ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54112

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.007, 0.081, 0.154, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.081 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.002, 0.078, 0.155, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.078 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.031, 0.115, 0.199, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.041, 0.150, 0.259, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.150 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.001, 0.124, 0.247, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.124 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.022, 0.169, 0.316, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.169 std_dev=0.147
C5' A 0, 0.072, 0.263, 0.454, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.263 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.163, 0.370, 0.578, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.370 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.073, 0.300, 0.528, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.300 std_dev=0.228
OP1 A 0, 0.134, 0.373, 0.612, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.373 std_dev=0.239
P A 0, 0.121, 0.363, 0.604, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.363 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.165, 0.408, 0.651, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.408 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.163, 0.407, 0.651, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.407 std_dev=0.244
C3' B 0, 0.157, 0.407, 0.657, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.407 std_dev=0.250
OP2 A 0, 0.127, 0.392, 0.656, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.392 std_dev=0.264
O5' B 0, 0.189, 0.500, 0.811, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.500 std_dev=0.311
C1' B 0, 0.209, 0.526, 0.842, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.526 std_dev=0.317
C4' B 0, 0.193, 0.513, 0.834, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.513 std_dev=0.320
C5' B 0, 0.196, 0.523, 0.851, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.523 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.192, 0.526, 0.860, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.526 std_dev=0.334
P B 0, 0.178, 0.513, 0.848, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.513 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.183, 0.531, 0.878, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.531 std_dev=0.347
N9 B 0, 0.242, 0.595, 0.947, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.595 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.219, 0.574, 0.929, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.574 std_dev=0.355
C8 B 0, 0.270, 0.639, 1.008, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.639 std_dev=0.369
N3 B 0, 0.241, 0.622, 1.003, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.622 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.253, 0.636, 1.019, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.636 std_dev=0.383
N7 B 0, 0.294, 0.700, 1.106, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.700 std_dev=0.406
C2 B 0, 0.261, 0.673, 1.084, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.673 std_dev=0.411
N2 B 0, 0.260, 0.673, 1.086, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.673 std_dev=0.413
C5 B 0, 0.283, 0.696, 1.110, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.696 std_dev=0.414
N1 B 0, 0.288, 0.732, 1.177, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.732 std_dev=0.444
C6 B 0, 0.302, 0.749, 1.195, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.749 std_dev=0.446
O6 B 0, 0.332, 0.807, 1.281, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.807 std_dev=0.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.05 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.04 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05
O5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.08 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.08 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.04 0.08 0.10 0.06 0.10 0.06 0.07 0.05 0.10 0.03 0.06 0.05 0.09 0.08 0.08 0.14 0.10 0.05 0.05 0.11 0.07 0.06
C2 0.09 0.06 0.08 0.12 0.05 0.12 0.05 0.11 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.07 0.14 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07 0.05
C2' 0.07 0.03 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04 0.08 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.11 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.03
C3' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.02 0.05 0.08 0.05 0.03
C4 0.10 0.04 0.09 0.12 0.06 0.12 0.06 0.10 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.08 0.08 0.08 0.14 0.11 0.06 0.06 0.09 0.05 0.04
C4' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.02 0.05 0.10 0.08 0.05
C5 0.11 0.05 0.10 0.12 0.08 0.12 0.08 0.11 0.07 0.11 0.06 0.05 0.06 0.10 0.10 0.09 0.13 0.11 0.07 0.08 0.10 0.05 0.04
C5' 0.03 0.07 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.11 0.04 0.03 0.02 0.07 0.09 0.08 0.06
C6 0.10 0.07 0.10 0.12 0.08 0.13 0.08 0.12 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.12 0.09 0.09 0.08 0.07 0.05
C8 0.11 0.05 0.11 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.12 0.06 0.03 0.06 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.04 0.09 0.12 0.05 0.06
N1 0.09 0.06 0.09 0.12 0.06 0.12 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.14 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06
N3 0.09 0.05 0.08 0.12 0.05 0.12 0.05 0.10 0.04 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.15 0.10 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04
N6 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07
N7 0.12 0.06 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.12 0.07 0.05 0.08 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.05 0.10 0.12 0.04 0.05
N9 0.10 0.03 0.09 0.11 0.06 0.11 0.07 0.08 0.05 0.10 0.03 0.05 0.04 0.09 0.09 0.08 0.15 0.10 0.05 0.06 0.10 0.06 0.05
O2' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.06 0.05 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04
O3' 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05 0.03
O4' 0.09 0.05 0.08 0.09 0.06 0.10 0.06 0.07 0.05 0.09 0.04 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.15 0.09 0.05 0.05 0.12 0.10 0.08
O5' 0.04 0.10 0.10 0.06 0.07 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.09 0.11 0.08 0.06 0.05 0.13 0.01 0.01 0.04 0.08 0.10 0.09 0.07
OP1 0.11 0.10 0.04 0.03 0.11 0.11 0.12 0.09 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.02 0.01 0.15 0.06 0.12 0.03 0.05 0.04
OP2 0.06 0.06 0.02 0.02 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.08 0.05 0.06 0.03 0.04 0.04
P 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.07 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.00 0.10 0.13 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.10 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.08 0.11 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.12 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.09 0.12 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.05 0.00 0.10 0.13 0.10
N2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.00 0.12 0.13 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.09 0.12 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.11 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.10 0.07
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.10 0.11 0.07
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
O5' 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.05 0.00 0.10 0.12 0.10
OP1 0.06 0.10 0.08 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.10 0.12 0.09 0.07 0.07 0.10 0.05 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.13 0.10 0.05 0.11 0.02 0.12 0.02 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.10 0.11 0.04 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.07 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00