ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54115

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2' B 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C1' B 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2' B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C3' B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O4' B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C4' B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
OP2 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O3' B 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
P B 0, 0.000, 0.168, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O3' A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
OP1 A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
P A 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C5' B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP1 B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N9 B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C3' A 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O4' A 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
C2' A 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C4' A 0, 0.000, 0.327, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.327 std_dev=0.327
OP2 A 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
N3 B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.000, 0.449, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C5 B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C8 B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C2 B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
N7 B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
O2' A 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C6 B 0, 0.000, 0.572, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.572 std_dev=0.572
N1 B 0, 0.000, 0.599, 1.198, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.599 std_dev=0.599
C5' A 0, 0.000, 0.657, 1.314, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.657 std_dev=0.657
O6 B 0, 0.000, 0.710, 1.419, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.710 std_dev=0.710
N2 B 0, 0.000, 0.744, 1.487, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.744 std_dev=0.744

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.22 0.05 0.18 0.07
C2 0.01 0.00 0.11 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.10 0.26 0.05 0.14 0.07
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.07 0.12 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.45 0.19 0.42 0.31
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.13 0.40 0.23
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.27 0.04 0.14 0.07
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.03
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.27 0.03 0.10 0.07
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.27 0.04 0.09 0.06
C8 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.06 0.29 0.02 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.27 0.05 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.11 0.25 0.05 0.16 0.07
N6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.26 0.03 0.06 0.06
N7 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03 0.27 0.02 0.07 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.27 0.04 0.15 0.07
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.11 0.19 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.44 0.20 0.46 0.35
O3' 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.04 0.20 0.08 0.35 0.18
O4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.11 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.22 0.01 0.14
O5' 0.22 0.26 0.45 0.30 0.27 0.00 0.27 0.00 0.27 0.29 0.27 0.25 0.26 0.27 0.27 0.44 0.20 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.19 0.13 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.04 0.20 0.08 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.14 0.42 0.40 0.14 0.15 0.10 0.19 0.09 0.11 0.11 0.16 0.06 0.07 0.15 0.46 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.31 0.23 0.07 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.35 0.18 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.24 0.05 0.06 0.08 0.07 0.05 0.08 0.11 0.09 0.20 0.34 0.19 0.04 0.02 0.02 0.07 0.07 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09
C2 0.04 0.27 0.04 0.04 0.06 0.05 0.00 0.08 0.08 0.16 0.21 0.41 0.21 0.13 0.05 0.02 0.05 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.10
C2' 0.14 0.32 0.16 0.16 0.21 0.12 0.19 0.09 0.23 0.10 0.28 0.37 0.29 0.13 0.15 0.19 0.18 0.09 0.05 0.22 0.03 0.01 0.03
C3' 0.02 0.17 0.03 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.16 0.22 0.14 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.03 0.12 0.05 0.03 0.03
C4 0.05 0.22 0.06 0.05 0.04 0.07 0.02 0.09 0.05 0.17 0.16 0.34 0.17 0.13 0.06 0.03 0.06 0.08 0.10 0.02 0.11 0.09 0.10
C4' 0.21 0.03 0.22 0.20 0.13 0.20 0.14 0.17 0.10 0.22 0.05 0.04 0.07 0.19 0.19 0.21 0.22 0.22 0.16 0.10 0.18 0.10 0.14
C5 0.06 0.19 0.05 0.05 0.01 0.06 0.06 0.09 0.00 0.20 0.12 0.31 0.15 0.18 0.09 0.03 0.05 0.08 0.11 0.03 0.11 0.09 0.11
C5' 0.39 0.31 0.37 0.30 0.36 0.29 0.36 0.22 0.35 0.39 0.32 0.27 0.33 0.38 0.38 0.38 0.34 0.37 0.19 0.35 0.23 0.13 0.16
C6 0.05 0.21 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.08 0.01 0.21 0.13 0.34 0.16 0.19 0.08 0.02 0.05 0.06 0.09 0.03 0.10 0.09 0.10
C8 0.08 0.14 0.07 0.07 0.01 0.09 0.06 0.11 0.01 0.19 0.08 0.23 0.10 0.16 0.10 0.04 0.07 0.10 0.12 0.04 0.12 0.08 0.10
N1 0.04 0.25 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.05 0.19 0.18 0.39 0.19 0.16 0.06 0.02 0.05 0.05 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09
N3 0.04 0.26 0.05 0.05 0.06 0.06 0.01 0.09 0.09 0.15 0.20 0.39 0.20 0.11 0.05 0.02 0.06 0.07 0.10 0.06 0.10 0.09 0.10
N6 0.04 0.19 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.06 0.02 0.24 0.10 0.31 0.15 0.22 0.09 0.02 0.04 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09
N7 0.07 0.13 0.06 0.05 0.02 0.07 0.09 0.10 0.04 0.23 0.06 0.23 0.10 0.20 0.11 0.04 0.06 0.09 0.12 0.07 0.12 0.09 0.11
N9 0.06 0.20 0.06 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.05 0.15 0.14 0.30 0.15 0.11 0.06 0.03 0.07 0.09 0.11 0.03 0.11 0.08 0.10
O2' 0.37 0.66 0.34 0.30 0.51 0.27 0.49 0.22 0.55 0.35 0.62 0.74 0.61 0.40 0.41 0.37 0.29 0.30 0.17 0.54 0.17 0.11 0.14
O3' 0.09 0.33 0.08 0.06 0.21 0.05 0.22 0.03 0.27 0.11 0.32 0.39 0.27 0.16 0.14 0.10 0.07 0.05 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01
O4' 0.23 0.04 0.26 0.26 0.12 0.25 0.14 0.24 0.08 0.27 0.00 0.14 0.01 0.23 0.21 0.23 0.29 0.24 0.21 0.09 0.22 0.13 0.19
O5' 0.16 0.32 0.07 0.07 0.23 0.16 0.21 0.13 0.24 0.12 0.29 0.36 0.30 0.15 0.17 0.05 0.01 0.18 0.18 0.23 0.13 0.22 0.17
OP1 0.04 0.11 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.15 0.10 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03
OP2 0.02 0.08 0.09 0.08 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.08 0.05 0.13 0.07 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.03 0.08
P 0.05 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.12 0.18 0.13 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.02 0.04
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.08 0.09 0.00 0.03 0.11 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.12 0.02 0.06
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.05 0.12 0.08 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.20 0.11 0.14
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.16 0.00 0.09 0.05 0.14 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.05 0.00 0.18 0.07 0.11
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.06 0.18 0.00 0.29 0.23 0.25
N1 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.06 0.03 0.00 0.10 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.11 0.15 0.00 0.02 0.19 0.11
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.08 0.08 0.00 0.03 0.09 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.17 0.00 0.31 0.23 0.25
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.16 0.09 0.11
O2' 0.00 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.07 0.13 0.09 0.05 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02
O3' 0.05 0.10 0.03 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09 0.04 0.05 0.07 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.11 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03
O5' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.18 0.03 0.15 0.08 0.17 0.07 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.00 0.22 0.12 0.15
OP1 0.07 0.03 0.05 0.03 0.12 0.03 0.20 0.02 0.18 0.29 0.10 0.02 0.03 0.31 0.16 0.05 0.05 0.05 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.07 0.23 0.03 0.19 0.09 0.23 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.11 0.25 0.02 0.11 0.04 0.25 0.11 0.02 0.03 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00