ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54109

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.025, 0.044, 0.063, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.044 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.022, 0.042, 0.061, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.026, 0.055, 0.084, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.055 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.047, 0.097, 0.148, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.097 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.047, 0.099, 0.152, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.099 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.066, 0.158, 0.250, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.158 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.106, 0.222, 0.337, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.222 std_dev=0.115
OP1 B 0, 0.167, 0.301, 0.435, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.301 std_dev=0.134
C3' B 0, 0.188, 0.325, 0.463, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.325 std_dev=0.138
C5' B 0, 0.177, 0.317, 0.456, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.317 std_dev=0.140
O3' B 0, 0.207, 0.350, 0.494, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.350 std_dev=0.144
P B 0, 0.195, 0.345, 0.495, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.345 std_dev=0.150
C4' B 0, 0.199, 0.349, 0.499, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.349 std_dev=0.150
O5' B 0, 0.199, 0.349, 0.500, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.349 std_dev=0.151
O2' A 0, 0.216, 0.377, 0.538, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.377 std_dev=0.161
C2' B 0, 0.215, 0.378, 0.541, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.378 std_dev=0.163
P A 0, 0.181, 0.360, 0.539, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.360 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.234, 0.417, 0.600, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.417 std_dev=0.183
O2' B 0, 0.258, 0.455, 0.651, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.455 std_dev=0.196
C1' B 0, 0.250, 0.453, 0.656, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.453 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.260, 0.467, 0.674, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.467 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.240, 0.448, 0.657, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.448 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.293, 0.513, 0.733, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.513 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.257, 0.484, 0.711, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.484 std_dev=0.227
OP2 A 0, 0.203, 0.434, 0.665, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.434 std_dev=0.231
C8 B 0, 0.276, 0.531, 0.786, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.531 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.307, 0.576, 0.845, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.576 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.314, 0.587, 0.860, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.587 std_dev=0.273
N7 B 0, 0.303, 0.600, 0.897, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.600 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.331, 0.635, 0.938, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.635 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.359, 0.674, 0.989, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.674 std_dev=0.315
N2 B 0, 0.374, 0.701, 1.029, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.701 std_dev=0.328
C6 B 0, 0.381, 0.732, 1.082, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.732 std_dev=0.351
N1 B 0, 0.396, 0.748, 1.100, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.748 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.489, 0.858, 1.227, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.858 std_dev=0.369
O6 B 0, 0.413, 0.807, 1.201, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.807 std_dev=0.394
O3' A 0, 0.704, 1.203, 1.703, 1.526 max_d=1.526 avg_d=1.203 std_dev=0.500

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.04 0.10 0.06 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.07 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.09 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.05 0.05
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.07 0.05
C5 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.05 0.10 0.06 0.06
C5' 0.02 0.11 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.03 0.11 0.10 0.08 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.10 0.06 0.06
C8 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.12 0.02 0.07 0.10 0.07 0.07
N1 0.04 0.00 0.06 0.07 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.05 0.07 0.10 0.06 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.10 0.05 0.06
N6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04 0.05 0.10 0.07 0.06
N7 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.10 0.03 0.07 0.10 0.07 0.07
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.10 0.05 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.08 0.04
O3' 0.09 0.06 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.05 0.12 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.02 0.00 0.06 0.05 0.12 0.14 0.08
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.10 0.05 0.05
O5' 0.04 0.08 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.08 0.14 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.09 0.06 0.02 0.05 0.05
C2 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06
C2' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.09 0.06 0.03 0.05 0.06
C3' 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.05 0.06
C4 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06
C4' 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.05 0.09 0.06 0.03 0.06 0.07
C5 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06
C5' 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.11 0.05 0.06 0.09 0.10
C6 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.08 0.05 0.04 0.05 0.06
C8 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06
N1 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.06 0.06
N3 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.04 0.06 0.07
N6 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07
N7 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06
N9 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.06 0.03 0.05 0.06
O2' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.08 0.03 0.04 0.05
O3' 0.19 0.21 0.20 0.17 0.20 0.16 0.20 0.13 0.21 0.19 0.21 0.20 0.20 0.19 0.19 0.22 0.17 0.17 0.15 0.21 0.08 0.12 0.12
O4' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.02 0.06 0.07
O5' 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.08 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08
OP1 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.14 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04
OP2 0.10 0.12 0.12 0.07 0.11 0.07 0.11 0.05 0.11 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.10 0.15 0.05 0.10 0.05 0.11 0.08 0.06 0.06
P 0.06 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.12 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05
C8 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.02 0.07 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02
N7 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.09 0.02 0.07 0.03 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02
O5' 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.09 0.07 0.01 0.05 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.00 0.08 0.05 0.06
OP1 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00