ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54092

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.012, 0.049, 0.087, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.037
P B 0, 0.112, 0.470, 0.828, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.470 std_dev=0.358
O4' A 0, 0.173, 0.719, 1.266, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.719 std_dev=0.547
C2' A 0, 0.203, 0.819, 1.435, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.819 std_dev=0.616
OP1 B 0, 0.130, 0.798, 1.465, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.798 std_dev=0.668
OP2 B 0, 0.058, 0.897, 1.736, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.897 std_dev=0.839
C4' A 0, 0.294, 1.189, 2.084, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.189 std_dev=0.895
O2' A 0, 0.356, 1.263, 2.169, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.263 std_dev=0.907
C3' A 0, 0.360, 1.292, 2.223, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.292 std_dev=0.931
O5' B 0, -0.006, 1.282, 2.571, 3.044 max_d=3.044 avg_d=1.282 std_dev=1.288
C5' A 0, 0.245, 1.539, 2.832, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.539 std_dev=1.293
OP2 A 0, 0.071, 1.387, 2.703, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.387 std_dev=1.316
O3' A 0, 0.567, 1.940, 3.313, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.940 std_dev=1.373
O5' A 0, -0.030, 1.376, 2.781, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.376 std_dev=1.405
P A 0, -0.010, 1.426, 2.861, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.426 std_dev=1.435
OP1 A 0, 0.310, 1.802, 3.295, 3.655 max_d=3.655 avg_d=1.802 std_dev=1.493
C5' B 0, -0.279, 2.178, 4.636, 5.613 max_d=5.613 avg_d=2.178 std_dev=2.458
O2' B 0, -0.102, 2.370, 4.842, 5.780 max_d=5.780 avg_d=2.370 std_dev=2.472
C3' B 0, -0.139, 2.386, 4.912, 5.881 max_d=5.881 avg_d=2.386 std_dev=2.525
C2' B 0, -0.227, 2.339, 4.904, 5.911 max_d=5.911 avg_d=2.339 std_dev=2.566
O3' B 0, -0.060, 2.666, 5.391, 6.410 max_d=6.410 avg_d=2.666 std_dev=2.726
C4' B 0, -0.371, 2.499, 5.369, 6.519 max_d=6.519 avg_d=2.499 std_dev=2.870
C1' B 0, -0.489, 2.717, 5.923, 7.219 max_d=7.219 avg_d=2.717 std_dev=3.206
O4' B 0, -0.564, 2.715, 5.993, 7.327 max_d=7.327 avg_d=2.715 std_dev=3.278
C8 B 0, -0.784, 2.510, 5.803, 7.162 max_d=7.162 avg_d=2.510 std_dev=3.293
N9 B 0, -0.688, 2.789, 6.265, 7.690 max_d=7.690 avg_d=2.789 std_dev=3.476
N7 B 0, -0.757, 2.925, 6.606, 8.117 max_d=8.117 avg_d=2.925 std_dev=3.681
C4 B 0, -0.717, 3.310, 7.336, 8.977 max_d=8.977 avg_d=3.310 std_dev=4.026
C5 B 0, -0.737, 3.373, 7.483, 9.159 max_d=9.159 avg_d=3.373 std_dev=4.110
N3 B 0, -0.679, 3.750, 8.179, 9.970 max_d=9.970 avg_d=3.750 std_dev=4.429
C6 B 0, -0.695, 3.940, 8.575, 10.446 max_d=10.446 avg_d=3.940 std_dev=4.635
N6 B 0, -0.653, 4.173, 8.998, 10.936 max_d=10.936 avg_d=4.173 std_dev=4.826
C2 B 0, -0.685, 4.204, 9.093, 11.060 max_d=11.060 avg_d=4.204 std_dev=4.889
N1 B 0, -0.685, 4.322, 9.329, 11.340 max_d=11.340 avg_d=4.322 std_dev=5.007

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.00 0.13 0.34 0.15 0.16
C2 0.00 0.00 0.21 0.18 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.20 0.19 0.31 0.20 0.18
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.04 0.04 0.20 0.09 0.12 0.17 0.20 0.05 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.39 0.49 0.38 0.37
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.03 0.24 0.20 0.22 0.15 0.25 0.24 0.16 0.01 0.01 0.02 0.19 0.35 0.02 0.07
C4 0.01 0.01 0.11 0.18 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.12 0.10 0.29 0.17 0.13
C4' 0.01 0.10 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.06 0.11 0.03 0.11 0.04 0.21 0.02 0.01 0.02 0.20 0.04 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.23 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.07 0.05 0.24 0.17 0.07
C5' 0.11 0.14 0.20 0.03 0.09 0.02 0.12 0.00 0.10 0.26 0.11 0.14 0.11 0.22 0.13 0.16 0.12 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04
C6 0.00 0.01 0.09 0.24 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.18 0.11 0.10 0.25 0.19 0.10
C8 0.01 0.01 0.12 0.20 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.25 0.13 0.09 0.14 0.21 0.08 0.08
N1 0.01 0.01 0.17 0.22 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.16 0.15 0.27 0.20 0.14
N3 0.01 0.01 0.20 0.15 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.21 0.20 0.17 0.33 0.19 0.18
N6 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.21 0.19 0.09 0.09 0.23 0.21 0.07
N7 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.18 0.04 0.08 0.18 0.12 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.16 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.02 0.07 0.28 0.13 0.11
O2' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.13 0.21 0.18 0.16 0.18 0.25 0.20 0.20 0.21 0.25 0.12 0.00 0.05 0.15 0.39 0.42 0.46 0.33
O3' 0.20 0.22 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.12 0.18 0.13 0.20 0.21 0.19 0.18 0.10 0.05 0.00 0.17 0.24 0.38 0.21 0.17
O4' 0.00 0.20 0.01 0.02 0.12 0.01 0.07 0.03 0.11 0.09 0.16 0.20 0.09 0.04 0.02 0.15 0.17 0.00 0.13 0.25 0.17 0.12
O5' 0.13 0.19 0.39 0.19 0.10 0.02 0.05 0.01 0.10 0.14 0.15 0.17 0.09 0.08 0.07 0.39 0.24 0.13 0.00 0.03 0.03 0.02
OP1 0.34 0.31 0.49 0.35 0.29 0.20 0.24 0.05 0.25 0.21 0.27 0.33 0.23 0.18 0.28 0.42 0.38 0.25 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.15 0.20 0.38 0.02 0.17 0.04 0.17 0.04 0.19 0.08 0.20 0.19 0.21 0.12 0.13 0.46 0.21 0.17 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.16 0.18 0.37 0.07 0.13 0.06 0.07 0.04 0.10 0.08 0.14 0.18 0.07 0.05 0.11 0.33 0.17 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 2.01 0.14 0.60 1.60 0.69 2.32 0.61 2.94 1.55 2.81 1.37 3.54 2.22 1.13 0.13 1.03 0.15 0.07 0.53 0.83 0.10
C2 1.70 3.63 1.19 0.49 3.04 0.65 3.37 0.52 3.79 2.55 3.92 3.13 3.92 3.05 2.45 1.05 0.18 1.54 0.51 0.59 0.85 0.19
C2' 0.12 1.60 0.03 0.67 1.29 0.80 2.00 0.71 2.58 1.33 2.38 1.03 3.23 1.98 0.89 0.08 1.06 0.26 0.10 0.52 0.80 0.11
C3' 0.04 1.36 0.10 0.72 1.10 0.88 1.84 0.78 2.40 1.23 2.17 0.80 3.11 1.87 0.74 0.07 1.12 0.39 0.26 0.46 0.91 0.21
C4 0.87 2.74 0.55 0.23 2.29 0.25 2.90 0.22 3.43 2.06 3.36 2.14 3.77 2.70 1.74 0.48 0.69 0.57 0.15 0.56 0.87 0.09
C4' 0.38 1.32 0.34 0.93 1.00 1.10 1.72 0.94 2.33 1.08 2.13 0.77 3.06 1.73 0.62 0.38 1.34 0.64 0.24 0.51 0.75 0.14
C5 0.80 2.41 0.51 0.29 2.19 0.33 2.80 0.31 3.19 2.05 2.98 1.94 3.49 2.67 1.69 0.45 0.76 0.48 0.10 0.55 0.87 0.08
C5' 0.79 0.93 0.68 1.26 0.66 1.50 1.28 1.34 1.85 0.71 1.61 0.68 2.64 1.33 0.43 0.66 1.63 1.14 0.52 0.61 0.52 0.35
C6 1.36 2.79 0.94 0.16 2.64 0.25 3.05 0.21 3.29 2.40 3.16 2.45 3.45 2.89 2.18 0.82 0.35 1.14 0.37 0.57 0.87 0.15
C8 0.12 1.47 0.10 0.83 1.28 1.01 2.06 0.90 2.57 1.38 2.24 0.94 3.18 2.08 0.86 0.10 1.26 0.44 0.22 0.49 0.81 0.13
N1 1.82 3.40 1.30 0.58 3.06 0.78 3.32 0.64 3.61 2.62 3.64 3.07 3.69 3.05 2.55 1.13 0.18 1.71 0.59 0.58 0.85 0.22
N3 1.28 3.33 0.86 0.17 2.70 0.23 3.17 0.16 3.71 2.30 3.81 2.70 3.96 2.89 2.10 0.76 0.37 1.05 0.32 0.59 0.86 0.12
N6 1.35 2.39 0.99 0.18 2.42 0.29 2.78 0.26 2.90 2.37 2.72 2.16 3.04 2.75 2.12 0.85 0.32 1.16 0.41 0.57 0.86 0.16
N7 0.19 1.58 0.05 0.73 1.47 0.91 2.22 0.82 2.61 1.57 2.26 1.12 3.09 2.25 1.06 0.06 1.16 0.27 0.19 0.48 0.83 0.11
N9 0.39 2.11 0.19 0.56 1.74 0.66 2.46 0.58 3.05 1.67 2.87 1.50 3.58 2.36 1.25 0.17 1.01 0.12 0.06 0.53 0.84 0.09
O2' 0.28 1.81 0.15 0.60 1.43 0.68 2.09 0.65 2.65 1.40 2.51 1.23 3.24 2.02 1.01 0.15 0.98 0.17 0.20 0.71 0.78 0.36
O3' 0.09 1.51 0.09 0.73 1.18 0.82 1.88 0.71 2.45 1.25 2.28 0.93 3.12 1.88 0.79 0.15 1.16 0.29 0.25 0.56 0.87 0.22
O4' 0.34 1.77 0.27 0.83 1.36 0.96 2.11 0.81 2.77 1.36 2.63 1.13 3.44 2.04 0.92 0.32 1.26 0.46 0.21 0.51 0.79 0.13
O5' 0.60 1.06 0.44 1.00 0.85 1.31 1.54 1.19 2.10 0.98 1.77 0.73 2.94 1.61 0.58 0.45 1.33 0.97 0.34 0.40 0.68 0.19
OP1 1.05 0.99 0.77 1.27 0.68 1.59 0.77 1.40 1.12 0.44 0.96 1.06 1.81 0.87 0.60 0.70 1.58 1.42 0.40 0.22 0.69 0.12
OP2 0.71 0.75 0.43 1.00 0.58 1.42 1.11 1.34 1.49 0.72 1.10 0.71 2.28 1.30 0.43 0.36 1.26 1.21 0.34 0.17 0.69 0.14
P 0.97 0.85 0.71 1.27 0.60 1.64 0.94 1.50 1.37 0.53 1.07 0.90 2.17 1.08 0.51 0.60 1.57 1.42 0.52 0.37 0.56 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.51 0.81 0.55 0.57
C2 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.06 0.07 0.88 0.99 1.18 0.95
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.91 0.47 0.56
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.18 0.46 0.31 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.91 1.11 1.14 0.99
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.33 0.19 0.09
C5 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 1.05 1.32 1.40 1.20
C5' 0.05 0.12 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.08 0.08 0.02 0.01 0.34 0.32 0.01
C6 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 1.07 1.33 1.49 1.24
C8 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.07 0.06 0.97 1.37 1.20 1.13
N1 0.05 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.12 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.05 0.03 0.99 1.17 1.38 1.12
N3 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.16 0.07 0.08 0.80 0.91 1.01 0.84
N6 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 1.12 1.46 1.64 1.35
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.12 0.07 0.05 1.08 1.48 1.46 1.29
N9 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.84 1.10 0.97 0.91
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.06 0.02 0.00 0.08 0.05 0.15 0.13 0.16 0.03 0.12 0.02 0.00 0.05 0.02 0.27 0.91 0.52 0.54
O3' 0.08 0.06 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.05 0.00 0.08 0.44 0.40 0.45 0.39
O4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.05 0.01 0.02 0.08 0.00 0.43 0.57 0.29 0.36
O5' 0.51 0.88 0.36 0.18 0.91 0.03 1.05 0.01 1.07 0.97 0.99 0.80 1.12 1.08 0.84 0.27 0.44 0.43 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.81 0.99 0.91 0.46 1.11 0.33 1.32 0.34 1.33 1.37 1.17 0.91 1.46 1.48 1.10 0.91 0.40 0.57 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.55 1.18 0.47 0.31 1.14 0.19 1.40 0.32 1.49 1.20 1.38 1.01 1.64 1.46 0.97 0.52 0.45 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.57 0.95 0.56 0.21 0.99 0.09 1.20 0.01 1.24 1.13 1.12 0.84 1.35 1.29 0.91 0.54 0.39 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00