ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54106

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 6, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.008, 0.045, 0.082, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.045 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.011, 0.049, 0.087, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.049 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.009, 0.050, 0.090, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.050 std_dev=0.041
P B 0, 0.263, 0.477, 0.691, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.477 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.343, 0.598, 0.853, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.598 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.575, 1.136, 1.696, 1.723 max_d=1.723 avg_d=1.136 std_dev=0.560
O5' B 0, 0.717, 1.448, 2.178, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.448 std_dev=0.730
C5' B 0, 1.012, 2.147, 3.281, 3.394 max_d=3.394 avg_d=2.147 std_dev=1.134
O4' A 0, 0.629, 1.790, 2.951, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.790 std_dev=1.161
C2' A 0, 0.645, 1.903, 3.161, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.903 std_dev=1.258
O3' A 0, 0.825, 2.205, 3.586, 3.251 max_d=3.251 avg_d=2.205 std_dev=1.381
C4' A 0, 0.920, 2.421, 3.923, 3.526 max_d=3.526 avg_d=2.421 std_dev=1.501
C3' A 0, 0.857, 2.367, 3.877, 3.445 max_d=3.445 avg_d=2.367 std_dev=1.510
O2' A 0, 0.988, 2.836, 4.685, 4.200 max_d=4.200 avg_d=2.836 std_dev=1.849
C4' B 0, 1.564, 3.555, 5.546, 5.076 max_d=5.076 avg_d=3.555 std_dev=1.991
O5' A 0, 1.661, 4.276, 6.891, 6.189 max_d=6.189 avg_d=4.276 std_dev=2.615
C3' B 0, 1.991, 4.612, 7.233, 6.608 max_d=6.608 avg_d=4.612 std_dev=2.621
C5' A 0, 1.661, 4.328, 6.995, 6.197 max_d=6.197 avg_d=4.328 std_dev=2.667
O4' B 0, 1.866, 4.602, 7.338, 6.611 max_d=6.611 avg_d=4.602 std_dev=2.736
OP1 A 0, 1.703, 4.475, 7.246, 6.659 max_d=6.659 avg_d=4.475 std_dev=2.771
O3' B 0, 2.289, 5.063, 7.838, 7.203 max_d=7.203 avg_d=5.063 std_dev=2.775
P A 0, 2.111, 5.390, 8.669, 7.801 max_d=7.801 avg_d=5.390 std_dev=3.279
OP2 A 0, 2.505, 6.201, 9.896, 8.951 max_d=8.951 avg_d=6.201 std_dev=3.696
C1' B 0, 2.457, 6.374, 10.291, 9.184 max_d=9.184 avg_d=6.374 std_dev=3.917
C2' B 0, 2.556, 6.531, 10.507, 9.458 max_d=9.458 avg_d=6.531 std_dev=3.976
C8 B 0, 2.963, 7.438, 11.913, 10.619 max_d=10.619 avg_d=7.438 std_dev=4.475
N9 B 0, 2.839, 7.391, 11.943, 10.609 max_d=10.609 avg_d=7.391 std_dev=4.552
O2' B 0, 3.096, 7.872, 12.648, 11.309 max_d=11.309 avg_d=7.872 std_dev=4.776
N7 B 0, 3.487, 8.881, 14.274, 12.639 max_d=12.639 avg_d=8.881 std_dev=5.394
C4 B 0, 3.434, 8.953, 14.473, 12.821 max_d=12.821 avg_d=8.953 std_dev=5.519
N3 B 0, 3.889, 9.879, 15.869, 14.108 max_d=14.108 avg_d=9.879 std_dev=5.990
C5 B 0, 3.689, 9.691, 15.692, 13.820 max_d=13.820 avg_d=9.691 std_dev=6.002
C2 B 0, 4.524, 11.416, 18.307, 16.229 max_d=16.229 avg_d=11.416 std_dev=6.891
C6 B 0, 4.326, 11.374, 18.422, 16.183 max_d=16.183 avg_d=11.374 std_dev=7.048
N1 B 0, 4.694, 12.064, 19.435, 17.151 max_d=17.151 avg_d=12.064 std_dev=7.371
N2 B 0, 5.139, 12.652, 20.165, 17.906 max_d=17.906 avg_d=12.652 std_dev=7.513
O6 B 0, 4.689, 12.407, 20.125, 17.682 max_d=17.682 avg_d=12.407 std_dev=7.718

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.29 0.41 0.13 0.28
C2 0.04 0.00 0.54 0.96 0.02 0.58 0.03 0.89 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.12 0.58 0.12 0.45 0.32 0.37 0.42
C2' 0.01 0.54 0.00 0.01 0.24 0.01 0.06 0.20 0.18 0.34 0.39 0.55 0.09 0.22 0.04 0.01 0.03 0.02 0.70 1.15 0.43 0.76
C3' 0.01 0.96 0.01 0.00 0.52 0.00 0.34 0.01 0.53 0.20 0.80 0.92 0.43 0.05 0.13 0.01 0.01 0.02 0.38 1.02 0.17 0.43
C4 0.02 0.02 0.24 0.52 0.00 0.30 0.01 0.40 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.17 0.06 0.17 0.24 0.40 0.24
C4' 0.01 0.58 0.01 0.00 0.30 0.00 0.18 0.01 0.29 0.21 0.47 0.55 0.23 0.11 0.06 0.22 0.03 0.01 0.02 0.29 0.59 0.10
C5 0.02 0.03 0.06 0.34 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.09 0.04 0.33 0.36 0.85 0.50
C5' 0.07 0.89 0.20 0.01 0.40 0.01 0.25 0.00 0.44 0.44 0.73 0.80 0.34 0.30 0.11 0.04 0.18 0.01 0.01 0.32 0.38 0.02
C6 0.03 0.02 0.18 0.53 0.02 0.29 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.27 0.24 0.06 0.24 0.25 0.75 0.37
C8 0.02 0.03 0.34 0.20 0.01 0.21 0.01 0.44 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.38 0.34 0.08 0.83 0.75 1.28 0.99
N1 0.03 0.01 0.39 0.80 0.02 0.47 0.02 0.73 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.46 0.10 0.32 0.25 0.40 0.28
N3 0.04 0.01 0.55 0.92 0.01 0.55 0.02 0.80 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.11 0.49 0.12 0.38 0.25 0.35 0.35
N6 0.03 0.03 0.09 0.43 0.02 0.23 0.02 0.34 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.34 0.18 0.06 0.32 0.32 1.05 0.53
N7 0.02 0.03 0.22 0.05 0.02 0.11 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.40 0.20 0.06 0.70 0.66 1.39 0.94
N9 0.01 0.03 0.04 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.20 0.15 0.02 0.40 0.44 0.56 0.47
O2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.17 0.22 0.30 0.04 0.27 0.38 0.18 0.11 0.34 0.40 0.20 0.00 0.06 0.15 0.45 0.97 0.20 0.51
O3' 0.28 0.58 0.03 0.01 0.17 0.03 0.09 0.18 0.24 0.34 0.46 0.49 0.18 0.20 0.15 0.06 0.00 0.20 0.11 0.73 0.72 0.09
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.12 0.06 0.06 0.02 0.15 0.20 0.00 0.10 0.15 0.38 0.16
O5' 0.29 0.45 0.70 0.38 0.17 0.02 0.33 0.01 0.24 0.83 0.32 0.38 0.32 0.70 0.40 0.45 0.11 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.41 0.32 1.15 1.02 0.24 0.29 0.36 0.32 0.25 0.75 0.25 0.25 0.32 0.66 0.44 0.97 0.73 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.37 0.43 0.17 0.40 0.59 0.85 0.38 0.75 1.28 0.40 0.35 1.05 1.39 0.56 0.20 0.72 0.38 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.42 0.76 0.43 0.24 0.10 0.50 0.02 0.37 0.99 0.28 0.35 0.53 0.94 0.47 0.51 0.09 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.19 4.19 1.91 1.24 3.67 1.08 4.28 0.84 4.89 3.30 4.76 4.17 3.62 4.08 3.04 1.46 0.74 1.78 0.64 5.39 0.11 0.16 0.16
C2 2.76 4.91 2.46 1.70 4.20 1.51 4.51 0.89 5.06 3.28 5.21 5.00 4.39 3.93 3.43 2.28 1.48 2.22 0.67 5.18 0.10 0.26 0.18
C2' 2.36 4.60 2.09 1.39 4.02 1.15 4.73 0.89 5.44 3.60 5.27 4.56 3.95 4.50 3.30 1.64 0.91 1.87 0.61 6.05 0.27 0.34 0.10
C3' 2.66 5.12 2.30 1.58 4.39 1.38 5.09 1.07 5.89 3.84 5.81 5.15 4.40 4.75 3.61 1.86 1.10 2.16 0.83 6.52 0.11 0.18 0.19
C4 2.31 4.16 2.02 1.35 3.66 1.21 4.12 0.85 4.60 3.16 4.57 4.16 3.68 3.83 3.05 1.64 0.96 1.90 0.66 4.89 0.10 0.13 0.17
C4' 2.23 4.57 1.82 1.11 3.87 1.00 4.52 0.72 5.28 3.36 5.22 4.61 3.88 4.22 3.13 1.36 0.58 1.81 0.57 5.86 0.14 0.31 0.09
C5 2.04 3.56 1.76 1.17 3.19 1.08 3.54 0.79 3.89 2.79 3.87 3.55 3.19 3.32 2.69 1.34 0.78 1.73 0.64 4.09 0.10 0.13 0.18
C5' 1.98 4.39 1.47 0.80 3.64 0.76 4.27 0.49 5.04 3.07 5.03 4.47 3.68 3.92 2.87 1.00 0.28 1.61 0.41 5.61 0.32 0.58 0.32
C6 2.20 3.62 1.91 1.32 3.23 1.24 3.41 0.80 3.70 2.65 3.79 3.66 3.32 3.07 2.74 1.57 1.04 1.89 0.65 3.75 0.10 0.24 0.19
C8 1.71 3.24 1.44 0.90 2.93 0.82 3.44 0.73 3.84 2.75 3.69 3.17 2.82 3.36 2.46 0.89 0.38 1.45 0.58 4.20 0.12 0.19 0.16
N1 2.62 4.38 2.30 1.61 3.82 1.47 3.96 0.85 4.33 2.94 4.52 4.46 4.01 3.42 3.17 2.10 1.42 2.16 0.65 4.32 0.11 0.31 0.19
N3 2.63 4.79 2.34 1.59 4.12 1.40 4.57 0.89 5.17 3.38 5.21 4.85 4.23 4.12 3.38 2.07 1.27 2.12 0.68 5.46 0.10 0.18 0.17
N6 1.85 2.89 1.60 1.13 2.58 1.12 2.62 0.72 2.82 2.05 2.95 2.95 2.69 2.31 2.21 1.24 0.89 1.67 0.62 2.81 0.13 0.30 0.20
N7 1.61 2.95 1.35 0.85 2.68 0.79 3.09 0.70 3.41 2.50 3.31 2.90 2.60 3.00 2.27 0.81 0.38 1.39 0.57 3.67 0.11 0.15 0.16
N9 2.09 3.90 1.81 1.18 3.46 1.04 4.00 0.81 4.50 3.11 4.39 3.87 3.41 3.81 2.88 1.35 0.70 1.73 0.63 4.89 0.11 0.14 0.16
O2' 2.03 4.22 1.87 1.19 3.66 0.88 4.39 0.66 5.11 3.30 4.92 4.18 3.57 4.20 2.97 1.45 0.73 1.51 0.33 5.77 0.50 0.54 0.26
O3' 2.67 5.30 2.35 1.59 4.47 1.33 5.17 0.96 6.06 3.83 6.02 5.37 4.51 4.78 3.62 1.99 1.14 2.10 0.69 6.74 0.20 0.25 0.11
O4' 2.03 4.12 1.65 0.97 3.53 0.89 4.12 0.64 4.77 3.09 4.69 4.14 3.52 3.87 2.86 1.19 0.46 1.65 0.52 5.27 0.11 0.24 0.08
O5' 1.17 3.44 0.66 0.16 2.75 0.14 3.37 0.15 4.10 2.28 4.06 3.50 2.76 3.09 2.04 0.21 0.51 0.88 0.20 4.65 0.72 1.06 0.76
OP1 0.78 2.95 0.30 0.24 2.32 0.21 2.97 0.22 3.67 1.96 3.59 2.99 2.28 2.75 1.66 0.42 0.77 0.59 0.24 4.26 0.63 1.09 0.72
OP2 0.28 2.28 0.68 1.24 1.60 1.24 2.34 1.30 3.13 1.24 3.01 2.31 1.55 2.13 0.89 1.29 1.84 0.47 1.36 3.81 1.90 2.47 1.99
P 0.64 2.94 0.15 0.51 2.24 0.48 2.92 0.57 3.67 1.83 3.60 2.99 2.23 2.67 1.54 0.57 1.07 0.40 0.60 4.28 1.10 1.57 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.18 0.03 0.17 0.56 0.12
C2 0.04 0.00 0.45 0.38 0.01 0.10 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.31 0.24 0.48 0.02 0.78 0.34 0.32
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.26 0.02 0.16 0.15 0.25 0.15 0.37 0.52 0.44 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.14 0.21 0.12 0.74 0.23
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.32 0.01 0.38 0.03 0.43 0.26 0.43 0.37 0.32 0.34 0.21 0.02 0.02 0.03 0.04 0.46 0.20 0.65 0.33
C4 0.02 0.01 0.26 0.32 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.12 0.37 0.02 0.63 0.34 0.25
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.11 0.20 0.08 0.15 0.10 0.19 0.09 0.28 0.03 0.01 0.02 0.14 0.16 0.52 0.26
C5 0.01 0.02 0.16 0.38 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.19 0.05 0.36 0.02 0.79 0.27 0.35
C5' 0.06 0.09 0.15 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.11 0.21 0.07 0.15 0.10 0.21 0.07 0.13 0.22 0.02 0.02 0.16 0.02 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.43 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.25 0.10 0.42 0.01 0.92 0.24 0.41
C8 0.01 0.02 0.15 0.26 0.01 0.20 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.09 0.16 0.27 0.03 0.57 0.36 0.30
N1 0.03 0.01 0.37 0.43 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.13 0.29 0.19 0.47 0.02 0.90 0.26 0.39
N2 0.06 0.01 0.52 0.37 0.02 0.15 0.02 0.15 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.32 0.37 0.30 0.54 0.03 0.80 0.38 0.35
N3 0.04 0.01 0.44 0.32 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.29 0.24 0.43 0.02 0.63 0.39 0.24
N7 0.01 0.02 0.06 0.34 0.01 0.19 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.16 0.09 0.31 0.03 0.75 0.30 0.38
N9 0.00 0.02 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.27 0.03 0.46 0.40 0.19
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.11 0.28 0.22 0.13 0.18 0.37 0.13 0.32 0.21 0.36 0.18 0.00 0.06 0.18 0.27 0.23 0.58 1.34 0.72
O3' 0.28 0.31 0.04 0.02 0.19 0.03 0.19 0.22 0.25 0.09 0.29 0.37 0.29 0.16 0.10 0.06 0.00 0.17 0.25 0.28 0.56 1.02 0.71
O4' 0.00 0.24 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.16 0.19 0.30 0.24 0.09 0.01 0.18 0.17 0.00 0.17 0.08 0.19 0.40 0.11
O5' 0.18 0.48 0.14 0.04 0.37 0.02 0.36 0.02 0.42 0.27 0.47 0.54 0.43 0.31 0.27 0.27 0.25 0.17 0.00 0.41 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.21 0.46 0.02 0.14 0.02 0.16 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.23 0.28 0.08 0.41 0.00 1.01 0.22 0.47
OP1 0.17 0.78 0.12 0.20 0.63 0.16 0.79 0.02 0.92 0.57 0.90 0.80 0.63 0.75 0.46 0.58 0.56 0.19 0.02 1.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.56 0.34 0.74 0.65 0.34 0.52 0.27 0.08 0.24 0.36 0.26 0.38 0.39 0.30 0.40 1.34 1.02 0.40 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.32 0.23 0.33 0.25 0.26 0.35 0.02 0.41 0.30 0.39 0.35 0.24 0.38 0.19 0.72 0.71 0.11 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00