ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54094

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 B 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C5 B 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O4' B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
N9 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
N9 B 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
OP1 B 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.059
P A 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
N3 B 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C1' B 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C6 B 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
N7 B 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O5' A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C8 B 0, 0.000, 0.092, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.092 std_dev=0.092
OP2 A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
OP2 B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C2 B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
P B 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
N1 B 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
N6 B 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C2' B 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C5' B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C3' B 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O3' B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O2' B 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
OP1 A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.000, 0.619, 1.239, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.619 std_dev=0.619

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.03 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.09 0.03 0.11 0.01 0.04
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.07 0.09
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01 0.09 0.07 0.04 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.03
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.13 0.01 0.04
C5 0.01 0.03 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.10 0.01 0.03
C5' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.04 0.04
C6 0.00 0.02 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.09 0.00 0.02
C8 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.04
N1 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.06 0.03 0.09 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04 0.09 0.00 0.02
N3 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.09 0.01 0.11 0.02 0.04
N6 0.01 0.02 0.08 0.09 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.01 0.01
N7 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.09 0.02 0.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.10 0.03 0.06
O3' 0.07 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.00 0.07 0.10 0.12 0.04 0.04
O4' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.08 0.09 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.00 0.09 0.06 0.06 0.03
O5' 0.02 0.03 0.09 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.10 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02
OP1 0.08 0.11 0.14 0.11 0.10 0.13 0.10 0.16 0.09 0.09 0.09 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.12 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.09 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02
C2 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02
C2' 0.11 0.15 0.11 0.10 0.10 0.08 0.10 0.04 0.13 0.08 0.16 0.11 0.12 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.03 0.04 0.11 0.08
C3' 0.17 0.16 0.18 0.19 0.13 0.17 0.11 0.12 0.12 0.11 0.14 0.15 0.10 0.10 0.14 0.20 0.21 0.16 0.09 0.11 0.15 0.13
C4 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01
C4' 0.06 0.11 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.10 0.07 0.04 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01
C5' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.09 0.05 0.07
C6 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00
C8 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.08 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.04
N1 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01
N3 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01
N6 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00
N7 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03
N9 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02
O2' 0.04 0.08 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.03 0.12 0.03 0.10 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03
O3' 0.24 0.15 0.25 0.28 0.15 0.26 0.10 0.18 0.08 0.13 0.10 0.17 0.05 0.10 0.17 0.29 0.33 0.22 0.13 0.15 0.15 0.15
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.00 0.03
O5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.07
OP1 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.10 0.01 0.03 0.06 0.10 0.08 0.06 0.04 0.06 0.11 0.05 0.00 0.04
OP2 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.05 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02
P 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01
C2 0.07 0.00 0.07 0.08 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.03
C4 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03
C4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
C8 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
N1 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05
N3 0.08 0.00 0.08 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.09 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08
N6 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03
N9 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.02
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.07 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.08 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.02 0.03 0.01 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00