Doublet Group distance statistics: 54084

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.026, 0.049, 0.071, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.049 std_dev=0.023
C4	A	0, 0.019, 0.042, 0.065, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.022, 0.046, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.046 std_dev=0.024
N1	A	0, 0.021, 0.047, 0.072, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.026
N9	A	0, 0.026, 0.053, 0.079, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.053 std_dev=0.027
C2	A	0, 0.038, 0.072, 0.105, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.072 std_dev=0.033
N3	A	0, 0.041, 0.077, 0.113, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.077 std_dev=0.036
C1'	A	0, 0.040, 0.079, 0.118, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.079 std_dev=0.039
OP2	B	0, 0.305, 0.525, 0.745, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.525 std_dev=0.220
C2'	A	0, 0.322, 0.554, 0.786, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.554 std_dev=0.232
O2'	A	0, 0.333, 0.572, 0.811, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.572 std_dev=0.239
O4'	A	0, 0.362, 0.632, 0.901, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.632 std_dev=0.269
P	B	0, 0.481, 0.837, 1.193, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.837 std_dev=0.356
C4'	A	0, 0.514, 0.895, 1.276, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.895 std_dev=0.381
C3'	A	0, 0.560, 0.964, 1.369, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.964 std_dev=0.405
O3'	B	0, 0.525, 0.933, 1.342, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.933 std_dev=0.408
O5'	B	0, 0.636, 1.087, 1.539, 1.429 max_d=1.429 avg_d=1.087 std_dev=0.452
OP1	B	0, 0.700, 1.190, 1.679, 1.480 max_d=1.480 avg_d=1.190 std_dev=0.490
C3'	B	0, 0.530, 1.021, 1.512, 1.596 max_d=1.596 avg_d=1.021 std_dev=0.491
C4'	B	0, 0.697, 1.211, 1.725, 1.645 max_d=1.645 avg_d=1.211 std_dev=0.514
O4'	B	0, 0.680, 1.212, 1.744, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.212 std_dev=0.532
O3'	A	0, 0.811, 1.398, 1.986, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.398 std_dev=0.588
C1'	B	0, 0.834, 1.425, 2.017, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.425 std_dev=0.592
C2'	B	0, 0.792, 1.396, 2.000, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.396 std_dev=0.604
N9	B	0, 0.891, 1.567, 2.243, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.567 std_dev=0.676
C5'	A	0, 0.964, 1.663, 2.362, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.663 std_dev=0.699
C5'	B	0, 1.080, 1.847, 2.613, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.847 std_dev=0.767
P	A	0, 1.116, 1.948, 2.779, 2.576 max_d=2.576 avg_d=1.948 std_dev=0.832
O5'	A	0, 1.222, 2.141, 3.061, 2.948 max_d=2.948 avg_d=2.141 std_dev=0.920
C4	B	0, 1.353, 2.319, 3.284, 2.952 max_d=2.952 avg_d=2.319 std_dev=0.965
OP2	A	0, 1.434, 2.448, 3.462, 3.087 max_d=3.087 avg_d=2.448 std_dev=1.014
C5	B	0, 1.418, 2.494, 3.570, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.494 std_dev=1.076
O2'	B	0, 1.673, 2.839, 4.005, 3.546 max_d=3.546 avg_d=2.839 std_dev=1.166
C6	B	0, 1.857, 3.172, 4.488, 4.012 max_d=4.012 avg_d=3.172 std_dev=1.315
OP1	A	0, 1.909, 3.276, 4.642, 4.247 max_d=4.247 avg_d=3.276 std_dev=1.366
C8	B	0, 0.886, 2.337, 3.789, 3.890 max_d=3.890 avg_d=2.337 std_dev=1.452
N6	B	0, 2.068, 3.617, 5.167, 4.886 max_d=4.886 avg_d=3.617 std_dev=1.550
N3	B	0, 1.963, 3.568, 5.173, 4.788 max_d=4.788 avg_d=3.568 std_dev=1.605
N7	B	0, 1.153, 2.820, 4.486, 4.610 max_d=4.610 avg_d=2.820 std_dev=1.667
N1	B	0, 2.335, 4.041, 5.746, 5.203 max_d=5.203 avg_d=4.041 std_dev=1.705
C2	B	0, 2.424, 4.369, 6.314, 5.891 max_d=5.891 avg_d=4.369 std_dev=1.945

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.02	0.04	0.04	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.14	0.08	0.03
C2	0.04	0.00	0.04	0.09	0.02	0.04	0.02	0.07	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.06	0.12	0.04	0.13	0.18	0.24	0.14
C2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.03	0.02	0.04	0.03	0.04	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.21	0.18	0.09
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.06	0.01	0.05	0.03	0.06	0.06	0.07	0.08	0.05	0.05	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.23	0.22	0.10
C4	0.02	0.02	0.03	0.06	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.08	0.02	0.14	0.14	0.17	0.09
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.03	0.04	0.04	0.02	0.04	0.02	0.01	0.02	0.15	0.13	0.02
C5	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.07	0.03	0.15	0.11	0.21	0.10
C5'	0.03	0.07	0.03	0.03	0.06	0.01	0.07	0.00	0.08	0.06	0.08	0.06	0.08	0.06	0.05	0.04	0.03	0.02	0.01	0.12	0.10	0.02
C6	0.03	0.01	0.02	0.06	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.08	0.02	0.14	0.13	0.26	0.13
C8	0.02	0.03	0.04	0.06	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.07	0.04	0.21	0.09	0.08	0.05
N1	0.04	0.01	0.03	0.07	0.02	0.04	0.01	0.08	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.10	0.03	0.14	0.17	0.27	0.15
N3	0.04	0.01	0.04	0.08	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.11	0.04	0.12	0.17	0.19	0.11
N6	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.07	0.02	0.14	0.12	0.29	0.13
N7	0.02	0.02	0.03	0.05	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.07	0.04	0.17	0.06	0.17	0.07
N9	0.00	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.02	0.17	0.13	0.10	0.06
O2'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.03	0.04	0.03	0.04	0.04	0.03	0.05	0.05	0.04	0.03	0.02	0.00	0.02	0.02	0.04	0.19	0.20	0.07
O3'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.08	0.02	0.07	0.03	0.08	0.07	0.10	0.11	0.07	0.07	0.04	0.02	0.00	0.02	0.08	0.26	0.32	0.14
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.04	0.03	0.04	0.02	0.04	0.02	0.02	0.02	0.00	0.11	0.10	0.05	0.05
O5'	0.13	0.13	0.07	0.03	0.14	0.02	0.15	0.01	0.14	0.21	0.14	0.12	0.14	0.17	0.17	0.04	0.08	0.11	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.14	0.18	0.21	0.23	0.14	0.15	0.11	0.12	0.13	0.09	0.17	0.17	0.12	0.06	0.13	0.19	0.26	0.10	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.08	0.24	0.18	0.22	0.17	0.13	0.21	0.10	0.26	0.08	0.27	0.19	0.29	0.17	0.10	0.20	0.32	0.05	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.03	0.14	0.09	0.10	0.09	0.02	0.10	0.02	0.13	0.05	0.15	0.11	0.13	0.07	0.06	0.07	0.14	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.85	0.30	0.14	0.22	0.15	0.28	0.18	0.15	0.89	0.53	0.75	0.26	0.81	0.34	0.49	0.21	0.11	0.18	0.08	0.29	0.10
C2	0.25	0.74	0.35	0.15	0.08	0.12	0.34	0.16	0.09	0.96	0.42	0.63	0.33	0.91	0.39	0.47	0.16	0.13	0.27	0.08	0.10	0.04
C2'	0.19	0.69	0.26	0.08	0.16	0.13	0.24	0.17	0.11	0.77	0.43	0.60	0.23	0.71	0.30	0.44	0.17	0.07	0.18	0.06	0.27	0.07
C3'	0.15	0.46	0.24	0.06	0.09	0.14	0.20	0.18	0.08	0.58	0.27	0.40	0.18	0.54	0.24	0.43	0.15	0.07	0.15	0.06	0.31	0.08
C4	0.24	0.74	0.34	0.12	0.11	0.11	0.31	0.16	0.09	0.94	0.42	0.64	0.30	0.87	0.37	0.48	0.15	0.10	0.23	0.06	0.20	0.04
C4'	0.22	0.56	0.24	0.11	0.19	0.17	0.22	0.18	0.15	0.60	0.36	0.50	0.20	0.55	0.26	0.45	0.21	0.13	0.17	0.09	0.31	0.11
C5	0.24	0.64	0.35	0.14	0.07	0.10	0.33	0.15	0.11	0.91	0.35	0.56	0.31	0.84	0.38	0.46	0.14	0.12	0.25	0.07	0.19	0.03
C5'	0.21	0.35	0.24	0.09	0.16	0.15	0.18	0.14	0.14	0.42	0.23	0.33	0.16	0.39	0.21	0.46	0.17	0.14	0.20	0.14	0.29	0.12
C6	0.24	0.61	0.35	0.15	0.05	0.11	0.34	0.14	0.13	0.91	0.32	0.52	0.34	0.85	0.38	0.44	0.14	0.13	0.28	0.08	0.09	0.04
C8	0.24	0.68	0.34	0.11	0.13	0.11	0.30	0.16	0.11	0.88	0.38	0.61	0.27	0.80	0.36	0.49	0.16	0.09	0.19	0.08	0.31	0.10
N1	0.24	0.67	0.35	0.16	0.05	0.11	0.34	0.15	0.12	0.94	0.36	0.56	0.34	0.88	0.39	0.45	0.15	0.13	0.28	0.09	0.06	0.05
N3	0.24	0.78	0.34	0.13	0.11	0.11	0.32	0.16	0.09	0.96	0.45	0.67	0.31	0.90	0.38	0.48	0.15	0.11	0.25	0.06	0.16	0.04
N6	0.23	0.52	0.34	0.16	0.07	0.10	0.35	0.13	0.17	0.85	0.26	0.44	0.36	0.81	0.37	0.40	0.13	0.14	0.28	0.10	0.05	0.07
N7	0.24	0.59	0.35	0.13	0.09	0.10	0.31	0.16	0.11	0.88	0.31	0.53	0.29	0.80	0.37	0.45	0.14	0.11	0.23	0.07	0.28	0.07
N9	0.24	0.76	0.32	0.11	0.15	0.11	0.29	0.16	0.11	0.91	0.45	0.67	0.27	0.83	0.36	0.49	0.16	0.09	0.20	0.07	0.27	0.08
O2'	0.20	0.83	0.23	0.11	0.22	0.16	0.24	0.18	0.16	0.78	0.55	0.72	0.22	0.72	0.29	0.42	0.21	0.09	0.17	0.07	0.27	0.09
O3'	0.12	0.37	0.23	0.08	0.05	0.16	0.17	0.20	0.06	0.49	0.22	0.31	0.15	0.45	0.20	0.41	0.15	0.10	0.14	0.07	0.31	0.09
O4'	0.26	0.80	0.28	0.19	0.25	0.19	0.26	0.20	0.18	0.79	0.51	0.72	0.24	0.72	0.32	0.50	0.28	0.15	0.16	0.11	0.33	0.14
O5'	0.17	0.23	0.34	0.14	0.13	0.07	0.22	0.08	0.17	0.43	0.17	0.20	0.21	0.41	0.23	0.53	0.02	0.05	0.26	0.19	0.27	0.16
OP1	0.27	0.25	0.30	0.13	0.22	0.27	0.32	0.24	0.25	0.53	0.21	0.22	0.33	0.50	0.33	0.37	0.01	0.33	0.13	0.13	0.28	0.14
OP2	0.21	0.18	0.08	0.13	0.17	0.38	0.18	0.43	0.17	0.22	0.17	0.18	0.20	0.21	0.19	0.27	0.03	0.35	0.35	0.39	0.42	0.37
P	0.10	0.15	0.14	0.02	0.07	0.21	0.10	0.20	0.08	0.19	0.11	0.13	0.11	0.17	0.10	0.29	0.01	0.20	0.17	0.18	0.30	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.08	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.01	0.04	0.04	0.07	0.08	0.02	0.02	0.01	0.03	0.10	0.01	0.06	0.18	0.11	0.08
C2	0.08	0.00	0.60	0.24	0.03	0.25	0.03	0.18	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.96	0.19	0.41	0.38	0.12	0.52	0.35
C2'	0.01	0.60	0.00	0.01	0.28	0.01	0.08	0.04	0.21	0.37	0.43	0.62	0.12	0.24	0.04	0.00	0.02	0.01	0.19	0.23	0.18	0.20
C3'	0.02	0.24	0.01	0.00	0.10	0.00	0.07	0.01	0.09	0.21	0.17	0.24	0.09	0.17	0.07	0.02	0.01	0.00	0.14	0.18	0.21	0.11
C4	0.05	0.03	0.28	0.10	0.00	0.13	0.01	0.14	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.47	0.11	0.22	0.18	0.17	0.19	0.07
C4'	0.01	0.25	0.01	0.00	0.13	0.00	0.09	0.00	0.13	0.12	0.20	0.24	0.10	0.10	0.05	0.06	0.03	0.00	0.01	0.17	0.21	0.02
C5	0.02	0.03	0.08	0.07	0.01	0.09	0.00	0.18	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.23	0.08	0.09	0.14	0.25	0.13	0.17
C5'	0.01	0.18	0.04	0.01	0.14	0.00	0.18	0.00	0.19	0.16	0.20	0.16	0.20	0.19	0.10	0.03	0.04	0.01	0.01	0.20	0.19	0.01
C6	0.04	0.01	0.21	0.09	0.02	0.13	0.01	0.19	0.00	0.06	0.01	0.03	0.00	0.05	0.01	0.42	0.11	0.18	0.20	0.23	0.15	0.13
C8	0.04	0.06	0.37	0.21	0.02	0.12	0.04	0.16	0.06	0.00	0.06	0.03	0.08	0.01	0.01	0.44	0.06	0.21	0.23	0.36	0.39	0.43
N1	0.07	0.01	0.43	0.17	0.01	0.20	0.03	0.20	0.01	0.06	0.00	0.03	0.02	0.05	0.02	0.73	0.16	0.32	0.30	0.17	0.34	0.22
N3	0.08	0.01	0.62	0.24	0.01	0.24	0.01	0.16	0.03	0.03	0.03	0.00	0.03	0.02	0.02	0.94	0.18	0.42	0.35	0.09	0.50	0.32
N6	0.02	0.02	0.12	0.09	0.02	0.10	0.02	0.20	0.00	0.08	0.02	0.03	0.00	0.08	0.03	0.29	0.09	0.11	0.19	0.28	0.17	0.20
N7	0.02	0.04	0.24	0.17	0.02	0.10	0.01	0.19	0.05	0.01	0.05	0.02	0.08	0.00	0.03	0.29	0.06	0.11	0.21	0.36	0.38	0.41
N9	0.01	0.03	0.04	0.07	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.00	0.07	0.06	0.01	0.07	0.23	0.08	0.15
O2'	0.03	0.96	0.00	0.02	0.47	0.06	0.23	0.03	0.42	0.44	0.73	0.94	0.29	0.29	0.07	0.00	0.06	0.06	0.13	0.16	0.14	0.15
O3'	0.10	0.19	0.02	0.01	0.11	0.03	0.08	0.04	0.11	0.06	0.16	0.18	0.09	0.06	0.06	0.06	0.00	0.06	0.10	0.14	0.23	0.03
O4'	0.01	0.41	0.01	0.00	0.22	0.00	0.09	0.01	0.18	0.21	0.32	0.42	0.11	0.11	0.01	0.06	0.06	0.00	0.08	0.17	0.14	0.04
O5'	0.06	0.38	0.19	0.14	0.18	0.01	0.14	0.01	0.20	0.23	0.30	0.35	0.19	0.21	0.07	0.13	0.10	0.08	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.18	0.12	0.23	0.18	0.17	0.17	0.25	0.20	0.23	0.36	0.17	0.09	0.28	0.36	0.23	0.16	0.14	0.17	0.03	0.00	0.03	0.02
OP2	0.11	0.52	0.18	0.21	0.19	0.21	0.13	0.19	0.15	0.39	0.34	0.50	0.17	0.38	0.08	0.14	0.23	0.14	0.02	0.03	0.00	0.01
P	0.08	0.35	0.20	0.11	0.07	0.02	0.17	0.01	0.13	0.43	0.22	0.32	0.20	0.41	0.15	0.15	0.03	0.04	0.01	0.02	0.01	0.00