ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.008, 0.033, 0.059, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.026
P B 0, 0.215, 0.510, 0.806, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.510 std_dev=0.295
OP1 B 0, 0.209, 0.523, 0.836, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.523 std_dev=0.314
O3' A 0, 0.018, 0.538, 1.058, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.538 std_dev=0.520
OP2 B 0, 0.333, 0.864, 1.395, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.864 std_dev=0.531
O5' B 0, 0.292, 1.172, 2.053, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.172 std_dev=0.881
C3' A 0, 0.046, 1.182, 2.319, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.182 std_dev=1.136
O4' A 0, 0.067, 1.359, 2.651, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.359 std_dev=1.292
C2' A 0, 0.089, 1.383, 2.678, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.383 std_dev=1.294
C4' A 0, 0.056, 1.656, 3.256, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.656 std_dev=1.600
C8 B 0, 0.493, 2.178, 3.863, 3.904 max_d=3.904 avg_d=2.178 std_dev=1.685
C5' B 0, 0.255, 1.948, 3.640, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.948 std_dev=1.693
N7 B 0, 0.534, 2.277, 4.020, 4.086 max_d=4.086 avg_d=2.277 std_dev=1.743
C4' B 0, 0.341, 2.251, 4.162, 4.511 max_d=4.511 avg_d=2.251 std_dev=1.911
O4' B 0, 0.383, 2.424, 4.466, 4.568 max_d=4.568 avg_d=2.424 std_dev=2.042
C3' B 0, 0.435, 2.520, 4.605, 4.860 max_d=4.860 avg_d=2.520 std_dev=2.085
O2' A 0, 0.186, 2.335, 4.485, 4.496 max_d=4.496 avg_d=2.335 std_dev=2.149
O3' B 0, 0.450, 2.696, 4.943, 5.094 max_d=5.094 avg_d=2.696 std_dev=2.247
N9 B 0, 0.497, 2.774, 5.051, 5.098 max_d=5.098 avg_d=2.774 std_dev=2.277
C1' B 0, 0.448, 2.831, 5.213, 5.190 max_d=5.190 avg_d=2.831 std_dev=2.382
C5 B 0, 0.564, 3.005, 5.446, 5.543 max_d=5.543 avg_d=3.005 std_dev=2.441
C2' B 0, 0.492, 2.940, 5.389, 5.406 max_d=5.406 avg_d=2.940 std_dev=2.449
N6 B 0, 0.642, 3.221, 5.800, 5.953 max_d=5.953 avg_d=3.221 std_dev=2.579
O2' B 0, 0.482, 3.152, 5.822, 5.885 max_d=5.885 avg_d=3.152 std_dev=2.670
C4 B 0, 0.536, 3.338, 6.140, 6.231 max_d=6.231 avg_d=3.338 std_dev=2.802
C6 B 0, 0.610, 3.470, 6.330, 6.483 max_d=6.483 avg_d=3.470 std_dev=2.860
C5' A 0, 0.113, 3.115, 6.116, 6.115 max_d=6.115 avg_d=3.115 std_dev=3.002
O5' A 0, 0.141, 3.546, 6.951, 7.071 max_d=7.071 avg_d=3.546 std_dev=3.405
N3 B 0, 0.547, 4.079, 7.611, 7.743 max_d=7.743 avg_d=4.079 std_dev=3.532
N1 B 0, 0.617, 4.222, 7.826, 8.042 max_d=8.042 avg_d=4.222 std_dev=3.604
C2 B 0, 0.586, 4.473, 8.361, 8.565 max_d=8.565 avg_d=4.473 std_dev=3.887
OP2 A 0, 0.234, 4.975, 9.717, 10.081 max_d=10.081 avg_d=4.975 std_dev=4.742
P A 0, 0.152, 4.908, 9.664, 9.760 max_d=9.760 avg_d=4.908 std_dev=4.756
OP1 A 0, 0.212, 5.645, 11.079, 11.077 max_d=11.077 avg_d=5.645 std_dev=5.433

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.20 0.38 0.34 0.17
C2 0.03 0.00 0.47 0.48 0.01 0.54 0.01 0.96 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.05 0.31 1.08 0.53 1.12 1.08
C2' 0.01 0.47 0.00 0.00 0.24 0.01 0.11 0.11 0.21 0.24 0.36 0.47 0.14 0.13 0.00 0.00 0.02 0.02 0.20 0.33 0.59 0.09
C3' 0.02 0.48 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.04 0.19 0.24 0.36 0.47 0.12 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.30 0.73 0.29
C4 0.02 0.01 0.24 0.21 0.00 0.22 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.16 0.20 0.44 0.40 0.14
C4' 0.02 0.54 0.01 0.01 0.22 0.00 0.07 0.01 0.19 0.31 0.39 0.53 0.11 0.22 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.34 0.25 0.13
C5 0.03 0.01 0.11 0.09 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.06 0.07 0.23 1.10 0.43 0.45
C5' 0.08 0.96 0.11 0.04 0.30 0.01 0.14 0.00 0.27 0.71 0.66 0.90 0.16 0.57 0.19 0.11 0.05 0.02 0.00 0.36 0.33 0.01
C6 0.03 0.00 0.21 0.19 0.01 0.19 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.07 0.14 0.12 0.81 0.29 0.13
C8 0.01 0.01 0.24 0.24 0.00 0.31 0.01 0.71 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.14 1.11 1.92 1.09 1.34
N1 0.03 0.00 0.36 0.36 0.00 0.39 0.01 0.66 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.05 0.23 0.68 0.08 0.68 0.60
N3 0.04 0.00 0.47 0.47 0.00 0.53 0.00 0.90 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.32 0.99 0.49 1.07 0.98
N6 0.03 0.01 0.14 0.12 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.07 0.10 0.15 1.22 0.45 0.44
N7 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.22 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.08 0.93 1.97 1.07 1.26
N9 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.39 0.91 0.41 0.48
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.12 0.02 0.11 0.11 0.14 0.04 0.16 0.15 0.14 0.07 0.05 0.00 0.04 0.02 0.22 0.35 0.81 0.08
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.04 0.00 0.07 0.16 0.53 0.85 0.40
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.16 0.00 0.07 0.02 0.14 0.14 0.23 0.32 0.10 0.08 0.00 0.02 0.07 0.00 0.10 0.07 0.30 0.11
O5' 0.20 1.08 0.20 0.14 0.20 0.03 0.23 0.00 0.12 1.11 0.68 0.99 0.15 0.93 0.39 0.22 0.16 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.38 0.53 0.33 0.30 0.44 0.34 1.10 0.36 0.81 1.92 0.08 0.49 1.22 1.97 0.91 0.35 0.53 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 1.12 0.59 0.73 0.40 0.25 0.43 0.33 0.29 1.09 0.68 1.07 0.45 1.07 0.41 0.81 0.85 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 1.08 0.09 0.29 0.14 0.13 0.45 0.01 0.13 1.34 0.60 0.98 0.44 1.26 0.48 0.08 0.40 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.25 0.17 0.05 0.13 0.15 0.56 0.07 0.34 0.08 0.12 0.15 0.33 0.16 0.47 0.39 0.21 0.15 0.04 0.38 0.10
C2 0.82 0.78 0.70 0.75 0.80 0.83 0.80 1.10 0.78 0.83 0.78 0.79 0.78 0.82 0.83 0.51 0.66 0.87 0.46 0.12 0.29 0.11
C2' 0.32 0.14 0.29 0.36 0.29 0.37 0.37 0.72 0.31 0.53 0.19 0.16 0.37 0.52 0.38 0.24 0.36 0.40 0.27 0.11 0.36 0.08
C3' 0.22 0.03 0.22 0.25 0.20 0.27 0.33 0.68 0.27 0.52 0.11 0.03 0.37 0.53 0.31 0.37 0.31 0.32 0.29 0.19 0.26 0.13
C4 0.40 0.28 0.30 0.38 0.39 0.44 0.45 0.80 0.40 0.57 0.33 0.30 0.45 0.56 0.46 0.22 0.37 0.49 0.28 0.08 0.35 0.08
C4' 0.12 0.08 0.26 0.15 0.16 0.16 0.36 0.67 0.30 0.55 0.09 0.08 0.46 0.60 0.26 0.61 0.36 0.23 0.36 0.33 0.28 0.31
C5 0.40 0.30 0.31 0.40 0.40 0.42 0.46 0.79 0.42 0.57 0.35 0.31 0.47 0.56 0.46 0.20 0.39 0.48 0.28 0.07 0.33 0.08
C5' 0.42 0.37 0.29 0.46 0.59 0.47 0.86 1.00 0.84 1.01 0.59 0.33 1.05 1.13 0.67 0.38 0.31 0.53 0.78 0.77 0.81 0.77
C6 0.69 0.65 0.60 0.68 0.69 0.71 0.71 1.02 0.69 0.76 0.67 0.66 0.71 0.75 0.72 0.38 0.60 0.75 0.43 0.11 0.28 0.09
C8 0.06 0.22 0.30 0.20 0.05 0.01 0.09 0.46 0.04 0.28 0.12 0.19 0.12 0.28 0.09 0.55 0.48 0.11 0.11 0.03 0.37 0.12
N1 0.90 0.88 0.79 0.85 0.89 0.91 0.87 1.16 0.86 0.89 0.87 0.89 0.85 0.87 0.90 0.60 0.75 0.94 0.51 0.13 0.26 0.11
N3 0.60 0.51 0.48 0.55 0.58 0.63 0.61 0.95 0.58 0.69 0.53 0.53 0.60 0.68 0.63 0.30 0.47 0.68 0.37 0.10 0.32 0.09
N6 0.78 0.77 0.71 0.80 0.79 0.80 0.80 1.10 0.79 0.83 0.78 0.77 0.79 0.82 0.81 0.48 0.71 0.82 0.49 0.13 0.24 0.11
N7 0.10 0.05 0.21 0.20 0.11 0.11 0.21 0.52 0.16 0.37 0.05 0.03 0.24 0.37 0.19 0.41 0.41 0.20 0.14 0.03 0.36 0.11
N9 0.15 0.04 0.21 0.20 0.13 0.19 0.22 0.60 0.16 0.39 0.04 0.02 0.24 0.39 0.23 0.39 0.36 0.26 0.17 0.05 0.38 0.11
O2' 0.33 0.09 0.32 0.35 0.19 0.37 0.18 0.62 0.11 0.35 0.07 0.13 0.11 0.28 0.29 0.27 0.39 0.40 0.10 0.14 0.74 0.31
O3' 0.11 0.34 0.35 0.22 0.13 0.07 0.07 0.48 0.12 0.24 0.27 0.28 0.06 0.20 0.11 0.56 0.46 0.13 0.13 0.07 0.49 0.17
O4' 0.11 0.22 0.38 0.22 0.05 0.03 0.19 0.54 0.13 0.38 0.07 0.22 0.27 0.42 0.13 0.74 0.51 0.11 0.21 0.17 0.21 0.17
O5' 0.92 0.95 0.80 1.01 1.12 0.96 1.37 1.43 1.37 1.47 1.16 0.90 1.57 1.59 1.16 0.35 0.82 0.99 1.17 1.11 1.08 1.07
OP1 2.37 2.51 2.27 2.52 2.70 2.37 3.03 2.85 3.05 3.10 2.79 2.42 3.31 3.28 2.72 1.72 2.28 2.39 2.71 2.57 2.74 2.61
OP2 1.47 1.63 1.28 1.46 1.77 1.40 2.06 1.85 2.09 2.10 1.87 1.54 2.33 2.27 1.77 0.79 1.16 1.52 1.68 1.63 1.66 1.62
P 1.50 1.64 1.40 1.62 1.80 1.50 2.09 1.95 2.11 2.15 1.89 1.55 2.35 2.32 1.81 0.90 1.40 1.54 1.77 1.68 1.75 1.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.24 0.02 0.41 0.23
C2 0.01 0.00 0.23 0.34 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.42 0.01 0.22 0.08 0.62 0.36
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.02 0.08 0.13 0.16 0.24 0.05 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.20 0.23 0.23 0.15
C3' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.19 0.01 0.14 0.03 0.20 0.17 0.29 0.32 0.17 0.12 0.07 0.02 0.02 0.02 0.33 0.26 0.17 0.25
C4 0.00 0.01 0.10 0.19 0.00 0.12 0.00 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.00 0.25 0.13 0.62 0.38
C4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.16 0.12 0.17 0.15 0.17 0.13 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.20 0.13 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.14 0.00 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.27 0.26 0.74 0.47
C5' 0.06 0.30 0.02 0.03 0.26 0.01 0.32 0.00 0.35 0.28 0.34 0.25 0.38 0.33 0.21 0.02 0.07 0.02 0.00 0.14 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.20 0.02 0.16 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.23 0.02 0.26 0.26 0.76 0.48
C8 0.02 0.02 0.13 0.17 0.01 0.12 0.02 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.18 0.04 0.33 0.34 0.72 0.49
N1 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.35 0.01 0.23 0.17 0.70 0.42
N3 0.01 0.01 0.24 0.32 0.01 0.15 0.00 0.25 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.38 0.02 0.22 0.05 0.56 0.32
N6 0.02 0.02 0.05 0.17 0.02 0.17 0.01 0.38 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.20 0.04 0.27 0.36 0.84 0.54
N7 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.13 0.00 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.32 0.40 0.82 0.55
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.27 0.15 0.57 0.36
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.09 0.14 0.06 0.08 0.03 0.00 0.06 0.11 0.04 0.48 0.03 0.18
O3' 0.03 0.42 0.04 0.02 0.20 0.03 0.14 0.07 0.23 0.18 0.35 0.38 0.20 0.13 0.04 0.06 0.00 0.03 0.46 0.56 0.40 0.47
O4' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.11 0.03 0.00 0.35 0.10 0.43 0.27
O5' 0.24 0.22 0.20 0.33 0.25 0.02 0.27 0.00 0.26 0.33 0.23 0.22 0.27 0.32 0.27 0.04 0.46 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.08 0.23 0.26 0.13 0.20 0.26 0.14 0.26 0.34 0.17 0.05 0.36 0.40 0.15 0.48 0.56 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.62 0.23 0.17 0.62 0.13 0.74 0.27 0.76 0.72 0.70 0.56 0.84 0.82 0.57 0.03 0.40 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.36 0.15 0.25 0.38 0.08 0.47 0.01 0.48 0.49 0.42 0.32 0.54 0.55 0.36 0.18 0.47 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00