ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.020, 0.049, 0.077, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.049 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.021, 0.050, 0.080, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.050 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.019, 0.050, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.050 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.023, 0.057, 0.091, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.057 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.019, 0.054, 0.090, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.054 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.023, 0.060, 0.096, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.060 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.024, 0.062, 0.101, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.062 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.028, 0.074, 0.121, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.074 std_dev=0.047
N6 A 0, 0.022, 0.069, 0.116, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.069 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.269, 0.644, 1.019, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.644 std_dev=0.375
OP2 B 0, 0.318, 0.781, 1.244, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.781 std_dev=0.463
O4' A 0, 0.342, 0.819, 1.297, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.819 std_dev=0.478
OP1 B 0, 0.391, 0.938, 1.486, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.938 std_dev=0.547
P B 0, 0.433, 1.041, 1.649, 1.537 max_d=1.537 avg_d=1.041 std_dev=0.608
C3' A 0, 0.506, 1.239, 1.972, 1.813 max_d=1.813 avg_d=1.239 std_dev=0.733
C4' A 0, 0.526, 1.295, 2.064, 1.892 max_d=1.892 avg_d=1.295 std_dev=0.769
O2' A 0, -0.152, 0.619, 1.390, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.619 std_dev=0.771
O3' A 0, 0.743, 1.818, 2.893, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.818 std_dev=1.075
C5' A 0, 0.705, 1.905, 3.105, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.905 std_dev=1.200
O5' A 0, 0.627, 1.953, 3.279, 3.192 max_d=3.192 avg_d=1.953 std_dev=1.326
O5' B 0, 0.951, 2.319, 3.687, 3.402 max_d=3.402 avg_d=2.319 std_dev=1.368
OP1 A 0, 0.708, 2.206, 3.703, 3.802 max_d=3.802 avg_d=2.206 std_dev=1.497
P A 0, 0.634, 2.319, 4.005, 4.070 max_d=4.070 avg_d=2.319 std_dev=1.686
OP2 A 0, 0.590, 2.547, 4.504, 4.591 max_d=4.591 avg_d=2.547 std_dev=1.957
C5' B 0, 1.205, 3.399, 5.593, 5.419 max_d=5.419 avg_d=3.399 std_dev=2.194
C4' B 0, 1.746, 4.805, 7.863, 7.530 max_d=7.530 avg_d=4.805 std_dev=3.059
O4' B 0, 2.168, 5.363, 8.559, 7.897 max_d=7.897 avg_d=5.363 std_dev=3.195
C3' B 0, 1.890, 6.045, 10.201, 9.998 max_d=9.998 avg_d=6.045 std_dev=4.155
C1' B 0, 2.784, 7.064, 11.344, 10.597 max_d=10.597 avg_d=7.064 std_dev=4.280
N9 B 0, 2.975, 7.695, 12.415, 11.693 max_d=11.693 avg_d=7.695 std_dev=4.720
C8 B 0, 2.988, 7.750, 12.512, 11.753 max_d=11.753 avg_d=7.750 std_dev=4.762
O3' B 0, 1.798, 6.586, 11.373, 11.228 max_d=11.228 avg_d=6.586 std_dev=4.787
C2' B 0, 2.772, 7.603, 12.435, 11.889 max_d=11.889 avg_d=7.603 std_dev=4.831
O2' B 0, 3.359, 8.590, 13.821, 12.917 max_d=12.917 avg_d=8.590 std_dev=5.231
C4 B 0, 3.238, 8.541, 13.843, 13.129 max_d=13.129 avg_d=8.541 std_dev=5.303
N7 B 0, 3.267, 8.668, 14.069, 13.307 max_d=13.307 avg_d=8.668 std_dev=5.401
N3 B 0, 3.367, 8.856, 14.345, 13.603 max_d=13.603 avg_d=8.856 std_dev=5.489
C5 B 0, 3.417, 9.179, 14.940, 14.215 max_d=14.215 avg_d=9.179 std_dev=5.761
C2 B 0, 3.683, 9.852, 16.021, 15.267 max_d=15.267 avg_d=9.852 std_dev=6.169
C6 B 0, 3.766, 10.317, 16.867, 16.135 max_d=16.135 avg_d=10.317 std_dev=6.551
N1 B 0, 3.882, 10.600, 17.318, 16.586 max_d=16.586 avg_d=10.600 std_dev=6.718
N6 B 0, 4.033, 11.225, 18.418, 17.652 max_d=17.652 avg_d=11.225 std_dev=7.192

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03 0.10 0.13 0.02 0.01 0.00 0.03 0.24 0.01 0.22 0.62 0.49 0.39
C2 0.12 0.00 0.32 0.22 0.01 0.33 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.24 0.52 0.33 0.53 0.35 0.32
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.20 0.02 0.14 0.18 0.21 0.13 0.28 0.30 0.20 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.37 1.07 0.68 0.71
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.28 0.00 0.40 0.02 0.41 0.40 0.31 0.16 0.49 0.46 0.26 0.04 0.01 0.02 0.06 0.64 0.07 0.22
C4 0.06 0.01 0.20 0.28 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.26 0.17 0.45 0.37 0.24
C4' 0.01 0.33 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.04 0.36 0.21 0.33 0.10 0.29 0.10 0.33 0.02 0.00 0.03 0.25 0.05 0.12
C5 0.03 0.01 0.14 0.40 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.19 0.23 0.13 0.06 0.24 0.21 0.06
C5' 0.07 0.39 0.18 0.02 0.14 0.01 0.07 0.00 0.07 0.37 0.26 0.39 0.11 0.32 0.05 0.14 0.17 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02
C6 0.05 0.01 0.21 0.41 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.24 0.24 0.06 0.21 0.14 0.07
C8 0.03 0.01 0.13 0.40 0.01 0.36 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.41 0.25 0.26 0.26 0.21 0.29 0.07
N1 0.10 0.00 0.28 0.31 0.03 0.21 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.20 0.42 0.20 0.37 0.23 0.17
N3 0.13 0.00 0.30 0.16 0.00 0.33 0.02 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.17 0.27 0.51 0.36 0.61 0.43 0.39
N6 0.02 0.02 0.20 0.49 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.17 0.34 0.15 0.15 0.07 0.03 0.19
N7 0.01 0.01 0.04 0.46 0.00 0.29 0.00 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.38 0.32 0.13 0.28 0.09 0.13 0.18
N9 0.00 0.03 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.18 0.08 0.01 0.09 0.47 0.43 0.25
O2' 0.03 0.16 0.00 0.04 0.06 0.33 0.19 0.14 0.13 0.41 0.06 0.17 0.17 0.38 0.18 0.00 0.01 0.25 0.20 0.97 0.70 0.61
O3' 0.24 0.24 0.01 0.01 0.14 0.02 0.23 0.17 0.24 0.25 0.20 0.27 0.34 0.32 0.08 0.01 0.00 0.17 0.28 0.26 0.42 0.13
O4' 0.01 0.52 0.01 0.02 0.26 0.00 0.13 0.03 0.24 0.26 0.42 0.51 0.15 0.13 0.01 0.25 0.17 0.00 0.16 0.27 0.30 0.19
O5' 0.22 0.33 0.37 0.06 0.17 0.03 0.06 0.01 0.06 0.26 0.20 0.36 0.15 0.28 0.09 0.20 0.28 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.62 0.53 1.07 0.64 0.45 0.25 0.24 0.04 0.21 0.21 0.37 0.61 0.07 0.09 0.47 0.97 0.26 0.27 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.35 0.68 0.07 0.37 0.05 0.21 0.04 0.14 0.29 0.23 0.43 0.03 0.13 0.43 0.70 0.42 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.32 0.71 0.22 0.24 0.12 0.06 0.02 0.07 0.07 0.17 0.39 0.19 0.18 0.25 0.61 0.13 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.83 4.37 1.15 0.27 3.32 0.55 3.74 0.28 4.59 2.48 4.90 3.58 5.00 3.19 2.50 0.96 0.31 1.50 0.21 0.09 0.20 0.22
C2 2.70 4.47 2.23 1.58 3.70 1.59 3.82 0.97 4.26 3.01 4.56 4.01 4.30 3.42 3.13 2.00 1.35 2.39 0.62 0.46 0.14 0.22
C2' 1.48 4.03 0.81 0.09 3.06 0.26 3.62 0.31 4.50 2.36 4.67 3.22 5.08 3.16 2.26 0.57 0.71 1.13 0.03 0.11 0.23 0.18
C3' 0.87 3.67 0.28 0.86 2.52 0.69 3.08 0.95 4.05 1.69 4.32 2.78 4.66 2.53 1.64 0.49 1.50 0.56 0.63 0.61 0.34 0.42
C4 2.17 4.26 1.61 0.82 3.43 0.95 3.74 0.50 4.35 2.71 4.61 3.65 4.52 3.27 2.75 1.38 0.43 1.85 0.40 0.21 0.18 0.24
C4' 1.37 4.28 0.64 0.54 3.01 0.50 3.47 0.71 4.48 1.99 4.88 3.36 5.01 2.80 2.07 0.67 1.12 1.03 0.30 0.34 0.16 0.18
C5 2.05 3.73 1.56 0.80 3.18 0.92 3.45 0.50 3.89 2.59 4.01 3.28 3.99 3.07 2.60 1.32 0.41 1.75 0.40 0.20 0.17 0.24
C5' 1.19 4.06 0.66 0.95 2.81 0.82 3.30 1.04 4.36 1.76 4.72 3.14 4.95 2.61 1.86 0.84 1.57 0.87 0.51 0.36 0.26 0.31
C6 2.37 3.57 1.97 1.33 3.21 1.38 3.31 0.87 3.54 2.71 3.65 3.33 3.52 3.01 2.78 1.71 1.05 2.12 0.59 0.37 0.14 0.23
C8 1.47 3.54 0.90 0.13 2.83 0.36 3.31 0.34 4.00 2.20 4.05 2.92 4.40 2.89 2.14 0.75 0.59 1.15 0.13 0.08 0.23 0.21
N1 2.70 3.99 2.31 1.72 3.49 1.72 3.53 1.10 3.79 2.93 3.99 3.73 3.75 3.22 3.05 2.06 1.52 2.45 0.68 0.51 0.15 0.22
N3 2.47 4.60 1.91 1.18 3.67 1.25 3.90 0.70 4.50 2.91 4.84 3.98 4.64 3.43 2.99 1.68 0.85 2.13 0.49 0.34 0.14 0.23
N6 2.27 2.80 2.00 1.46 2.76 1.49 2.78 1.03 2.82 2.50 2.82 2.76 2.76 2.63 2.55 1.72 1.20 2.10 0.67 0.43 0.18 0.21
N7 1.54 3.23 1.06 0.23 2.74 0.45 3.16 0.29 3.65 2.23 3.64 2.76 3.90 2.82 2.16 0.87 0.32 1.23 0.20 0.07 0.21 0.22
N9 1.83 4.11 1.21 0.35 3.23 0.58 3.65 0.29 4.40 2.48 4.61 3.42 4.74 3.15 2.48 1.01 0.21 1.50 0.24 0.10 0.21 0.23
O2' 1.77 4.23 1.10 0.26 3.30 0.56 3.85 0.38 4.68 2.63 4.83 3.46 5.24 3.41 2.53 0.77 0.41 1.48 0.43 0.40 0.67 0.64
O3' 0.82 3.69 0.37 0.97 2.48 0.78 3.01 0.97 3.99 1.59 4.31 2.78 4.57 2.43 1.56 0.68 1.65 0.60 0.66 0.61 0.30 0.38
O4' 1.85 4.63 1.10 0.25 3.39 0.56 3.78 0.40 4.73 2.37 5.17 3.76 5.12 3.10 2.50 1.03 0.53 1.50 0.17 0.12 0.10 0.12
O5' 1.03 3.70 0.70 1.17 2.59 1.02 3.14 1.23 4.18 1.65 4.40 2.83 4.86 2.52 1.69 0.92 1.81 0.75 0.64 0.38 0.29 0.38
OP1 0.84 3.02 1.24 1.95 1.95 1.56 2.51 1.59 3.52 1.07 3.70 2.19 4.27 1.93 1.13 1.52 2.74 0.81 0.84 0.21 0.21 0.36
OP2 0.88 2.75 1.22 1.92 1.94 1.66 2.61 1.66 3.51 1.28 3.46 2.02 4.36 2.19 1.20 1.51 2.73 0.88 0.88 0.16 0.12 0.33
P 0.87 3.03 1.14 1.86 2.03 1.57 2.62 1.68 3.61 1.20 3.73 2.23 4.39 2.07 1.23 1.38 2.59 0.84 0.95 0.40 0.37 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.02 0.24 0.01 0.27 0.11 0.57 0.20
C2 0.04 0.00 0.22 0.11 0.01 0.15 0.01 0.28 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.27 0.39 0.25 0.30 1.01 0.76 0.54
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.17 0.12 0.12 0.18 0.22 0.10 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.62 0.63 0.66 0.53
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.01 0.20 0.02 0.18 0.31 0.13 0.11 0.20 0.31 0.16 0.03 0.01 0.02 0.33 0.40 0.12 0.19
C4 0.03 0.01 0.12 0.13 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.18 0.19 0.14 0.24 0.45 0.86 0.30
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.12 0.12 0.14 0.06 0.11 0.05 0.24 0.02 0.01 0.02 0.11 0.08 0.04
C5 0.04 0.01 0.07 0.20 0.01 0.07 0.00 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.22 0.06 0.09 0.35 0.37 1.09 0.36
C5' 0.06 0.28 0.17 0.02 0.18 0.01 0.17 0.00 0.21 0.06 0.27 0.24 0.19 0.10 0.08 0.06 0.19 0.02 0.01 0.20 0.23 0.01
C6 0.05 0.00 0.12 0.18 0.02 0.08 0.02 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.24 0.14 0.13 0.27 0.55 1.07 0.37
C8 0.03 0.03 0.12 0.31 0.03 0.12 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.29 0.21 0.11 0.67 0.63 1.15 0.61
N1 0.04 0.01 0.18 0.13 0.02 0.12 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.28 0.21 0.25 0.88 0.90 0.47
N3 0.05 0.01 0.22 0.11 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.26 0.41 0.24 0.26 0.84 0.69 0.45
N6 0.06 0.01 0.10 0.20 0.03 0.06 0.04 0.19 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.29 0.09 0.11 0.34 0.49 1.20 0.39
N7 0.04 0.02 0.07 0.31 0.03 0.11 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.28 0.19 0.06 0.58 0.55 1.27 0.56
N9 0.01 0.03 0.01 0.16 0.02 0.05 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.15 0.06 0.01 0.39 0.23 0.86 0.32
O2' 0.02 0.27 0.00 0.03 0.18 0.24 0.22 0.06 0.24 0.29 0.24 0.26 0.29 0.28 0.15 0.00 0.06 0.20 0.36 0.46 0.51 0.35
O3' 0.24 0.39 0.02 0.01 0.19 0.02 0.06 0.19 0.14 0.21 0.28 0.41 0.09 0.19 0.06 0.06 0.00 0.19 0.17 0.37 0.28 0.18
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.14 0.01 0.09 0.02 0.13 0.11 0.21 0.24 0.11 0.06 0.01 0.20 0.19 0.00 0.10 0.33 0.26 0.13
O5' 0.27 0.30 0.62 0.33 0.24 0.02 0.35 0.01 0.27 0.67 0.25 0.26 0.34 0.58 0.39 0.36 0.17 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.11 1.01 0.63 0.40 0.45 0.11 0.37 0.20 0.55 0.63 0.88 0.84 0.49 0.55 0.23 0.46 0.37 0.33 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.57 0.76 0.66 0.12 0.86 0.08 1.09 0.23 1.07 1.15 0.90 0.69 1.20 1.27 0.86 0.51 0.28 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.54 0.53 0.19 0.30 0.04 0.36 0.01 0.37 0.61 0.47 0.45 0.39 0.56 0.32 0.35 0.18 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00