ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54119

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N6 A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O3' A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
P A 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
OP1 B 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP2 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O5' B 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
OP2 A 0, 0.000, 0.304, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C5' B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
OP1 A 0, 0.000, 0.358, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C4' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
O4' B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.000, 0.469, 0.939, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.469 std_dev=0.469
O2' B 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
N9 B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
C8 B 0, 0.000, 0.561, 1.121, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C4 B 0, 0.000, 0.619, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.619 std_dev=0.619
N7 B 0, 0.000, 0.634, 1.268, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.634 std_dev=0.634
N3 B 0, 0.000, 0.656, 1.311, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.656 std_dev=0.656
C5 B 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C2 B 0, 0.000, 0.720, 1.439, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.720 std_dev=0.720
C6 B 0, 0.000, 0.740, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.740 std_dev=0.740
N1 B 0, 0.000, 0.750, 1.499, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.750 std_dev=0.750
O6 B 0, 0.000, 0.777, 1.553, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.777 std_dev=0.777
N2 B 0, 0.000, 0.791, 1.582, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.791 std_dev=0.791

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.03
C5 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.12 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.02 0.03
C6 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.11 0.03
C8 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.10 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.03
N6 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.05 0.02 0.10 0.02
N7 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.12 0.03
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.01
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.12 0.04 0.01
O3' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.15 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.13 0.03 0.05
O5' 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.10 0.02 0.11 0.12 0.03 0.14 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.12 0.15 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.13 0.04 0.02 0.12 0.02 0.12 0.02 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00
C2 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.02 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09
C2' 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00
C3' 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.10 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01
C4 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06
C4' 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.11 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02
C5 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.08 0.09 0.07
C5' 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.11 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02
C6 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.02 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
N1 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.03 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10
N3 0.06 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.00 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08
N6 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07 0.11 0.11 0.11
N7 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.04
N9 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02
O2' 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00
O3' 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03 0.10 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00
O4' 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.11 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03
O5' 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.10 0.07 0.07 0.10 0.03 0.00 0.05
OP1 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.10 0.05
OP2 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.10 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01
P 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03
N2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.02
N7 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03
O2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.11 0.07
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04
OP1 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00