ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54096

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C3' A 0, 0.000, 0.059, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
N6 B 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
N7 B 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C6 B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
OP1 A 0, 0.000, 0.162, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C8 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C4 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.000, 0.215, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.215 std_dev=0.215
N9 B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
P A 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
N3 B 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O5' B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.000, 0.299, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.000, 0.315, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.315 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.000, 0.337, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP2 B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
P B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
OP2 A 0, 0.000, 0.378, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.378 std_dev=0.378
OP1 B 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.000, 0.461, 0.922, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.461 std_dev=0.461
C3' B 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O3' B 0, 0.000, 1.019, 2.038, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.019 std_dev=1.019

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.07
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.07 0.09
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.07 0.08 0.09
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.07 0.08 0.11
N7 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.07
O5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.08 0.04 0.10 0.09 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.05 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.03 0.11 0.07 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.06 0.33 0.01 0.19 0.01 0.18 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.51 0.05 0.12 0.06 0.13 0.09
C2 0.10 0.07 0.06 0.14 0.08 0.02 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.03 0.05 0.09 0.06 0.23 0.10 0.00 0.10 0.01 0.04
C2' 0.01 0.03 0.04 0.31 0.00 0.17 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.51 0.03 0.09 0.04 0.11 0.07
C3' 0.00 0.06 0.03 0.30 0.02 0.18 0.01 0.16 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.54 0.03 0.08 0.05 0.10 0.07
C4 0.05 0.07 0.02 0.23 0.06 0.10 0.04 0.12 0.05 0.03 0.07 0.07 0.03 0.01 0.05 0.03 0.35 0.03 0.07 0.01 0.08 0.04
C4' 0.00 0.06 0.03 0.31 0.02 0.18 0.01 0.15 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.56 0.04 0.09 0.05 0.10 0.07
C5 0.06 0.11 0.04 0.19 0.08 0.09 0.06 0.11 0.07 0.03 0.10 0.10 0.04 0.01 0.07 0.02 0.29 0.04 0.07 0.00 0.09 0.04
C5' 0.03 0.11 0.00 0.27 0.06 0.15 0.04 0.11 0.06 0.02 0.10 0.08 0.04 0.02 0.04 0.04 0.55 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04
C6 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.00 0.08 0.04 0.08 0.06 0.10 0.12 0.04 0.04 0.10 0.04 0.17 0.10 0.01 0.07 0.04 0.01
C8 0.00 0.11 0.03 0.31 0.04 0.19 0.03 0.19 0.07 0.02 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.46 0.04 0.13 0.07 0.14 0.11
N1 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.08 0.11 0.03 0.05 0.11 0.06 0.16 0.12 0.02 0.11 0.01 0.06
N3 0.06 0.05 0.03 0.21 0.05 0.07 0.04 0.09 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.03 0.06 0.05 0.32 0.05 0.04 0.05 0.04 0.00
N6 0.14 0.14 0.12 0.03 0.13 0.05 0.09 0.00 0.09 0.08 0.12 0.15 0.05 0.05 0.13 0.05 0.07 0.13 0.02 0.10 0.02 0.04
N7 0.03 0.13 0.01 0.25 0.08 0.15 0.05 0.17 0.08 0.01 0.13 0.12 0.06 0.01 0.04 0.00 0.36 0.02 0.12 0.06 0.13 0.10
N9 0.01 0.07 0.02 0.29 0.03 0.16 0.02 0.17 0.05 0.01 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.45 0.02 0.11 0.04 0.11 0.08
O2' 0.03 0.01 0.06 0.33 0.02 0.19 0.03 0.17 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.53 0.04 0.10 0.05 0.11 0.08
O3' 0.00 0.06 0.03 0.30 0.02 0.18 0.00 0.16 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.56 0.04 0.08 0.05 0.11 0.07
O4' 0.04 0.03 0.08 0.36 0.01 0.22 0.01 0.20 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.57 0.07 0.14 0.09 0.14 0.11
O5' 0.04 0.13 0.01 0.26 0.07 0.15 0.06 0.10 0.08 0.04 0.12 0.10 0.06 0.03 0.06 0.02 0.55 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03
OP1 0.02 0.11 0.05 0.27 0.03 0.20 0.03 0.13 0.05 0.01 0.10 0.07 0.04 0.00 0.00 0.07 0.62 0.07 0.06 0.10 0.10 0.08
OP2 0.12 0.05 0.16 0.36 0.10 0.26 0.10 0.14 0.09 0.12 0.05 0.08 0.08 0.12 0.11 0.22 0.68 0.14 0.06 0.14 0.09 0.09
P 0.01 0.06 0.04 0.27 0.02 0.17 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.59 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.17 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.18 0.00 0.20 0.01 0.21 0.15 0.19 0.15 0.22 0.19 0.14 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03
C4 0.01 0.01 0.00 0.18 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.20 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04
C4' 0.00 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.17 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.20 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.04 0.00 0.09 0.10 0.04 0.13 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.00 0.21 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.27 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04
C8 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.09 0.02 0.07 0.07
N1 0.03 0.00 0.02 0.19 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.28 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02
N3 0.02 0.00 0.02 0.15 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.16 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
N6 0.02 0.02 0.00 0.22 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.28 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.19 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.18 0.01 0.10 0.02 0.08 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.14 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.11 0.17 0.11 0.13 0.13 0.04 0.17 0.16 0.13 0.07 0.05 0.00 0.04 0.14 0.16 0.21 0.21 0.20
O3' 0.03 0.27 0.01 0.01 0.20 0.02 0.22 0.04 0.27 0.11 0.28 0.22 0.28 0.18 0.11 0.04 0.00 0.06 0.01 0.15 0.17 0.11
O4' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.03 0.00 0.07 0.10 0.04 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.21 0.15 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.21 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.20 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00