ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54083

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.009, 0.036, 0.064, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.006, 0.039, 0.071, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.014, 0.047, 0.079, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.047 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.006, 0.040, 0.074, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.040 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.005, 0.041, 0.076, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.041 std_dev=0.035
N6 A 0, -0.006, 0.065, 0.135, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.065 std_dev=0.070
P B 0, 0.173, 0.533, 0.893, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.533 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.211, 0.622, 1.032, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.622 std_dev=0.411
OP2 B 0, 0.192, 0.610, 1.029, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.610 std_dev=0.419
C5' B 0, 0.251, 0.699, 1.146, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.699 std_dev=0.448
C2' A 0, 0.045, 0.513, 0.980, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.513 std_dev=0.468
OP1 B 0, 0.183, 0.674, 1.164, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.674 std_dev=0.491
O4' A 0, -0.070, 0.425, 0.920, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.425 std_dev=0.495
OP2 A 0, 0.150, 0.842, 1.534, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.842 std_dev=0.692
C4' A 0, -0.021, 0.696, 1.412, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.696 std_dev=0.716
C3' A 0, 0.021, 0.759, 1.497, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.759 std_dev=0.738
O2' A 0, 0.042, 0.832, 1.622, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.832 std_dev=0.790
O5' A 0, -0.004, 0.829, 1.663, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.829 std_dev=0.833
P A 0, 0.045, 0.924, 1.802, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.924 std_dev=0.878
C5' A 0, -0.012, 0.894, 1.801, 2.183 max_d=2.183 avg_d=0.894 std_dev=0.907
OP1 A 0, 0.109, 1.141, 2.172, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.141 std_dev=1.031
O3' A 0, -0.048, 1.110, 2.269, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.110 std_dev=1.159
C4' B 0, 0.045, 1.382, 2.719, 3.313 max_d=3.313 avg_d=1.382 std_dev=1.337
O4' B 0, -0.114, 1.645, 3.404, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.645 std_dev=1.759
C3' B 0, -0.108, 1.897, 3.902, 4.744 max_d=4.744 avg_d=1.897 std_dev=2.005
C8 B 0, 0.119, 2.241, 4.363, 5.292 max_d=5.292 avg_d=2.241 std_dev=2.122
N7 B 0, 0.161, 2.398, 4.634, 5.614 max_d=5.614 avg_d=2.398 std_dev=2.237
O3' B 0, -0.072, 2.179, 4.430, 5.329 max_d=5.329 avg_d=2.179 std_dev=2.251
N9 B 0, -0.145, 2.135, 4.416, 5.473 max_d=5.473 avg_d=2.135 std_dev=2.280
C4 B 0, -0.131, 2.292, 4.715, 5.879 max_d=5.879 avg_d=2.292 std_dev=2.423
C5 B 0, -0.061, 2.377, 4.816, 5.962 max_d=5.962 avg_d=2.377 std_dev=2.438
C1' B 0, -0.261, 2.196, 4.652, 5.713 max_d=5.713 avg_d=2.196 std_dev=2.457
N3 B 0, 0.067, 2.641, 5.215, 6.474 max_d=6.474 avg_d=2.641 std_dev=2.574
C2' B 0, -0.269, 2.335, 4.939, 5.983 max_d=5.983 avg_d=2.335 std_dev=2.604
C6 B 0, -0.099, 2.652, 5.402, 6.695 max_d=6.695 avg_d=2.652 std_dev=2.750
C2 B 0, 0.131, 2.911, 5.691, 7.038 max_d=7.038 avg_d=2.911 std_dev=2.780
N1 B 0, -0.007, 2.897, 5.801, 7.189 max_d=7.189 avg_d=2.897 std_dev=2.904
N6 B 0, -0.009, 2.927, 5.862, 7.195 max_d=7.195 avg_d=2.927 std_dev=2.935
O2' B 0, -0.407, 3.205, 6.817, 8.072 max_d=8.072 avg_d=3.205 std_dev=3.612

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.03 0.30 0.01 0.23 0.26 0.29 0.23
C2 0.06 0.00 0.37 0.29 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.12 0.18 0.20 0.22 0.26 0.23
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.18 0.01 0.07 0.22 0.14 0.21 0.27 0.37 0.08 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.46 0.55 0.61 0.52
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.26 0.01 0.30 0.03 0.32 0.24 0.32 0.25 0.32 0.29 0.20 0.03 0.01 0.03 0.09 0.12 0.08 0.05
C4 0.03 0.01 0.18 0.26 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.10 0.21 0.23 0.28 0.23
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.05 0.05 0.08 0.05 0.33 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.25 0.08 0.07 0.20 0.25 0.30 0.25
C5' 0.09 0.15 0.22 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.16 0.09 0.16 0.13 0.20 0.12 0.09 0.12 0.27 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.02 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.20 0.07 0.11 0.21 0.26 0.31 0.27
C8 0.03 0.01 0.21 0.24 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.41 0.11 0.11 0.21 0.26 0.33 0.25
N1 0.05 0.01 0.27 0.32 0.02 0.03 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.05 0.16 0.21 0.24 0.28 0.25
N3 0.07 0.01 0.37 0.25 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.16 0.17 0.20 0.22 0.25 0.22
N6 0.03 0.02 0.08 0.32 0.02 0.05 0.03 0.20 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.07 0.04 0.30 0.12 0.11 0.23 0.30 0.35 0.31
N7 0.03 0.01 0.13 0.29 0.01 0.08 0.01 0.12 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.41 0.15 0.05 0.19 0.26 0.32 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.20 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.19 0.10 0.01 0.22 0.24 0.29 0.23
O2' 0.03 0.16 0.01 0.03 0.08 0.33 0.25 0.12 0.20 0.41 0.07 0.19 0.30 0.41 0.19 0.00 0.05 0.22 0.33 0.42 0.69 0.44
O3' 0.30 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.27 0.07 0.11 0.05 0.16 0.12 0.15 0.10 0.05 0.00 0.21 0.37 0.40 0.44 0.41
O4' 0.01 0.18 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.02 0.11 0.11 0.16 0.17 0.11 0.05 0.01 0.22 0.21 0.00 0.08 0.09 0.05 0.06
O5' 0.23 0.20 0.46 0.09 0.21 0.02 0.20 0.01 0.21 0.21 0.21 0.20 0.23 0.19 0.22 0.33 0.37 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.22 0.55 0.12 0.23 0.07 0.25 0.08 0.26 0.26 0.24 0.22 0.30 0.26 0.24 0.42 0.40 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.26 0.61 0.08 0.28 0.03 0.30 0.02 0.31 0.33 0.28 0.25 0.35 0.32 0.29 0.69 0.44 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.23 0.52 0.05 0.23 0.02 0.25 0.02 0.27 0.25 0.25 0.22 0.31 0.26 0.23 0.44 0.41 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.10 0.34 1.42 1.11 0.34 0.92 0.20 0.46 0.12 0.77 0.34 0.29 0.23 0.48 0.72 2.34 1.34 0.81 0.34 0.33 0.24 0.26
C2 0.34 0.53 0.31 0.23 0.11 0.23 0.13 0.15 0.12 0.58 0.40 0.40 0.10 0.47 0.30 0.86 0.37 0.32 0.16 0.20 0.15 0.15
C2' 1.06 0.39 1.31 1.00 0.22 0.82 0.13 0.33 0.31 0.67 0.48 0.22 0.48 0.39 0.63 2.25 1.22 0.75 0.21 0.26 0.11 0.16
C3' 1.51 0.27 1.79 1.39 0.64 1.16 0.45 0.64 0.09 1.06 0.17 0.51 0.18 0.72 1.06 2.75 1.52 1.13 0.55 0.52 0.51 0.51
C4 0.75 0.36 0.83 0.62 0.24 0.61 0.24 0.33 0.04 0.74 0.28 0.25 0.09 0.55 0.56 1.53 0.79 0.63 0.25 0.27 0.20 0.21
C4' 1.19 0.37 1.64 1.23 0.31 0.90 0.13 0.38 0.28 0.70 0.46 0.28 0.45 0.38 0.72 2.64 1.40 0.77 0.32 0.27 0.27 0.26
C5 0.71 0.25 0.66 0.51 0.28 0.57 0.33 0.30 0.12 0.80 0.15 0.20 0.19 0.63 0.58 1.27 0.65 0.65 0.24 0.26 0.19 0.21
C5' 1.16 0.38 1.65 1.19 0.24 0.78 0.14 0.20 0.42 0.54 0.54 0.26 0.63 0.28 0.63 2.68 1.36 0.63 0.19 0.14 0.15 0.13
C6 0.37 0.30 0.22 0.18 0.14 0.23 0.28 0.13 0.12 0.69 0.16 0.22 0.23 0.61 0.39 0.69 0.30 0.40 0.16 0.20 0.15 0.15
C8 1.26 0.27 1.39 1.16 0.54 1.07 0.43 0.53 0.17 0.95 0.15 0.42 0.16 0.68 0.90 2.17 1.32 1.05 0.37 0.33 0.25 0.28
N1 0.23 0.45 0.16 0.27 0.07 0.16 0.18 0.13 0.06 0.59 0.30 0.37 0.15 0.52 0.26 0.54 0.35 0.26 0.16 0.19 0.14 0.14
N3 0.56 0.49 0.64 0.43 0.15 0.43 0.15 0.24 0.12 0.65 0.40 0.34 0.11 0.48 0.42 1.31 0.59 0.47 0.20 0.24 0.18 0.18
N6 0.23 0.21 0.14 0.26 0.15 0.11 0.35 0.12 0.24 0.69 0.10 0.17 0.37 0.66 0.35 0.29 0.28 0.32 0.19 0.17 0.14 0.15
N7 1.06 0.23 1.03 0.87 0.50 0.91 0.48 0.47 0.26 0.95 0.14 0.35 0.27 0.74 0.83 1.66 1.00 0.97 0.33 0.30 0.23 0.26
N9 1.05 0.31 1.24 0.98 0.37 0.88 0.29 0.45 0.04 0.82 0.25 0.30 0.10 0.57 0.73 2.05 1.17 0.83 0.33 0.31 0.24 0.26
O2' 1.00 0.33 1.27 0.93 0.21 0.73 0.15 0.18 0.33 0.58 0.43 0.23 0.53 0.36 0.58 2.27 1.24 0.66 0.16 0.18 0.27 0.21
O3' 1.47 0.33 1.73 1.23 0.72 1.01 0.56 0.48 0.22 1.11 0.15 0.59 0.16 0.81 1.10 2.68 1.31 1.06 0.45 0.35 0.43 0.40
O4' 1.12 0.38 1.56 1.20 0.31 0.90 0.15 0.41 0.19 0.71 0.40 0.29 0.30 0.42 0.70 2.54 1.40 0.74 0.33 0.27 0.27 0.25
O5' 1.39 0.31 1.72 1.25 0.52 0.89 0.23 0.23 0.15 0.72 0.25 0.54 0.37 0.40 0.87 2.71 1.38 0.84 0.15 0.14 0.13 0.11
OP1 1.43 0.42 1.82 1.31 0.59 0.82 0.20 0.15 0.22 0.60 0.19 0.76 0.56 0.32 0.87 2.78 1.44 0.75 0.14 0.17 0.16 0.15
OP2 1.71 0.81 1.80 1.30 1.01 0.91 0.65 0.17 0.40 0.96 0.45 1.14 0.30 0.68 1.24 2.61 1.36 1.04 0.20 0.21 0.21 0.20
P 1.48 0.42 1.81 1.31 0.63 0.85 0.26 0.16 0.13 0.67 0.15 0.76 0.42 0.37 0.93 2.76 1.42 0.81 0.14 0.17 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.25 0.00 0.05 0.32 0.15 0.08
C2 0.04 0.00 0.50 0.36 0.02 0.19 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.11 0.40 0.11 0.10 0.49 0.22
C2' 0.01 0.50 0.00 0.00 0.26 0.02 0.11 0.14 0.22 0.27 0.38 0.50 0.14 0.14 0.02 0.01 0.03 0.02 0.36 0.82 0.65 0.55
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.32 0.01 0.36 0.03 0.39 0.23 0.39 0.31 0.41 0.32 0.22 0.02 0.00 0.03 0.11 0.69 0.35 0.36
C4 0.02 0.02 0.26 0.32 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.21 0.17 0.06 0.50 0.31
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.05 0.25 0.12 0.19 0.08 0.21 0.09 0.30 0.02 0.00 0.02 0.33 0.09 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.14 0.10 0.32 0.32 0.76 0.53
C5' 0.04 0.27 0.14 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.32 0.18 0.26 0.10 0.28 0.08 0.15 0.17 0.02 0.01 0.11 0.01 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.39 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.17 0.19 0.29 0.33 0.82 0.53
C8 0.01 0.02 0.27 0.23 0.00 0.25 0.01 0.32 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.56 0.09 0.22 0.46 0.38 0.70 0.62
N1 0.05 0.01 0.38 0.39 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.15 0.33 0.18 0.16 0.67 0.38
N3 0.04 0.01 0.50 0.31 0.01 0.19 0.02 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.38 0.07 0.39 0.09 0.17 0.37 0.16
N6 0.04 0.02 0.14 0.41 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.26 0.21 0.14 0.38 0.51 0.98 0.67
N7 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.51 0.15 0.11 0.48 0.53 0.91 0.73
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.22 0.06 0.01 0.21 0.06 0.41 0.31
O2' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.08 0.30 0.24 0.15 0.15 0.56 0.17 0.38 0.26 0.51 0.22 0.00 0.06 0.19 0.23 0.79 0.74 0.50
O3' 0.25 0.11 0.03 0.00 0.07 0.02 0.14 0.17 0.17 0.09 0.15 0.07 0.21 0.15 0.06 0.06 0.00 0.15 0.12 0.53 0.22 0.19
O4' 0.00 0.40 0.02 0.03 0.21 0.00 0.10 0.02 0.19 0.22 0.33 0.39 0.14 0.11 0.01 0.19 0.15 0.00 0.12 0.11 0.25 0.20
O5' 0.05 0.11 0.36 0.11 0.17 0.02 0.32 0.01 0.29 0.46 0.18 0.09 0.38 0.48 0.21 0.23 0.12 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.32 0.10 0.82 0.69 0.06 0.33 0.32 0.11 0.33 0.38 0.16 0.17 0.51 0.53 0.06 0.79 0.53 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.49 0.65 0.35 0.50 0.09 0.76 0.01 0.82 0.70 0.67 0.37 0.98 0.91 0.41 0.74 0.22 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.22 0.55 0.36 0.31 0.08 0.53 0.02 0.53 0.62 0.38 0.16 0.67 0.73 0.31 0.50 0.19 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00