ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54090

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.003, 0.027, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.024
OP2 B 0, -0.050, 0.302, 0.654, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.302 std_dev=0.352
O4' A 0, 0.030, 0.561, 1.092, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.561 std_dev=0.531
OP1 B 0, 0.052, 0.631, 1.211, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.631 std_dev=0.579
C2' A 0, 0.008, 0.604, 1.200, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.604 std_dev=0.596
P B 0, 0.049, 0.677, 1.306, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.677 std_dev=0.628
O2' A 0, 0.015, 0.748, 1.481, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.748 std_dev=0.733
C4' A 0, 0.005, 0.852, 1.699, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.852 std_dev=0.847
C3' A 0, 0.009, 0.873, 1.737, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.873 std_dev=0.864
P A 0, 0.031, 1.041, 2.051, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.041 std_dev=1.010
O3' A 0, 0.015, 1.035, 2.055, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.035 std_dev=1.020
O5' A 0, 0.024, 1.178, 2.332, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.178 std_dev=1.154
N7 B 0, 0.037, 1.269, 2.500, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.269 std_dev=1.231
C8 B 0, 0.035, 1.479, 2.923, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.479 std_dev=1.444
O5' B 0, 0.057, 1.558, 3.060, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.558 std_dev=1.502
C5' A 0, 0.014, 1.542, 3.070, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.542 std_dev=1.528
OP1 A 0, 0.030, 1.832, 3.635, 3.757 max_d=3.757 avg_d=1.832 std_dev=1.803
OP2 A 0, 0.031, 2.080, 4.129, 4.338 max_d=4.338 avg_d=2.080 std_dev=2.049
N6 B 0, 0.046, 2.105, 4.164, 4.226 max_d=4.226 avg_d=2.105 std_dev=2.059
C5' B 0, 0.048, 2.453, 4.858, 4.982 max_d=4.982 avg_d=2.453 std_dev=2.405
C5 B 0, 0.040, 2.482, 4.925, 4.999 max_d=4.999 avg_d=2.482 std_dev=2.443
N9 B 0, 0.036, 2.779, 5.523, 5.571 max_d=5.571 avg_d=2.779 std_dev=2.743
C6 B 0, 0.043, 2.908, 5.773, 5.868 max_d=5.868 avg_d=2.908 std_dev=2.865
C2' B 0, 0.053, 3.162, 6.270, 6.291 max_d=6.291 avg_d=3.162 std_dev=3.108
C4' B 0, 0.038, 3.225, 6.411, 6.549 max_d=6.549 avg_d=3.225 std_dev=3.187
O4' B 0, 0.038, 3.313, 6.588, 6.616 max_d=6.616 avg_d=3.313 std_dev=3.275
C1' B 0, 0.043, 3.365, 6.687, 6.707 max_d=6.707 avg_d=3.365 std_dev=3.322
C3' B 0, 0.054, 3.410, 6.765, 6.873 max_d=6.873 avg_d=3.410 std_dev=3.355
C4 B 0, 0.038, 3.447, 6.856, 6.932 max_d=6.932 avg_d=3.447 std_dev=3.409
O2' B 0, 0.074, 3.926, 7.778, 7.827 max_d=7.827 avg_d=3.926 std_dev=3.852
N1 B 0, 0.049, 4.225, 8.402, 8.520 max_d=8.520 avg_d=4.225 std_dev=4.176
O3' B 0, 0.070, 4.474, 8.879, 9.106 max_d=9.106 avg_d=4.474 std_dev=4.405
N3 B 0, 0.043, 4.768, 9.493, 9.573 max_d=9.573 avg_d=4.768 std_dev=4.725
C2 B 0, 0.047, 5.049, 10.052, 10.156 max_d=10.156 avg_d=5.049 std_dev=5.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.15 0.39 0.31 0.16
C2 0.02 0.00 0.32 0.31 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.30 0.15 0.29 0.76 0.60 0.16
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.18 0.24 0.32 0.08 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.15 0.46 0.07 0.15
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.22 0.00 0.19 0.00 0.25 0.04 0.30 0.29 0.22 0.10 0.11 0.01 0.01 0.01 0.29 0.34 0.30 0.27
C4 0.01 0.01 0.16 0.22 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.17 0.08 0.33 0.68 0.66 0.21
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.14 0.02 0.03 0.10 0.14 0.06 0.07 0.03 0.00 0.02 0.06 0.15 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.17 0.05 0.45 0.73 0.91 0.28
C5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.18 0.30 0.10 0.02 0.23 0.30 0.14 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.25 0.01 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.23 0.07 0.45 0.80 0.93 0.27
C8 0.02 0.01 0.18 0.04 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.04 0.10 0.50 0.56 0.93 0.35
N1 0.01 0.00 0.24 0.30 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.29 0.11 0.38 0.81 0.78 0.21
N3 0.02 0.00 0.32 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.19 0.25 0.14 0.25 0.69 0.50 0.15
N6 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.22 0.06 0.50 0.83 1.08 0.31
N7 0.02 0.02 0.10 0.10 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.06 0.53 0.67 1.08 0.36
N9 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.33 0.56 0.63 0.23
O2' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.19 0.11 0.19 0.08 0.17 0.07 0.00 0.11 0.10 0.09 0.19 0.06 0.03
O3' 0.05 0.30 0.04 0.01 0.17 0.03 0.17 0.01 0.23 0.04 0.29 0.25 0.22 0.08 0.06 0.11 0.00 0.04 0.36 0.13 0.49 0.30
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.11 0.14 0.06 0.06 0.02 0.10 0.04 0.00 0.20 0.29 0.24 0.22
O5' 0.15 0.29 0.15 0.29 0.33 0.02 0.45 0.01 0.45 0.50 0.38 0.25 0.50 0.53 0.33 0.09 0.36 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.39 0.76 0.46 0.34 0.68 0.06 0.73 0.12 0.80 0.56 0.81 0.69 0.83 0.67 0.56 0.19 0.13 0.29 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.31 0.60 0.07 0.30 0.66 0.15 0.91 0.36 0.93 0.93 0.78 0.50 1.08 1.08 0.63 0.06 0.49 0.24 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.16 0.16 0.15 0.27 0.21 0.05 0.28 0.01 0.27 0.35 0.21 0.15 0.31 0.36 0.23 0.03 0.30 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.05 3.37 1.53 1.70 2.38 2.01 1.85 1.56 2.16 1.09 2.95 3.12 1.60 1.01 1.87 1.45 2.07 2.32 1.13 0.27 0.13 0.32
C2 0.91 1.46 0.56 0.63 1.18 0.90 1.08 0.74 1.21 0.68 1.40 1.36 1.01 0.72 0.93 0.43 0.76 1.16 0.75 0.15 0.08 0.21
C2' 2.17 3.56 1.67 1.88 2.43 2.14 1.76 1.60 2.05 1.02 2.99 3.31 1.37 0.85 1.90 1.64 2.34 2.40 1.17 0.38 0.09 0.36
C3' 2.02 3.39 1.57 1.82 2.22 2.06 1.51 1.53 1.81 0.74 2.78 3.16 1.13 0.56 1.69 1.56 2.32 2.24 1.02 0.26 0.19 0.23
C4 1.64 2.56 1.20 1.30 1.97 1.59 1.60 1.25 1.78 0.97 2.28 2.43 1.32 0.93 1.56 1.09 1.54 1.90 1.01 0.21 0.11 0.27
C4' 2.01 3.39 1.54 1.77 2.28 2.06 1.67 1.60 2.00 0.88 2.90 3.14 1.42 0.77 1.75 1.49 2.21 2.27 1.07 0.26 0.15 0.28
C5 1.64 2.25 1.25 1.32 1.87 1.59 1.47 1.26 1.54 0.96 1.95 2.24 1.11 0.87 1.55 1.14 1.52 1.89 1.03 0.20 0.10 0.27
C5' 1.85 3.19 1.42 1.67 2.08 1.95 1.45 1.51 1.78 0.66 2.67 2.95 1.20 0.54 1.55 1.38 2.12 2.10 0.93 0.25 0.27 0.22
C6 1.12 1.45 0.84 0.86 1.29 1.05 1.07 0.84 1.07 0.76 1.28 1.46 0.79 0.72 1.10 0.73 0.97 1.31 0.83 0.15 0.07 0.21
C8 2.18 3.09 1.71 1.87 2.37 2.18 1.76 1.70 1.93 1.11 2.60 3.05 1.36 0.97 1.93 1.64 2.22 2.47 1.20 0.28 0.12 0.33
N1 0.73 1.05 0.45 0.48 0.92 0.70 0.84 0.59 0.88 0.59 0.98 1.01 0.71 0.63 0.75 0.34 0.58 0.93 0.68 0.13 0.06 0.19
N3 1.32 2.19 0.89 0.99 1.66 1.28 1.42 1.03 1.65 0.85 2.05 2.02 1.31 0.86 1.29 0.76 1.19 1.58 0.89 0.19 0.10 0.25
N6 0.88 0.98 0.74 0.71 0.92 0.81 0.73 0.64 0.70 0.60 0.85 1.02 0.50 0.52 0.84 0.67 0.78 1.00 0.76 0.12 0.05 0.17
N7 2.02 2.61 1.62 1.75 2.13 2.04 1.58 1.62 1.66 1.05 2.18 2.65 1.15 0.89 1.80 1.53 2.01 2.33 1.19 0.25 0.10 0.31
N9 1.98 3.09 1.49 1.63 2.29 1.94 1.77 1.51 2.00 1.07 2.68 2.94 1.46 0.98 1.81 1.40 1.96 2.25 1.12 0.25 0.13 0.31
O2' 2.31 3.86 1.78 1.95 2.65 2.19 2.06 1.64 2.42 1.28 3.38 3.50 1.78 1.16 2.10 1.76 2.41 2.50 1.25 0.42 0.07 0.42
O3' 2.01 3.47 1.58 1.83 2.22 2.02 1.50 1.46 1.83 0.71 2.86 3.20 1.13 0.53 1.67 1.60 2.35 2.19 0.98 0.24 0.19 0.20
O4' 2.06 3.32 1.57 1.77 2.34 2.10 1.79 1.69 2.09 1.05 2.88 3.10 1.56 0.96 1.84 1.48 2.15 2.35 1.18 0.32 0.07 0.39
O5' 1.77 3.06 1.33 1.60 1.96 1.87 1.29 1.38 1.61 0.51 2.51 2.87 1.02 0.38 1.43 1.31 2.10 2.01 0.71 0.29 0.57 0.19
OP1 2.84 3.75 2.49 2.80 2.88 3.08 2.23 2.71 2.43 1.59 3.20 3.66 1.85 1.42 2.47 2.44 3.22 3.12 2.04 1.26 0.85 1.33
OP2 0.99 2.35 0.55 0.80 1.25 1.09 0.67 0.66 1.03 0.20 1.88 2.11 0.56 0.23 0.70 0.52 1.28 1.22 0.17 1.00 1.33 0.87
P 1.93 3.06 1.51 1.81 2.05 2.11 1.40 1.65 1.67 0.67 2.51 2.91 1.11 0.54 1.57 1.47 2.31 2.20 0.94 0.30 0.38 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.27 0.36 0.08 0.13
C2 0.02 0.00 0.39 0.11 0.01 0.32 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.80 0.09 0.47 0.50 0.46 0.07 0.29
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.19 0.02 0.07 0.12 0.15 0.26 0.29 0.39 0.10 0.16 0.02 0.00 0.00 0.02 0.32 0.46 0.06 0.19
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.11 0.08 0.11 0.05 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.44 0.13 0.11
C4 0.02 0.01 0.19 0.04 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.02 0.25 0.40 0.35 0.04 0.18
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.14 0.00 0.09 0.01 0.14 0.23 0.25 0.30 0.12 0.17 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.28 0.22 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.04 0.12 0.36 0.23 0.11 0.11
C5' 0.12 0.35 0.12 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.25 0.46 0.30 0.31 0.28 0.40 0.22 0.11 0.03 0.03 0.01 0.33 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.04 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.03 0.21 0.41 0.26 0.07 0.15
C8 0.02 0.01 0.26 0.11 0.01 0.23 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.45 0.13 0.26 0.19 0.13 0.25 0.07
N1 0.03 0.01 0.29 0.08 0.01 0.25 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.60 0.06 0.37 0.48 0.38 0.01 0.24
N3 0.02 0.00 0.39 0.11 0.01 0.30 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.78 0.09 0.47 0.47 0.46 0.06 0.27
N6 0.03 0.01 0.10 0.05 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.18 0.04 0.14 0.37 0.18 0.12 0.09
N7 0.02 0.01 0.16 0.09 0.00 0.17 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.28 0.10 0.13 0.24 0.11 0.24 0.05
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.31 0.28 0.10 0.11
O2' 0.02 0.80 0.00 0.01 0.35 0.01 0.12 0.11 0.31 0.45 0.60 0.78 0.18 0.28 0.04 0.00 0.03 0.02 0.32 0.52 0.04 0.21
O3' 0.06 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.13 0.06 0.09 0.04 0.10 0.06 0.03 0.00 0.08 0.03 0.44 0.14 0.09
O4' 0.00 0.47 0.02 0.02 0.25 0.01 0.12 0.03 0.21 0.26 0.37 0.47 0.14 0.13 0.01 0.02 0.08 0.00 0.19 0.31 0.09 0.10
O5' 0.27 0.50 0.32 0.12 0.40 0.02 0.36 0.01 0.41 0.19 0.48 0.47 0.37 0.24 0.31 0.32 0.03 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.36 0.46 0.46 0.44 0.35 0.28 0.23 0.33 0.26 0.13 0.38 0.46 0.18 0.11 0.28 0.52 0.44 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.07 0.06 0.13 0.04 0.22 0.11 0.28 0.07 0.25 0.01 0.06 0.12 0.24 0.10 0.04 0.14 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.19 0.11 0.18 0.03 0.11 0.02 0.15 0.07 0.24 0.27 0.09 0.05 0.11 0.21 0.09 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00