ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54082

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.010, 0.032, 0.055, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.009, 0.037, 0.064, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.008, 0.039, 0.069, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.010, 0.040, 0.071, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.040 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.030, 0.062, 0.094, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.062 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.033, 0.067, 0.101, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.067 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.022, 0.073, 0.123, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.073 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.299, 0.532, 0.765, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.532 std_dev=0.233
C2' A 0, 0.218, 0.475, 0.732, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.475 std_dev=0.257
O2' A 0, 0.198, 0.465, 0.731, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.465 std_dev=0.266
OP1 B 0, 0.262, 0.590, 0.919, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.590 std_dev=0.329
P B 0, 0.474, 0.827, 1.180, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.827 std_dev=0.353
C4' A 0, 0.484, 0.857, 1.230, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.857 std_dev=0.373
C3' A 0, 0.469, 0.861, 1.253, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.861 std_dev=0.392
O3' A 0, 0.610, 1.178, 1.745, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.178 std_dev=0.568
C5' A 0, 0.797, 1.439, 2.082, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.439 std_dev=0.642
OP2 B 0, 0.682, 1.462, 2.241, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.462 std_dev=0.780
O5' B 0, 1.095, 2.000, 2.905, 2.870 max_d=2.870 avg_d=2.000 std_dev=0.905
C5' B 0, 0.892, 2.420, 3.949, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.420 std_dev=1.528
O5' A 0, 1.348, 2.924, 4.499, 4.944 max_d=4.944 avg_d=2.924 std_dev=1.576
C3' B 0, 2.936, 4.663, 6.390, 5.975 max_d=5.975 avg_d=4.663 std_dev=1.727
O4' B 0, 2.614, 4.387, 6.159, 6.484 max_d=6.484 avg_d=4.387 std_dev=1.772
P A 0, 2.086, 4.011, 5.936, 6.154 max_d=6.154 avg_d=4.011 std_dev=1.925
OP2 A 0, 2.899, 4.860, 6.821, 6.796 max_d=6.796 avg_d=4.860 std_dev=1.961
C1' B 0, 3.578, 5.545, 7.513, 6.626 max_d=6.626 avg_d=5.545 std_dev=1.968
C4' B 0, 1.402, 3.372, 5.342, 5.996 max_d=5.996 avg_d=3.372 std_dev=1.970
C2' B 0, 3.660, 5.714, 7.769, 6.844 max_d=6.844 avg_d=5.714 std_dev=2.055
O3' B 0, 2.998, 5.432, 7.866, 8.102 max_d=8.102 avg_d=5.432 std_dev=2.434
O2' B 0, 4.367, 7.022, 9.676, 8.803 max_d=8.803 avg_d=7.022 std_dev=2.655
N9 B 0, 3.890, 6.561, 9.233, 8.748 max_d=8.748 avg_d=6.561 std_dev=2.672
OP1 A 0, 1.023, 3.739, 6.455, 7.520 max_d=7.520 avg_d=3.739 std_dev=2.716
C8 B 0, 3.965, 7.268, 10.571, 10.118 max_d=10.118 avg_d=7.268 std_dev=3.303
N3 B 0, 4.107, 7.429, 10.750, 10.416 max_d=10.416 avg_d=7.429 std_dev=3.322
C4 B 0, 3.944, 7.335, 10.726, 10.446 max_d=10.446 avg_d=7.335 std_dev=3.391
N7 B 0, 3.901, 8.274, 12.648, 12.443 max_d=12.443 avg_d=8.274 std_dev=4.373
C2 B 0, 4.196, 8.599, 13.002, 12.767 max_d=12.767 avg_d=8.599 std_dev=4.403
C5 B 0, 3.869, 8.326, 12.783, 12.631 max_d=12.631 avg_d=8.326 std_dev=4.457
N1 B 0, 4.027, 9.515, 15.003, 14.977 max_d=14.977 avg_d=9.515 std_dev=5.488
C6 B 0, 3.850, 9.403, 14.955, 14.929 max_d=14.929 avg_d=9.403 std_dev=5.553
N6 B 0, 3.780, 10.501, 17.223, 17.202 max_d=17.202 avg_d=10.501 std_dev=6.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.14 0.14 0.43 0.21
C2 0.06 0.00 0.33 0.37 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.45 0.20 0.41 0.37 0.89 0.57
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.18 0.01 0.09 0.02 0.15 0.15 0.26 0.33 0.11 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.30 0.24 0.81 0.44
C3' 0.02 0.37 0.00 0.00 0.25 0.01 0.24 0.02 0.29 0.17 0.35 0.34 0.28 0.18 0.13 0.02 0.02 0.01 0.46 0.42 0.91 0.62
C4 0.03 0.02 0.18 0.25 0.00 0.11 0.01 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.27 0.11 0.48 0.44 0.78 0.60
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.20 0.14 0.09 0.22 0.21 0.10 0.05 0.05 0.01 0.01 0.17 0.31 0.11
C5 0.02 0.02 0.09 0.24 0.01 0.17 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.24 0.06 0.72 0.77 0.90 0.88
C5' 0.04 0.20 0.02 0.02 0.21 0.01 0.33 0.00 0.34 0.37 0.28 0.16 0.41 0.41 0.21 0.05 0.04 0.01 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.04 0.01 0.15 0.29 0.02 0.17 0.01 0.34 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.32 0.10 0.72 0.80 0.99 0.92
C8 0.03 0.02 0.15 0.17 0.00 0.20 0.01 0.37 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.11 0.20 0.16 0.82 0.82 0.71 0.87
N1 0.06 0.01 0.26 0.35 0.03 0.14 0.02 0.28 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.19 0.42 0.16 0.57 0.59 0.97 0.76
N3 0.07 0.01 0.33 0.34 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.40 0.20 0.32 0.28 0.79 0.46
N6 0.04 0.01 0.11 0.28 0.02 0.22 0.02 0.41 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.31 0.09 0.87 1.04 1.07 1.11
N7 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.21 0.00 0.41 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.20 0.11 0.92 1.01 0.88 1.06
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.11 0.02 0.47 0.42 0.64 0.54
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.12 0.05 0.07 0.05 0.12 0.11 0.19 0.24 0.09 0.08 0.03 0.00 0.08 0.10 0.10 0.27 0.72 0.26
O3' 0.04 0.45 0.03 0.02 0.27 0.05 0.24 0.04 0.32 0.20 0.42 0.40 0.31 0.20 0.11 0.08 0.00 0.05 0.47 0.50 1.14 0.70
O4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.16 0.16 0.20 0.09 0.11 0.02 0.10 0.05 0.00 0.21 0.20 0.13 0.17
O5' 0.14 0.41 0.30 0.46 0.48 0.01 0.72 0.01 0.72 0.82 0.57 0.32 0.87 0.92 0.47 0.10 0.47 0.21 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.37 0.24 0.42 0.44 0.17 0.77 0.20 0.80 0.82 0.59 0.28 1.04 1.01 0.42 0.27 0.50 0.20 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.89 0.81 0.91 0.78 0.31 0.90 0.26 0.99 0.71 0.97 0.79 1.07 0.88 0.64 0.72 1.14 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.57 0.44 0.62 0.60 0.11 0.88 0.02 0.92 0.87 0.76 0.46 1.11 1.06 0.54 0.26 0.70 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.68 1.89 2.38 2.55 0.60 2.17 0.86 1.79 1.75 1.03 2.29 1.03 2.13 0.65 0.91 2.88 3.02 1.52 1.16 0.18 0.43 0.26
C2 0.57 3.45 0.58 0.89 2.22 0.86 2.79 0.84 3.74 1.49 4.08 2.49 4.22 2.29 1.32 0.85 1.34 0.45 0.79 0.19 0.19 0.26
C2' 1.70 1.94 2.41 2.60 0.66 2.13 0.92 1.62 1.80 1.03 2.36 1.04 2.18 0.67 0.94 2.95 3.24 1.50 1.06 0.18 0.45 0.16
C3' 2.50 1.15 3.18 3.28 0.84 2.74 0.61 2.05 0.90 1.83 1.44 0.69 1.19 1.14 1.72 3.76 3.95 2.18 1.40 0.34 0.51 0.41
C4 0.85 2.60 1.35 1.63 1.25 1.53 1.66 1.35 2.56 0.70 3.04 1.67 2.92 1.16 0.54 1.69 2.04 0.89 0.97 0.14 0.35 0.24
C4' 2.92 0.90 3.66 3.66 1.23 3.09 0.89 2.44 0.60 2.24 1.06 0.96 0.81 1.51 2.15 4.29 4.17 2.55 1.64 0.45 0.53 0.59
C5 0.74 2.54 1.12 1.37 1.22 1.39 1.55 1.27 2.37 0.67 2.87 1.69 2.63 1.07 0.52 1.36 1.69 0.81 0.96 0.14 0.34 0.25
C5' 3.72 1.03 4.44 4.32 2.10 3.68 1.77 2.93 0.98 3.13 0.80 1.68 0.75 2.42 3.01 5.10 4.74 3.25 2.03 0.74 0.70 0.91
C6 0.49 3.09 0.49 0.73 1.87 0.84 2.24 0.84 3.03 1.13 3.46 2.26 3.29 1.74 1.05 0.65 1.06 0.46 0.82 0.18 0.20 0.27
C8 1.73 1.60 2.32 2.46 0.47 2.20 0.54 1.86 1.25 1.24 1.83 0.87 1.50 0.73 1.04 2.62 2.72 1.60 1.22 0.17 0.47 0.26
N1 0.73 3.54 0.55 0.68 2.38 0.64 2.89 0.65 3.74 1.66 4.07 2.65 4.13 2.40 1.52 0.63 1.03 0.51 0.76 0.21 0.16 0.28
N3 0.58 3.04 1.00 1.34 1.71 1.26 2.24 1.14 3.21 0.99 3.62 2.06 3.67 1.72 0.84 1.38 1.82 0.64 0.87 0.15 0.28 0.24
N6 0.65 3.06 0.48 0.55 1.96 0.58 2.22 0.61 2.88 1.22 3.29 2.37 3.02 1.74 1.21 0.47 0.77 0.50 0.79 0.21 0.12 0.31
N7 1.31 1.85 1.76 1.92 0.58 1.87 0.74 1.66 1.48 0.93 2.04 1.11 1.67 0.61 0.70 1.95 2.11 1.29 1.16 0.15 0.44 0.26
N9 1.42 2.03 2.03 2.24 0.70 1.99 1.00 1.68 1.86 0.89 2.40 1.16 2.19 0.69 0.72 2.42 2.64 1.34 1.12 0.15 0.42 0.25
O2' 1.61 2.08 2.39 2.58 0.73 2.06 1.08 1.56 2.03 0.91 2.56 1.13 2.47 0.70 0.83 3.02 3.26 1.38 1.00 0.18 0.45 0.12
O3' 2.67 1.03 3.36 3.42 0.99 2.80 0.73 2.01 0.79 2.01 1.29 0.74 1.08 1.31 1.89 4.02 4.20 2.28 1.39 0.41 0.51 0.43
O4' 2.35 1.25 3.07 3.12 0.76 2.69 0.51 2.22 0.98 1.68 1.53 0.80 1.31 0.99 1.58 3.62 3.51 2.10 1.44 0.31 0.43 0.44
O5' 4.47 1.39 5.05 5.03 2.74 4.53 2.37 3.75 1.46 3.77 1.00 2.27 1.12 3.02 3.70 5.59 5.48 4.11 2.81 1.46 1.34 1.69
OP1 5.85 2.85 6.42 6.02 4.23 5.40 3.86 4.40 2.96 5.18 2.47 3.75 2.59 4.46 5.14 7.30 6.56 5.22 3.41 2.09 1.66 2.19
OP2 5.18 2.00 5.41 5.24 3.51 4.92 3.24 3.87 2.34 4.63 1.72 2.92 2.07 3.93 4.48 5.99 5.95 4.77 2.99 1.51 1.56 1.81
P 5.47 2.31 5.91 5.76 3.74 5.26 3.38 4.27 2.46 4.75 1.93 3.23 2.10 4.01 4.70 6.55 6.42 5.01 3.31 1.94 1.70 2.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.10 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.31 0.00 0.28 0.67 0.30 0.20
C2 0.05 0.00 0.52 0.61 0.02 0.56 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.69 0.28 0.41 1.11 1.27 1.99 1.46
C2' 0.00 0.52 0.00 0.01 0.25 0.04 0.08 0.19 0.19 0.32 0.38 0.54 0.12 0.21 0.03 0.00 0.02 0.02 0.48 0.70 0.51 0.44
C3' 0.02 0.61 0.01 0.00 0.38 0.01 0.36 0.02 0.44 0.32 0.55 0.57 0.43 0.33 0.20 0.04 0.01 0.04 0.47 0.53 0.43 0.36
C4 0.03 0.02 0.25 0.38 0.00 0.26 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.45 0.13 0.20 0.61 0.75 1.05 0.60
C4' 0.03 0.56 0.04 0.01 0.26 0.00 0.15 0.01 0.25 0.30 0.43 0.54 0.20 0.22 0.08 0.35 0.01 0.01 0.02 0.46 0.29 0.11
C5 0.03 0.01 0.08 0.36 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.13 0.09 0.57 0.69 0.97 0.37
C5' 0.10 0.82 0.19 0.02 0.23 0.01 0.21 0.00 0.25 0.72 0.56 0.76 0.24 0.61 0.24 0.18 0.26 0.02 0.01 0.39 0.37 0.03
C6 0.04 0.01 0.19 0.44 0.02 0.25 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.51 0.22 0.17 0.67 0.72 1.37 0.67
C8 0.02 0.01 0.32 0.32 0.01 0.30 0.01 0.72 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.12 0.19 0.71 0.91 0.53 0.50
N1 0.05 0.00 0.38 0.55 0.02 0.43 0.02 0.56 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.64 0.28 0.30 0.91 1.00 1.85 1.17
N3 0.05 0.01 0.54 0.57 0.01 0.54 0.01 0.76 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.63 0.22 0.43 1.01 1.14 1.61 1.24
N6 0.05 0.01 0.12 0.43 0.02 0.20 0.02 0.24 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.46 0.23 0.13 0.65 0.68 1.30 0.53
N7 0.02 0.01 0.21 0.33 0.01 0.22 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.21 0.08 0.12 0.69 0.87 0.62 0.40
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.24 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.20 0.11 0.02 0.44 0.69 0.52 0.18
O2' 0.02 0.69 0.00 0.04 0.45 0.35 0.39 0.18 0.51 0.13 0.64 0.63 0.46 0.21 0.20 0.00 0.07 0.19 0.56 0.76 0.55 0.52
O3' 0.31 0.28 0.02 0.01 0.13 0.01 0.13 0.26 0.22 0.12 0.28 0.22 0.23 0.08 0.11 0.07 0.00 0.21 0.57 0.75 0.47 0.51
O4' 0.00 0.41 0.02 0.04 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.19 0.30 0.43 0.13 0.12 0.02 0.19 0.21 0.00 0.18 0.74 0.20 0.19
O5' 0.28 1.11 0.48 0.47 0.61 0.02 0.57 0.01 0.67 0.71 0.91 1.01 0.65 0.69 0.44 0.56 0.57 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.67 1.27 0.70 0.53 0.75 0.46 0.69 0.39 0.72 0.91 1.00 1.14 0.68 0.87 0.69 0.76 0.75 0.74 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 1.99 0.51 0.43 1.05 0.29 0.97 0.37 1.37 0.53 1.85 1.61 1.30 0.62 0.52 0.55 0.47 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 1.46 0.44 0.36 0.60 0.11 0.37 0.03 0.67 0.50 1.17 1.24 0.53 0.40 0.18 0.52 0.51 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00