ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.034 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.022, 0.050, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.007, 0.037, 0.066, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.037 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.034, 0.077, 0.120, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.077 std_dev=0.043
O4' A 0, -0.010, 0.121, 0.253, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.121 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.023, 0.168, 0.314, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.168 std_dev=0.145
OP1 B 0, 0.171, 0.350, 0.529, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.350 std_dev=0.179
P B 0, 0.145, 0.335, 0.525, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.335 std_dev=0.190
C2' A 0, -0.046, 0.166, 0.377, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.166 std_dev=0.211
C4' A 0, -0.032, 0.197, 0.427, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.197 std_dev=0.229
C3' A 0, -0.036, 0.193, 0.422, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.193 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.041, 0.275, 0.509, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.275 std_dev=0.234
O5' B 0, 0.143, 0.411, 0.678, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.411 std_dev=0.268
O2' A 0, 0.021, 0.319, 0.617, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.319 std_dev=0.298
OP2 A 0, 0.076, 0.395, 0.714, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.395 std_dev=0.319
C5' A 0, -0.046, 0.320, 0.686, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.320 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.124, 0.490, 0.856, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.490 std_dev=0.366
C5' B 0, 0.244, 0.658, 1.072, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.658 std_dev=0.414
P A 0, -0.007, 0.450, 0.906, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.450 std_dev=0.456
C4' B 0, 0.158, 0.631, 1.104, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.631 std_dev=0.473
O4' B 0, 0.247, 0.759, 1.271, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.759 std_dev=0.512
C3' B 0, 0.156, 0.700, 1.244, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.700 std_dev=0.544
OP1 A 0, 0.051, 0.639, 1.228, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.639 std_dev=0.588
O3' B 0, 0.203, 0.801, 1.400, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.801 std_dev=0.598
C1' B 0, 0.140, 0.747, 1.354, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.747 std_dev=0.607
C2' B 0, 0.147, 0.791, 1.434, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.791 std_dev=0.644
N9 B 0, 0.099, 0.801, 1.504, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.801 std_dev=0.702
O2' B 0, 0.306, 1.021, 1.736, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.021 std_dev=0.715
C8 B 0, 0.140, 0.868, 1.596, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.868 std_dev=0.728
C4 B 0, 0.045, 0.841, 1.636, 2.541 max_d=2.541 avg_d=0.841 std_dev=0.795
N7 B 0, 0.148, 0.972, 1.795, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.972 std_dev=0.823
N3 B 0, -0.025, 0.806, 1.637, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.806 std_dev=0.831
C5 B 0, 0.088, 0.959, 1.831, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.959 std_dev=0.871
C2 B 0, -0.056, 0.885, 1.826, 2.929 max_d=2.929 avg_d=0.885 std_dev=0.941
C6 B 0, 0.070, 1.058, 2.046, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.058 std_dev=0.988
N1 B 0, -0.006, 1.016, 2.038, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.016 std_dev=1.022
N6 B 0, 0.154, 1.224, 2.294, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.224 std_dev=1.070

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02
C2 0.07 0.00 0.17 0.11 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.27 0.07 0.03 0.08 0.09 0.10 0.07
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.03 0.08 0.06 0.12 0.17 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.09 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04
C4 0.03 0.02 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.02 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.07 0.08 0.10 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.13 0.03 0.04 0.06 0.08 0.11 0.07
C8 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.08 0.08 0.09 0.08
N1 0.05 0.01 0.12 0.08 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.21 0.05 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07
N3 0.07 0.01 0.17 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.26 0.07 0.02 0.08 0.09 0.09 0.07
N6 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.10 0.03 0.04 0.04 0.07 0.11 0.07
N7 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.11 0.08
N9 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05
O2' 0.02 0.27 0.01 0.01 0.13 0.02 0.07 0.03 0.13 0.10 0.21 0.26 0.10 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.10 0.14 0.11
O3' 0.04 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O5' 0.02 0.08 0.07 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.06 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.06 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.09 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.10 0.09 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.06 0.14 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.07 0.07 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.11 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.24 0.27 0.28 0.24 0.26 0.21 0.16 0.19 0.23 0.21 0.26 0.16 0.21 0.25 0.33 0.38 0.24 0.06 0.08 0.07 0.08
C2 0.10 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.12 0.15 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04
C2' 0.24 0.19 0.24 0.25 0.20 0.24 0.17 0.17 0.15 0.20 0.16 0.22 0.13 0.18 0.21 0.28 0.35 0.22 0.05 0.09 0.07 0.08
C3' 0.26 0.24 0.25 0.25 0.23 0.23 0.21 0.15 0.19 0.22 0.21 0.25 0.16 0.20 0.23 0.30 0.34 0.22 0.05 0.08 0.07 0.07
C4 0.21 0.14 0.20 0.22 0.16 0.20 0.14 0.12 0.12 0.17 0.13 0.16 0.10 0.15 0.17 0.24 0.30 0.18 0.05 0.07 0.07 0.07
C4' 0.26 0.26 0.25 0.24 0.25 0.21 0.22 0.12 0.21 0.23 0.23 0.27 0.18 0.22 0.24 0.30 0.32 0.21 0.04 0.05 0.05 0.05
C5 0.19 0.12 0.19 0.22 0.13 0.21 0.11 0.13 0.09 0.15 0.10 0.13 0.07 0.12 0.15 0.22 0.29 0.17 0.06 0.08 0.07 0.07
C5' 0.25 0.26 0.24 0.22 0.25 0.20 0.23 0.12 0.22 0.24 0.23 0.27 0.19 0.23 0.24 0.29 0.30 0.21 0.04 0.04 0.04 0.04
C6 0.10 0.07 0.09 0.11 0.06 0.10 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.12 0.18 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04
C8 0.35 0.28 0.33 0.34 0.29 0.34 0.26 0.23 0.23 0.28 0.25 0.31 0.20 0.25 0.30 0.37 0.42 0.32 0.10 0.09 0.08 0.09
N1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.13 0.07 0.06 0.05 0.04 0.04
N3 0.15 0.10 0.14 0.14 0.11 0.13 0.10 0.06 0.08 0.12 0.09 0.11 0.07 0.11 0.12 0.18 0.22 0.12 0.04 0.05 0.05 0.05
N6 0.07 0.10 0.05 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.07 0.14 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04
N7 0.28 0.19 0.28 0.30 0.21 0.31 0.18 0.23 0.16 0.22 0.17 0.22 0.13 0.19 0.23 0.31 0.38 0.27 0.10 0.10 0.08 0.09
N9 0.30 0.24 0.29 0.29 0.25 0.28 0.22 0.18 0.20 0.24 0.21 0.26 0.17 0.22 0.26 0.33 0.38 0.27 0.08 0.09 0.08 0.08
O2' 0.24 0.18 0.24 0.27 0.18 0.26 0.16 0.18 0.13 0.19 0.14 0.20 0.12 0.17 0.20 0.28 0.37 0.22 0.07 0.13 0.09 0.10
O3' 0.25 0.25 0.24 0.23 0.23 0.21 0.21 0.12 0.20 0.21 0.22 0.26 0.17 0.20 0.23 0.29 0.33 0.21 0.04 0.06 0.05 0.06
O4' 0.26 0.24 0.25 0.24 0.24 0.20 0.21 0.10 0.19 0.22 0.21 0.26 0.16 0.20 0.24 0.31 0.33 0.21 0.03 0.05 0.04 0.04
O5' 0.28 0.27 0.27 0.26 0.26 0.25 0.24 0.18 0.22 0.25 0.24 0.29 0.19 0.23 0.26 0.31 0.33 0.25 0.07 0.06 0.08 0.07
OP1 0.24 0.27 0.23 0.22 0.24 0.21 0.22 0.16 0.22 0.22 0.24 0.27 0.19 0.21 0.23 0.26 0.28 0.21 0.08 0.07 0.09 0.08
OP2 0.22 0.23 0.21 0.21 0.21 0.21 0.20 0.18 0.19 0.20 0.20 0.23 0.17 0.20 0.20 0.22 0.26 0.21 0.11 0.10 0.10 0.10
P 0.23 0.25 0.22 0.21 0.23 0.21 0.21 0.15 0.20 0.22 0.22 0.26 0.17 0.21 0.22 0.25 0.27 0.21 0.07 0.06 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.12 0.14 0.09
C2 0.05 0.00 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.14 0.17 0.19 0.15
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.15 0.08
C3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.09 0.04
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.14 0.18 0.12
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.17 0.12
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02
C6 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.10 0.15 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.12 0.18 0.11
N1 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.13 0.16 0.19 0.14
N3 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.13 0.17 0.19 0.15
N6 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.10 0.14 0.17 0.13
N7 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.12 0.17 0.11
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.13 0.17 0.12
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.10 0.16 0.08
O3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.08 0.01
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.12 0.12 0.09
O5' 0.05 0.14 0.03 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.10 0.06 0.13 0.13 0.10 0.07 0.08 0.04 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.17 0.11 0.08 0.14 0.08 0.14 0.09 0.15 0.12 0.16 0.17 0.14 0.12 0.13 0.10 0.06 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.19 0.15 0.09 0.18 0.06 0.17 0.01 0.18 0.18 0.19 0.19 0.17 0.17 0.17 0.16 0.08 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.15 0.08 0.04 0.12 0.03 0.12 0.02 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13 0.11 0.12 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00