ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54127

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 4, 9, 4, 10, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.014, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.026, 0.064, 0.101, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.064 std_dev=0.038
N4 A 0, 0.028, 0.078, 0.128, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.078 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.055, 0.198, 0.342, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.198 std_dev=0.143
C2' A 0, 0.110, 0.262, 0.414, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.262 std_dev=0.152
O2' B 0, 0.402, 0.623, 0.844, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.623 std_dev=0.221
C3' A 0, 0.160, 0.392, 0.624, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.392 std_dev=0.232
C4' A 0, 0.063, 0.305, 0.547, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.305 std_dev=0.242
C2' B 0, 0.381, 0.627, 0.873, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.627 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.149, 0.413, 0.676, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.413 std_dev=0.263
O3' A 0, 0.333, 0.687, 1.042, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.687 std_dev=0.354
O5' A 0, 0.228, 0.605, 0.983, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.605 std_dev=0.378
O3' B 0, 0.507, 0.890, 1.273, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.890 std_dev=0.383
C5' A 0, 0.170, 0.555, 0.939, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.555 std_dev=0.384
C3' B 0, 0.616, 1.009, 1.403, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.009 std_dev=0.393
P A 0, 0.318, 0.841, 1.365, 3.321 max_d=3.321 avg_d=0.841 std_dev=0.524
OP2 A 0, 0.550, 1.112, 1.674, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.112 std_dev=0.562
C1' B 0, 1.100, 1.683, 2.265, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.683 std_dev=0.583
O4' B 0, 1.090, 1.720, 2.350, 3.064 max_d=3.064 avg_d=1.720 std_dev=0.630
OP1 A 0, 0.264, 0.904, 1.543, 3.800 max_d=3.800 avg_d=0.904 std_dev=0.639
C8 B 0, 1.278, 1.920, 2.562, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.920 std_dev=0.642
N9 B 0, 1.513, 2.267, 3.020, 3.161 max_d=3.161 avg_d=2.267 std_dev=0.753
C4' B 0, 1.277, 2.050, 2.823, 2.837 max_d=2.837 avg_d=2.050 std_dev=0.773
C5' B 0, 1.818, 2.959, 4.100, 4.393 max_d=4.393 avg_d=2.959 std_dev=1.141
N7 B 0, 2.171, 3.318, 4.466, 4.519 max_d=4.519 avg_d=3.318 std_dev=1.147
O5' B 0, 1.735, 2.912, 4.088, 4.930 max_d=4.930 avg_d=2.912 std_dev=1.176
C4 B 0, 2.766, 4.228, 5.689, 5.356 max_d=5.356 avg_d=4.228 std_dev=1.461
C5 B 0, 3.027, 4.634, 6.241, 5.816 max_d=5.816 avg_d=4.634 std_dev=1.607
P B 0, 2.820, 4.603, 6.386, 7.687 max_d=7.687 avg_d=4.603 std_dev=1.783
OP2 B 0, 3.146, 5.120, 7.095, 8.625 max_d=8.625 avg_d=5.120 std_dev=1.975
N3 B 0, 3.709, 5.707, 7.705, 7.015 max_d=7.015 avg_d=5.707 std_dev=1.998
C6 B 0, 4.301, 6.609, 8.917, 8.086 max_d=8.086 avg_d=6.609 std_dev=2.308
OP1 B 0, 3.636, 5.953, 8.270, 9.567 max_d=9.567 avg_d=5.953 std_dev=2.317
O6 B 0, 4.819, 7.416, 10.014, 8.979 max_d=8.979 avg_d=7.416 std_dev=2.597
C2 B 0, 4.853, 7.473, 10.093, 8.988 max_d=8.988 avg_d=7.473 std_dev=2.620
N1 B 0, 5.120, 7.872, 10.625, 9.514 max_d=9.514 avg_d=7.872 std_dev=2.752
N2 B 0, 5.933, 9.159, 12.385, 10.885 max_d=10.885 avg_d=9.159 std_dev=3.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.11 0.13 0.34 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.03 0.24 0.25 0.44 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.08 0.08 0.13 0.01 0.04 0.01 0.17 0.21 0.27 0.14
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.01 0.15 0.03 0.14 0.10 0.17 0.18 0.17 0.03 0.01 0.01 0.21 0.26 0.19 0.15
C4 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.19 0.03 0.33 0.37 0.52 0.36
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.11 0.07 0.11 0.14 0.07 0.11 0.04 0.01 0.02 0.10 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.00 0.13 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.03 0.33 0.35 0.50 0.34
C5' 0.04 0.16 0.03 0.03 0.25 0.01 0.25 0.00 0.20 0.14 0.21 0.27 0.13 0.09 0.07 0.02 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.03 0.29 0.26 0.42 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.22 0.21 0.40 0.22
N3 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.19 0.02 0.29 0.32 0.49 0.32
N4 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.23 0.03 0.35 0.42 0.56 0.40
O2 0.03 0.01 0.13 0.17 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.18 0.04 0.20 0.22 0.42 0.23
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.14 0.11 0.11 0.09 0.08 0.07 0.16 0.16 0.15 0.00 0.09 0.09 0.09 0.17 0.25 0.08
O3' 0.04 0.15 0.04 0.01 0.19 0.04 0.18 0.07 0.15 0.08 0.19 0.23 0.18 0.09 0.00 0.03 0.22 0.35 0.17 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.09 0.03 0.00 0.10 0.11 0.36 0.17
O5' 0.11 0.24 0.17 0.21 0.33 0.02 0.33 0.01 0.29 0.22 0.29 0.35 0.20 0.09 0.22 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.25 0.21 0.26 0.37 0.10 0.35 0.11 0.26 0.21 0.32 0.42 0.22 0.17 0.35 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.44 0.27 0.19 0.52 0.24 0.50 0.21 0.42 0.40 0.49 0.56 0.42 0.25 0.17 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.25 0.14 0.15 0.36 0.05 0.34 0.02 0.26 0.22 0.32 0.40 0.23 0.08 0.20 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 1.56 0.24 0.23 0.85 0.18 0.71 0.41 0.98 0.30 1.37 1.94 1.31 0.36 0.45 0.21 0.17 0.24 0.74 0.89 1.17 1.11 0.95
C2 0.42 2.11 0.21 0.29 1.22 0.29 1.16 0.67 1.59 0.41 2.05 2.49 1.68 0.64 0.65 0.16 0.24 0.24 1.01 1.54 1.64 1.45 1.32
C2' 0.34 1.52 0.26 0.22 0.84 0.19 0.75 0.40 1.04 0.30 1.40 1.89 1.25 0.41 0.45 0.27 0.15 0.24 0.72 0.99 1.21 1.05 0.94
C3' 0.32 1.24 0.29 0.20 0.71 0.21 0.65 0.31 0.89 0.27 1.15 1.51 1.03 0.38 0.40 0.36 0.18 0.25 0.56 0.86 0.97 0.84 0.73
C4 0.39 2.02 0.18 0.34 1.31 0.42 1.40 0.87 1.84 0.55 2.13 2.20 1.62 0.90 0.73 0.14 0.33 0.25 1.16 1.84 1.90 1.57 1.52
C4' 0.32 0.96 0.27 0.17 0.53 0.18 0.43 0.20 0.58 0.24 0.83 1.21 0.83 0.25 0.32 0.35 0.16 0.26 0.46 0.53 0.75 0.79 0.59
C5 0.35 1.69 0.17 0.34 1.17 0.40 1.19 0.79 1.48 0.51 1.71 1.81 1.42 0.78 0.67 0.14 0.33 0.23 1.06 1.45 1.62 1.32 1.31
C5' 0.36 0.67 0.33 0.20 0.42 0.26 0.36 0.20 0.45 0.26 0.59 0.82 0.60 0.26 0.31 0.49 0.23 0.33 0.36 0.43 0.58 0.66 0.46
C6 0.35 1.58 0.20 0.29 1.02 0.29 0.95 0.61 1.20 0.39 1.49 1.77 1.36 0.56 0.57 0.15 0.25 0.22 0.89 1.14 1.34 1.14 1.09
N1 0.38 1.80 0.22 0.26 1.06 0.24 0.95 0.56 1.27 0.35 1.67 2.12 1.50 0.51 0.57 0.17 0.21 0.23 0.89 1.20 1.39 1.24 1.13
N3 0.42 2.20 0.20 0.32 1.32 0.36 1.36 0.80 1.85 0.49 2.26 2.51 1.73 0.81 0.71 0.15 0.29 0.25 1.12 1.85 1.86 1.59 1.49
N4 0.38 2.01 0.18 0.37 1.34 0.49 1.53 0.98 2.03 0.64 2.22 2.15 1.58 1.06 0.76 0.15 0.38 0.27 1.24 2.14 2.13 1.71 1.69
O2 0.43 2.16 0.23 0.27 1.19 0.26 1.12 0.63 1.57 0.39 2.08 2.64 1.71 0.59 0.63 0.18 0.21 0.26 0.99 1.52 1.64 1.47 1.32
O2' 0.33 1.44 0.24 0.21 0.75 0.17 0.63 0.35 0.89 0.29 1.28 1.86 1.17 0.33 0.39 0.25 0.16 0.24 0.69 0.83 1.17 1.08 0.92
O3' 0.31 1.12 0.30 0.21 0.64 0.24 0.60 0.28 0.82 0.27 1.06 1.39 0.92 0.37 0.36 0.40 0.23 0.27 0.50 0.82 0.89 0.80 0.66
O4' 0.33 1.16 0.24 0.21 0.64 0.18 0.48 0.29 0.66 0.27 0.97 1.46 1.03 0.26 0.36 0.25 0.21 0.25 0.59 0.57 0.89 0.93 0.74
O5' 0.31 0.77 0.32 0.11 0.52 0.16 0.50 0.16 0.62 0.29 0.73 0.88 0.67 0.37 0.35 0.46 0.03 0.24 0.40 0.61 0.68 0.58 0.48
OP1 0.36 0.35 0.26 0.14 0.28 0.32 0.32 0.32 0.36 0.30 0.36 0.40 0.32 0.34 0.27 0.41 0.03 0.39 0.49 0.41 0.84 0.79 0.67
OP2 0.34 0.82 0.38 0.31 0.67 0.38 0.78 0.37 0.90 0.56 0.90 0.83 0.69 0.72 0.51 0.38 0.31 0.33 0.56 0.97 0.86 0.77 0.67
P 0.32 0.51 0.31 0.14 0.40 0.26 0.44 0.20 0.52 0.33 0.54 0.55 0.44 0.41 0.32 0.41 0.01 0.32 0.40 0.55 0.67 0.61 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.27 0.02 0.30 0.39 0.29
C2 0.03 0.00 0.29 0.25 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.20 0.16 0.47 0.02 0.58 0.67 0.53
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.02 0.07 0.14 0.12 0.16 0.22 0.36 0.29 0.11 0.03 0.00 0.03 0.01 0.38 0.09 0.42 0.50 0.38
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.20 0.00 0.23 0.04 0.25 0.18 0.27 0.27 0.22 0.21 0.14 0.02 0.01 0.03 0.23 0.26 0.34 0.30 0.22
C4 0.02 0.01 0.14 0.20 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.08 0.49 0.02 0.56 0.64 0.54
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.17 0.08 0.10 0.07 0.17 0.08 0.19 0.02 0.01 0.02 0.13 0.14 0.31 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.14 0.04 0.60 0.02 0.71 0.82 0.69
C5' 0.08 0.19 0.14 0.04 0.21 0.01 0.29 0.00 0.29 0.32 0.25 0.18 0.17 0.35 0.20 0.09 0.13 0.02 0.01 0.33 0.23 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.18 0.07 0.62 0.01 0.77 0.88 0.73
C8 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01 0.17 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.14 0.12 0.60 0.02 0.64 0.75 0.65
N1 0.03 0.01 0.22 0.27 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.19 0.12 0.56 0.01 0.70 0.79 0.65
N2 0.04 0.01 0.36 0.27 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.25 0.19 0.42 0.02 0.54 0.64 0.49
N3 0.03 0.01 0.29 0.22 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.16 0.42 0.02 0.49 0.58 0.46
N7 0.01 0.01 0.11 0.21 0.01 0.17 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.17 0.08 0.66 0.02 0.77 0.91 0.77
N9 0.00 0.02 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.02 0.45 0.02 0.49 0.56 0.48
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.13 0.19 0.20 0.09 0.19 0.29 0.18 0.33 0.23 0.29 0.14 0.00 0.05 0.12 0.25 0.22 0.31 0.58 0.30
O3' 0.15 0.20 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.13 0.18 0.14 0.19 0.25 0.17 0.17 0.07 0.05 0.00 0.11 0.26 0.20 0.46 0.50 0.35
O4' 0.01 0.16 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.12 0.12 0.19 0.16 0.08 0.02 0.12 0.11 0.00 0.18 0.05 0.28 0.37 0.28
O5' 0.27 0.47 0.38 0.23 0.49 0.02 0.60 0.01 0.62 0.60 0.56 0.42 0.42 0.66 0.45 0.25 0.26 0.18 0.00 0.67 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.26 0.02 0.13 0.02 0.33 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.22 0.20 0.05 0.67 0.00 0.86 0.99 0.82
OP1 0.30 0.58 0.42 0.34 0.56 0.14 0.71 0.23 0.77 0.64 0.70 0.54 0.49 0.77 0.49 0.31 0.46 0.28 0.02 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.67 0.50 0.30 0.64 0.31 0.82 0.22 0.88 0.75 0.79 0.64 0.58 0.91 0.56 0.58 0.50 0.37 0.02 0.99 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.53 0.38 0.22 0.54 0.10 0.69 0.02 0.73 0.65 0.65 0.49 0.46 0.77 0.48 0.30 0.35 0.28 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00