ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54120

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O5' A 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C8 B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2' A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C3' A 0, 0.000, 0.240, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.240 std_dev=0.240
O2' A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O3' A 0, 0.000, 0.268, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.268 std_dev=0.268
N9 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
N7 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
P B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C5' B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C5' A 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
C4' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O5' B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
OP2 B 0, 0.000, 0.394, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C3' B 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C4 B 0, 0.000, 0.431, 0.862, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C2' B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
P A 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
O3' B 0, 0.000, 0.568, 1.137, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.568 std_dev=0.568
OP2 A 0, 0.000, 0.610, 1.219, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.610 std_dev=0.610
C6 B 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
N3 B 0, 0.000, 0.635, 1.269, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.635 std_dev=0.635
O2' B 0, 0.000, 0.673, 1.345, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.673 std_dev=0.673
N1 B 0, 0.000, 0.708, 1.415, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.708 std_dev=0.708
C2 B 0, 0.000, 0.721, 1.442, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.721 std_dev=0.721
O6 B 0, 0.000, 0.777, 1.554, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.777 std_dev=0.777
OP1 A 0, 0.000, 0.860, 1.720, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.860 std_dev=0.860
N2 B 0, 0.000, 0.915, 1.829, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.915 std_dev=0.915

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.37 0.17 0.17
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.08 0.07 0.08 0.40 0.23 0.19
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.38 0.15 0.14
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.30 0.05 0.05
C4 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.10 0.38 0.22 0.19
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.01 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.10 0.35 0.23 0.19
C5' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.13 0.11 0.12 0.08 0.14 0.13 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.18 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.05 0.10 0.36 0.24 0.19
C8 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.11 0.30 0.20 0.18
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.07 0.07 0.09 0.39 0.24 0.19
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.07 0.07 0.08 0.39 0.22 0.18
N6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.05 0.11 0.35 0.24 0.19
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.29 0.21 0.17
N9 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.37 0.21 0.19
O2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.09 0.03 0.12 0.12 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.36 0.15 0.12
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.12 0.25 0.05 0.03
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.15 0.33 0.14 0.15
O5' 0.07 0.08 0.07 0.13 0.10 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.37 0.40 0.38 0.30 0.38 0.24 0.35 0.18 0.36 0.30 0.39 0.39 0.35 0.29 0.37 0.36 0.25 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.23 0.15 0.05 0.22 0.01 0.23 0.09 0.24 0.20 0.24 0.22 0.24 0.21 0.21 0.15 0.05 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.19 0.14 0.05 0.19 0.04 0.19 0.01 0.19 0.18 0.19 0.18 0.19 0.17 0.19 0.12 0.03 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.23 0.25 0.21 0.17 0.21 0.07 0.16 0.05 0.04 0.14 0.30 0.26 0.01 0.15 0.38 0.22 0.19 0.19 0.01 0.13 0.04 0.11
C2 0.18 0.13 0.22 0.21 0.10 0.21 0.00 0.20 0.03 0.01 0.04 0.18 0.17 0.06 0.11 0.33 0.24 0.18 0.20 0.09 0.06 0.05 0.10
C2' 0.19 0.23 0.23 0.18 0.15 0.17 0.05 0.12 0.05 0.01 0.14 0.30 0.24 0.03 0.12 0.36 0.19 0.15 0.14 0.01 0.10 0.00 0.07
C3' 0.21 0.25 0.26 0.21 0.17 0.20 0.07 0.15 0.07 0.03 0.16 0.33 0.27 0.02 0.14 0.39 0.23 0.17 0.17 0.00 0.14 0.04 0.11
C4 0.21 0.20 0.24 0.21 0.15 0.21 0.05 0.18 0.03 0.03 0.11 0.26 0.23 0.03 0.14 0.37 0.23 0.19 0.20 0.04 0.10 0.04 0.10
C4' 0.27 0.31 0.32 0.27 0.23 0.26 0.12 0.21 0.12 0.09 0.21 0.39 0.33 0.04 0.21 0.45 0.29 0.24 0.24 0.05 0.21 0.10 0.18
C5 0.21 0.20 0.24 0.21 0.15 0.21 0.05 0.17 0.03 0.03 0.11 0.26 0.23 0.03 0.14 0.37 0.23 0.19 0.19 0.04 0.10 0.05 0.10
C5' 0.36 0.42 0.41 0.36 0.33 0.34 0.23 0.29 0.23 0.18 0.33 0.50 0.44 0.14 0.30 0.54 0.37 0.32 0.32 0.16 0.31 0.19 0.27
C6 0.19 0.16 0.22 0.21 0.12 0.21 0.02 0.19 0.00 0.02 0.07 0.21 0.20 0.05 0.12 0.34 0.24 0.18 0.20 0.07 0.05 0.05 0.10
C8 0.23 0.25 0.26 0.20 0.18 0.20 0.08 0.14 0.07 0.05 0.16 0.32 0.28 0.00 0.16 0.39 0.21 0.19 0.17 0.00 0.14 0.03 0.10
N1 0.17 0.12 0.21 0.21 0.09 0.21 0.00 0.20 0.03 0.01 0.04 0.16 0.16 0.06 0.10 0.31 0.24 0.17 0.20 0.10 0.03 0.05 0.09
N3 0.19 0.16 0.23 0.21 0.12 0.21 0.02 0.19 0.00 0.02 0.07 0.21 0.20 0.04 0.12 0.35 0.24 0.18 0.20 0.07 0.08 0.05 0.10
N6 0.19 0.16 0.22 0.21 0.12 0.21 0.02 0.19 0.00 0.02 0.07 0.20 0.19 0.04 0.12 0.33 0.24 0.18 0.20 0.06 0.02 0.05 0.09
N7 0.22 0.24 0.25 0.20 0.17 0.21 0.07 0.15 0.06 0.04 0.15 0.31 0.27 0.01 0.16 0.39 0.22 0.19 0.18 0.01 0.13 0.04 0.10
N9 0.22 0.23 0.25 0.21 0.17 0.21 0.07 0.16 0.06 0.04 0.14 0.30 0.26 0.01 0.15 0.38 0.22 0.19 0.19 0.01 0.12 0.04 0.10
O2' 0.15 0.18 0.19 0.14 0.11 0.14 0.01 0.09 0.01 0.03 0.10 0.25 0.20 0.07 0.09 0.33 0.15 0.12 0.10 0.05 0.04 0.03 0.03
O3' 0.17 0.20 0.22 0.17 0.12 0.16 0.02 0.12 0.01 0.02 0.10 0.27 0.22 0.07 0.10 0.35 0.20 0.13 0.14 0.06 0.10 0.01 0.08
O4' 0.24 0.26 0.28 0.23 0.19 0.23 0.09 0.19 0.08 0.07 0.16 0.33 0.29 0.01 0.18 0.41 0.25 0.21 0.22 0.01 0.17 0.06 0.14
O5' 0.15 0.22 0.18 0.10 0.12 0.09 0.02 0.02 0.02 0.04 0.12 0.31 0.24 0.08 0.08 0.33 0.10 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06 0.00
OP1 0.02 0.10 0.05 0.02 0.03 0.06 0.14 0.14 0.12 0.23 0.00 0.21 0.10 0.25 0.09 0.21 0.01 0.10 0.14 0.18 0.11 0.18 0.14
OP2 0.02 0.14 0.08 0.01 0.02 0.03 0.08 0.10 0.06 0.16 0.05 0.24 0.14 0.19 0.04 0.23 0.03 0.05 0.10 0.12 0.05 0.16 0.11
P 0.05 0.16 0.11 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.13 0.07 0.26 0.17 0.16 0.01 0.26 0.06 0.01 0.04 0.10 0.01 0.13 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.16 0.07
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.00 0.00 0.08 0.25 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.12
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.17 0.09
C4 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.17 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.12 0.07
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.09 0.10 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.09 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.11 0.01 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.10 0.11 0.04
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.14 0.03 0.08
N1 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.18 0.04
N2 0.05 0.00 0.07 0.07 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.05 0.04 0.01 0.14 0.31 0.17
N3 0.05 0.00 0.07 0.07 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05 0.02 0.01 0.10 0.27 0.14
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.18 0.02 0.10
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.12 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.25 0.33 0.23
O3' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.18 0.13
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.03
O5' 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.11 0.12 0.06 0.04 0.02 0.14 0.05 0.09 0.04 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.00 0.15 0.07 0.09
OP1 0.05 0.08 0.11 0.08 0.01 0.06 0.09 0.01 0.10 0.14 0.01 0.14 0.10 0.18 0.02 0.25 0.13 0.01 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.25 0.22 0.17 0.17 0.12 0.10 0.03 0.11 0.03 0.18 0.31 0.27 0.02 0.12 0.33 0.18 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.12 0.09 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.08 0.04 0.17 0.14 0.10 0.02 0.23 0.13 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00