ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54095

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
OP1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
OP2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
P A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O5' A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2 B 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
N3 B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4 B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C5 B 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
OP1 B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
N1 B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
P B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O5' B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N9 B 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C6 B 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C8 B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C4' B 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N7 B 0, 0.000, 0.086, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C5' B 0, 0.000, 0.087, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O3' B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
OP2 B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C1' B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N6 B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O4' B 0, 0.000, 0.098, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C3' B 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C2' B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O2' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N1 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
O2' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.01 0.07 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C2 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02
C5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
N1 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00
N6 0.05 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02
N9 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
O4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
O5' 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
P 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03
N7 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O2' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02
O5' 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00