ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54108

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 3, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.015, 0.022, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.013, 0.020, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.016, 0.024, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.409, 0.612, 0.814, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.612 std_dev=0.202
C2' A 0, 0.424, 0.628, 0.833, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.628 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.367, 0.574, 0.781, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.574 std_dev=0.207
P B 0, 0.160, 0.368, 0.575, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.368 std_dev=0.207
OP2 B 0, 0.273, 0.498, 0.724, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.498 std_dev=0.226
O2' A 0, 0.482, 0.709, 0.935, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.709 std_dev=0.226
C4' A 0, 0.576, 0.864, 1.153, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.864 std_dev=0.288
OP1 B 0, 0.270, 0.577, 0.884, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.577 std_dev=0.307
C3' A 0, 0.661, 0.981, 1.301, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.981 std_dev=0.320
O3' A 0, 0.929, 1.374, 1.819, 1.806 max_d=1.806 avg_d=1.374 std_dev=0.445
C1' B 0, 0.910, 1.362, 1.814, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.362 std_dev=0.452
N9 B 0, 0.903, 1.357, 1.812, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.357 std_dev=0.455
N7 B 0, 1.071, 1.548, 2.026, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.548 std_dev=0.478
OP2 A 0, 0.906, 1.401, 1.896, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.401 std_dev=0.495
O4' B 0, 0.868, 1.369, 1.870, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.369 std_dev=0.501
C5' A 0, 1.038, 1.550, 2.062, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.550 std_dev=0.512
C4' B 0, 0.863, 1.375, 1.887, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.375 std_dev=0.512
O3' B 0, 0.977, 1.489, 2.001, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.489 std_dev=0.512
P A 0, 0.941, 1.455, 1.969, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.455 std_dev=0.514
O5' A 0, 1.064, 1.601, 2.137, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.601 std_dev=0.537
C2' B 0, 1.157, 1.693, 2.230, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.693 std_dev=0.537
C3' B 0, 1.093, 1.640, 2.188, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.640 std_dev=0.547
OP1 A 0, 0.950, 1.532, 2.113, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.532 std_dev=0.581
C5' B 0, 0.752, 1.348, 1.944, 2.212 max_d=2.212 avg_d=1.348 std_dev=0.596
C8 B 0, 1.422, 2.052, 2.683, 2.432 max_d=2.432 avg_d=2.052 std_dev=0.630
O2' B 0, 1.444, 2.124, 2.803, 2.839 max_d=2.839 avg_d=2.124 std_dev=0.680
C5 B 0, 1.432, 2.153, 2.873, 2.870 max_d=2.870 avg_d=2.153 std_dev=0.720
C4 B 0, 1.787, 2.628, 3.469, 3.367 max_d=3.367 avg_d=2.628 std_dev=0.841
O6 B 0, 2.480, 3.657, 4.834, 4.578 max_d=4.578 avg_d=3.657 std_dev=1.177
C6 B 0, 2.577, 3.769, 4.962, 4.670 max_d=4.670 avg_d=3.769 std_dev=1.193
N3 B 0, 3.199, 4.612, 6.025, 5.481 max_d=5.481 avg_d=4.612 std_dev=1.413
N1 B 0, 4.062, 5.861, 7.659, 6.934 max_d=6.934 avg_d=5.861 std_dev=1.799
C2 B 0, 4.336, 6.236, 8.137, 7.282 max_d=7.282 avg_d=6.236 std_dev=1.901
N2 B 0, 5.885, 8.444, 11.003, 9.662 max_d=9.662 avg_d=8.444 std_dev=2.559

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.24 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.23 0.16 0.20 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.24 0.22 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.29 0.18 0.07
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.24 0.12 0.20 0.08
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.29 0.08 0.16 0.07
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.28 0.10 0.15 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.31 0.07 0.21 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.26 0.14 0.18 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.20 0.16 0.21 0.10
N6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.30 0.09 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.32 0.05 0.15 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.23 0.11 0.22 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.27 0.21 0.06
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.14 0.37 0.14 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.12 0.24 0.09
O5' 0.13 0.23 0.04 0.06 0.24 0.01 0.29 0.00 0.28 0.31 0.26 0.20 0.30 0.32 0.23 0.03 0.14 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.16 0.24 0.29 0.12 0.22 0.08 0.19 0.10 0.07 0.14 0.16 0.09 0.05 0.11 0.27 0.37 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.20 0.22 0.18 0.20 0.17 0.16 0.08 0.15 0.21 0.18 0.21 0.13 0.15 0.22 0.21 0.14 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.04 0.07 0.00 0.10 0.07 0.12 0.10 0.10 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.16 0.11 0.09 0.15 0.10 0.22 0.08 0.17 0.07 0.14 0.07 0.15 0.13 0.27 0.28 0.12 0.20 0.09 0.10 0.14 0.09
C2 0.11 0.22 0.18 0.14 0.08 0.12 0.08 0.16 0.11 0.18 0.18 0.32 0.15 0.15 0.11 0.25 0.24 0.10 0.14 0.11 0.12 0.12 0.09
C2' 0.11 0.08 0.11 0.07 0.07 0.15 0.08 0.19 0.07 0.13 0.07 0.12 0.07 0.12 0.10 0.21 0.22 0.13 0.16 0.08 0.12 0.15 0.10
C3' 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.13 0.07 0.16 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.15 0.16 0.11 0.15 0.06 0.13 0.13 0.09
C4 0.11 0.17 0.17 0.13 0.07 0.13 0.08 0.20 0.08 0.17 0.14 0.26 0.12 0.14 0.11 0.26 0.25 0.10 0.16 0.08 0.09 0.13 0.08
C4' 0.10 0.06 0.09 0.05 0.07 0.12 0.09 0.16 0.08 0.11 0.07 0.08 0.06 0.11 0.10 0.19 0.20 0.10 0.19 0.08 0.14 0.10 0.08
C5 0.11 0.22 0.18 0.14 0.08 0.13 0.08 0.20 0.10 0.18 0.18 0.32 0.16 0.15 0.10 0.25 0.23 0.10 0.14 0.10 0.09 0.13 0.08
C5' 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.13 0.05 0.08 0.06 0.10 0.05 0.07 0.06 0.15 0.13 0.07 0.18 0.06 0.16 0.07 0.08
C6 0.11 0.26 0.19 0.15 0.10 0.12 0.10 0.17 0.14 0.19 0.22 0.38 0.19 0.16 0.11 0.24 0.21 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.09
C8 0.11 0.14 0.17 0.12 0.07 0.16 0.08 0.26 0.06 0.17 0.10 0.22 0.11 0.14 0.11 0.26 0.26 0.11 0.19 0.07 0.10 0.14 0.09
N1 0.11 0.25 0.19 0.15 0.09 0.12 0.10 0.15 0.14 0.19 0.22 0.37 0.19 0.15 0.11 0.25 0.22 0.11 0.12 0.14 0.14 0.12 0.10
N3 0.11 0.17 0.17 0.13 0.07 0.12 0.08 0.18 0.09 0.18 0.14 0.27 0.12 0.15 0.11 0.26 0.25 0.10 0.15 0.09 0.10 0.13 0.08
N6 0.11 0.31 0.19 0.16 0.12 0.12 0.12 0.16 0.17 0.20 0.27 0.43 0.23 0.17 0.11 0.23 0.19 0.12 0.11 0.17 0.16 0.12 0.11
N7 0.11 0.20 0.18 0.14 0.07 0.15 0.08 0.25 0.09 0.18 0.16 0.30 0.15 0.15 0.10 0.25 0.22 0.11 0.17 0.08 0.08 0.14 0.08
N9 0.12 0.13 0.17 0.12 0.07 0.15 0.08 0.22 0.07 0.17 0.10 0.20 0.10 0.14 0.11 0.26 0.27 0.11 0.18 0.07 0.09 0.14 0.08
O2' 0.11 0.06 0.12 0.07 0.08 0.14 0.10 0.19 0.08 0.14 0.06 0.10 0.06 0.13 0.11 0.23 0.21 0.11 0.17 0.09 0.11 0.15 0.09
O3' 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.10 0.05 0.14 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.11 0.09 0.09 0.14 0.06 0.14 0.12 0.10
O4' 0.15 0.08 0.16 0.12 0.11 0.16 0.13 0.22 0.11 0.17 0.09 0.10 0.09 0.16 0.14 0.28 0.31 0.13 0.23 0.12 0.14 0.13 0.10
O5' 0.07 0.24 0.10 0.20 0.15 0.12 0.13 0.21 0.16 0.06 0.22 0.30 0.21 0.08 0.09 0.08 0.02 0.10 0.21 0.15 0.18 0.21 0.21
OP1 0.40 0.33 0.29 0.17 0.38 0.36 0.40 0.32 0.39 0.42 0.35 0.29 0.34 0.42 0.40 0.32 0.01 0.43 0.31 0.40 0.40 0.22 0.29
OP2 0.07 0.09 0.03 0.05 0.07 0.04 0.07 0.13 0.07 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.07 0.05 0.02 0.07 0.12 0.08 0.17 0.10 0.11
P 0.09 0.07 0.06 0.01 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.13 0.01 0.11 0.15 0.09 0.21 0.08 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.23 0.06 0.08
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.08 0.12 0.30 0.01 0.33 0.32 0.33
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.04 0.30 0.15 0.20
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.10 0.14 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.06 0.30 0.14 0.19
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.16 0.01 0.21 0.12 0.12
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.12 0.19 0.14 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.14 0.01 0.19 0.10 0.10
C5' 0.02 0.29 0.06 0.02 0.13 0.01 0.09 0.00 0.14 0.12 0.23 0.38 0.26 0.09 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.13 0.22 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.19 0.00 0.21 0.16 0.17
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.05 0.18 0.01 0.28 0.19 0.20
N1 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.10 0.26 0.01 0.29 0.27 0.27
N2 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.14 0.38 0.01 0.42 0.43 0.44
N3 0.02 0.00 0.09 0.11 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.12 0.26 0.01 0.29 0.25 0.26
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.16 0.01 0.24 0.15 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.22 0.08 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.06 0.10 0.13 0.10 0.06 0.03 0.00 0.05 0.04 0.22 0.07 0.29 0.16 0.19
O3' 0.08 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.10 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.05 0.00 0.06 0.19 0.05 0.25 0.14 0.16
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.10 0.14 0.12 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.05 0.20 0.05 0.04
O5' 0.08 0.30 0.24 0.26 0.16 0.01 0.14 0.01 0.19 0.18 0.26 0.38 0.26 0.16 0.10 0.22 0.19 0.06 0.00 0.18 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.05 0.18 0.00 0.19 0.15 0.16
OP1 0.23 0.33 0.30 0.30 0.21 0.19 0.19 0.22 0.21 0.28 0.29 0.42 0.29 0.24 0.22 0.29 0.25 0.20 0.02 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.32 0.15 0.14 0.12 0.06 0.10 0.06 0.16 0.19 0.27 0.43 0.25 0.15 0.08 0.16 0.14 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.33 0.20 0.19 0.12 0.02 0.10 0.01 0.17 0.20 0.27 0.44 0.26 0.16 0.09 0.19 0.16 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00