ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54088

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.010, 0.044, 0.078, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.044 std_dev=0.034
P B 0, 0.077, 0.416, 0.754, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.416 std_dev=0.339
OP1 B 0, 0.053, 0.407, 0.761, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.407 std_dev=0.354
OP2 B 0, 0.033, 0.459, 0.885, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.459 std_dev=0.426
O2' A 0, 0.010, 0.580, 1.150, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.580 std_dev=0.570
C2' A 0, -0.008, 0.591, 1.189, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.591 std_dev=0.599
O4' A 0, 0.002, 0.628, 1.254, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.628 std_dev=0.626
C4' A 0, -0.012, 0.935, 1.881, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.935 std_dev=0.946
C3' A 0, -0.009, 0.980, 1.969, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.980 std_dev=0.989
O3' A 0, -0.004, 1.350, 2.705, 3.218 max_d=3.218 avg_d=1.350 std_dev=1.355
O5' B 0, -0.003, 1.496, 2.994, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.496 std_dev=1.499
C5' A 0, -0.016, 1.624, 3.265, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.624 std_dev=1.640
C5' B 0, 0.027, 2.431, 4.835, 5.564 max_d=5.564 avg_d=2.431 std_dev=2.404
O5' A 0, -0.108, 2.485, 5.077, 6.264 max_d=6.264 avg_d=2.485 std_dev=2.593
OP2 A 0, 0.009, 3.044, 6.079, 6.932 max_d=6.932 avg_d=3.044 std_dev=3.035
P A 0, -0.057, 3.116, 6.289, 7.182 max_d=7.182 avg_d=3.116 std_dev=3.173
O4' B 0, -0.291, 2.937, 6.164, 7.921 max_d=7.921 avg_d=2.937 std_dev=3.227
C4' B 0, -0.078, 3.346, 6.770, 8.012 max_d=8.012 avg_d=3.346 std_dev=3.424
OP1 A 0, 0.039, 3.469, 6.899, 7.508 max_d=7.508 avg_d=3.469 std_dev=3.430
C8 B 0, -0.077, 3.480, 7.037, 8.259 max_d=8.259 avg_d=3.480 std_dev=3.557
C3' B 0, -0.028, 4.162, 8.352, 9.459 max_d=9.459 avg_d=4.162 std_dev=4.190
C1' B 0, -0.247, 3.956, 8.159, 10.071 max_d=10.071 avg_d=3.956 std_dev=4.203
N9 B 0, -0.193, 4.015, 8.224, 9.984 max_d=9.984 avg_d=4.015 std_dev=4.208
N7 B 0, 0.017, 4.362, 8.708, 9.566 max_d=9.566 avg_d=4.362 std_dev=4.346
C2' B 0, -0.112, 4.896, 9.903, 11.437 max_d=11.437 avg_d=4.896 std_dev=5.007
O3' B 0, 0.038, 5.056, 10.074, 10.874 max_d=10.874 avg_d=5.056 std_dev=5.018
C4 B 0, -0.146, 5.096, 10.338, 12.211 max_d=12.211 avg_d=5.096 std_dev=5.242
C5 B 0, -0.029, 5.279, 10.586, 11.925 max_d=11.925 avg_d=5.279 std_dev=5.308
O2' B 0, -0.083, 5.716, 11.515, 13.087 max_d=13.087 avg_d=5.716 std_dev=5.799
N3 B 0, -0.187, 6.007, 12.200, 14.487 max_d=14.487 avg_d=6.007 std_dev=6.194
C6 B 0, 0.013, 6.463, 12.913, 14.200 max_d=14.200 avg_d=6.463 std_dev=6.450
N6 B 0, 0.078, 7.028, 13.977, 14.695 max_d=14.695 avg_d=7.028 std_dev=6.950
C2 B 0, -0.120, 6.931, 13.981, 16.235 max_d=16.235 avg_d=6.931 std_dev=7.050
N1 B 0, -0.031, 7.205, 14.441, 16.244 max_d=16.244 avg_d=7.205 std_dev=7.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.30 0.44 0.53 0.30
C2 0.02 0.00 0.43 0.24 0.01 0.32 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.38 0.48 1.18 1.17 0.72 1.21
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.25 0.03 0.16 0.04 0.25 0.14 0.36 0.41 0.21 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.24 0.31 0.43 0.14
C3' 0.00 0.24 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.03 0.21 0.07 0.24 0.21 0.20 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.37 0.19 0.39 0.19
C4 0.01 0.01 0.25 0.16 0.00 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.20 0.22 0.27 0.72 0.89 0.61 0.73
C4' 0.01 0.32 0.03 0.00 0.14 0.00 0.04 0.00 0.11 0.22 0.24 0.31 0.06 0.14 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.53 0.26 0.13
C5 0.00 0.01 0.16 0.15 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.21 0.13 0.68 1.18 0.95 0.83
C5' 0.03 0.58 0.04 0.03 0.24 0.00 0.09 0.00 0.22 0.38 0.45 0.53 0.11 0.26 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.34 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.21 0.01 0.11 0.02 0.22 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.21 0.30 0.22 0.82 1.27 0.85 0.92
C8 0.01 0.01 0.14 0.07 0.00 0.22 0.01 0.38 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.17 0.05 0.23 0.72 1.22 1.46 1.04
N1 0.01 0.01 0.36 0.24 0.01 0.24 0.01 0.45 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.37 0.37 1.05 1.19 0.71 1.07
N3 0.02 0.00 0.41 0.21 0.00 0.31 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.41 0.32 0.48 1.06 1.06 0.57 1.08
N6 0.03 0.01 0.21 0.20 0.02 0.06 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.17 0.29 0.13 0.79 1.52 1.07 1.02
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.14 0.00 0.26 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.08 0.11 0.71 1.47 1.44 1.10
N9 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.48 0.71 0.83 0.57
O2' 0.03 0.43 0.01 0.03 0.20 0.05 0.11 0.06 0.21 0.17 0.35 0.41 0.17 0.09 0.00 0.00 0.07 0.05 0.11 0.67 0.29 0.22
O3' 0.01 0.38 0.03 0.01 0.22 0.01 0.21 0.04 0.30 0.05 0.37 0.32 0.29 0.08 0.08 0.07 0.00 0.01 0.46 0.41 0.23 0.22
O4' 0.00 0.48 0.01 0.02 0.27 0.00 0.13 0.01 0.22 0.23 0.37 0.48 0.13 0.11 0.02 0.05 0.01 0.00 0.36 0.46 0.46 0.29
O5' 0.30 1.18 0.24 0.37 0.72 0.01 0.68 0.02 0.82 0.72 1.05 1.06 0.79 0.71 0.48 0.11 0.46 0.36 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.44 1.17 0.31 0.19 0.89 0.53 1.18 0.34 1.27 1.22 1.19 1.06 1.52 1.47 0.71 0.67 0.41 0.46 0.04 0.00 0.06 0.01
OP2 0.53 0.72 0.43 0.39 0.61 0.26 0.95 0.22 0.85 1.46 0.71 0.57 1.07 1.44 0.83 0.29 0.23 0.46 0.03 0.06 0.00 0.00
P 0.30 1.21 0.14 0.19 0.73 0.13 0.83 0.01 0.92 1.04 1.07 1.08 1.02 1.10 0.57 0.22 0.22 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.62 4.00 2.99 2.40 3.40 1.90 3.53 1.32 3.97 2.52 4.16 3.65 3.99 2.96 2.83 2.92 2.32 2.08 0.99 0.12 0.37 0.26
C2 1.74 2.75 1.86 1.57 2.38 1.61 2.88 1.37 3.33 2.07 3.16 2.40 3.86 2.79 1.94 2.05 1.81 1.51 0.72 0.21 0.31 0.24
C2' 2.53 3.87 2.95 2.36 3.17 1.84 3.21 1.30 3.68 2.26 3.98 3.50 3.71 2.62 2.64 2.93 2.32 2.04 0.99 0.16 0.39 0.46
C3' 2.70 3.66 3.23 2.65 3.02 2.09 2.84 1.43 3.18 2.09 3.57 3.43 3.05 2.24 2.60 3.32 2.71 2.26 1.09 0.06 0.30 0.39
C4 1.97 2.92 2.13 1.73 2.61 1.57 2.95 1.29 3.27 2.22 3.19 2.64 3.51 2.78 2.21 2.08 1.68 1.66 0.82 0.16 0.34 0.27
C4' 3.09 4.18 3.66 2.99 3.49 2.41 3.23 1.62 3.56 2.40 4.02 3.97 3.34 2.54 3.00 3.79 3.05 2.55 1.22 0.16 0.34 0.23
C5 1.53 2.10 1.68 1.42 1.93 1.37 2.21 1.25 2.41 1.77 2.32 1.92 2.63 2.18 1.68 1.64 1.43 1.36 0.73 0.16 0.33 0.28
C5' 3.31 3.83 4.00 3.33 3.30 2.74 2.82 1.86 2.97 2.26 3.45 3.84 2.64 2.19 2.99 4.25 3.51 2.81 1.39 0.35 0.46 0.33
C6 1.21 1.66 1.36 1.26 1.50 1.38 1.86 1.34 2.10 1.45 1.93 1.47 2.43 1.93 1.27 1.50 1.55 1.13 0.64 0.20 0.30 0.25
C8 2.03 2.56 2.42 2.09 2.35 1.61 2.38 1.18 2.53 1.92 2.60 2.45 2.53 2.12 2.11 2.28 2.03 1.69 0.91 0.09 0.38 0.28
N1 1.40 2.05 1.57 1.45 1.80 1.54 2.25 1.39 2.59 1.66 2.40 1.78 3.06 2.29 1.48 1.84 1.86 1.26 0.66 0.22 0.29 0.23
N3 2.03 3.24 2.14 1.72 2.80 1.64 3.26 1.33 3.75 2.34 3.63 2.86 4.19 3.04 2.30 2.19 1.75 1.71 0.80 0.19 0.33 0.26
N6 0.77 0.86 1.02 1.14 0.77 1.25 1.10 1.31 1.29 0.83 1.11 0.73 1.61 1.23 0.63 1.25 1.57 0.79 0.58 0.22 0.29 0.25
N7 1.51 1.86 1.78 1.56 1.74 1.29 1.85 1.09 1.97 1.54 1.96 1.76 2.06 1.75 1.58 1.65 1.49 1.33 0.77 0.11 0.36 0.30
N9 2.26 3.23 2.56 2.10 2.88 1.70 3.06 1.26 3.34 2.31 3.39 2.99 3.41 2.72 2.47 2.45 2.00 1.85 0.92 0.12 0.36 0.27
O2' 2.68 4.44 3.08 2.41 3.52 1.86 3.61 1.29 4.24 2.47 4.63 3.93 4.34 2.92 2.86 3.08 2.36 2.09 1.00 0.21 0.40 0.46
O3' 2.71 3.74 3.26 2.65 3.00 2.09 2.77 1.42 3.16 2.02 3.63 3.48 3.02 2.13 2.57 3.42 2.77 2.27 1.08 0.07 0.32 0.44
O4' 2.99 4.23 3.43 2.78 3.64 2.25 3.55 1.51 3.89 2.60 4.21 3.98 3.72 2.89 3.08 3.45 2.75 2.41 1.12 0.17 0.44 0.13
O5' 2.55 3.16 3.23 2.56 2.47 2.07 2.05 1.23 2.31 1.42 2.80 3.09 2.16 1.47 2.14 3.66 2.83 2.13 0.59 0.74 1.10 0.47
OP1 1.57 3.12 2.27 1.58 2.19 0.83 2.28 0.11 2.75 1.48 3.06 2.75 3.02 2.05 1.61 2.71 1.82 0.87 0.90 1.92 2.54 1.78
OP2 2.42 3.43 3.10 2.36 2.66 1.70 2.40 0.76 2.68 1.76 3.07 3.34 2.72 2.06 2.21 3.61 2.60 1.71 0.96 1.74 2.27 1.55
P 2.20 3.16 2.93 2.21 2.36 1.62 2.13 0.67 2.48 1.42 2.87 3.01 2.58 1.76 1.92 3.46 2.52 1.62 0.50 1.34 1.90 1.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.25 0.17 0.51 0.31
C2 0.03 0.00 0.08 0.25 0.01 0.09 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.30 0.05 0.55 0.51 1.37 0.73
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.08 0.20 0.08
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.20 0.01 0.20 0.02 0.22 0.09 0.25 0.23 0.20 0.14 0.13 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.10 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.22 0.03 0.56 0.47 1.29 0.71
C4' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.12 0.12 0.07 0.14 0.15 0.09 0.09 0.06 0.01 0.01 0.14 0.20 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.14 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.24 0.03 0.65 0.61 1.64 0.87
C5' 0.08 0.29 0.03 0.02 0.31 0.01 0.39 0.00 0.40 0.37 0.36 0.24 0.42 0.43 0.27 0.07 0.10 0.03 0.01 0.31 0.39 0.04
C6 0.02 0.01 0.05 0.22 0.01 0.14 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.28 0.04 0.65 0.66 1.75 0.91
C8 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.12 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.61 0.50 1.38 0.78
N1 0.02 0.01 0.06 0.25 0.01 0.12 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.31 0.04 0.62 0.61 1.61 0.85
N3 0.02 0.00 0.08 0.23 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.04 0.50 0.42 1.16 0.64
N6 0.02 0.02 0.05 0.20 0.01 0.14 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.27 0.04 0.67 0.74 1.93 0.97
N7 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.15 0.00 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.18 0.03 0.68 0.66 1.78 0.94
N9 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.09 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.50 0.38 1.05 0.60
O2' 0.03 0.19 0.00 0.01 0.11 0.09 0.11 0.07 0.15 0.03 0.18 0.16 0.15 0.06 0.05 0.00 0.10 0.18 0.11 0.07 0.15 0.12
O3' 0.03 0.30 0.03 0.02 0.22 0.06 0.24 0.10 0.28 0.10 0.31 0.25 0.27 0.18 0.11 0.10 0.00 0.05 0.17 0.28 0.40 0.24
O4' 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.18 0.05 0.00 0.12 0.11 0.19 0.16
O5' 0.25 0.55 0.07 0.06 0.56 0.01 0.65 0.01 0.65 0.61 0.62 0.50 0.67 0.68 0.50 0.11 0.17 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.17 0.51 0.08 0.13 0.47 0.14 0.61 0.31 0.66 0.50 0.61 0.42 0.74 0.66 0.38 0.07 0.28 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 1.37 0.20 0.08 1.29 0.20 1.64 0.39 1.75 1.38 1.61 1.16 1.93 1.78 1.05 0.15 0.40 0.19 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.73 0.08 0.08 0.71 0.02 0.87 0.04 0.91 0.78 0.85 0.64 0.97 0.94 0.60 0.12 0.24 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00