ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54081

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2' A 0, 0.035, 0.090, 0.144, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.007, 0.071, 0.134, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.071 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.028, 0.096, 0.164, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.096 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.074, 0.194, 0.314, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.194 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.087, 0.214, 0.340, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.214 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.116, 0.299, 0.482, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.299 std_dev=0.183
C5' A 0, 0.141, 0.349, 0.557, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.349 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.163, 0.380, 0.598, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.380 std_dev=0.218
OP2 B 0, 0.121, 0.444, 0.767, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.444 std_dev=0.323
P A 0, 0.213, 0.587, 0.961, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.587 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.205, 0.601, 0.998, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.601 std_dev=0.397
P B 0, 0.248, 0.699, 1.150, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.699 std_dev=0.451
OP2 A 0, 0.263, 0.725, 1.186, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.725 std_dev=0.461
C5' B 0, 0.300, 0.826, 1.351, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.826 std_dev=0.526
O5' B 0, 0.309, 0.858, 1.408, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.858 std_dev=0.550
OP1 B 0, 0.362, 0.928, 1.493, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.928 std_dev=0.566
C4' B 0, 0.365, 1.040, 1.715, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.040 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.375, 1.098, 1.821, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.098 std_dev=0.723
N6 B 0, 0.402, 1.160, 1.919, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.160 std_dev=0.758
N7 B 0, 0.342, 1.112, 1.881, 2.251 max_d=2.251 avg_d=1.112 std_dev=0.770
C8 B 0, 0.359, 1.150, 1.941, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.150 std_dev=0.791
C3' B 0, 0.418, 1.209, 2.001, 2.210 max_d=2.210 avg_d=1.209 std_dev=0.792
C6 B 0, 0.421, 1.213, 2.006, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.213 std_dev=0.793
C5 B 0, 0.388, 1.181, 1.974, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.181 std_dev=0.793
N9 B 0, 0.394, 1.224, 2.053, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.224 std_dev=0.830
C4 B 0, 0.421, 1.253, 2.085, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.253 std_dev=0.832
O3' B 0, 0.437, 1.273, 2.109, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.273 std_dev=0.836
N1 B 0, 0.482, 1.322, 2.162, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.322 std_dev=0.840
C1' B 0, 0.417, 1.265, 2.113, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.265 std_dev=0.848
N3 B 0, 0.479, 1.353, 2.226, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.353 std_dev=0.873
C2 B 0, 0.504, 1.381, 2.257, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.381 std_dev=0.877
C2' B 0, 0.448, 1.354, 2.261, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.354 std_dev=0.906
O2' B 0, 0.483, 1.460, 2.437, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.460 std_dev=0.977

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.01 0.13 0.11 0.13 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.09 0.09 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.15 0.13 0.12 0.12
C5' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.10 0.10 0.06 0.13 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.16 0.15 0.15 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.14 0.09 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.15 0.14 0.15 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08
N6 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.18 0.17 0.17 0.17
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.16 0.13 0.11 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.07 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02
O3' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.12 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.09
O5' 0.03 0.13 0.01 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.16 0.14 0.15 0.10 0.18 0.16 0.09 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.02 0.05 0.09 0.02 0.13 0.03 0.15 0.09 0.14 0.08 0.17 0.13 0.07 0.04 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.13 0.03 0.06 0.09 0.02 0.12 0.03 0.15 0.09 0.15 0.09 0.17 0.11 0.06 0.03 0.12 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.01 0.14 0.07 0.13 0.08 0.17 0.12 0.05 0.02 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.23 0.23 0.24 0.20 0.23 0.20 0.22 0.21 0.26 0.25 0.21 0.22 0.23 0.22 0.24 0.24 0.27 0.23 0.26 0.22 0.22
C2 0.12 0.27 0.12 0.12 0.18 0.15 0.20 0.17 0.27 0.16 0.30 0.21 0.30 0.18 0.14 0.12 0.13 0.14 0.15 0.32 0.09 0.16
C2' 0.22 0.25 0.21 0.22 0.21 0.22 0.21 0.21 0.24 0.24 0.27 0.22 0.26 0.22 0.21 0.21 0.23 0.25 0.21 0.27 0.22 0.21
C3' 0.22 0.28 0.21 0.22 0.23 0.21 0.23 0.20 0.27 0.24 0.30 0.24 0.29 0.23 0.22 0.21 0.22 0.25 0.20 0.27 0.23 0.21
C4 0.15 0.23 0.14 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.21 0.17 0.26 0.17 0.25 0.15 0.14 0.15 0.18 0.20 0.18 0.28 0.17 0.18
C4' 0.26 0.27 0.25 0.25 0.24 0.23 0.24 0.22 0.25 0.27 0.28 0.25 0.26 0.26 0.25 0.25 0.25 0.28 0.22 0.26 0.23 0.22
C5 0.14 0.25 0.14 0.16 0.14 0.18 0.16 0.19 0.24 0.16 0.28 0.18 0.29 0.14 0.13 0.15 0.18 0.19 0.18 0.29 0.17 0.19
C5' 0.26 0.30 0.26 0.25 0.26 0.23 0.26 0.21 0.27 0.28 0.31 0.27 0.27 0.27 0.26 0.26 0.25 0.28 0.21 0.25 0.25 0.22
C6 0.12 0.30 0.11 0.12 0.20 0.15 0.23 0.18 0.31 0.16 0.34 0.23 0.35 0.19 0.14 0.11 0.14 0.15 0.15 0.32 0.10 0.17
C8 0.24 0.23 0.25 0.27 0.18 0.25 0.18 0.24 0.20 0.27 0.25 0.19 0.22 0.23 0.22 0.25 0.28 0.28 0.25 0.27 0.25 0.24
N1 0.14 0.31 0.13 0.13 0.22 0.16 0.25 0.18 0.31 0.18 0.34 0.25 0.35 0.22 0.17 0.13 0.13 0.14 0.15 0.34 0.07 0.17
N3 0.13 0.24 0.11 0.13 0.14 0.16 0.16 0.17 0.22 0.16 0.26 0.18 0.26 0.15 0.12 0.12 0.14 0.17 0.15 0.29 0.13 0.17
N6 0.14 0.35 0.12 0.12 0.25 0.15 0.29 0.18 0.37 0.19 0.39 0.28 0.41 0.24 0.18 0.12 0.13 0.14 0.15 0.35 0.07 0.18
N7 0.20 0.23 0.21 0.24 0.15 0.23 0.15 0.23 0.22 0.22 0.27 0.18 0.26 0.17 0.17 0.21 0.26 0.24 0.23 0.28 0.23 0.23
N9 0.21 0.22 0.21 0.22 0.17 0.22 0.16 0.22 0.20 0.23 0.24 0.18 0.22 0.20 0.19 0.21 0.23 0.25 0.22 0.27 0.22 0.22
O2' 0.23 0.25 0.22 0.23 0.21 0.22 0.21 0.22 0.24 0.24 0.26 0.22 0.25 0.23 0.22 0.22 0.24 0.26 0.22 0.27 0.22 0.22
O3' 0.21 0.30 0.20 0.20 0.24 0.20 0.25 0.19 0.30 0.22 0.33 0.26 0.32 0.23 0.22 0.20 0.20 0.24 0.19 0.29 0.23 0.20
O4' 0.30 0.26 0.30 0.30 0.25 0.28 0.25 0.26 0.24 0.32 0.26 0.25 0.24 0.30 0.29 0.30 0.30 0.33 0.27 0.27 0.26 0.26
O5' 0.25 0.30 0.25 0.24 0.25 0.23 0.25 0.21 0.27 0.27 0.31 0.27 0.28 0.26 0.25 0.25 0.25 0.27 0.21 0.26 0.26 0.22
OP1 0.31 0.36 0.32 0.30 0.32 0.27 0.31 0.22 0.33 0.31 0.37 0.34 0.32 0.31 0.31 0.32 0.31 0.31 0.22 0.22 0.25 0.22
OP2 0.34 0.38 0.33 0.34 0.35 0.33 0.34 0.30 0.36 0.33 0.39 0.36 0.37 0.32 0.33 0.33 0.34 0.36 0.30 0.30 0.31 0.30
P 0.28 0.32 0.28 0.27 0.28 0.25 0.27 0.21 0.29 0.29 0.33 0.30 0.28 0.28 0.28 0.28 0.27 0.29 0.21 0.23 0.25 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.15 0.22 0.20 0.37 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.16 0.11 0.30 0.16
C4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.11 0.06 0.13 0.13 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.16 0.15 0.35 0.18
C5' 0.02 0.24 0.01 0.01 0.16 0.00 0.15 0.00 0.20 0.10 0.24 0.21 0.19 0.10 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.07 0.20 0.19 0.40 0.23
C8 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.08 0.12 0.16 0.23 0.17
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.12 0.23 0.21 0.41 0.25
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.15 0.19 0.15 0.31 0.19
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.19 0.21 0.43 0.24
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04 0.13 0.17 0.32 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.08 0.21 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.08 0.03 0.02 0.07 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.11 0.06
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.15 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.16 0.07 0.10
O5' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.16 0.01 0.16 0.00 0.20 0.12 0.23 0.19 0.19 0.13 0.09 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.20 0.03 0.04 0.11 0.06 0.15 0.06 0.19 0.16 0.21 0.15 0.21 0.17 0.08 0.04 0.10 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.37 0.07 0.04 0.30 0.01 0.35 0.03 0.40 0.23 0.41 0.31 0.43 0.32 0.21 0.05 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.24 0.03 0.02 0.16 0.02 0.18 0.01 0.23 0.17 0.25 0.19 0.24 0.18 0.10 0.03 0.06 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00