ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 3, 0, 1, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.023, 0.035, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.020, 0.031, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.026, 0.038, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.028, 0.044, 0.059, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.034, 0.055, 0.076, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.055 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.039, 0.062, 0.084, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.062 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.034, 0.061, 0.087, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.061 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.050, 0.079, 0.108, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.079 std_dev=0.029
OP1 B 0, 0.425, 0.647, 0.868, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.647 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.340, 0.607, 0.874, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.607 std_dev=0.267
P B 0, 0.721, 1.182, 1.642, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.182 std_dev=0.460
O4' A 0, 1.579, 2.097, 2.614, 2.340 max_d=2.340 avg_d=2.097 std_dev=0.517
C2' A 0, 1.614, 2.133, 2.652, 2.323 max_d=2.323 avg_d=2.133 std_dev=0.519
C3' A 0, 2.064, 2.763, 3.463, 3.380 max_d=3.380 avg_d=2.763 std_dev=0.700
C4' A 0, 2.302, 3.048, 3.794, 3.343 max_d=3.343 avg_d=3.048 std_dev=0.746
O2' A 0, 2.261, 3.024, 3.787, 3.433 max_d=3.433 avg_d=3.024 std_dev=0.763
O3' A 0, 1.803, 2.660, 3.516, 4.218 max_d=4.218 avg_d=2.660 std_dev=0.856
O5' B 0, 2.657, 3.555, 4.453, 4.223 max_d=4.223 avg_d=3.555 std_dev=0.898
C5' B 0, 3.329, 4.520, 5.711, 5.535 max_d=5.535 avg_d=4.520 std_dev=1.191
C5' A 0, 3.775, 4.996, 6.218, 5.472 max_d=5.472 avg_d=4.996 std_dev=1.221
O5' A 0, 4.034, 5.613, 7.193, 7.122 max_d=7.122 avg_d=5.613 std_dev=1.579
C4' B 0, 5.389, 7.177, 8.964, 8.285 max_d=8.285 avg_d=7.177 std_dev=1.788
C3' B 0, 6.330, 8.372, 10.414, 9.292 max_d=9.292 avg_d=8.372 std_dev=2.042
O4' B 0, 6.341, 8.414, 10.487, 9.514 max_d=9.514 avg_d=8.414 std_dev=2.073
P A 0, 5.525, 7.672, 9.818, 9.658 max_d=9.658 avg_d=7.672 std_dev=2.146
OP2 A 0, 5.746, 8.045, 10.345, 10.267 max_d=10.267 avg_d=8.045 std_dev=2.299
OP1 A 0, 6.146, 8.517, 10.887, 10.685 max_d=10.685 avg_d=8.517 std_dev=2.371
O3' B 0, 7.604, 10.064, 12.523, 11.202 max_d=11.202 avg_d=10.064 std_dev=2.460
C2' B 0, 7.761, 10.254, 12.748, 11.186 max_d=11.186 avg_d=10.254 std_dev=2.494
C1' B 0, 7.908, 10.451, 12.994, 11.477 max_d=11.477 avg_d=10.451 std_dev=2.543
N9 B 0, 8.543, 11.293, 14.044, 12.463 max_d=12.463 avg_d=11.293 std_dev=2.750
O2' B 0, 9.357, 12.360, 15.363, 13.400 max_d=13.400 avg_d=12.360 std_dev=3.003
C8 B 0, 8.334, 11.405, 14.476, 14.189 max_d=14.189 avg_d=11.405 std_dev=3.071
C4 B 0, 9.487, 12.622, 15.758, 14.141 max_d=14.141 avg_d=12.622 std_dev=3.136
C5 B 0, 10.254, 13.543, 16.832, 14.653 max_d=14.653 avg_d=13.543 std_dev=3.289
N7 B 0, 9.369, 12.704, 16.038, 15.455 max_d=15.455 avg_d=12.704 std_dev=3.335
N3 B 0, 9.488, 13.215, 16.941, 15.736 max_d=15.736 avg_d=13.215 std_dev=3.726
C6 B 0, 11.586, 15.342, 19.098, 16.829 max_d=16.829 avg_d=15.342 std_dev=3.756
N6 B 0, 12.562, 16.589, 20.616, 17.819 max_d=17.819 avg_d=16.589 std_dev=4.027
N1 B 0, 11.807, 16.021, 20.236, 18.436 max_d=18.436 avg_d=16.021 std_dev=4.214
C2 B 0, 10.654, 14.915, 19.175, 17.780 max_d=17.780 avg_d=14.915 std_dev=4.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.00 0.44 0.48 0.49 0.46
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.45 0.13 0.26 0.29 0.47 0.30
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.76 0.88 0.79 0.81
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.09 0.21 0.07 0.12 0.12 0.19 0.08 0.01 0.01 0.01 0.35 0.54 0.25 0.36
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.29 0.07 0.41 0.45 0.60 0.47
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.16 0.07 0.12 0.08 0.14 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.17 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.17 0.19 0.04 0.48 0.54 0.73 0.57
C5' 0.03 0.15 0.10 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.22 0.24 0.18 0.13 0.25 0.27 0.14 0.06 0.07 0.02 0.01 0.22 0.43 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.17 0.25 0.07 0.41 0.48 0.68 0.50
C8 0.02 0.02 0.06 0.21 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.20 0.05 0.07 0.66 0.73 0.88 0.76
N1 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.07 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.37 0.10 0.32 0.36 0.56 0.38
N3 0.04 0.00 0.08 0.12 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.45 0.13 0.28 0.31 0.46 0.31
N6 0.03 0.02 0.07 0.12 0.01 0.08 0.02 0.25 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.20 0.19 0.06 0.44 0.52 0.74 0.55
N7 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.14 0.00 0.27 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.22 0.05 0.05 0.61 0.70 0.89 0.74
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.02 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.52 0.56 0.66 0.57
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.11 0.08 0.17 0.06 0.17 0.20 0.14 0.09 0.20 0.22 0.11 0.00 0.05 0.08 0.73 0.91 0.96 0.86
O3' 0.23 0.45 0.03 0.01 0.29 0.03 0.19 0.07 0.25 0.05 0.37 0.45 0.19 0.05 0.16 0.05 0.00 0.15 0.08 0.29 0.38 0.20
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.10 0.13 0.06 0.05 0.01 0.08 0.15 0.00 0.12 0.17 0.09 0.10
O5' 0.44 0.26 0.76 0.35 0.41 0.01 0.48 0.01 0.41 0.66 0.32 0.28 0.44 0.61 0.52 0.73 0.08 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.48 0.29 0.88 0.54 0.45 0.17 0.54 0.22 0.48 0.73 0.36 0.31 0.52 0.70 0.56 0.91 0.29 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.47 0.79 0.25 0.60 0.26 0.73 0.43 0.68 0.88 0.56 0.46 0.74 0.89 0.66 0.96 0.38 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.30 0.81 0.36 0.47 0.08 0.57 0.02 0.50 0.76 0.38 0.31 0.55 0.74 0.57 0.86 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 1.33 0.67 0.51 0.24 0.34 0.81 0.24 0.30 1.78 0.92 0.84 0.80 1.87 0.85 0.70 0.49 0.37 0.28 0.31 0.21 0.19
C2 0.81 0.80 0.86 0.68 0.60 0.50 0.99 0.31 0.63 1.60 0.70 0.42 0.93 1.72 0.99 0.88 0.65 0.52 0.38 0.18 0.19 0.16
C2' 0.46 1.62 0.50 0.39 0.15 0.27 0.64 0.29 0.17 1.69 1.15 1.13 0.66 1.77 0.69 0.54 0.41 0.25 0.20 0.41 0.20 0.24
C3' 0.52 1.44 0.57 0.46 0.20 0.37 0.77 0.41 0.28 1.74 0.93 1.01 0.87 1.85 0.76 0.62 0.51 0.32 0.26 0.62 0.25 0.37
C4 0.64 1.27 0.68 0.53 0.29 0.36 0.79 0.22 0.34 1.71 0.96 0.76 0.71 1.78 0.85 0.68 0.49 0.38 0.31 0.23 0.19 0.17
C4' 0.62 1.26 0.67 0.52 0.31 0.39 0.84 0.35 0.38 1.75 0.80 0.86 0.93 1.86 0.84 0.72 0.54 0.39 0.25 0.55 0.23 0.32
C5 0.56 1.44 0.60 0.48 0.21 0.33 0.64 0.21 0.27 1.63 1.11 0.92 0.51 1.66 0.75 0.59 0.43 0.34 0.29 0.23 0.18 0.16
C5' 0.57 1.45 0.62 0.53 0.34 0.48 0.69 0.49 0.28 1.59 0.97 1.08 0.76 1.69 0.71 0.70 0.61 0.44 0.35 0.71 0.33 0.46
C6 0.64 1.26 0.68 0.56 0.32 0.41 0.67 0.26 0.37 1.55 1.04 0.75 0.51 1.56 0.80 0.67 0.53 0.41 0.33 0.18 0.18 0.15
C8 0.49 1.66 0.53 0.42 0.18 0.29 0.56 0.24 0.15 1.67 1.22 1.16 0.47 1.69 0.68 0.55 0.39 0.29 0.24 0.33 0.20 0.20
N1 0.79 0.89 0.83 0.68 0.55 0.51 0.88 0.32 0.54 1.54 0.81 0.48 0.72 1.61 0.94 0.85 0.65 0.51 0.38 0.17 0.18 0.15
N3 0.76 0.96 0.79 0.62 0.48 0.44 0.94 0.26 0.54 1.69 0.75 0.50 0.92 1.80 0.95 0.81 0.58 0.47 0.36 0.20 0.19 0.17
N6 0.57 1.33 0.61 0.54 0.30 0.41 0.49 0.28 0.42 1.38 1.11 0.86 0.39 1.30 0.68 0.61 0.52 0.38 0.32 0.18 0.18 0.13
N7 0.44 1.69 0.48 0.38 0.20 0.26 0.48 0.21 0.22 1.59 1.26 1.18 0.37 1.58 0.63 0.48 0.33 0.26 0.23 0.30 0.19 0.19
N9 0.59 1.44 0.62 0.48 0.19 0.33 0.72 0.22 0.23 1.74 1.04 0.92 0.67 1.80 0.80 0.64 0.45 0.34 0.28 0.29 0.21 0.18
O2' 0.63 1.59 0.65 0.53 0.29 0.40 0.77 0.34 0.31 1.85 1.15 1.07 0.72 1.90 0.85 0.66 0.52 0.43 0.43 0.32 0.41 0.34
O3' 0.82 1.00 0.82 0.62 0.53 0.43 1.19 0.30 0.74 2.09 0.54 0.60 1.34 2.23 1.11 0.82 0.59 0.50 0.32 0.46 0.23 0.23
O4' 0.70 1.16 0.74 0.57 0.35 0.40 0.89 0.28 0.41 1.78 0.75 0.74 0.91 1.88 0.91 0.79 0.55 0.43 0.29 0.38 0.20 0.22
O5' 1.11 0.96 1.10 0.97 0.64 0.85 1.16 0.69 0.60 2.19 0.57 0.56 1.04 2.20 1.29 1.11 0.92 0.89 0.76 0.40 0.64 0.57
OP1 1.26 0.99 1.22 1.11 0.77 1.03 1.27 0.89 0.70 2.35 0.61 0.63 1.13 2.33 1.43 1.22 1.08 1.08 0.94 0.61 0.85 0.79
OP2 1.36 0.88 1.29 1.21 0.84 1.15 1.37 1.04 0.78 2.51 0.48 0.51 1.21 2.48 1.55 1.26 1.11 1.20 1.09 0.76 1.05 0.97
P 1.24 0.97 1.20 1.11 0.74 1.02 1.24 0.88 0.66 2.32 0.58 0.60 1.08 2.30 1.40 1.19 1.06 1.06 0.93 0.60 0.84 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.13 0.09 0.08
C2 0.05 0.00 0.27 0.39 0.04 0.82 0.02 1.36 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.58 0.25 0.85 1.41 1.70 1.92 1.83
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.01 0.06 0.02 0.12 0.15 0.21 0.28 0.07 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.02 0.11 0.28 0.28 0.38 0.07 0.22 0.07 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.07 0.08
C4 0.01 0.04 0.15 0.14 0.00 0.34 0.01 0.50 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.07 0.42 0.41 0.47 0.57 0.55
C4' 0.01 0.82 0.01 0.01 0.34 0.00 0.10 0.01 0.29 0.46 0.61 0.80 0.17 0.32 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.16 0.12 0.13 0.22 0.14
C5' 0.02 1.36 0.02 0.02 0.50 0.01 0.15 0.00 0.46 0.76 1.01 1.26 0.25 0.56 0.11 0.05 0.05 0.01 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.12 0.11 0.01 0.29 0.01 0.46 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.23 0.06 0.34 0.36 0.48 0.61 0.54
C8 0.02 0.05 0.15 0.28 0.01 0.46 0.02 0.76 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.32 0.20 0.43 1.06 1.11 1.18 1.16
N1 0.04 0.01 0.21 0.28 0.03 0.61 0.03 1.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.43 0.17 0.64 1.01 1.27 1.48 1.37
N3 0.04 0.00 0.28 0.38 0.01 0.80 0.02 1.26 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.56 0.23 0.87 1.26 1.41 1.56 1.54
N6 0.03 0.03 0.07 0.07 0.01 0.17 0.02 0.25 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.14 0.06 0.22 0.15 0.23 0.34 0.25
N7 0.03 0.02 0.07 0.22 0.02 0.32 0.01 0.56 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.20 0.18 0.25 0.86 0.93 1.03 0.97
N9 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.27 0.26 0.26 0.24
O2' 0.01 0.58 0.00 0.02 0.26 0.05 0.10 0.05 0.23 0.32 0.43 0.56 0.14 0.20 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08
O3' 0.04 0.25 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05 0.06 0.20 0.17 0.23 0.06 0.18 0.06 0.03 0.00 0.03 0.22 0.14 0.15 0.18
O4' 0.01 0.85 0.01 0.02 0.42 0.00 0.16 0.01 0.34 0.43 0.64 0.87 0.22 0.25 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.12 0.05 0.05
O5' 0.11 1.41 0.06 0.09 0.41 0.02 0.12 0.01 0.36 1.06 1.01 1.26 0.15 0.86 0.27 0.07 0.22 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 1.70 0.07 0.05 0.47 0.08 0.13 0.11 0.48 1.11 1.27 1.41 0.23 0.93 0.26 0.05 0.14 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 1.92 0.06 0.07 0.57 0.03 0.22 0.03 0.61 1.18 1.48 1.56 0.34 1.03 0.26 0.08 0.15 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 1.83 0.06 0.08 0.55 0.02 0.14 0.02 0.54 1.16 1.37 1.54 0.25 0.97 0.24 0.08 0.18 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00