ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 1, 3, 2, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.019, 0.035, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.008, 0.043, 0.079, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.043 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.021, 0.151, 0.281, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.151 std_dev=0.130
C2' A 0, 0.012, 0.179, 0.345, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.179 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.014, 0.220, 0.427, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.220 std_dev=0.207
O2' A 0, 0.039, 0.263, 0.487, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.263 std_dev=0.224
OP1 B 0, 0.290, 0.515, 0.739, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.515 std_dev=0.225
C3' A 0, 0.007, 0.248, 0.490, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.248 std_dev=0.242
P A 0, 0.128, 0.384, 0.640, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.384 std_dev=0.256
P B 0, 0.267, 0.533, 0.799, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.533 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.301, 0.581, 0.860, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.581 std_dev=0.280
C5' B 0, 0.313, 0.593, 0.873, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.593 std_dev=0.280
O3' B 0, 0.321, 0.613, 0.905, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.613 std_dev=0.292
O5' B 0, 0.250, 0.549, 0.848, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.549 std_dev=0.299
O3' A 0, 0.022, 0.341, 0.660, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.341 std_dev=0.319
C3' B 0, 0.282, 0.606, 0.930, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.606 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.273, 0.603, 0.933, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.603 std_dev=0.330
O5' A 0, 0.070, 0.412, 0.755, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.412 std_dev=0.343
C5' A 0, 0.040, 0.383, 0.726, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.383 std_dev=0.343
C8 B 0, 0.355, 0.713, 1.071, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.713 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.279, 0.653, 1.028, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.653 std_dev=0.374
O4' B 0, 0.271, 0.649, 1.027, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.649 std_dev=0.378
N9 B 0, 0.334, 0.718, 1.103, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.718 std_dev=0.385
C1' B 0, 0.272, 0.667, 1.061, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.667 std_dev=0.395
N7 B 0, 0.389, 0.786, 1.183, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.786 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.379, 0.798, 1.217, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.798 std_dev=0.419
O2' B 0, 0.255, 0.678, 1.101, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.678 std_dev=0.423
C5 B 0, 0.408, 0.838, 1.267, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.838 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.378, 0.848, 1.318, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.848 std_dev=0.470
C6 B 0, 0.458, 0.944, 1.431, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.944 std_dev=0.486
C2 B 0, 0.426, 0.938, 1.449, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.938 std_dev=0.512
N1 B 0, 0.470, 0.984, 1.499, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.984 std_dev=0.514
O6 B 0, 0.491, 1.021, 1.552, 1.811 max_d=1.811 avg_d=1.021 std_dev=0.530
N2 B 0, 0.425, 1.002, 1.580, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.002 std_dev=0.577
OP1 A 0, 0.374, 0.966, 1.558, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.966 std_dev=0.592
OP2 A 0, -0.042, 0.767, 1.577, 2.849 max_d=2.849 avg_d=0.767 std_dev=0.810

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.41 0.20 0.11
C2 0.06 0.00 0.16 0.14 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.18 0.04 0.11 0.54 0.32 0.17
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.01 0.09 0.04 0.13 0.16 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.24 0.21 0.05
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.11 0.13 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.20 0.29 0.08
C4 0.03 0.02 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.12 0.54 0.34 0.17
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.17 0.12 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.03 0.16 0.60 0.44 0.21
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.09 0.14 0.06 0.07 0.13 0.15 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.12 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.08 0.03 0.16 0.61 0.45 0.22
C8 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.19 0.59 0.44 0.20
N1 0.05 0.01 0.13 0.11 0.02 0.05 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.14 0.03 0.13 0.58 0.39 0.19
N3 0.06 0.00 0.16 0.13 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.16 0.05 0.10 0.51 0.27 0.16
N6 0.04 0.02 0.08 0.06 0.02 0.06 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.12 0.08 0.05 0.20 0.64 0.53 0.26
N7 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.21 0.63 0.51 0.23
N9 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.52 0.31 0.16
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.10 0.06 0.09 0.06 0.13 0.03 0.18 0.19 0.12 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.20 0.24 0.04
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.08 0.09 0.14 0.16 0.08 0.08 0.03 0.05 0.00 0.02 0.09 0.34 0.47 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.42 0.20 0.14
O5' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.12 0.02 0.16 0.01 0.16 0.19 0.13 0.10 0.20 0.21 0.12 0.04 0.09 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.54 0.24 0.20 0.54 0.17 0.60 0.11 0.61 0.59 0.58 0.51 0.64 0.63 0.52 0.20 0.34 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.32 0.21 0.29 0.34 0.12 0.44 0.12 0.45 0.44 0.39 0.27 0.53 0.51 0.31 0.24 0.47 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.05 0.08 0.17 0.04 0.21 0.02 0.22 0.20 0.19 0.16 0.26 0.23 0.16 0.04 0.14 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.14 0.15 0.15 0.13 0.19 0.10 0.22 0.11 0.14 0.13 0.16 0.15 0.10 0.15 0.16 0.16 0.22 0.12 0.13 0.12 0.18 0.14
C2 0.17 0.20 0.16 0.15 0.16 0.19 0.14 0.23 0.17 0.12 0.20 0.23 0.19 0.12 0.15 0.17 0.17 0.21 0.09 0.18 0.07 0.07 0.05
C2' 0.16 0.14 0.15 0.15 0.11 0.18 0.09 0.24 0.12 0.12 0.14 0.17 0.14 0.09 0.13 0.16 0.16 0.21 0.10 0.15 0.11 0.15 0.11
C3' 0.12 0.17 0.15 0.14 0.11 0.13 0.11 0.18 0.16 0.09 0.18 0.19 0.14 0.08 0.10 0.15 0.16 0.16 0.08 0.20 0.09 0.14 0.10
C4 0.16 0.16 0.14 0.14 0.13 0.18 0.11 0.23 0.13 0.12 0.15 0.18 0.16 0.10 0.14 0.15 0.16 0.21 0.09 0.14 0.09 0.13 0.10
C4' 0.12 0.15 0.13 0.13 0.11 0.14 0.11 0.18 0.16 0.09 0.17 0.18 0.13 0.09 0.10 0.13 0.15 0.17 0.09 0.20 0.09 0.15 0.10
C5 0.16 0.16 0.14 0.14 0.14 0.18 0.11 0.23 0.13 0.12 0.15 0.18 0.16 0.10 0.14 0.15 0.16 0.21 0.09 0.15 0.09 0.12 0.09
C5' 0.12 0.21 0.12 0.11 0.15 0.14 0.17 0.19 0.22 0.10 0.24 0.23 0.17 0.13 0.11 0.11 0.14 0.17 0.12 0.27 0.12 0.16 0.13
C6 0.16 0.18 0.14 0.14 0.15 0.19 0.13 0.23 0.16 0.12 0.18 0.21 0.18 0.11 0.14 0.15 0.15 0.20 0.08 0.17 0.08 0.06 0.05
C8 0.18 0.15 0.15 0.15 0.14 0.18 0.12 0.22 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.12 0.15 0.16 0.16 0.22 0.14 0.15 0.13 0.19 0.15
N1 0.17 0.21 0.16 0.15 0.16 0.20 0.15 0.24 0.18 0.12 0.20 0.24 0.19 0.13 0.15 0.16 0.16 0.21 0.10 0.19 0.08 0.06 0.06
N3 0.16 0.18 0.14 0.14 0.14 0.18 0.12 0.23 0.14 0.12 0.17 0.20 0.17 0.10 0.14 0.15 0.15 0.20 0.08 0.16 0.07 0.11 0.07
N6 0.16 0.19 0.14 0.14 0.16 0.19 0.14 0.24 0.17 0.12 0.18 0.21 0.18 0.12 0.15 0.15 0.16 0.20 0.10 0.18 0.11 0.07 0.08
N7 0.17 0.15 0.15 0.15 0.14 0.18 0.12 0.23 0.13 0.14 0.14 0.17 0.16 0.11 0.15 0.16 0.16 0.22 0.12 0.15 0.12 0.16 0.13
N9 0.17 0.14 0.15 0.15 0.13 0.18 0.11 0.23 0.12 0.14 0.13 0.16 0.15 0.11 0.15 0.16 0.16 0.22 0.12 0.13 0.12 0.18 0.13
O2' 0.20 0.15 0.17 0.17 0.14 0.23 0.10 0.28 0.12 0.14 0.15 0.18 0.16 0.10 0.16 0.19 0.18 0.25 0.13 0.15 0.14 0.16 0.13
O3' 0.11 0.18 0.17 0.15 0.12 0.12 0.12 0.17 0.18 0.09 0.20 0.21 0.15 0.10 0.10 0.18 0.18 0.14 0.07 0.23 0.10 0.13 0.09
O4' 0.17 0.15 0.16 0.16 0.14 0.18 0.12 0.20 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.12 0.15 0.16 0.17 0.21 0.13 0.15 0.12 0.20 0.15
O5' 0.15 0.25 0.15 0.14 0.19 0.18 0.20 0.23 0.25 0.13 0.27 0.27 0.21 0.16 0.15 0.14 0.16 0.20 0.17 0.29 0.19 0.19 0.18
OP1 0.64 0.53 0.58 0.59 0.56 0.68 0.54 0.73 0.51 0.60 0.51 0.52 0.56 0.55 0.60 0.59 0.58 0.71 0.69 0.51 0.74 0.67 0.72
OP2 0.53 0.44 0.50 0.52 0.47 0.59 0.46 0.63 0.44 0.51 0.44 0.44 0.46 0.48 0.50 0.52 0.50 0.60 0.60 0.45 0.64 0.59 0.64
P 0.18 0.27 0.16 0.16 0.22 0.21 0.24 0.25 0.29 0.18 0.30 0.28 0.23 0.22 0.19 0.16 0.19 0.23 0.20 0.34 0.21 0.20 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.08 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.18 0.03 0.10 0.02 0.10 0.16 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.13 0.11 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.05 0.11 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.11 0.06 0.14 0.17 0.13 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.09 0.14 0.11
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.08 0.02 0.08 0.14 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.09 0.02 0.10 0.17 0.12
C5' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.05 0.11 0.11 0.08 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.12 0.08 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.14 0.03 0.11 0.01 0.13 0.20 0.14
C8 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.07 0.12 0.09
N1 0.03 0.01 0.09 0.14 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.17 0.03 0.11 0.02 0.12 0.19 0.13
N2 0.03 0.01 0.13 0.17 0.02 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.21 0.03 0.10 0.03 0.11 0.16 0.11
N3 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.08 0.02 0.09 0.13 0.09
N7 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.08 0.04 0.10 0.16 0.12
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.11 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.09 0.13 0.10 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.09 0.05
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.09 0.01 0.10 0.05 0.14 0.08 0.17 0.21 0.15 0.09 0.04 0.05 0.00 0.01 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.04 0.14 0.10 0.12
O5' 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.06 0.05 0.15 0.10 0.00 0.12 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.11 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.15 0.04 0.12 0.00 0.16 0.23 0.17
OP1 0.08 0.10 0.05 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.13 0.07 0.12 0.11 0.09 0.10 0.07 0.06 0.15 0.14 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.16 0.11 0.14 0.14 0.04 0.17 0.04 0.20 0.12 0.19 0.16 0.13 0.16 0.11 0.09 0.17 0.10 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.06 0.11 0.09 0.03 0.12 0.01 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.12 0.08 0.05 0.16 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00