ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54087

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.014, 0.036, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.047 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C5 A 0, 0.013, 0.041, 0.069, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.041 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.017, 0.052, 0.087, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.052 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.022, 0.063, 0.104, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.063 std_dev=0.041
OP2 B 0, 0.306, 0.627, 0.947, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.627 std_dev=0.320
P B 0, 0.436, 0.859, 1.283, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.859 std_dev=0.423
C2' A 0, 0.209, 0.722, 1.235, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.722 std_dev=0.513
O2' A 0, 0.636, 1.161, 1.687, 1.513 max_d=1.513 avg_d=1.161 std_dev=0.526
OP1 B 0, 0.568, 1.099, 1.631, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.099 std_dev=0.532
O4' A 0, 0.105, 0.673, 1.242, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.673 std_dev=0.569
C3' A 0, 0.704, 1.418, 2.133, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.418 std_dev=0.715
C4' A 0, 0.386, 1.112, 1.839, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.112 std_dev=0.727
O5' B 0, 0.836, 1.657, 2.477, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.657 std_dev=0.821
P A 0, 1.201, 2.196, 3.191, 2.903 max_d=2.903 avg_d=2.196 std_dev=0.995
O3' A 0, 1.213, 2.216, 3.219, 2.891 max_d=2.891 avg_d=2.216 std_dev=1.003
OP2 A 0, 1.240, 2.258, 3.276, 2.926 max_d=2.926 avg_d=2.258 std_dev=1.018
O5' A 0, 0.910, 1.958, 3.005, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.958 std_dev=1.048
OP1 A 0, 1.276, 2.325, 3.374, 2.967 max_d=2.967 avg_d=2.325 std_dev=1.049
C5' B 0, 1.054, 2.413, 3.772, 4.257 max_d=4.257 avg_d=2.413 std_dev=1.359
C5' A 0, 0.282, 1.701, 3.120, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.701 std_dev=1.419
C3' B 0, 1.065, 2.538, 4.012, 4.493 max_d=4.493 avg_d=2.538 std_dev=1.473
O3' B 0, 1.904, 3.542, 5.181, 4.997 max_d=4.997 avg_d=3.542 std_dev=1.639
C4' B 0, 1.151, 2.792, 4.433, 5.023 max_d=5.023 avg_d=2.792 std_dev=1.641
O4' B 0, 0.987, 3.074, 5.162, 6.076 max_d=6.076 avg_d=3.074 std_dev=2.088
N7 B 0, 1.276, 3.427, 5.578, 6.447 max_d=6.447 avg_d=3.427 std_dev=2.151
C2' B 0, 0.780, 3.026, 5.272, 6.239 max_d=6.239 avg_d=3.026 std_dev=2.246
C8 B 0, 1.167, 3.436, 5.705, 6.682 max_d=6.682 avg_d=3.436 std_dev=2.269
N9 B 0, 0.800, 3.155, 5.510, 6.591 max_d=6.591 avg_d=3.155 std_dev=2.355
C1' B 0, 0.692, 3.109, 5.525, 6.639 max_d=6.639 avg_d=3.109 std_dev=2.416
C5 B 0, 0.899, 3.352, 5.806, 6.827 max_d=6.827 avg_d=3.352 std_dev=2.453
C4 B 0, 0.545, 3.224, 5.903, 7.080 max_d=7.080 avg_d=3.224 std_dev=2.679
N6 B 0, 1.054, 3.872, 6.691, 7.709 max_d=7.709 avg_d=3.872 std_dev=2.819
C6 B 0, 0.746, 3.699, 6.652, 7.817 max_d=7.817 avg_d=3.699 std_dev=2.953
O2' B 0, 0.819, 3.849, 6.878, 8.147 max_d=8.147 avg_d=3.849 std_dev=3.030
N3 B 0, -0.026, 3.410, 6.847, 8.330 max_d=8.330 avg_d=3.410 std_dev=3.437
N1 B 0, 0.202, 4.040, 7.878, 9.407 max_d=9.407 avg_d=4.040 std_dev=3.838
C2 B 0, -0.175, 3.868, 7.911, 9.582 max_d=9.582 avg_d=3.868 std_dev=4.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.26 0.00 0.07 0.07 0.24 0.23
C2 0.02 0.00 0.44 0.33 0.02 0.06 0.03 0.20 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.29 0.14 0.26 0.22 0.19 0.14 0.13
C2' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.23 0.02 0.11 0.20 0.20 0.23 0.35 0.44 0.15 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.23 0.08 0.07
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.26 0.00 0.28 0.02 0.32 0.17 0.34 0.29 0.33 0.23 0.17 0.02 0.00 0.02 0.23 0.18 0.26 0.17
C4 0.02 0.02 0.23 0.26 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.16 0.13 0.13 0.21 0.16
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.30 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.06
C5 0.01 0.03 0.11 0.28 0.01 0.04 0.00 0.19 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.06 0.11 0.15 0.18 0.29 0.22
C5' 0.09 0.20 0.20 0.02 0.17 0.00 0.19 0.00 0.21 0.14 0.22 0.18 0.21 0.18 0.13 0.12 0.19 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00
C6 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01 0.05 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.10 0.16 0.16 0.17 0.23 0.16
C8 0.02 0.03 0.23 0.17 0.02 0.07 0.02 0.14 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.39 0.11 0.08 0.28 0.28 0.52 0.45
N1 0.02 0.00 0.35 0.34 0.01 0.05 0.02 0.22 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.16 0.12 0.23 0.21 0.19 0.18 0.14
N3 0.03 0.01 0.44 0.29 0.01 0.05 0.02 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.31 0.14 0.25 0.19 0.16 0.12 0.10
N6 0.01 0.01 0.15 0.33 0.01 0.04 0.02 0.21 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.16 0.12 0.13 0.15 0.19 0.26 0.18
N7 0.02 0.04 0.12 0.23 0.01 0.06 0.01 0.18 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.35 0.10 0.01 0.22 0.27 0.47 0.38
N9 0.01 0.02 0.01 0.17 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.09 0.03 0.15 0.16 0.33 0.29
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.08 0.30 0.16 0.12 0.11 0.39 0.16 0.31 0.16 0.35 0.16 0.00 0.03 0.20 0.21 0.12 0.20 0.27
O3' 0.26 0.14 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.19 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.10 0.09 0.03 0.00 0.20 0.26 0.21 0.30 0.22
O4' 0.00 0.26 0.01 0.02 0.16 0.00 0.11 0.01 0.16 0.08 0.23 0.25 0.13 0.01 0.03 0.20 0.20 0.00 0.04 0.12 0.22 0.24
O5' 0.07 0.22 0.06 0.23 0.13 0.01 0.15 0.01 0.16 0.28 0.21 0.19 0.15 0.22 0.15 0.21 0.26 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.19 0.23 0.18 0.13 0.10 0.18 0.07 0.17 0.28 0.19 0.16 0.19 0.27 0.16 0.12 0.21 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.14 0.08 0.26 0.21 0.05 0.29 0.08 0.23 0.52 0.18 0.12 0.26 0.47 0.33 0.20 0.30 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.13 0.07 0.17 0.16 0.06 0.22 0.00 0.16 0.45 0.14 0.10 0.18 0.38 0.29 0.27 0.22 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.37 2.73 1.00 0.84 2.01 0.96 2.00 0.65 2.51 1.13 2.86 2.36 2.56 1.38 1.50 1.12 1.05 1.30 0.46 0.20 0.18 0.15
C2 1.46 1.33 0.91 0.98 1.40 1.27 1.20 0.92 1.04 1.20 1.15 1.45 0.71 1.06 1.39 0.91 1.31 1.60 0.65 0.19 0.22 0.23
C2' 0.91 2.19 0.64 0.51 1.43 0.66 1.34 0.45 1.81 0.57 2.24 1.83 1.79 0.72 0.96 0.73 0.68 0.90 0.36 0.14 0.14 0.14
C3' 0.82 2.37 0.61 0.39 1.49 0.44 1.47 0.27 2.06 0.55 2.51 1.92 2.15 0.80 0.95 0.78 0.55 0.70 0.21 0.38 0.36 0.35
C4 1.31 2.33 0.87 0.80 1.80 1.02 1.69 0.72 2.01 0.96 2.32 2.10 1.81 1.09 1.37 0.91 1.04 1.36 0.52 0.18 0.20 0.17
C4' 1.47 3.25 1.24 0.96 2.29 0.94 2.31 0.61 2.99 1.25 3.44 2.73 3.14 1.58 1.66 1.45 1.14 1.26 0.41 0.14 0.12 0.12
C5 1.10 2.37 0.68 0.63 1.66 0.89 1.44 0.64 1.80 0.57 2.26 2.11 1.50 0.69 1.13 0.68 0.83 1.21 0.48 0.18 0.21 0.16
C5' 1.58 3.74 1.42 1.10 2.54 1.01 2.53 0.69 3.33 1.29 3.94 3.11 3.45 1.66 1.80 1.64 1.22 1.32 0.51 0.17 0.18 0.13
C6 1.06 1.77 0.58 0.65 1.34 1.00 0.99 0.75 1.14 0.42 1.53 1.71 0.80 0.40 0.99 0.54 0.87 1.31 0.57 0.18 0.23 0.20
C8 1.05 2.96 0.73 0.56 1.88 0.72 1.75 0.48 2.40 0.60 3.01 2.45 2.27 0.87 1.18 0.79 0.70 1.04 0.37 0.23 0.18 0.18
N1 1.29 1.20 0.72 0.86 1.18 1.22 0.85 0.90 0.73 0.79 0.94 1.33 0.43 0.56 1.15 0.67 1.16 1.54 0.65 0.19 0.23 0.24
N3 1.47 1.86 0.98 0.97 1.68 1.19 1.60 0.85 1.67 1.26 1.79 1.81 1.44 1.30 1.49 1.03 1.26 1.52 0.60 0.18 0.21 0.20
N6 0.73 1.55 0.30 0.42 0.97 0.85 0.56 0.69 0.76 0.24 1.24 1.49 0.50 0.35 0.57 0.28 0.62 1.10 0.56 0.19 0.23 0.22
N7 0.92 2.79 0.59 0.46 1.71 0.67 1.50 0.47 2.08 0.35 2.73 2.33 1.84 0.59 1.00 0.61 0.60 0.97 0.37 0.22 0.19 0.17
N9 1.25 2.72 0.88 0.74 1.92 0.90 1.86 0.61 2.38 0.92 2.80 2.33 2.30 1.15 1.37 0.95 0.94 1.24 0.45 0.20 0.19 0.16
O2' 1.12 2.01 0.78 0.73 1.46 0.94 1.34 0.71 1.65 0.79 2.00 1.78 1.56 0.87 1.12 0.83 0.94 1.19 0.63 0.22 0.25 0.34
O3' 1.04 2.32 0.83 0.60 1.61 0.60 1.60 0.33 2.09 0.84 2.43 1.95 2.18 1.07 1.15 1.03 0.79 0.87 0.24 0.26 0.25 0.22
O4' 1.72 3.44 1.41 1.14 2.55 1.16 2.60 0.79 3.27 1.53 3.66 2.95 3.43 1.88 1.93 1.59 1.34 1.53 0.55 0.16 0.15 0.16
O5' 1.58 4.00 1.46 1.08 2.68 0.91 2.68 0.57 3.58 1.30 4.25 3.29 3.71 1.73 1.84 1.73 1.19 1.24 0.34 0.18 0.10 0.14
OP1 1.50 4.18 1.43 1.00 2.70 0.77 2.70 0.43 3.63 1.23 4.40 3.40 3.77 1.71 1.80 1.75 1.09 1.10 0.24 0.34 0.20 0.30
OP2 1.37 4.31 1.35 0.91 2.65 0.67 2.59 0.35 3.57 1.02 4.49 3.45 3.60 1.49 1.67 1.64 0.97 0.98 0.18 0.40 0.30 0.41
P 1.55 4.23 1.47 1.04 2.75 0.82 2.74 0.46 3.69 1.26 4.47 3.45 3.80 1.73 1.85 1.78 1.13 1.16 0.21 0.34 0.24 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.15 0.12 0.10 0.10
C2 0.01 0.00 0.22 0.38 0.02 0.67 0.01 1.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.14 0.52 1.18 1.66 1.89 1.61
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.09 0.09 0.10 0.16 0.22 0.06 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.43 0.35 0.32 0.36
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.17 0.00 0.14 0.03 0.18 0.26 0.29 0.36 0.16 0.23 0.10 0.01 0.00 0.01 0.35 0.30 0.26 0.31
C4 0.01 0.02 0.10 0.17 0.00 0.29 0.00 0.56 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.05 0.27 0.39 0.59 0.69 0.56
C4' 0.01 0.67 0.01 0.00 0.29 0.00 0.12 0.01 0.27 0.35 0.51 0.64 0.17 0.22 0.04 0.11 0.02 0.00 0.02 0.12 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.12 0.13 0.27 0.36 0.25
C5' 0.05 1.29 0.09 0.03 0.56 0.01 0.25 0.00 0.54 0.56 1.00 1.19 0.36 0.35 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.22 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.18 0.00 0.27 0.00 0.54 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.05 0.23 0.40 0.67 0.81 0.63
C8 0.01 0.02 0.10 0.26 0.01 0.35 0.01 0.56 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.19 0.14 0.28 0.80 0.76 0.90 0.86
N1 0.01 0.01 0.16 0.29 0.02 0.51 0.01 1.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.08 0.41 0.89 1.32 1.54 1.27
N3 0.02 0.01 0.22 0.36 0.01 0.64 0.01 1.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.15 0.52 1.04 1.38 1.54 1.34
N6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.17 0.01 0.36 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.08 0.15 0.22 0.46 0.57 0.42
N7 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.22 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.14 0.15 0.60 0.57 0.70 0.66
N9 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.20 0.12 0.18 0.17
O2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.11 0.16 0.08 0.23 0.19 0.35 0.44 0.19 0.15 0.08 0.00 0.03 0.08 0.46 0.44 0.39 0.41
O3' 0.11 0.14 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.14 0.08 0.15 0.08 0.14 0.03 0.03 0.00 0.08 0.26 0.30 0.25 0.26
O4' 0.00 0.52 0.01 0.01 0.27 0.00 0.12 0.03 0.23 0.28 0.41 0.52 0.15 0.15 0.01 0.08 0.08 0.00 0.15 0.19 0.23 0.15
O5' 0.15 1.18 0.43 0.35 0.39 0.02 0.13 0.01 0.40 0.80 0.89 1.04 0.22 0.60 0.20 0.46 0.26 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 1.66 0.35 0.30 0.59 0.12 0.27 0.22 0.67 0.76 1.32 1.38 0.46 0.57 0.12 0.44 0.30 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 1.89 0.32 0.26 0.69 0.08 0.36 0.11 0.81 0.90 1.54 1.54 0.57 0.70 0.18 0.39 0.25 0.23 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.10 1.61 0.36 0.31 0.56 0.02 0.25 0.02 0.63 0.86 1.27 1.34 0.42 0.66 0.17 0.41 0.26 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00