ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54078

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 3, 4, 3, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.021, 0.042, 0.063, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.042 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.021, 0.046, 0.072, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.046 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.034 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.015, 0.049, 0.083, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.049 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.049, 0.089, 0.129, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.089 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.044, 0.089, 0.134, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.089 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.042, 0.095, 0.148, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.095 std_dev=0.053
OP2 B 0, 0.192, 0.335, 0.479, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.335 std_dev=0.143
P B 0, 0.139, 0.410, 0.682, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.410 std_dev=0.272
O4' A 0, 0.067, 0.411, 0.754, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.411 std_dev=0.344
C2' A 0, 0.080, 0.439, 0.797, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.439 std_dev=0.358
OP1 B 0, 0.150, 0.510, 0.871, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.510 std_dev=0.360
O2' A 0, 0.085, 0.591, 1.097, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.591 std_dev=0.506
C3' A 0, 0.123, 0.633, 1.143, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.633 std_dev=0.510
C4' A 0, 0.083, 0.597, 1.110, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.597 std_dev=0.513
O5' B 0, -0.036, 0.566, 1.168, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.566 std_dev=0.602
O3' A 0, 0.260, 0.905, 1.549, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.905 std_dev=0.644
C3' B 0, -0.064, 0.582, 1.228, 2.921 max_d=2.921 avg_d=0.582 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.123, 0.840, 1.557, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.840 std_dev=0.717
O3' B 0, -0.127, 0.661, 1.449, 3.608 max_d=3.608 avg_d=0.661 std_dev=0.788
C2' B 0, -0.081, 0.743, 1.566, 3.171 max_d=3.171 avg_d=0.743 std_dev=0.823
C5' A 0, 0.209, 1.056, 1.903, 3.369 max_d=3.369 avg_d=1.056 std_dev=0.847
C5' B 0, -0.279, 0.758, 1.795, 4.202 max_d=4.202 avg_d=0.758 std_dev=1.037
O5' A 0, -0.008, 1.159, 2.326, 5.352 max_d=5.352 avg_d=1.159 std_dev=1.167
C4' B 0, -0.355, 0.817, 1.989, 4.832 max_d=4.832 avg_d=0.817 std_dev=1.172
C1' B 0, -0.583, 0.963, 2.509, 5.903 max_d=5.903 avg_d=0.963 std_dev=1.546
O4' B 0, -0.618, 0.977, 2.573, 6.195 max_d=6.195 avg_d=0.977 std_dev=1.595
P A 0, -0.546, 1.198, 2.942, 7.105 max_d=7.105 avg_d=1.198 std_dev=1.744
OP1 A 0, -0.298, 1.684, 3.666, 8.817 max_d=8.817 avg_d=1.684 std_dev=1.982
N9 B 0, -0.971, 1.085, 3.141, 7.449 max_d=7.449 avg_d=1.085 std_dev=2.056
OP2 A 0, -0.481, 1.724, 3.928, 8.779 max_d=8.779 avg_d=1.724 std_dev=2.205
C8 B 0, -1.220, 1.169, 3.557, 9.416 max_d=9.416 avg_d=1.169 std_dev=2.388
C4 B 0, -1.209, 1.298, 3.805, 9.056 max_d=9.056 avg_d=1.298 std_dev=2.507
N3 B 0, -1.103, 1.421, 3.945, 10.084 max_d=10.084 avg_d=1.421 std_dev=2.524
N7 B 0, -1.578, 1.403, 4.384, 11.192 max_d=11.192 avg_d=1.403 std_dev=2.981
C5 B 0, -1.629, 1.447, 4.524, 10.398 max_d=10.398 avg_d=1.447 std_dev=3.077
C2 B 0, -1.460, 1.677, 4.814, 12.534 max_d=12.534 avg_d=1.677 std_dev=3.137
C6 B 0, -1.990, 1.706, 5.402, 13.043 max_d=13.043 avg_d=1.706 std_dev=3.696
N1 B 0, -1.889, 1.817, 5.522, 14.066 max_d=14.066 avg_d=1.817 std_dev=3.705
N6 B 0, -2.393, 1.918, 6.230, 14.615 max_d=14.615 avg_d=1.918 std_dev=4.311

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.35 0.26 0.39 0.27
C2 0.07 0.00 0.25 0.31 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.34 0.15 0.64 0.39 0.95 0.63
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05 0.09 0.10 0.15 0.19 0.25 0.07 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.31 0.34 0.37 0.29
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.21 0.01 0.20 0.03 0.24 0.20 0.29 0.28 0.23 0.18 0.13 0.02 0.01 0.02 0.26 0.40 0.26 0.21
C4 0.03 0.01 0.13 0.21 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.08 0.63 0.40 0.93 0.64
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.11 0.10 0.13 0.13 0.07 0.18 0.02 0.01 0.02 0.29 0.33 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.16 0.04 0.76 0.56 1.27 0.87
C5' 0.05 0.21 0.09 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.24 0.20 0.23 0.18 0.27 0.23 0.12 0.10 0.11 0.02 0.01 0.35 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.24 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.06 0.80 0.59 1.38 0.93
C8 0.03 0.01 0.15 0.20 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.24 0.17 0.10 0.70 0.55 1.10 0.80
N1 0.06 0.00 0.19 0.29 0.02 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.31 0.11 0.74 0.50 1.21 0.80
N3 0.07 0.01 0.25 0.28 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.30 0.15 0.56 0.32 0.76 0.51
N6 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.13 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.20 0.22 0.05 0.88 0.71 1.62 1.08
N7 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.15 0.08 0.80 0.66 1.41 0.98
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.56 0.38 0.77 0.56
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.12 0.18 0.17 0.10 0.17 0.24 0.16 0.20 0.20 0.24 0.11 0.00 0.07 0.13 0.12 0.30 0.42 0.17
O3' 0.10 0.34 0.03 0.01 0.18 0.02 0.16 0.11 0.23 0.17 0.31 0.30 0.22 0.15 0.06 0.07 0.00 0.07 0.38 0.35 0.42 0.22
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.11 0.15 0.05 0.08 0.02 0.13 0.07 0.00 0.32 0.31 0.33 0.20
O5' 0.35 0.64 0.31 0.26 0.63 0.02 0.76 0.01 0.80 0.70 0.74 0.56 0.88 0.80 0.56 0.12 0.38 0.32 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.39 0.34 0.40 0.40 0.29 0.56 0.35 0.59 0.55 0.50 0.32 0.71 0.66 0.38 0.30 0.35 0.31 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.95 0.37 0.26 0.93 0.33 1.27 0.24 1.38 1.10 1.21 0.76 1.62 1.41 0.77 0.42 0.42 0.33 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.63 0.29 0.21 0.64 0.09 0.87 0.02 0.93 0.80 0.80 0.51 1.08 0.98 0.56 0.17 0.22 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.67 1.96 0.43 0.24 1.72 0.25 2.19 0.36 2.51 1.59 2.36 1.61 2.77 2.10 1.32 0.39 0.45 0.42 0.20 0.14 0.13 0.12
C2 0.82 1.89 0.33 0.11 1.81 0.13 2.45 0.26 2.73 2.02 2.39 1.55 3.24 2.62 1.52 0.18 0.25 0.65 0.26 0.11 0.13 0.12
C2' 0.52 1.82 0.38 0.28 1.54 0.38 2.01 0.51 2.35 1.45 2.24 1.43 2.67 1.94 1.16 0.27 0.46 0.31 0.25 0.27 0.19 0.22
C3' 0.49 1.73 0.44 0.14 1.44 0.26 1.81 0.35 2.12 1.30 2.06 1.38 2.35 1.72 1.08 0.22 0.35 0.23 0.17 0.24 0.14 0.12
C4 0.71 1.70 0.33 0.14 1.67 0.15 2.24 0.31 2.43 1.86 2.13 1.42 2.79 2.40 1.40 0.24 0.29 0.52 0.23 0.10 0.11 0.10
C4' 0.53 1.86 0.44 0.17 1.50 0.22 1.79 0.33 2.10 1.21 2.13 1.52 2.25 1.61 1.08 0.25 0.48 0.26 0.13 0.16 0.16 0.10
C5 0.57 1.27 0.20 0.12 1.33 0.15 1.84 0.33 1.93 1.71 1.63 1.06 2.24 2.12 1.19 0.19 0.23 0.43 0.21 0.09 0.11 0.09
C5' 0.48 1.56 0.48 0.25 1.25 0.31 1.42 0.39 1.65 0.97 1.71 1.30 1.72 1.25 0.91 0.30 0.51 0.28 0.20 0.22 0.28 0.22
C6 0.59 1.22 0.16 0.08 1.31 0.11 1.84 0.29 1.93 1.74 1.60 1.02 2.28 2.15 1.19 0.13 0.20 0.48 0.22 0.11 0.13 0.11
C8 0.43 1.16 0.25 0.22 1.16 0.28 1.55 0.42 1.64 1.37 1.43 0.97 1.84 1.70 0.99 0.32 0.32 0.28 0.19 0.15 0.13 0.13
N1 0.72 1.54 0.24 0.09 1.56 0.11 2.15 0.26 2.33 1.91 1.99 1.28 2.77 2.42 1.37 0.13 0.21 0.59 0.25 0.13 0.14 0.13
N3 0.83 2.02 0.38 0.14 1.89 0.15 2.53 0.27 2.84 2.01 2.53 1.66 3.33 2.63 1.55 0.24 0.29 0.63 0.25 0.09 0.12 0.10
N6 0.45 0.84 0.08 0.09 0.99 0.13 1.46 0.30 1.50 1.51 1.17 0.70 1.82 1.82 0.96 0.14 0.18 0.39 0.19 0.15 0.16 0.13
N7 0.37 0.92 0.14 0.16 0.99 0.24 1.40 0.42 1.43 1.38 1.19 0.77 1.66 1.66 0.91 0.24 0.23 0.26 0.17 0.11 0.12 0.10
N9 0.64 1.65 0.36 0.20 1.58 0.22 2.07 0.36 2.25 1.66 2.03 1.38 2.52 2.14 1.29 0.31 0.35 0.43 0.21 0.13 0.12 0.11
O2' 0.56 2.10 0.40 0.27 1.67 0.37 2.14 0.55 2.59 1.45 2.55 1.63 2.95 1.99 1.20 0.35 0.50 0.31 0.32 0.41 0.37 0.36
O3' 0.49 1.81 0.49 0.16 1.43 0.25 1.80 0.33 2.15 1.24 2.14 1.42 2.40 1.67 1.05 0.29 0.35 0.22 0.21 0.32 0.14 0.16
O4' 0.70 2.02 0.50 0.30 1.72 0.26 2.07 0.33 2.36 1.43 2.32 1.69 2.50 1.87 1.28 0.43 0.55 0.44 0.23 0.17 0.18 0.15
O5' 0.39 1.31 0.36 0.68 0.88 0.83 1.00 0.97 1.26 0.56 1.40 1.04 1.31 0.79 0.55 0.41 0.88 0.56 0.68 0.63 0.91 0.78
OP1 0.39 1.40 0.42 0.64 0.88 0.77 0.91 0.86 1.16 0.52 1.39 1.15 1.16 0.68 0.55 0.49 1.03 0.54 0.68 0.71 0.84 0.74
OP2 0.76 0.87 0.55 1.33 0.29 1.71 0.43 1.92 0.75 0.50 0.97 0.48 0.84 0.36 0.41 0.28 1.47 1.34 1.66 1.70 1.87 1.76
P 0.46 0.95 0.28 1.00 0.40 1.20 0.50 1.31 0.79 0.29 1.00 0.64 0.83 0.31 0.21 0.15 1.31 0.89 1.07 1.03 1.24 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.14 0.24 0.10 0.18
C2 0.04 0.00 0.26 0.19 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.17 0.12 0.46 0.82 0.30 0.58
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.15 0.12 0.16 0.19 0.26 0.09 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.22 0.21 0.28 0.30
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.01 0.20 0.02 0.19 0.31 0.17 0.18 0.23 0.30 0.15 0.02 0.01 0.02 0.13 0.24 0.14 0.08
C4 0.02 0.01 0.12 0.13 0.00 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.08 0.07 0.24 0.59 0.10 0.32
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.16 0.07 0.12 0.06 0.13 0.05 0.21 0.03 0.00 0.01 0.12 0.16 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.20 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.05 0.04 0.25 0.69 0.39 0.38
C5' 0.06 0.28 0.15 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.13 0.27 0.20 0.26 0.16 0.24 0.10 0.09 0.14 0.01 0.01 0.19 0.25 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.19 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.07 0.07 0.25 0.79 0.29 0.39
C8 0.02 0.02 0.16 0.31 0.01 0.16 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.20 0.14 0.08 0.46 0.59 0.72 0.58
N1 0.03 0.00 0.19 0.17 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.11 0.10 0.35 0.83 0.10 0.47
N3 0.04 0.00 0.26 0.18 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.19 0.12 0.44 0.70 0.30 0.52
N6 0.03 0.02 0.09 0.23 0.01 0.06 0.02 0.16 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.26 0.09 0.06 0.29 0.87 0.49 0.45
N7 0.01 0.01 0.11 0.30 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.14 0.04 0.43 0.72 0.76 0.58
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.20 0.42 0.27 0.28
O2' 0.02 0.32 0.01 0.02 0.21 0.21 0.21 0.09 0.25 0.20 0.29 0.30 0.26 0.21 0.13 0.00 0.04 0.13 0.13 0.09 0.27 0.22
O3' 0.21 0.17 0.02 0.01 0.08 0.03 0.05 0.14 0.07 0.14 0.11 0.19 0.09 0.14 0.07 0.04 0.00 0.15 0.26 0.55 0.19 0.28
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.08 0.10 0.12 0.06 0.04 0.01 0.13 0.15 0.00 0.12 0.15 0.11 0.11
O5' 0.14 0.46 0.22 0.13 0.24 0.01 0.25 0.01 0.25 0.46 0.35 0.44 0.29 0.43 0.20 0.13 0.26 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.24 0.82 0.21 0.24 0.59 0.12 0.69 0.19 0.79 0.59 0.83 0.70 0.87 0.72 0.42 0.09 0.55 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.30 0.28 0.14 0.10 0.16 0.39 0.25 0.29 0.72 0.10 0.30 0.49 0.76 0.27 0.27 0.19 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.58 0.30 0.08 0.32 0.02 0.38 0.01 0.39 0.58 0.47 0.52 0.45 0.58 0.28 0.22 0.28 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00