ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54080

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 3, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.017, 0.035, 0.054, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.038 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.079, 0.130, 0.182, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.130 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.114, 0.172, 0.230, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.172 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.118, 0.198, 0.278, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.198 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.165, 0.256, 0.347, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.256 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.147, 0.243, 0.339, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.243 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.198, 0.329, 0.460, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.329 std_dev=0.131
P A 0, 0.312, 0.459, 0.606, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.459 std_dev=0.147
OP1 A 0, 0.250, 0.406, 0.563, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.406 std_dev=0.156
C5' A 0, 0.244, 0.402, 0.560, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.402 std_dev=0.158
OP2 A 0, 0.344, 0.514, 0.684, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.514 std_dev=0.170
P B 0, 0.172, 0.350, 0.528, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.350 std_dev=0.178
O5' A 0, 0.300, 0.479, 0.658, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.479 std_dev=0.179
C8 B 0, 0.237, 0.435, 0.634, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.435 std_dev=0.199
OP1 B 0, 0.194, 0.400, 0.606, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.400 std_dev=0.206
N7 B 0, 0.245, 0.454, 0.663, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.454 std_dev=0.209
N9 B 0, 0.229, 0.444, 0.659, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.444 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.260, 0.476, 0.692, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.476 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.267, 0.483, 0.700, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.483 std_dev=0.216
OP2 B 0, 0.165, 0.382, 0.599, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.382 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.230, 0.451, 0.672, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.451 std_dev=0.221
O5' B 0, 0.212, 0.440, 0.667, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.440 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.221, 0.449, 0.677, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.449 std_dev=0.228
O4' B 0, 0.195, 0.423, 0.651, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.423 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.244, 0.479, 0.713, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.479 std_dev=0.235
O3' B 0, 0.301, 0.537, 0.773, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.537 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.231, 0.469, 0.708, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.469 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.297, 0.540, 0.784, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.540 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.260, 0.522, 0.783, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.522 std_dev=0.261
N6 B 0, 0.285, 0.550, 0.816, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.550 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.225, 0.494, 0.763, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.494 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.254, 0.539, 0.824, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.539 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.233, 0.521, 0.810, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.521 std_dev=0.289
C5' B 0, 0.159, 0.537, 0.915, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.537 std_dev=0.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.16 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.05 0.12 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.16 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.12 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.08 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.10 0.06
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.14 0.11 0.11 0.07 0.17 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.10 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.05 0.11 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.05 0.13 0.05
N6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.02 0.17 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.09 0.05 0.10 0.07 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.13 0.05
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.19 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.02
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.15 0.06
O5' 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.05 0.04 0.02 0.10 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.12 0.16 0.13 0.12 0.14 0.10 0.05 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.08 0.13 0.19 0.12 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.14 0.06 0.05 0.09 0.15 0.09 0.34 0.11 0.06 0.13 0.12 0.11 0.07 0.06 0.16 0.11 0.09 0.25 0.09 0.14 0.06
C2 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.15 0.04 0.34 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.18 0.11 0.11 0.23 0.09 0.05 0.06
C2' 0.06 0.14 0.07 0.05 0.09 0.14 0.08 0.31 0.11 0.05 0.13 0.12 0.11 0.06 0.06 0.16 0.12 0.09 0.21 0.10 0.14 0.06
C3' 0.05 0.15 0.06 0.05 0.09 0.14 0.08 0.29 0.11 0.04 0.13 0.13 0.10 0.05 0.05 0.15 0.11 0.08 0.17 0.09 0.17 0.05
C4 0.05 0.11 0.09 0.05 0.07 0.15 0.06 0.36 0.08 0.05 0.10 0.10 0.08 0.05 0.05 0.18 0.11 0.10 0.26 0.08 0.11 0.06
C4' 0.04 0.12 0.04 0.10 0.06 0.18 0.06 0.33 0.09 0.06 0.12 0.10 0.09 0.05 0.03 0.09 0.08 0.11 0.17 0.11 0.22 0.07
C5 0.05 0.10 0.10 0.05 0.07 0.15 0.06 0.36 0.08 0.05 0.09 0.09 0.08 0.05 0.05 0.18 0.10 0.10 0.27 0.08 0.11 0.06
C5' 0.09 0.10 0.10 0.17 0.04 0.23 0.04 0.36 0.06 0.11 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.10 0.16 0.15 0.17 0.30 0.15
C6 0.05 0.08 0.10 0.06 0.05 0.15 0.05 0.34 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04 0.17 0.09 0.11 0.24 0.09 0.06 0.06
C8 0.06 0.13 0.08 0.04 0.10 0.15 0.09 0.36 0.11 0.06 0.12 0.12 0.11 0.07 0.07 0.19 0.11 0.09 0.27 0.10 0.16 0.06
N1 0.05 0.07 0.10 0.06 0.05 0.15 0.04 0.33 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.17 0.10 0.11 0.22 0.10 0.04 0.06
N3 0.05 0.10 0.09 0.05 0.06 0.15 0.05 0.35 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.05 0.18 0.11 0.10 0.24 0.09 0.08 0.06
N6 0.05 0.08 0.10 0.08 0.06 0.16 0.07 0.33 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.05 0.15 0.09 0.12 0.23 0.12 0.04 0.07
N7 0.05 0.11 0.10 0.05 0.08 0.16 0.08 0.38 0.10 0.06 0.11 0.10 0.10 0.06 0.06 0.19 0.10 0.10 0.28 0.09 0.16 0.06
N9 0.06 0.13 0.08 0.05 0.09 0.15 0.08 0.35 0.11 0.06 0.12 0.12 0.10 0.06 0.06 0.18 0.12 0.09 0.26 0.09 0.14 0.06
O2' 0.06 0.15 0.07 0.05 0.10 0.14 0.10 0.31 0.13 0.06 0.15 0.13 0.13 0.07 0.07 0.16 0.12 0.08 0.22 0.10 0.13 0.06
O3' 0.05 0.15 0.06 0.06 0.09 0.13 0.08 0.26 0.11 0.05 0.14 0.13 0.10 0.04 0.05 0.14 0.11 0.08 0.14 0.11 0.18 0.06
O4' 0.05 0.14 0.04 0.08 0.08 0.16 0.08 0.34 0.12 0.06 0.14 0.12 0.12 0.06 0.05 0.13 0.10 0.09 0.23 0.10 0.18 0.06
O5' 0.08 0.14 0.11 0.20 0.04 0.23 0.06 0.35 0.10 0.07 0.14 0.09 0.11 0.05 0.05 0.04 0.14 0.15 0.16 0.15 0.26 0.12
OP1 0.03 0.11 0.08 0.12 0.05 0.13 0.06 0.28 0.08 0.05 0.10 0.09 0.08 0.05 0.03 0.03 0.07 0.07 0.21 0.09 0.23 0.05
OP2 0.07 0.29 0.08 0.11 0.18 0.11 0.18 0.27 0.24 0.09 0.28 0.24 0.23 0.12 0.10 0.08 0.05 0.05 0.23 0.10 0.21 0.06
P 0.03 0.17 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.27 0.13 0.05 0.16 0.13 0.12 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.19 0.10 0.23 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.18 0.08 0.20 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.02 0.23 0.06 0.17 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.19 0.13 0.14
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.19 0.15 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.23 0.06 0.17 0.05
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.24 0.05 0.15 0.06
C5' 0.07 0.13 0.10 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.13 0.14 0.11 0.16 0.15 0.11 0.09 0.01 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.24 0.06 0.14 0.06
C8 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.22 0.05 0.16 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.24 0.06 0.15 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.22 0.07 0.18 0.05
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.24 0.07 0.12 0.07
N7 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.23 0.06 0.14 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.22 0.06 0.18 0.05
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.33 0.20 0.11 0.15
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.09 0.14 0.19 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.26 0.06
O5' 0.18 0.23 0.32 0.21 0.23 0.01 0.24 0.01 0.24 0.22 0.24 0.22 0.24 0.23 0.22 0.33 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.06 0.19 0.19 0.06 0.07 0.05 0.11 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.20 0.14 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.17 0.13 0.15 0.17 0.26 0.15 0.31 0.14 0.16 0.15 0.18 0.12 0.14 0.18 0.11 0.19 0.26 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.14 0.11 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.15 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00