ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.003, 0.027, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C8 A 0, -0.001, 0.025, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.003, 0.033, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.033 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.001, 0.031, 0.061, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.011, 0.041, 0.072, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.031
N1 A 0, -0.001, 0.036, 0.073, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.037
C2' A 0, -0.009, 0.087, 0.182, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.087 std_dev=0.095
C4' A 0, -0.066, 0.264, 0.595, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.264 std_dev=0.331
C5' A 0, -0.057, 0.297, 0.651, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.297 std_dev=0.354
P B 0, -0.102, 0.355, 0.813, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.355 std_dev=0.458
O2' A 0, -0.137, 0.410, 0.958, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.410 std_dev=0.547
OP2 B 0, -0.131, 0.468, 1.067, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.468 std_dev=0.599
O5' A 0, -0.136, 0.508, 1.151, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.508 std_dev=0.643
C3' A 0, -0.200, 0.574, 1.347, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.574 std_dev=0.774
OP1 A 0, -0.187, 0.600, 1.388, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.600 std_dev=0.787
OP1 B 0, -0.205, 0.611, 1.427, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.611 std_dev=0.816
P A 0, -0.231, 0.686, 1.603, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.686 std_dev=0.917
O5' B 0, -0.358, 0.950, 2.259, 2.800 max_d=2.800 avg_d=0.950 std_dev=1.308
OP2 A 0, -0.405, 1.053, 2.512, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.053 std_dev=1.458
O3' A 0, -0.408, 1.101, 2.610, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.101 std_dev=1.509
C8 B 0, -0.518, 1.320, 3.157, 3.918 max_d=3.918 avg_d=1.320 std_dev=1.837
C5 B 0, -0.575, 1.438, 3.451, 4.284 max_d=4.284 avg_d=1.438 std_dev=2.013
N7 B 0, -0.588, 1.484, 3.555, 4.413 max_d=4.413 avg_d=1.484 std_dev=2.072
N9 B 0, -0.599, 1.505, 3.609, 4.481 max_d=4.481 avg_d=1.505 std_dev=2.104
C6 B 0, -0.609, 1.548, 3.704, 4.597 max_d=4.597 avg_d=1.548 std_dev=2.156
C4 B 0, -0.629, 1.569, 3.767, 4.677 max_d=4.677 avg_d=1.569 std_dev=2.198
N1 B 0, -0.639, 1.625, 3.888, 4.825 max_d=4.825 avg_d=1.625 std_dev=2.263
C5' B 0, -0.667, 1.647, 3.961, 4.920 max_d=4.920 avg_d=1.647 std_dev=2.314
O6 B 0, -0.708, 1.818, 4.343, 5.389 max_d=5.389 avg_d=1.818 std_dev=2.526
C2 B 0, -0.754, 1.918, 4.590, 5.697 max_d=5.697 avg_d=1.918 std_dev=2.672
C1' B 0, -0.773, 1.903, 4.579, 5.688 max_d=5.688 avg_d=1.903 std_dev=2.676
C2' B 0, -0.775, 1.910, 4.595, 5.708 max_d=5.708 avg_d=1.910 std_dev=2.685
N3 B 0, -0.781, 1.961, 4.704, 5.839 max_d=5.839 avg_d=1.961 std_dev=2.742
O4' B 0, -0.833, 2.064, 4.960, 6.160 max_d=6.160 avg_d=2.064 std_dev=2.897
C4' B 0, -0.880, 2.153, 5.186, 6.442 max_d=6.442 avg_d=2.153 std_dev=3.033
C3' B 0, -0.946, 2.294, 5.534, 6.877 max_d=6.877 avg_d=2.294 std_dev=3.240
N2 B 0, -0.919, 2.347, 5.612, 6.965 max_d=6.965 avg_d=2.347 std_dev=3.266
O2' B 0, -0.945, 2.355, 5.656, 7.023 max_d=7.023 avg_d=2.355 std_dev=3.301
O3' B 0, -1.249, 3.028, 7.304, 9.076 max_d=9.076 avg_d=3.028 std_dev=4.277

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.30 0.00 0.14 0.17 0.11 0.16
C2 0.05 0.00 0.09 0.11 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.36 0.30 0.04 0.03 0.02 0.12 0.01
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.19 0.08 0.02 0.10 0.07 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.37 0.34 0.45 0.40
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.19 0.01 0.32 0.01 0.31 0.39 0.23 0.06 0.37 0.41 0.22 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05
C4 0.01 0.03 0.05 0.19 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.32 0.16 0.01 0.04 0.02 0.12 0.02
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.11 0.04 0.15 0.16 0.09 0.27 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.04 0.01 0.15 0.11 0.29 0.10
C5' 0.05 0.06 0.19 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.14 0.16 0.11 0.03 0.17 0.17 0.06 0.07 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.31 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.37 0.02 0.02 0.16 0.14 0.32 0.12
C8 0.02 0.01 0.02 0.39 0.01 0.16 0.00 0.16 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.19 0.20 0.02 0.19 0.10 0.29 0.10
N1 0.05 0.01 0.10 0.23 0.04 0.11 0.02 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.37 0.15 0.04 0.10 0.09 0.23 0.08
N3 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.36 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05
N6 0.03 0.01 0.08 0.37 0.02 0.15 0.02 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.37 0.11 0.02 0.21 0.21 0.42 0.18
N7 0.01 0.01 0.03 0.41 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.21 0.03 0.23 0.17 0.42 0.17
N9 0.00 0.03 0.02 0.22 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.20 0.07 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.36 0.00 0.03 0.32 0.27 0.33 0.07 0.37 0.19 0.37 0.33 0.37 0.27 0.20 0.00 0.01 0.19 0.26 0.20 0.52 0.31
O3' 0.30 0.30 0.01 0.01 0.16 0.03 0.04 0.18 0.02 0.20 0.15 0.36 0.11 0.21 0.07 0.01 0.00 0.21 0.27 0.39 0.29 0.30
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.19 0.21 0.00 0.06 0.14 0.02 0.07
O5' 0.14 0.03 0.37 0.06 0.04 0.01 0.15 0.00 0.16 0.19 0.10 0.04 0.21 0.23 0.03 0.26 0.27 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.17 0.02 0.34 0.04 0.02 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.09 0.05 0.21 0.17 0.04 0.20 0.39 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.12 0.45 0.06 0.12 0.02 0.29 0.01 0.32 0.29 0.23 0.05 0.42 0.42 0.08 0.52 0.29 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.16 0.01 0.40 0.05 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.10 0.08 0.05 0.18 0.17 0.04 0.31 0.30 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.57 1.42 2.09 2.15 1.16 1.31 0.70 0.63 0.66 0.54 1.04 1.66 1.51 0.29 1.12 2.86 2.66 0.99 0.75 0.35 0.42 0.18 0.16
C2 1.98 1.72 2.30 2.60 1.60 2.04 1.30 1.47 1.25 1.25 1.48 1.87 1.80 1.06 1.62 2.63 2.98 1.69 1.04 1.06 0.65 0.26 0.31
C2' 1.78 1.63 2.19 2.31 1.29 1.54 0.72 0.78 0.67 0.50 1.15 1.93 1.75 0.20 1.24 2.99 2.98 1.25 0.86 0.28 0.48 0.20 0.24
C3' 2.14 2.10 2.53 2.53 1.73 1.77 1.11 1.03 1.07 0.86 1.59 2.42 2.22 0.55 1.63 3.41 3.15 1.54 1.28 0.62 0.87 0.32 0.70
C4 1.77 1.55 2.23 2.35 1.41 1.62 1.10 1.01 1.06 1.02 1.31 1.70 1.62 0.83 1.42 2.71 2.68 1.31 0.90 0.86 0.52 0.21 0.24
C4' 1.45 1.44 1.96 1.91 1.10 1.08 0.57 0.44 0.54 0.34 1.01 1.74 1.53 0.06 1.01 2.84 2.44 0.80 0.80 0.16 0.50 0.09 0.31
C5 1.63 1.48 2.05 2.07 1.41 1.44 1.22 0.94 1.20 1.17 1.34 1.56 1.51 1.06 1.41 2.38 2.22 1.19 0.86 1.08 0.50 0.18 0.23
C5' 0.96 1.05 1.46 1.35 0.70 0.58 0.22 0.05 0.23 0.04 0.67 1.32 1.10 0.27 0.59 2.29 1.79 0.31 0.59 0.12 0.40 0.13 0.24
C6 1.69 1.55 1.99 2.09 1.51 1.64 1.38 1.26 1.36 1.36 1.46 1.60 1.57 1.27 1.52 2.18 2.20 1.39 0.94 1.28 0.60 0.21 0.29
C8 1.32 1.29 1.84 1.67 1.14 0.91 0.91 0.34 0.91 0.76 1.11 1.40 1.32 0.65 1.10 2.44 1.91 0.70 0.62 0.75 0.32 0.11 0.11
N1 1.88 1.67 2.14 2.38 1.60 1.94 1.41 1.50 1.38 1.38 1.52 1.77 1.72 1.25 1.62 2.35 2.61 1.64 1.02 1.25 0.67 0.24 0.33
N3 1.94 1.67 2.34 2.59 1.51 1.90 1.15 1.26 1.10 1.07 1.38 1.86 1.77 0.86 1.52 2.80 3.04 1.55 0.99 0.86 0.59 0.25 0.28
N6 1.49 1.46 1.67 1.67 1.47 1.39 1.47 1.19 1.47 1.47 1.48 1.45 1.44 1.46 1.47 1.77 1.66 1.25 0.86 1.48 0.61 0.16 0.30
N7 1.32 1.31 1.78 1.59 1.24 0.94 1.12 0.45 1.12 1.04 1.23 1.36 1.31 0.97 1.22 2.17 1.70 0.78 0.66 1.03 0.35 0.09 0.14
N9 1.58 1.43 2.10 2.10 1.25 1.30 0.90 0.67 0.87 0.76 1.15 1.60 1.50 0.57 1.23 2.74 2.47 1.02 0.77 0.64 0.43 0.17 0.17
O2' 1.63 1.60 1.94 2.11 1.19 1.38 0.61 0.58 0.60 0.35 1.11 1.96 1.69 0.07 1.09 2.72 2.87 1.13 0.54 0.20 0.09 0.63 0.13
O3' 2.54 2.75 2.81 2.79 2.23 2.04 1.56 1.19 1.57 1.18 2.19 3.17 2.83 0.90 2.04 3.74 3.53 1.89 1.39 1.08 0.83 0.26 0.70
O4' 1.23 1.15 1.80 1.76 0.89 0.89 0.45 0.27 0.43 0.26 0.80 1.39 1.23 0.04 0.83 2.63 2.22 0.57 0.57 0.12 0.31 0.12 0.08
O5' 0.86 1.04 1.28 1.12 0.72 0.45 0.32 0.04 0.36 0.02 0.74 1.26 1.06 0.16 0.58 2.03 1.48 0.24 0.57 0.08 0.42 0.20 0.29
OP1 0.07 0.40 0.48 0.32 0.02 0.27 0.34 0.56 0.23 0.66 0.16 0.63 0.36 0.82 0.16 1.12 0.58 0.50 0.28 0.47 0.29 0.30 0.21
OP2 0.08 0.26 0.21 0.07 0.00 0.35 0.13 0.53 0.01 0.52 0.19 0.38 0.19 0.49 0.17 0.67 0.22 0.53 0.32 0.05 0.43 0.47 0.37
P 0.08 0.38 0.50 0.33 0.06 0.27 0.21 0.58 0.10 0.57 0.20 0.56 0.34 0.65 0.11 1.14 0.57 0.50 0.21 0.26 0.23 0.20 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.56 0.04 0.57 0.48 0.53
C2 0.07 0.00 0.15 0.17 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.29 0.04 0.85 0.04 0.90 1.02 0.99
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.12 0.16 0.15 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.06 0.40 0.38 0.37
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.12 0.21 0.18 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.03 0.04 0.06 0.08
C4 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.01 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.15 0.04 0.97 0.03 1.02 1.05 1.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.08 0.14 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.23 0.09 0.01
C5 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.05 1.23 0.01 1.37 1.40 1.42
C5' 0.04 0.11 0.04 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.27 0.30 0.20 0.07 0.06 0.34 0.16 0.03 0.02 0.01 0.00 0.33 0.43 0.20 0.01
C6 0.05 0.02 0.08 0.06 0.02 0.05 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.17 0.05 1.24 0.01 1.42 1.49 1.49
C8 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 1.30 0.02 1.37 1.32 1.40
N1 0.06 0.01 0.12 0.12 0.00 0.00 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.27 0.24 0.05 1.07 0.04 1.19 1.29 1.27
N2 0.06 0.00 0.16 0.21 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.29 0.33 0.05 0.72 0.06 0.74 0.90 0.85
N3 0.08 0.01 0.15 0.18 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.26 0.27 0.02 0.74 0.04 0.76 0.84 0.83
N7 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.14 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 1.40 0.02 1.58 1.59 1.63
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.96 0.02 0.98 0.93 0.99
O2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.18 0.01 0.17 0.03 0.23 0.01 0.27 0.29 0.26 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.27 0.22 0.29 0.41 0.33
O3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.15 0.01 0.10 0.02 0.17 0.06 0.24 0.33 0.27 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.29 0.15 0.22 0.18 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.46 0.06 0.53 0.22 0.37
O5' 0.56 0.85 0.35 0.13 0.97 0.01 1.23 0.00 1.24 1.30 1.07 0.72 0.74 1.40 0.96 0.27 0.29 0.46 0.00 1.37 0.00 0.00 0.00
O6 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.09 0.01 0.33 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.22 0.15 0.06 1.37 0.00 1.64 1.70 1.69
OP1 0.57 0.90 0.40 0.04 1.02 0.23 1.37 0.43 1.42 1.37 1.19 0.74 0.76 1.58 0.98 0.29 0.22 0.53 0.00 1.64 0.00 0.00 0.00
OP2 0.48 1.02 0.38 0.06 1.05 0.09 1.40 0.20 1.49 1.32 1.29 0.90 0.84 1.59 0.93 0.41 0.18 0.22 0.00 1.70 0.00 0.00 0.00
P 0.53 0.99 0.37 0.08 1.07 0.01 1.42 0.01 1.49 1.40 1.27 0.85 0.83 1.63 0.99 0.33 0.25 0.37 0.00 1.69 0.00 0.00 0.00