Doublet Group distance statistics: 54126

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 24, 9, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1	A	0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4	A	0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.012 std_dev=0.013
O2	A	0, -0.002, 0.029, 0.060, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.029 std_dev=0.031
N4	A	0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.038 std_dev=0.037
C2'	B	0, 0.412, 0.568, 0.724, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.568 std_dev=0.156
O2'	B	0, 0.158, 0.356, 0.553, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.356 std_dev=0.198
O4'	A	0, 0.053, 0.273, 0.493, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.273 std_dev=0.220
C2'	A	0, 0.023, 0.264, 0.506, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.264 std_dev=0.241
C3'	B	0, 0.923, 1.236, 1.550, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.236 std_dev=0.314
C4'	A	0, 0.121, 0.448, 0.776, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.448 std_dev=0.328
C3'	A	0, 0.109, 0.450, 0.790, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.450 std_dev=0.340
C1'	B	0, 0.099, 0.444, 0.790, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.444 std_dev=0.346
O2'	A	0, -0.049, 0.318, 0.685, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.318 std_dev=0.367
O5'	A	0, 1.445, 1.818, 2.192, 2.911 max_d=2.911 avg_d=1.818 std_dev=0.374
O3'	B	0, 1.367, 1.798, 2.229, 3.152 max_d=3.152 avg_d=1.798 std_dev=0.431
O3'	A	0, 0.155, 0.597, 1.040, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.597 std_dev=0.442
O4'	B	0, 0.082, 0.543, 1.005, 2.543 max_d=2.543 avg_d=0.543 std_dev=0.461
N9	B	0, 0.517, 1.029, 1.541, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.029 std_dev=0.512
C5'	A	0, 0.170, 0.718, 1.265, 3.950 max_d=3.950 avg_d=0.718 std_dev=0.547
C4'	B	0, 0.606, 1.158, 1.710, 4.062 max_d=4.062 avg_d=1.158 std_dev=0.552
P	A	0, 1.620, 2.207, 2.793, 4.852 max_d=4.852 avg_d=2.207 std_dev=0.586
C8	B	0, 0.433, 1.075, 1.718, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.075 std_dev=0.642
C4	B	0, 1.219, 1.926, 2.634, 4.437 max_d=4.437 avg_d=1.926 std_dev=0.708
OP2	A	0, 1.528, 2.333, 3.139, 6.718 max_d=6.718 avg_d=2.333 std_dev=0.805
N3	B	0, 1.668, 2.490, 3.313, 6.327 max_d=6.327 avg_d=2.490 std_dev=0.823
OP1	A	0, 2.080, 2.920, 3.760, 6.831 max_d=6.831 avg_d=2.920 std_dev=0.840
C5'	B	0, 0.843, 1.686, 2.529, 6.178 max_d=6.178 avg_d=1.686 std_dev=0.843
O5'	B	0, 2.540, 3.430, 4.321, 6.664 max_d=6.664 avg_d=3.430 std_dev=0.890
N7	B	0, 0.766, 1.659, 2.552, 4.656 max_d=4.656 avg_d=1.659 std_dev=0.893
C5	B	0, 1.310, 2.224, 3.139, 5.351 max_d=5.351 avg_d=2.224 std_dev=0.914
C2	B	0, 2.276, 3.378, 4.480, 8.746 max_d=8.746 avg_d=3.378 std_dev=1.102
P	B	0, 2.146, 3.258, 4.370, 8.373 max_d=8.373 avg_d=3.258 std_dev=1.112
OP2	B	0, 1.661, 2.798, 3.935, 7.941 max_d=7.941 avg_d=2.798 std_dev=1.137
C6	B	0, 1.964, 3.148, 4.333, 7.935 max_d=7.935 avg_d=3.148 std_dev=1.184
N1	B	0, 2.436, 3.679, 4.923, 9.390 max_d=9.390 avg_d=3.679 std_dev=1.244
N2	B	0, 2.764, 4.086, 5.408, 10.940 max_d=10.940 avg_d=4.086 std_dev=1.322
O6	B	0, 2.130, 3.544, 4.958, 9.251 max_d=9.251 avg_d=3.544 std_dev=1.414
OP1	B	0, 2.684, 4.173, 5.661, 10.948 max_d=10.948 avg_d=4.173 std_dev=1.489

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.03	0.35	0.05	0.12
C2	0.01	0.00	0.09	0.13	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.12	0.11	0.04	0.11	0.50	0.13	0.17
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.06	0.01	0.09	0.05	0.09	0.03	0.07	0.07	0.17	0.00	0.02	0.01	0.12	0.24	0.17	0.14
C3'	0.01	0.13	0.01	0.00	0.13	0.00	0.11	0.02	0.10	0.09	0.15	0.14	0.15	0.03	0.01	0.02	0.05	0.15	0.09	0.07
C4	0.01	0.00	0.06	0.13	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.17	0.13	0.02	0.19	0.50	0.29	0.17
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.08	0.04	0.05	0.08	0.04	0.12	0.02	0.00	0.01	0.12	0.08	0.05
C5	0.01	0.00	0.09	0.11	0.00	0.09	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.11	0.05	0.20	0.44	0.31	0.16
C5'	0.02	0.06	0.05	0.02	0.12	0.01	0.15	0.00	0.13	0.06	0.08	0.13	0.05	0.08	0.08	0.01	0.01	0.07	0.12	0.01
C6	0.01	0.01	0.09	0.10	0.01	0.08	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.08	0.06	0.17	0.42	0.21	0.12
N1	0.01	0.01	0.03	0.09	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.06	0.01	0.10	0.45	0.11	0.14
N3	0.01	0.01	0.07	0.15	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.13	0.03	0.15	0.52	0.20	0.17
N4	0.01	0.01	0.07	0.14	0.00	0.08	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.19	0.15	0.02	0.20	0.49	0.35	0.18
O2	0.02	0.00	0.17	0.15	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.14	0.08	0.08	0.51	0.10	0.18
O2'	0.01	0.12	0.00	0.03	0.17	0.12	0.16	0.08	0.13	0.08	0.15	0.19	0.14	0.00	0.05	0.09	0.09	0.19	0.19	0.11
O3'	0.07	0.11	0.02	0.01	0.13	0.02	0.11	0.08	0.08	0.06	0.13	0.15	0.14	0.05	0.00	0.04	0.09	0.29	0.16	0.16
O4'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.03	0.02	0.08	0.09	0.04	0.00	0.05	0.33	0.14	0.15
O5'	0.03	0.11	0.12	0.05	0.19	0.01	0.20	0.01	0.17	0.10	0.15	0.20	0.08	0.09	0.09	0.05	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.35	0.50	0.24	0.15	0.50	0.12	0.44	0.07	0.42	0.45	0.52	0.49	0.51	0.19	0.29	0.33	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.05	0.13	0.17	0.09	0.29	0.08	0.31	0.12	0.21	0.11	0.20	0.35	0.10	0.19	0.16	0.14	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.12	0.17	0.14	0.07	0.17	0.05	0.16	0.01	0.12	0.14	0.17	0.18	0.18	0.11	0.16	0.15	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.60	0.14	0.19	0.37	0.16	0.37	0.26	0.45	0.29	0.56	0.73	0.51	0.33	0.27	0.18	0.12	0.20	0.38	0.46	0.65	0.69	0.55
C2	0.25	0.84	0.13	0.21	0.49	0.21	0.47	0.43	0.60	0.35	0.77	1.04	0.70	0.39	0.32	0.17	0.15	0.22	0.55	0.58	1.01	0.87	0.79
C2'	0.32	0.78	0.28	0.30	0.55	0.21	0.58	0.35	0.69	0.43	0.78	0.88	0.66	0.50	0.42	0.31	0.16	0.27	0.42	0.70	0.69	0.72	0.60
C3'	0.25	0.64	0.23	0.23	0.46	0.16	0.48	0.30	0.57	0.33	0.65	0.70	0.54	0.40	0.33	0.24	0.06	0.21	0.25	0.59	0.45	0.57	0.41
C4	0.23	0.98	0.15	0.23	0.57	0.28	0.57	0.57	0.74	0.39	0.92	1.19	0.80	0.46	0.35	0.16	0.16	0.20	0.70	0.72	1.24	1.00	0.97
C4'	0.16	0.42	0.10	0.11	0.26	0.10	0.27	0.11	0.35	0.17	0.42	0.49	0.35	0.21	0.18	0.17	0.08	0.13	0.20	0.36	0.29	0.48	0.31
C5	0.20	0.81	0.15	0.22	0.49	0.25	0.47	0.52	0.58	0.35	0.73	0.96	0.69	0.38	0.31	0.16	0.15	0.18	0.64	0.55	1.07	0.86	0.85
C5'	0.14	0.28	0.11	0.05	0.16	0.11	0.16	0.08	0.22	0.10	0.27	0.33	0.23	0.11	0.11	0.20	0.13	0.12	0.17	0.22	0.14	0.31	0.19
C6	0.21	0.65	0.13	0.20	0.40	0.19	0.36	0.38	0.44	0.30	0.58	0.79	0.57	0.31	0.27	0.17	0.12	0.17	0.49	0.42	0.84	0.71	0.66
N1	0.23	0.70	0.13	0.20	0.42	0.18	0.39	0.36	0.49	0.31	0.63	0.86	0.60	0.34	0.29	0.18	0.12	0.20	0.47	0.47	0.84	0.75	0.67
N3	0.24	0.96	0.14	0.22	0.55	0.25	0.55	0.53	0.71	0.39	0.90	1.18	0.78	0.45	0.35	0.16	0.16	0.22	0.65	0.70	1.18	0.97	0.92
N4	0.22	1.14	0.17	0.23	0.65	0.31	0.68	0.65	0.90	0.44	1.11	1.40	0.90	0.55	0.38	0.16	0.17	0.21	0.79	0.92	1.42	1.13	1.12
O2	0.26	0.85	0.13	0.21	0.49	0.20	0.47	0.41	0.61	0.36	0.78	1.06	0.69	0.40	0.33	0.18	0.15	0.23	0.53	0.60	0.98	0.88	0.78
O2'	0.29	0.84	0.24	0.24	0.59	0.15	0.66	0.28	0.80	0.46	0.88	0.94	0.67	0.58	0.43	0.23	0.10	0.23	0.40	0.85	0.64	0.76	0.59
O3'	0.27	0.71	0.25	0.23	0.52	0.20	0.58	0.34	0.70	0.40	0.75	0.76	0.58	0.50	0.39	0.23	0.11	0.23	0.23	0.73	0.37	0.60	0.38
O4'	0.23	0.43	0.15	0.16	0.27	0.20	0.27	0.19	0.32	0.25	0.39	0.52	0.37	0.26	0.23	0.20	0.13	0.23	0.32	0.33	0.46	0.59	0.43
O5'	0.11	0.29	0.13	0.13	0.18	0.10	0.19	0.15	0.24	0.12	0.28	0.32	0.24	0.14	0.12	0.19	0.01	0.10	0.10	0.24	0.21	0.23	0.16
OP1	0.21	0.38	0.12	0.04	0.22	0.06	0.20	0.17	0.24	0.17	0.31	0.50	0.36	0.22	0.14	0.28	0.02	0.15	0.35	0.26	0.45	0.31	0.36
OP2	0.21	0.53	0.29	0.10	0.51	0.15	0.63	0.18	0.68	0.54	0.63	0.48	0.45	0.64	0.44	0.19	0.02	0.12	0.32	0.73	0.31	0.32	0.31
P	0.05	0.21	0.10	0.01	0.16	0.07	0.24	0.07	0.27	0.24	0.24	0.24	0.17	0.28	0.13	0.13	0.01	0.07	0.24	0.31	0.22	0.16	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.14	0.00	0.16	0.01	0.22	0.13	0.15
C2	0.02	0.00	0.17	0.14	0.01	0.04	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.25	0.18	0.07	0.25	0.01	0.41	0.28	0.25
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.07	0.09	0.10	0.07	0.14	0.19	0.16	0.05	0.03	0.00	0.02	0.01	0.17	0.10	0.28	0.20	0.19
C3'	0.02	0.14	0.00	0.00	0.12	0.00	0.15	0.01	0.16	0.17	0.15	0.14	0.12	0.17	0.11	0.01	0.01	0.02	0.16	0.17	0.16	0.06	0.12
C4	0.01	0.01	0.09	0.12	0.00	0.03	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.17	0.10	0.04	0.29	0.01	0.41	0.35	0.31
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.05	0.08	0.04	0.05	0.03	0.08	0.04	0.16	0.02	0.00	0.01	0.06	0.08	0.17	0.03
C5	0.01	0.01	0.07	0.15	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.18	0.10	0.02	0.38	0.01	0.52	0.54	0.44
C5'	0.04	0.11	0.09	0.01	0.10	0.00	0.12	0.00	0.14	0.13	0.13	0.12	0.10	0.14	0.08	0.08	0.11	0.01	0.01	0.16	0.11	0.24	0.01
C6	0.01	0.00	0.10	0.16	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.21	0.12	0.04	0.38	0.00	0.56	0.55	0.45
C8	0.01	0.01	0.07	0.17	0.01	0.08	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.14	0.12	0.05	0.42	0.01	0.48	0.58	0.49
N1	0.02	0.00	0.14	0.15	0.01	0.04	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.24	0.14	0.05	0.32	0.01	0.50	0.42	0.35
N2	0.02	0.00	0.19	0.14	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.28	0.23	0.09	0.20	0.01	0.38	0.22	0.18
N3	0.02	0.00	0.16	0.12	0.00	0.03	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.23	0.18	0.07	0.22	0.01	0.36	0.23	0.21
N7	0.01	0.01	0.05	0.17	0.01	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.14	0.03	0.45	0.01	0.58	0.69	0.55
N9	0.00	0.01	0.03	0.11	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.10	0.07	0.01	0.29	0.01	0.36	0.34	0.31
O2'	0.01	0.25	0.00	0.01	0.17	0.16	0.18	0.08	0.21	0.14	0.24	0.28	0.23	0.17	0.10	0.00	0.06	0.10	0.13	0.22	0.21	0.25	0.16
O3'	0.14	0.18	0.02	0.01	0.10	0.02	0.10	0.11	0.12	0.12	0.14	0.23	0.18	0.14	0.07	0.06	0.00	0.10	0.22	0.13	0.21	0.14	0.19
O4'	0.00	0.07	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.01	0.04	0.05	0.05	0.09	0.07	0.03	0.01	0.10	0.10	0.00	0.14	0.03	0.11	0.10	0.13
O5'	0.16	0.25	0.17	0.16	0.29	0.01	0.38	0.01	0.38	0.42	0.32	0.20	0.22	0.45	0.29	0.13	0.22	0.14	0.00	0.42	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.10	0.17	0.01	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.22	0.13	0.03	0.42	0.00	0.63	0.66	0.52
OP1	0.22	0.41	0.28	0.16	0.41	0.08	0.52	0.11	0.56	0.48	0.50	0.38	0.36	0.58	0.36	0.21	0.21	0.11	0.01	0.63	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.28	0.20	0.06	0.35	0.17	0.54	0.24	0.55	0.58	0.42	0.22	0.23	0.69	0.34	0.25	0.14	0.10	0.01	0.66	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.25	0.19	0.12	0.31	0.03	0.44	0.01	0.45	0.49	0.35	0.18	0.21	0.55	0.31	0.16	0.19	0.13	0.00	0.52	0.01	0.01	0.00