ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54104

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 4, 6, 6, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.022, 0.061, 0.100, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.061 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.069, 0.115, 0.161, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.115 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.015, 0.066, 0.117, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.066 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.024, 0.105, 0.187, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.105 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.016, 0.106, 0.195, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.106 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.095, 0.193, 0.291, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.193 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.108, 0.215, 0.323, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.215 std_dev=0.107
O3' A 0, 0.027, 0.169, 0.311, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.169 std_dev=0.142
OP2 B 0, 0.112, 0.256, 0.399, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.256 std_dev=0.144
P B 0, 0.070, 0.244, 0.419, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.244 std_dev=0.175
O5' B 0, 0.051, 0.226, 0.401, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.226 std_dev=0.175
P A 0, 0.130, 0.345, 0.561, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.345 std_dev=0.215
OP1 B 0, 0.088, 0.313, 0.539, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.313 std_dev=0.226
C8 B 0, 0.049, 0.278, 0.508, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.278 std_dev=0.229
N7 B 0, 0.067, 0.316, 0.566, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.316 std_dev=0.249
OP2 A 0, 0.211, 0.464, 0.717, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.464 std_dev=0.253
C5' B 0, -0.011, 0.243, 0.498, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.243 std_dev=0.255
C2' B 0, -0.051, 0.213, 0.478, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.213 std_dev=0.264
N9 B 0, -0.012, 0.253, 0.517, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.253 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.034, 0.316, 0.598, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.316 std_dev=0.282
O2' B 0, -0.051, 0.236, 0.522, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.236 std_dev=0.286
C1' B 0, -0.057, 0.240, 0.536, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.240 std_dev=0.297
C3' B 0, -0.083, 0.214, 0.511, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.214 std_dev=0.297
C4' B 0, -0.065, 0.239, 0.543, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.239 std_dev=0.304
O4' B 0, -0.046, 0.259, 0.565, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.259 std_dev=0.305
C4 B 0, -0.023, 0.284, 0.592, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.284 std_dev=0.308
O6 B 0, 0.107, 0.415, 0.723, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.415 std_dev=0.308
C6 B 0, 0.060, 0.369, 0.678, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.369 std_dev=0.309
OP1 A 0, 0.162, 0.484, 0.807, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.484 std_dev=0.322
O3' B 0, -0.105, 0.241, 0.587, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.241 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.031, 0.385, 0.739, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.385 std_dev=0.354
N3 B 0, -0.047, 0.316, 0.680, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.316 std_dev=0.363
C2 B 0, -0.015, 0.366, 0.747, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.366 std_dev=0.381
N2 B 0, -0.010, 0.421, 0.852, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.421 std_dev=0.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.06 0.06 0.15 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.13 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.11 0.17 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.12 0.18 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.09 0.09 0.14 0.09
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.09 0.17 0.10
N3 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.13 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.11 0.15 0.20 0.13
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.10 0.13 0.18 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.11 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.07 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.06 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.10 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.11 0.06 0.12 0.09 0.09 0.05 0.15 0.13 0.05 0.07 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.06 0.05 0.13 0.03 0.17 0.01 0.18 0.14 0.17 0.13 0.20 0.18 0.11 0.06 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.09 0.10 0.06 0.13 0.12 0.06 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.05 0.12 0.17 0.06 0.15 0.10 0.14 0.11 0.11 0.07 0.05 0.05 0.13 0.07 0.10 0.19 0.11 0.12 0.14 0.12 0.11 0.11
C2 0.14 0.13 0.14 0.10 0.13 0.09 0.14 0.08 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.20 0.11 0.11 0.06 0.15 0.10 0.08 0.07
C2' 0.11 0.05 0.16 0.22 0.05 0.20 0.08 0.18 0.09 0.10 0.06 0.06 0.06 0.11 0.07 0.14 0.24 0.15 0.15 0.12 0.15 0.11 0.13
C3' 0.19 0.08 0.24 0.28 0.10 0.26 0.10 0.23 0.09 0.14 0.07 0.09 0.11 0.13 0.13 0.25 0.30 0.22 0.20 0.12 0.19 0.15 0.18
C4 0.06 0.08 0.05 0.06 0.09 0.07 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.08 0.07 0.14 0.09 0.09 0.06 0.05 0.08 0.15 0.10 0.10 0.09
C4' 0.18 0.10 0.21 0.24 0.11 0.22 0.13 0.20 0.13 0.16 0.10 0.10 0.11 0.17 0.14 0.22 0.26 0.19 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15
C5 0.06 0.08 0.05 0.06 0.09 0.07 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.14 0.08 0.11 0.06 0.06 0.08 0.14 0.11 0.10 0.09
C5' 0.20 0.12 0.22 0.24 0.15 0.22 0.17 0.20 0.16 0.20 0.13 0.12 0.14 0.21 0.17 0.23 0.25 0.20 0.19 0.20 0.18 0.18 0.18
C6 0.12 0.11 0.12 0.08 0.12 0.08 0.13 0.09 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.11 0.17 0.08 0.10 0.07 0.14 0.10 0.09 0.08
C8 0.11 0.06 0.14 0.17 0.07 0.15 0.10 0.14 0.10 0.11 0.07 0.06 0.07 0.13 0.09 0.14 0.17 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11
N1 0.15 0.14 0.16 0.13 0.14 0.12 0.15 0.10 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.21 0.14 0.13 0.07 0.15 0.10 0.08 0.07
N3 0.10 0.11 0.09 0.05 0.11 0.06 0.13 0.07 0.14 0.13 0.12 0.10 0.10 0.15 0.11 0.14 0.05 0.07 0.06 0.15 0.10 0.09 0.07
N6 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.17 0.10 0.13 0.09 0.14 0.11 0.10 0.09
N7 0.08 0.07 0.10 0.13 0.07 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.06 0.06 0.13 0.08 0.11 0.12 0.09 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11
N9 0.07 0.06 0.09 0.14 0.06 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.05 0.05 0.14 0.07 0.07 0.14 0.08 0.11 0.14 0.11 0.11 0.10
O2' 0.11 0.06 0.14 0.21 0.05 0.20 0.08 0.18 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.13 0.25 0.15 0.14 0.11 0.14 0.11 0.12
O3' 0.24 0.13 0.27 0.32 0.13 0.30 0.09 0.27 0.07 0.14 0.08 0.15 0.16 0.11 0.16 0.28 0.35 0.27 0.23 0.08 0.22 0.16 0.20
O4' 0.11 0.06 0.14 0.18 0.07 0.16 0.11 0.14 0.11 0.12 0.08 0.06 0.07 0.15 0.09 0.15 0.20 0.12 0.12 0.16 0.12 0.11 0.11
O5' 0.21 0.13 0.23 0.24 0.17 0.22 0.18 0.21 0.17 0.22 0.14 0.13 0.15 0.22 0.19 0.24 0.24 0.21 0.21 0.20 0.19 0.19 0.19
OP1 0.27 0.26 0.26 0.25 0.29 0.26 0.33 0.27 0.33 0.32 0.30 0.24 0.26 0.35 0.29 0.23 0.23 0.27 0.28 0.36 0.27 0.28 0.28
OP2 0.20 0.13 0.22 0.22 0.17 0.23 0.22 0.25 0.21 0.27 0.17 0.11 0.13 0.28 0.21 0.19 0.20 0.21 0.26 0.25 0.27 0.28 0.27
P 0.21 0.16 0.22 0.22 0.20 0.22 0.24 0.23 0.24 0.26 0.19 0.14 0.16 0.28 0.22 0.21 0.21 0.21 0.23 0.27 0.23 0.23 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.08 0.01 0.06 0.10 0.07
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.08 0.01 0.08 0.11 0.08
C8 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.08 0.01 0.07 0.10 0.07
N2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.08 0.06
N7 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06
O3' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.09 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.08 0.04 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00