ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
OP1 B 0, 0.000, 0.101, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
P B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C3' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C3' B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
OP2 B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O2' A 0, 0.000, 0.204, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O2' B 0, 0.000, 0.204, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O3' B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N2 B 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.000, 0.244, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C1' B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C4 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N9 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C5' B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C5' A 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O5' A 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
N1 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C8 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
N7 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C6 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
P A 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O6 B 0, 0.000, 0.486, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.486 std_dev=0.486
OP2 A 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
OP1 A 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01
C5' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.05 0.02 0.06 0.00 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00
N6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.10 0.09 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.11 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
O5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.04 0.11 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.02 0.07 0.11 0.04 0.00 0.04 0.11 0.08 0.08 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.01 0.02
C2 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03
C2' 0.06 0.01 0.08 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.10 0.02 0.02 0.02 0.10 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01
C3' 0.07 0.02 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.01 0.07 0.11 0.03 0.01 0.03 0.11 0.08 0.08 0.06 0.06 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01
C4 0.05 0.01 0.07 0.07 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
C4' 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.12 0.04 0.12 0.15 0.09 0.05 0.08 0.15 0.12 0.12 0.10 0.10 0.06 0.13 0.04 0.02 0.04
C5 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03
C5' 0.14 0.11 0.15 0.13 0.13 0.10 0.15 0.06 0.14 0.17 0.12 0.09 0.11 0.17 0.14 0.15 0.13 0.12 0.07 0.15 0.05 0.02 0.05
C6 0.02 0.04 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04
C8 0.07 0.01 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03
N1 0.01 0.04 0.06 0.07 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03
N3 0.03 0.02 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
N6 0.02 0.05 0.07 0.09 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.12 0.02 0.05 0.07 0.02 0.05 0.05
N7 0.06 0.01 0.08 0.08 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03
N9 0.06 0.01 0.08 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.09 0.02 0.01 0.02 0.09 0.07 0.07 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02
O2' 0.06 0.01 0.08 0.06 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03
O3' 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.03 0.08 0.00 0.06 0.11 0.03 0.02 0.02 0.11 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01
O4' 0.12 0.08 0.13 0.11 0.11 0.08 0.13 0.05 0.12 0.15 0.09 0.06 0.09 0.16 0.12 0.12 0.10 0.10 0.07 0.13 0.06 0.02 0.04
O5' 0.13 0.07 0.15 0.13 0.11 0.09 0.12 0.06 0.10 0.15 0.08 0.05 0.09 0.15 0.13 0.14 0.12 0.11 0.07 0.11 0.04 0.03 0.05
OP1 0.12 0.02 0.16 0.15 0.07 0.12 0.06 0.09 0.02 0.12 0.00 0.00 0.05 0.09 0.10 0.16 0.17 0.11 0.08 0.01 0.04 0.07 0.08
OP2 0.27 0.23 0.28 0.25 0.26 0.22 0.27 0.17 0.26 0.29 0.24 0.22 0.24 0.29 0.27 0.28 0.24 0.24 0.17 0.27 0.13 0.11 0.14
P 0.14 0.08 0.17 0.15 0.12 0.11 0.13 0.07 0.11 0.16 0.09 0.06 0.10 0.16 0.14 0.17 0.15 0.12 0.08 0.11 0.04 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.06 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.05
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00
N1 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07
N2 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.08 0.01 0.07 0.08 0.08
N3 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00
O5' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.06
OP1 0.02 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.08 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.07 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00