ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54128

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 5, 5, 6, 4, 1, 3, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.022, 0.037, 0.052, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.070, 0.090, 0.110, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.090 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.064, 0.084, 0.105, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.084 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.067, 0.088, 0.108, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.088 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.066, 0.088, 0.110, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.088 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.076, 0.099, 0.121, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.099 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.142, 0.189, 0.235, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.189 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.191, 0.253, 0.314, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.253 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.154, 0.265, 0.377, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.265 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.188, 0.314, 0.439, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.314 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.285, 0.465, 0.645, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.465 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.262, 0.452, 0.642, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.452 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.291, 0.521, 0.751, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.521 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.627, 0.908, 1.188, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.908 std_dev=0.281
C3' B 0, 0.642, 0.941, 1.241, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.941 std_dev=0.299
C4' B 0, 0.798, 1.152, 1.507, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.152 std_dev=0.355
O2' B 0, 0.726, 1.089, 1.451, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.089 std_dev=0.363
O3' A 0, 0.545, 0.926, 1.307, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.926 std_dev=0.381
C5' A 0, 0.391, 0.812, 1.232, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.812 std_dev=0.420
O3' B 0, 0.608, 1.040, 1.471, 1.660 max_d=1.660 avg_d=1.040 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.444, 0.954, 1.465, 3.200 max_d=3.200 avg_d=0.954 std_dev=0.511
O4' B 0, 0.523, 1.060, 1.598, 3.511 max_d=3.511 avg_d=1.060 std_dev=0.538
C5' B 0, 0.865, 1.406, 1.946, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.406 std_dev=0.541
O5' A 0, 1.658, 2.276, 2.894, 3.376 max_d=3.376 avg_d=2.276 std_dev=0.618
P A 0, 1.672, 2.359, 3.045, 3.833 max_d=3.833 avg_d=2.359 std_dev=0.686
N9 B 0, 0.254, 0.987, 1.720, 4.674 max_d=4.674 avg_d=0.987 std_dev=0.733
C8 B 0, 0.225, 1.102, 1.978, 5.439 max_d=5.439 avg_d=1.102 std_dev=0.877
N3 B 0, 0.264, 1.174, 2.084, 5.481 max_d=5.481 avg_d=1.174 std_dev=0.910
C4 B 0, 0.177, 1.096, 2.015, 5.747 max_d=5.747 avg_d=1.096 std_dev=0.919
OP2 A 0, 2.992, 3.931, 4.869, 5.738 max_d=5.738 avg_d=3.931 std_dev=0.939
OP1 A 0, 2.736, 3.685, 4.635, 5.237 max_d=5.237 avg_d=3.685 std_dev=0.950
O5' B 0, 2.062, 3.099, 4.135, 5.503 max_d=5.503 avg_d=3.099 std_dev=1.036
N7 B 0, 0.098, 1.248, 2.397, 6.944 max_d=6.944 avg_d=1.248 std_dev=1.150
C2 B 0, 0.177, 1.345, 2.513, 6.739 max_d=6.739 avg_d=1.345 std_dev=1.168
C5 B 0, 0.053, 1.229, 2.406, 7.144 max_d=7.144 avg_d=1.229 std_dev=1.177
N2 B 0, 0.263, 1.507, 2.751, 6.684 max_d=6.684 avg_d=1.507 std_dev=1.244
P B 0, 2.408, 3.801, 5.193, 7.393 max_d=7.393 avg_d=3.801 std_dev=1.392
N1 B 0, 0.014, 1.438, 2.862, 8.211 max_d=8.211 avg_d=1.438 std_dev=1.424
C6 B 0, -0.044, 1.414, 2.871, 8.545 max_d=8.545 avg_d=1.414 std_dev=1.458
OP2 B 0, 2.715, 4.376, 6.038, 8.616 max_d=8.616 avg_d=4.376 std_dev=1.661
O6 B 0, -0.143, 1.594, 3.331, 9.944 max_d=9.944 avg_d=1.594 std_dev=1.737
OP1 B 0, 2.775, 4.566, 6.356, 8.988 max_d=8.988 avg_d=4.566 std_dev=1.790

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.01 0.18 0.14 0.37 0.16
C2 0.04 0.00 0.10 0.15 0.02 0.10 0.02 0.23 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.16 0.03 0.33 0.27 0.50 0.29
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.11 0.02 0.10 0.03 0.08 0.05 0.11 0.12 0.13 0.01 0.03 0.02 0.27 0.27 0.28 0.18
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.18 0.01 0.18 0.04 0.16 0.11 0.17 0.20 0.18 0.03 0.01 0.02 0.35 0.38 0.21 0.23
C4 0.02 0.02 0.11 0.18 0.00 0.16 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.22 0.05 0.42 0.42 0.61 0.41
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.16 0.00 0.17 0.01 0.14 0.08 0.13 0.18 0.10 0.11 0.03 0.01 0.02 0.16 0.32 0.08
C5 0.01 0.02 0.10 0.18 0.01 0.17 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.21 0.06 0.43 0.40 0.58 0.40
C5' 0.05 0.23 0.03 0.04 0.36 0.01 0.35 0.00 0.27 0.19 0.31 0.40 0.19 0.10 0.06 0.02 0.01 0.26 0.39 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.17 0.06 0.39 0.28 0.47 0.30
N1 0.01 0.02 0.05 0.11 0.02 0.08 0.01 0.19 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.11 0.02 0.31 0.22 0.44 0.24
N3 0.04 0.01 0.11 0.17 0.01 0.13 0.01 0.31 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.15 0.20 0.03 0.39 0.36 0.57 0.36
N4 0.03 0.02 0.12 0.20 0.01 0.18 0.02 0.40 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.13 0.25 0.06 0.44 0.50 0.66 0.46
O2 0.07 0.01 0.13 0.18 0.03 0.10 0.02 0.19 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.19 0.19 0.06 0.30 0.25 0.47 0.26
O2' 0.04 0.13 0.01 0.03 0.12 0.11 0.07 0.10 0.04 0.04 0.15 0.13 0.19 0.00 0.06 0.10 0.13 0.20 0.28 0.13
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.22 0.03 0.21 0.06 0.17 0.11 0.20 0.25 0.19 0.06 0.00 0.03 0.29 0.43 0.20 0.22
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.06 0.10 0.03 0.00 0.14 0.14 0.37 0.17
O5' 0.18 0.33 0.27 0.35 0.42 0.02 0.43 0.01 0.39 0.31 0.39 0.44 0.30 0.13 0.29 0.14 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.14 0.27 0.27 0.38 0.42 0.16 0.40 0.26 0.28 0.22 0.36 0.50 0.25 0.20 0.43 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.50 0.28 0.21 0.61 0.32 0.58 0.39 0.47 0.44 0.57 0.66 0.47 0.28 0.20 0.37 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.29 0.18 0.23 0.41 0.08 0.40 0.02 0.30 0.24 0.36 0.46 0.26 0.13 0.22 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.58 0.21 0.31 0.49 0.23 0.62 0.34 0.68 0.56 0.64 0.66 0.47 0.66 0.43 0.29 0.35 0.23 0.49 0.74 0.67 0.74 0.62
C2 0.39 0.92 0.25 0.37 0.71 0.36 0.88 0.55 0.98 0.79 0.98 1.07 0.74 0.94 0.60 0.28 0.34 0.40 0.79 1.07 1.03 1.13 0.97
C2' 0.24 0.57 0.20 0.29 0.47 0.19 0.63 0.32 0.72 0.56 0.67 0.65 0.44 0.67 0.41 0.30 0.34 0.19 0.48 0.81 0.71 0.78 0.63
C3' 0.25 0.50 0.26 0.29 0.41 0.21 0.54 0.31 0.61 0.49 0.57 0.57 0.39 0.58 0.36 0.40 0.35 0.20 0.42 0.70 0.70 0.71 0.57
C4 0.44 1.14 0.24 0.41 0.84 0.49 0.99 0.73 1.15 0.84 1.23 1.21 0.91 0.99 0.67 0.20 0.37 0.50 0.99 1.20 1.27 1.33 1.18
C4' 0.24 0.41 0.23 0.23 0.32 0.19 0.41 0.26 0.46 0.38 0.45 0.48 0.34 0.44 0.29 0.42 0.31 0.20 0.30 0.52 0.53 0.56 0.42
C5 0.41 1.01 0.23 0.40 0.79 0.46 0.88 0.68 0.98 0.75 1.05 1.04 0.86 0.85 0.62 0.19 0.37 0.46 0.90 0.99 1.12 1.12 1.03
C5' 0.32 0.39 0.36 0.27 0.31 0.29 0.37 0.31 0.41 0.36 0.41 0.45 0.35 0.40 0.29 0.57 0.33 0.29 0.28 0.46 0.57 0.57 0.40
C6 0.35 0.82 0.23 0.37 0.64 0.36 0.70 0.52 0.75 0.64 0.81 0.89 0.72 0.71 0.53 0.23 0.33 0.36 0.70 0.76 0.89 0.90 0.82
N1 0.34 0.78 0.23 0.35 0.61 0.31 0.73 0.47 0.79 0.67 0.79 0.89 0.65 0.78 0.53 0.28 0.33 0.33 0.67 0.84 0.86 0.93 0.81
N3 0.43 1.09 0.25 0.40 0.80 0.44 0.98 0.67 1.12 0.85 1.16 1.23 0.86 1.02 0.66 0.24 0.36 0.47 0.93 1.21 1.21 1.31 1.13
N4 0.46 1.21 0.24 0.42 0.91 0.54 1.09 0.83 1.32 0.88 1.38 1.27 0.96 1.06 0.71 0.18 0.40 0.56 1.10 1.42 1.44 1.51 1.33
O2 0.38 0.87 0.25 0.36 0.70 0.33 0.91 0.51 1.03 0.79 0.98 1.01 0.69 0.96 0.60 0.30 0.34 0.38 0.76 1.16 1.00 1.12 0.94
O2' 0.24 0.52 0.20 0.30 0.44 0.22 0.61 0.30 0.71 0.52 0.66 0.57 0.39 0.64 0.38 0.29 0.38 0.22 0.42 0.82 0.62 0.71 0.56
O3' 0.23 0.45 0.24 0.26 0.36 0.22 0.50 0.29 0.59 0.45 0.54 0.53 0.34 0.55 0.31 0.40 0.34 0.20 0.36 0.69 0.68 0.69 0.52
O4' 0.23 0.46 0.19 0.27 0.37 0.17 0.45 0.26 0.49 0.42 0.48 0.52 0.39 0.47 0.33 0.34 0.36 0.17 0.34 0.53 0.51 0.56 0.46
O5' 0.40 0.44 0.43 0.18 0.36 0.22 0.39 0.19 0.42 0.41 0.43 0.50 0.41 0.42 0.35 0.63 0.02 0.30 0.24 0.45 0.54 0.52 0.37
OP1 0.24 0.30 0.16 0.13 0.18 0.42 0.21 0.53 0.25 0.27 0.28 0.39 0.26 0.27 0.19 0.26 0.03 0.38 0.38 0.28 0.64 0.63 0.42
OP2 0.26 0.62 0.30 0.18 0.52 0.23 0.59 0.47 0.65 0.51 0.65 0.65 0.54 0.59 0.42 0.32 0.03 0.21 0.49 0.69 0.83 0.80 0.65
P 0.12 0.35 0.19 0.02 0.22 0.18 0.26 0.29 0.32 0.26 0.34 0.42 0.29 0.29 0.15 0.30 0.01 0.12 0.21 0.35 0.55 0.54 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.02 0.19 0.26 0.23
C2 0.05 0.00 0.21 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.32 0.06 0.28 0.02 0.45 0.47 0.37
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.02 0.11 0.10 0.17 0.25 0.21 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.15 0.10 0.25 0.22 0.17
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.15 0.01 0.13 0.02 0.16 0.16 0.21 0.30 0.23 0.15 0.08 0.03 0.01 0.02 0.19 0.16 0.34 0.29 0.21
C4 0.02 0.01 0.12 0.15 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.17 0.04 0.30 0.02 0.43 0.46 0.36
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09 0.04 0.12 0.03 0.01 0.02 0.09 0.19 0.22 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.04 0.37 0.01 0.56 0.58 0.42
C5' 0.03 0.13 0.02 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.15 0.15 0.15 0.11 0.17 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.17 0.23 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.04 0.38 0.01 0.61 0.62 0.45
C8 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.17 0.06 0.39 0.02 0.48 0.52 0.39
N1 0.04 0.01 0.17 0.21 0.02 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.28 0.05 0.33 0.02 0.55 0.56 0.42
N2 0.06 0.00 0.25 0.30 0.02 0.13 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.26 0.40 0.08 0.25 0.02 0.42 0.45 0.35
N3 0.05 0.01 0.21 0.23 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.28 0.06 0.25 0.02 0.38 0.41 0.33
N7 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.05 0.42 0.02 0.60 0.64 0.45
N9 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.28 0.02 0.35 0.39 0.32
O2' 0.02 0.21 0.01 0.03 0.12 0.12 0.11 0.10 0.14 0.07 0.19 0.26 0.20 0.08 0.05 0.00 0.08 0.09 0.05 0.14 0.20 0.22 0.13
O3' 0.03 0.32 0.03 0.01 0.17 0.03 0.15 0.05 0.20 0.17 0.28 0.40 0.28 0.17 0.07 0.08 0.00 0.04 0.22 0.20 0.51 0.47 0.31
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.09 0.04 0.00 0.16 0.05 0.23 0.32 0.29
O5' 0.16 0.28 0.15 0.19 0.30 0.02 0.37 0.01 0.38 0.39 0.33 0.25 0.25 0.42 0.28 0.05 0.22 0.16 0.00 0.41 0.03 0.04 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.16 0.02 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.20 0.05 0.41 0.00 0.69 0.69 0.49
OP1 0.19 0.45 0.25 0.34 0.43 0.19 0.56 0.23 0.61 0.48 0.55 0.42 0.38 0.60 0.35 0.20 0.51 0.23 0.03 0.69 0.00 0.02 0.00
OP2 0.26 0.47 0.22 0.29 0.46 0.22 0.58 0.28 0.62 0.52 0.56 0.45 0.41 0.64 0.39 0.22 0.47 0.32 0.04 0.69 0.02 0.00 0.02
P 0.23 0.37 0.17 0.21 0.36 0.09 0.42 0.02 0.45 0.39 0.42 0.35 0.33 0.45 0.32 0.13 0.31 0.29 0.01 0.49 0.00 0.02 0.00