	A	0, -0.603, 0.499, 1.601, 4.322 max_d=4.322 avg_d=0.499 std_dev=1.102
C6	B	0, -0.475, 0.630, 1.735, 4.441 max_d=4.441 avg_d=0.630 std_dev=1.105
C2	B	0, -0.399, 0.710, 1.819, 4.622 max_d=4.622 avg_d=0.710 std_dev=1.109
N1	B	0, -0.468, 0.723, 1.913, 4.899 max_d=4.899 avg_d=0.723 std_dev=1.190
N6	B	0, -0.555, 0.674, 1.902, 4.954 max_d=4.954 avg_d=0.674 std_dev=1.228
C5'	A	0, -0.744, 0.677, 2.098, 5.618 max_d=5.618 avg_d=0.677 std_dev=1.421
O5'	A	0, -0.960, 0.843, 2.646, 7.105 max_d=7.105 avg_d=0.843 std_dev=1.803
P	A	0, -1.418, 1.086, 3.591, 9.863 max_d=9.863 avg_d=1.086 std_dev=2.504
OP2	A	0, -1.461, 1.167, 3.794, 10.427 max_d=10.427 avg_d=1.167 std_dev=2.627
OP1	A	0, -1.546, 1.147, 3.841, 10.651 max_d=10.651 avg_d=1.147 std_dev=2.694

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.04	0.00	0.32	0.45	0.21	0.29
C2	0.03	0.00	0.31	0.28	0.01	0.27	0.01	0.62	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.04	0.09	0.32	0.49	0.85	0.64
C2'	0.00	0.31	0.00	0.00	0.16	0.01	0.07	0.03	0.14	0.16	0.24	0.31	0.10	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.29	0.53	0.18	0.31
C3'	0.01	0.28	0.00	0.00	0.13	0.00	0.06	0.01	0.12	0.13	0.21	0.27	0.08	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.39	0.12	0.12
C4	0.02	0.01	0.16	0.13	0.00	0.12	0.00	0.26	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.04	0.04	0.19	0.18	0.21	0.12
C4'	0.00	0.27	0.01	0.00	0.12	0.00	0.05	0.01	0.11	0.12	0.21	0.27	0.07	0.08	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.26	0.15	0.04
C5	0.01	0.01	0.07	0.06	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.04	0.02	0.40	0.38	0.29	0.30
C5'	0.02	0.62	0.03	0.01	0.26	0.01	0.12	0.00	0.26	0.25	0.48	0.58	0.18	0.17	0.04	0.03	0.03	0.01	0.01	0.23	0.22	0.02
C6	0.02	0.00	0.14	0.12	0.01	0.11	0.00	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.11	0.04	0.03	0.24	0.17	0.21	0.14
C8	0.01	0.01	0.16	0.13	0.00	0.12	0.00	0.25	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.04	0.05	0.82	0.91	0.87	0.84
N1	0.03	0.00	0.24	0.21	0.01	0.21	0.00	0.48	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.04	0.06	0.14	0.28	0.56	0.40
N3	0.03	0.00	0.31	0.27	0.00	0.27	0.00	0.58	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.04	0.09	0.27	0.35	0.72	0.52
N6	0.02	0.01	0.10	0.08	0.01	0.07	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.04	0.03	0.36	0.29	0.25	0.24
N7	0.01	0.01	0.08	0.07	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.04	0.04	0.74	0.80	0.79	0.74
N9	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.04	0.01	0.46	0.52	0.35	0.40
O2'	0.02	0.19	0.00	0.01	0.11	0.01	0.07	0.03	0.11	0.09	0.16	0.18	0.09	0.05	0.03	0.00	0.04	0.01	0.27	0.56	0.22	0.33
O3'	0.04	0.04	0.02	0.01	0.04	0.02	0.04	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.00	0.02	0.08	0.30	0.15	0.07
O4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.04	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.06	0.09	0.03	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.24	0.33	0.12	0.18
O5'	0.32	0.32	0.29	0.05	0.19	0.02	0.40	0.01	0.24	0.82	0.14	0.27	0.36	0.74	0.46	0.27	0.08	0.24	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.45	0.49	0.53	0.39	0.18	0.26	0.38	0.23	0.17	0.91	0.28	0.35	0.29	0.80	0.52	0.56	0.30	0.33	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.85	0.18	0.12	0.21	0.15	0.29	0.22	0.21	0.87	0.56	0.72	0.25	0.79	0.35	0.22	0.15	0.12	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.29	0.64	0.31	0.12	0.12	0.04	0.30	0.02	0.14	0.84	0.40	0.52	0.24	0.74	0.40	0.33	0.07	0.18	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.54	1.01	0.65	0.18	0.76	0.20	0.76	0.12	0.93	0.44	1.05	0.88	0.95	0.53	0.58	0.99	0.19	0.33	0.12	0.19	0.20	0.15
C2	0.46	0.77	0.60	0.20	0.51	0.19	0.30	0.11	0.36	0.15	0.63	0.73	0.12	0.13	0.38	1.08	0.28	0.26	0.10	0.17	0.20	0.14
C2'	0.52	1.16	0.68	0.18	0.80	0.13	0.78	0.12	1.02	0.37	1.20	0.99	1.03	0.48	0.56	1.06	0.20	0.24	0.15	0.32	0.26	0.27
C3'	0.63	1.32	0.75	0.25	0.93	0.22	0.91	0.11	1.17	0.49	1.37	1.13	1.20	0.61	0.69	1.14	0.28	0.36	0.12	0.27	0.23	0.21
C4	0.51	0.88	0.65	0.18	0.67	0.19	0.61	0.11	0.72	0.33	0.85	0.80	0.62	0.36	0.52	1.01	0.20	0.30	0.10	0.18	0.20	0.15
C4'	0.87	1.56	0.90	0.39	1.18	0.43	1.17	0.25	1.44	0.74	1.63	1.36	1.50	0.86	0.93	1.29	0.43	0.62	0.18	0.22	0.20	0.14
C5	0.49	0.74	0.64	0.16	0.61	0.17	0.54	0.11	0.59	0.33	0.70	0.71	0.48	0.33	0.49	0.97	0.15	0.28	0.11	0.19	0.21	0.15
C5'	1.12	2.02	1.12	0.57	1.51	0.58	1.48	0.32	1.82	0.94	2.09	1.76	1.85	1.08	1.19	1.56	0.60	0.82	0.21	0.27	0.22	0.16
C6	0.44	0.58	0.62	0.16	0.46	0.16	0.31	0.10	0.32	0.17	0.47	0.59	0.17	0.12	0.38	0.99	0.15	0.23	0.10	0.18	0.20	0.15
C8	0.52	0.86	0.64	0.17	0.71	0.19	0.73	0.14	0.83	0.49	0.89	0.78	0.83	0.58	0.58	0.91	0.14	0.32	0.14	0.21	0.20	0.16
N1	0.42	0.59	0.59	0.19	0.41	0.17	0.18	0.11	0.19	0.12	0.41	0.60	0.15	0.19	0.32	1.06	0.23	0.23	0.11	0.18	0.20	0.14
N3	0.50	0.90	0.63	0.20	0.63	0.20	0.50	0.11	0.63	0.24	0.85	0.82	0.45	0.22	0.47	1.06	0.26	0.29	0.10	0.17	0.20	0.14
N6	0.37	0.38	0.58	0.13	0.32	0.13	0.18	0.10	0.18	0.14	0.28	0.42	0.14	0.15	0.29	0.90	0.11	0.19	0.10	0.19	0.18	0.14
N7	0.50	0.75	0.63	0.16	0.64	0.18	0.62	0.14	0.68	0.44	0.74	0.70	0.64	0.49	0.53	0.88	0.14	0.30	0.13	0.21	0.20	0.17
N9	0.53	0.94	0.65	0.18	0.73	0.20	0.72	0.12	0.86	0.43	0.96	0.84	0.85	0.51	0.57	0.98	0.17	0.32	0.12	0.19	0.20	0.15
O2'	0.25	0.81	0.48	0.09	0.48	0.16	0.45	0.28	0.66	0.13	0.84	0.66	0.67	0.20	0.28	0.84	0.11	0.14	0.27	0.36	0.29	0.35
O3'	0.46	0.99	0.59	0.16	0.69	0.15	0.67	0.12	0.87	0.35	1.03	0.84	0.91	0.44	0.50	0.94	0.20	0.24	0.13	0.22	0.22	0.18
O4'	0.82	1.36	0.84	0.35	1.08	0.43	1.09	0.29	1.31	0.73	1.42	1.21	1.37	0.85	0.88	1.19	0.37	0.61	0.21	0.20	0.20	0.16
O5'	0.63	1.71	0.62	0.08	1.09	0.08	1.07	0.32	1.48	0.45	1.81	1.39	1.54	0.63	0.72	1.07	0.11	0.29	0.45	0.87	0.79	0.73
OP1	0.72	1.98	0.74	0.15	1.23	0.11	1.16	0.37	1.60	0.48	2.03	1.61	1.60	0.65	0.80	1.24	0.21	0.33	0.50	1.03	0.89	0.85
OP2	0.70	2.02	0.75	0.15	1.25	0.16	1.19	0.48	1.65	0.48	2.08	1.64	1.64	0.67	0.80	1.27	0.16	0.29	0.59	1.16	0.98	0.97
P	0.81	2.07	0.81	0.20	1.33	0.14	1.27	0.30	1.72	0.58	2.14	1.70	1.72	0.76	0.90	1.31	0.24	0.41	0.43	0.97	0.84	0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.19	0.00	0.12	0.16	0.27	0.19
C2	0.02	0.00	0.11	0.13	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.11	0.02	0.10	0.17	0.32	0.20
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.05	0.01	0.03	0.12	0.05	0.05	0.09	0.11	0.05	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.26	0.31	0.43	0.33
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.14	0.00	0.18	0.03	0.19	0.17	0.17	0.11	0.21	0.20	0.12	0.01	0.00	0.01	0.08	0.15	0.07	0.08
C4	0.01	0.00	0.05	0.14	0.00	0.05	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.07	0.01	0.10	0.17	0.30	0.20
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.05	0.06	0.04	0.06	0.06	0.04	0.18	0.02	0.00	0.01	0.08	0.04	0.02
C5	0.01	0.00	0.03	0.18	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.20	0.04	0.02	0.10	0.18	0.30	0.20
C5'	0.05	0.04	0.12	0.03	0.04	0.01	0.05	0.00	0.06	0.06	0.05	0.04	0.07	0.06	0.04	0.06	0.14	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.05	0.19	0.01	0.06	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.22	0.05	0.02	0.10	0.19	0.31	0.21
C8	0.01	0.01	0.05	0.17	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.15	0.06	0.02	0.10	0.17	0.26	0.18
N1	0.02	0.00	0.09	0.17	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.21	0.06	0.02	0.10	0.19	0.32	0.21
N3	0.02	0.00	0.11	0.11	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.15	0.14	0.02	0.10	0.17	0.31	0.20
N6	0.01	0.01	0.05	0.21	0.01	0.06	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.24	0.09	0.02	0.11	0.20	0.30	0.21
N7	0.01	0.01	0.04	0.20	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.20	0.08	0.02	0.11	0.18	0.27	0.19
N9	0.00	0.01	0.01	0.12	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.06	0.01	0.10	0.16	0.28	0.19
O2'	0.02	0.18	0.00	0.01	0.17	0.18	0.20	0.06	0.22	0.15	0.21	0.15	0.24	0.20	0.12	0.00	0.03	0.13	0.18	0.24	0.47	0.28
O3'	0.19	0.11	0.01	0.00	0.07	0.02	0.04	0.14	0.05	0.06	0.06	0.14	0.09	0.08	0.06	0.03	0.00	0.13	0.21	0.33	0.24	0.24
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.13	0.13	0.00	0.06	0.08	0.14	0.10
O5'	0.12	0.10	0.26	0.08	0.10	0.01	0.10	0.01	0.10	0.10	0.10	0.10	0.11	0.11	0.10	0.18	0.21	0.06	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.16	0.17	0.31	0.15	0.17	0.08	0.18	0.07	0.19	0.17	0.19	0.17	0.20	0.18	0.16	0.24	0.33	0.08	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.27	0.32	0.43	0.07	0.30	0.04	0.30	0.02	0.31	0.26	0.32	0.31	0.30	0.27	0.28	0.47	0.24	0.14	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.20	0.33	0.08	0.20	0.02	0.20	0.01	0.21	0.18	0.21	0.20	0.21	0.19	0.19	0.28	0.24	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00